Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa - Mikrobiologia stosowana (S2)

Sylabus przedmiotu Genomika:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Mikrobiologia stosowana
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Genomika
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Mikrobiologii Stosowanej i Fizjologii Żywienia Człowieka
Nauczyciel odpowiedzialny Elżbieta Bogusławska-Wąs <Elzbieta.Boguslawska-Was@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Alicja Dłubała <Alicja.Dlubala@zut.edu.pl>, Wojciech Sawicki <Wojciech.Sawicki@zut.edu.pl>, Barbara Szymczak <Barbara.Szymczak@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia egzamin Język polski
Blok obieralny 7 Grupa obieralna 2

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
wykładyW1 15 2,00,50egzamin
laboratoriaL1 15 1,00,50zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu biochemii, mikrobiologii, genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Poznanie budowy i funkcji genomów
C-2Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów3
T-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych2
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów2
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego4
T-L-5Monitorowanie ekspresji genów – symulacja komputerowa2
T-L-6Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.2
15
wykłady
T-W-1Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych2
T-W-2Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe3
T-W-3Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae3
T-W-4Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii2
T-W-5Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów3
T-W-6Genomika mikroorganizmów w produkcji i przetwarzaniu żywności2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-L-2Studiowanie temtycznej literatury przedmiotu10
A-L-3Zaliczenie materiału5
30
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2Konsultacje z prowadzącym20
A-W-3Przygotowanie się do egzaminu końcowego25
60

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny wspomagany prezentacja multimedialną związany z zaplanowanymi treściami
M-2Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową
M-3Praca w grupach audytoryjnych

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena zdobytej wiedzy z zakresu przedstawionych informacji na wykładach i ćwiczeniach

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_B1_W01
Potrafi definiować podstawowe pojęć z zakresu genomiki mikroorganizmow. Zna budowę i funkcję genomów bakteryjnych. Potrafi objaśnić i wytłumaczyć działanie mechanizmów ewolucji genomów na tle właściwości biologicznych wybranych gatunków. Wskazuje najwazniejsze osiągnięcia genomiki strukturalnej, funkcjonalnej i porównawczej na tle zagrożeń dla człowieka i środowiska. Na podstawie zdobytej wiedzy umie wybrać gatunki mikroorganizmów o cennych właściwościach biologicznych w ujęciu wykorzystania do poprawy życia, zdrowia człowieka, zwierząt i roślin.
MS_2A_W02, MS_2A_W13C-1, C-2T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-L-2, T-L-1, T-L-3, T-L-5, T-L-4, T-L-6M-1, M-2, M-3S-2, S-1

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_B1_U01
Potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów. Potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych. Ptrafi zinterpretować wyniki analiz, podejmować decyzję w przypadku trudności otrzymania porządanego efektu, oraz zpobiegać powstawaniu błędów analitycznych. Umien łączyć podejście metodyczne i koncepcyjne w ramach multidyscypliny genomika.
MS_2A_U06C-1, C-2T-L-2, T-L-1, T-L-3, T-L-5, T-L-4, T-L-6M-2, M-3S-1

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_B1_K01
Samodzielnie projektuje, modeluje i ocenia efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych. Postępuje zgodnie z zasadami dobrej praktyki laboratoryjnej. Świadomie wykorzystuje wiedzę w praktyce laboratoryjnej podczas pozyskiwania informacji o genach, sekwencjach i wynikach doświadczeń, z zachowaniem zasad własności intelektualnej
MS_2A_K01, MS_2A_K03C-1, C-2T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-L-2, T-L-1, T-L-3, T-L-5, T-L-4, T-L-6M-1, M-2, M-3S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_B1_W01
Potrafi definiować podstawowe pojęć z zakresu genomiki mikroorganizmow. Zna budowę i funkcję genomów bakteryjnych. Potrafi objaśnić i wytłumaczyć działanie mechanizmów ewolucji genomów na tle właściwości biologicznych wybranych gatunków. Wskazuje najwazniejsze osiągnięcia genomiki strukturalnej, funkcjonalnej i porównawczej na tle zagrożeń dla człowieka i środowiska. Na podstawie zdobytej wiedzy umie wybrać gatunki mikroorganizmów o cennych właściwościach biologicznych w ujęciu wykorzystania do poprawy życia, zdrowia człowieka, zwierząt i roślin.
2,0
3,0Student posiada podstawoe pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_B1_U01
Potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów. Potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych. Ptrafi zinterpretować wyniki analiz, podejmować decyzję w przypadku trudności otrzymania porządanego efektu, oraz zpobiegać powstawaniu błędów analitycznych. Umien łączyć podejście metodyczne i koncepcyjne w ramach multidyscypliny genomika.
2,0
3,0Potrafi interpretować podstawowe dane z zakresu genomiki
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_B1_K01
Samodzielnie projektuje, modeluje i ocenia efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych. Postępuje zgodnie z zasadami dobrej praktyki laboratoryjnej. Świadomie wykorzystuje wiedzę w praktyce laboratoryjnej podczas pozyskiwania informacji o genach, sekwencjach i wynikach doświadczeń, z zachowaniem zasad własności intelektualnej
2,0
3,0Ma podstawową świadomość roli społecznej w propagowaniu wiedzy na temat genomiki mikroorganizmów
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Primrose S. B., Zasady analizy genomu - przewodnik do mapowania i sekwencjonowania DNA różnych organizmów, Wydawnictwo Naukowo-Techniczne, Warszawa, 1999, 1
  2. Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012
  3. Higgs P.G., Attwood T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2013

