Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnology (S2)
specjalność: Biotechnology in Animal Production and Environmental Protection
Sylabus przedmiotu Molecular Modelling of Enzymes:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biotechnology | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
| Obszary studiów | charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Molecular Modelling of Enzymes | ||
| Specjalność | Biotechnology in Animal Production and Environmental Protection | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Mikrobiologii i Biotechnologii | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Radosław Drozd <Radoslaw.Drozd@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | |||
| ECTS (planowane) | 2,0 | ECTS (formy) | 2,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | angielski |
| Blok obieralny | 7 | Grupa obieralna | 2 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | The elementary knowledge of genetics, molecular genetics, cell biology and evolution. |
| W-2 | The intermadiate levele of knowledge of organic and inorganic chemistry, biochemistry, biophysics, English at intermediate level |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Developing skills of selection of appropriate bioinformatics tools to solve and analyze the structure of proteins |
| C-2 | Mastering the ability to combine and correct interpretation of information relating to various levels of organization of protein structures |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| laboratoria | ||
| T-L-1 | The introduction to proteins molecular structure part I | 2 |
| T-L-2 | The introduction to proteins molecular structure part II | 2 |
| T-L-3 | The in silico methods of proteins structure II and III level determination | 4 |
| T-L-4 | Methods of enzymes structure ligand binding site determination. | 2 |
| T-L-5 | The methods for the effective ligands design for the enzymes activity modulation. | 5 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Principles of proteins structure organisation part I. Methods for the data mining for protein structure on their I level. | 2 |
| T-W-2 | Priciples of proteins structure organisation part II. Methods for the data mining for protein structure on their II and III level. | 2 |
| T-W-3 | Computionial methods for prediction of localisation the enzymes acitive site. | 2 |
| T-W-4 | Computational methods for enzymes catalytic sites properities determination. | 2 |
| T-W-5 | Modeling of the catalytic properities of enzymes - pH and thermal optima, | 2 |
| T-W-6 | Molecular docking as tool for design an enzymes inhibitors. Part I | 2 |
| T-W-7 | Molecular docking as tool for design an enzymes inhibitors. Part II | 2 |
| T-W-8 | Molecular modeling software for enzyme analysis and modelling | 1 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| laboratoria | ||
| A-L-1 | Participation in the classes. | 15 |
| A-L-2 | Individual study of training materials | 8 |
| A-L-3 | consultations | 2 |
| 25 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Participation in lectures. | 15 |
| A-W-2 | Consultation | 2 |
| A-W-3 | Preparation for passing the lecture content. | 8 |
| 25 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Information lectures |
| M-2 | Explanation or clarification |
| M-3 | Description |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena podsumowująca: multimedial presentation |
| S-2 | Ocena formująca: multimedia presentation |
Zamierzone efekty uczenia się - wiedza
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BTap_2A_BTA-S-O7.2_W01 Student has knowledge about the organization and structural relationships of proteins. He knows bioinformatic methods and tools for the analysis of protein structures. Has knowledge about the possibilities and consequences of manipulation in protein structures. | BTap_2A_W01 | — | — | C-1, C-2 | T-L-1, T-L-3, T-L-5 | M-1, M-2, M-3 | S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BTap_2A_BTA-S-O7.2_U01 Correctly applying a bioinformatic tools to 3D enzymes structure solving | BTap_2A_U05 | — | — | C-1, C-2 | T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4 | M-3 | S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BTap_2A_BTA-S-O7.2_K01 Understands the consequences of modifying protein structures on the functioning of living organisms | BTap_2A_K02 | — | — | C-1, C-2 | T-L-1, T-L-3, T-L-5 | M-1, M-2, M-3 | S-2 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BTap_2A_BTA-S-O7.2_W01 Student has knowledge about the organization and structural relationships of proteins. He knows bioinformatic methods and tools for the analysis of protein structures. Has knowledge about the possibilities and consequences of manipulation in protein structures. | 2,0 | |
| 3,0 | Preparation of a multimedia presentation, participation in 90% of auditory classes, Correct answer to 60% of test questions - exam | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BTap_2A_BTA-S-O7.2_U01 Correctly applying a bioinformatic tools to 3D enzymes structure solving | 2,0 | |
| 3,0 | Preparation of a multimedia presentation, participation in 90% of auditory classes, | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BTap_2A_BTA-S-O7.2_K01 Understands the consequences of modifying protein structures on the functioning of living organisms | 2,0 | |
| 3,0 | Preparation of a multimedia presentation, participation in 90% of auditory classes, | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- K. I. Ramachandran, Gopakumar Deepa, Krishnan Namboori, Computational Chemistry and Molecular Modeling: Principles and Applications, Springer, Berlin Heidelberg, 2008
- Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatics and Molecular Evolution, Wiley-Blackwell, USA, 2005, I
- Huzefa Rangwala, George Karypis (Ed.), Introduction to Protein Structure Prediction: Methods and Algorithms, Wiley, USA, 2011, I
- Andrzej Koliński red., Multiscale Approaches to Protein Modeling, Springer, 2010, I
Literatura dodatkowa
- Alan Cooper, Biophysical Chemistry, RSC, 2010, II