Literatura dodatkowa

  1. Artykuły popularno naukowe w czasopismach krajowych “Świat Nauki”, „Wiedza i Życie”, „Kosmos”, 2011

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów3
T-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych2
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów2
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego4
T-L-5Monitorowanie ekspresji genów – symulacja komputerowa2
T-L-6Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.2
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych2
T-W-2Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe3
T-W-3Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae3
T-W-4Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii2
T-W-5Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów3
T-W-6Genomika mikroorganizmów w produkcji i przetwarzaniu żywności2
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-L-2Studiowanie temtycznej literatury przedmiotu10
A-L-3Zaliczenie materiału5
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2Konsultacje z prowadzącym20
A-W-3Przygotowanie się do egzaminu końcowego25
60
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_B1_W01Potrafi definiować podstawowe pojęć z zakresu genomiki mikroorganizmow. Zna budowę i funkcję genomów bakteryjnych. Potrafi objaśnić i wytłumaczyć działanie mechanizmów ewolucji genomów na tle właściwości biologicznych wybranych gatunków. Wskazuje najwazniejsze osiągnięcia genomiki strukturalnej, funkcjonalnej i porównawczej na tle zagrożeń dla człowieka i środowiska. Na podstawie zdobytej wiedzy umie wybrać gatunki mikroorganizmów o cennych właściwościach biologicznych w ujęciu wykorzystania do poprawy życia, zdrowia człowieka, zwierząt i roślin.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_W02Ma wiedzę w zakresie uwarunkowań pomiędzy fizjologią organizmów żywych a genotypem oraz zkresu znaczenia immunologii i immunoprofilaktyki w hodowli zwierząt.
MS_2A_W13Ma poszerzoną wiedzę o procesach zachodzących w środowisku i zależnościach między organizmami w nim funkcjonującymi i możliwościami ich wykorzystania.
Cel przedmiotuC-1Poznanie budowy i funkcji genomów
C-2Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych
Treści programoweT-W-1Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-W-2Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe
T-W-3Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae
T-W-4Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii
T-W-5Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów
T-W-6Genomika mikroorganizmów w produkcji i przetwarzaniu żywności
T-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów
T-L-5Monitorowanie ekspresji genów – symulacja komputerowa
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego
T-L-6Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny wspomagany prezentacja multimedialną związany z zaplanowanymi treściami
M-2Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową
M-3Praca w grupach audytoryjnych
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Ocena zdobytej wiedzy z zakresu przedstawionych informacji na wykładach i ćwiczeniach
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student posiada podstawoe pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_B1_U01Potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów. Potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych. Ptrafi zinterpretować wyniki analiz, podejmować decyzję w przypadku trudności otrzymania porządanego efektu, oraz zpobiegać powstawaniu błędów analitycznych. Umien łączyć podejście metodyczne i koncepcyjne w ramach multidyscypliny genomika.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_U06Posiada umiejętności praowania z materiałem genetycznym, hodowlami komórkowymi oraz wykorzystać techniki obrazowania.
Cel przedmiotuC-1Poznanie budowy i funkcji genomów
C-2Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych
Treści programoweT-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów
T-L-5Monitorowanie ekspresji genów – symulacja komputerowa
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego
T-L-6Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.
Metody nauczaniaM-2Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową
M-3Praca w grupach audytoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Potrafi interpretować podstawowe dane z zakresu genomiki
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_B1_K01Samodzielnie projektuje, modeluje i ocenia efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych. Postępuje zgodnie z zasadami dobrej praktyki laboratoryjnej. Świadomie wykorzystuje wiedzę w praktyce laboratoryjnej podczas pozyskiwania informacji o genach, sekwencjach i wynikach doświadczeń, z zachowaniem zasad własności intelektualnej
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_K01Rozumie potrzebę ciągłego dokształcania się i konieczności podnoszenia kompetencji zawodowych. Wyznacza kierunki własnego rozwoju i kształcenia (trzeciego stopnia, studia podyplomowe, kursy)
MS_2A_K03Ma świadomość odpowiedzialności za bezpieczeństwo pracy własnej i innych. Umie postępować w stanach zagrożenia
Cel przedmiotuC-1Poznanie budowy i funkcji genomów
C-2Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych
Treści programoweT-W-1Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-W-2Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe
T-W-3Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae
T-W-4Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii
T-W-5Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów
T-W-6Genomika mikroorganizmów w produkcji i przetwarzaniu żywności
T-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów
T-L-5Monitorowanie ekspresji genów – symulacja komputerowa
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego
T-L-6Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny wspomagany prezentacja multimedialną związany z zaplanowanymi treściami
M-2Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową
M-3Praca w grupach audytoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Ma podstawową świadomość roli społecznej w propagowaniu wiedzy na temat genomiki mikroorganizmów
3,5
4,0
4,5
5,0