Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa - Mikrobiologia stosowana (S2)
Sylabus przedmiotu Genomika:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Mikrobiologia stosowana | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister | ||
| Obszary studiów | nauk przyrodniczych | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Genomika | ||
| Specjalność | przedmiot wspólny | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Mikrobiologii Stosowanej i Fizjologii Żywienia Człowieka | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Waldemar Dąbrowski <Waldemar.Dabrowski@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | Wojciech Sawicki <Wojciech.Sawicki@zut.edu.pl> | ||
| ECTS (planowane) | 4,0 | ECTS (formy) | 4,0 |
| Forma zaliczenia | egzamin | Język | polski |
| Blok obieralny | — | Grupa obieralna | — |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Wiedza z zakresu biochemii, mikrobiologii, genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Poznanie budowy i funkcji genomów |
| C-2 | Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów | 6 |
| T-A-2 | Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych | 6 |
| T-A-3 | Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów | 3 |
| T-A-4 | Projekty analiz genomowych | 3 |
| T-A-5 | Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego | 6 |
| T-A-6 | Monitorowanie ekspresji genów – symulacja komputerowa | 2 |
| T-A-7 | Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko. | 4 |
| 30 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych | 2 |
| T-W-2 | Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe | 3 |
| T-W-3 | Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae | 3 |
| T-W-4 | Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii | 2 |
| T-W-5 | Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów | 3 |
| T-W-6 | Genomika mikroorganizmów w produkcji i przetwarzaniu żywności | 2 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | Uczestnictwo w zajęciach | 30 |
| A-A-2 | Studiowanie temtycznej literatury przedmiotu | 20 |
| A-A-3 | Przygotowanie do zaliczenia | 5 |
| A-A-4 | Zaliczenie materiału | 5 |
| 60 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Uczestnictwo w zajęciach | 15 |
| A-W-2 | Konsultacje z prowadzącym | 15 |
| A-W-3 | Samodzielne przygotowanie się do egzaminu końcowego | 30 |
| 60 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Wykład informacyjny wspomagany prezentacja multimedialną związany z zaplanowanymi treściami |
| M-2 | Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową |
| M-3 | Praca w grupach audytoryjnych |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne |
| S-2 | Ocena podsumowująca: Ocena zdobytej wiedzy z zakresu przedstawionych informacji na wykładach i ćwiczeniach |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MS_2A_B1_W01 Potrafi definiować podstawowe pojęć z zakresu genomiki mikroorganizmow. Zna budowę i funkcję genomów bakteryjnych. Potrafi objaśnić i wytłumaczyć działanie mechanizmów ewolucji genomów na tle właściwości biologicznych wybranych gatunków. Wskazuje najwazniejsze osiągnięcia genomiki strukturalnej, funkcjonalnej i porównawczej na tle zagrożeń dla człowieka i środowiska. Na podstawie zdobytej wiedzy umie wybrać gatunki mikroorganizmów o cennych właściwościach biologicznych w ujęciu wykorzystania do poprawy życia, zdrowia człowieka, zwierząt i roślin. | MS_2A_W19, MS_2A_W17 | P2A_W01, P2A_W02, P2A_W04, P2A_W05 | C-1, C-2 | T-A-6, T-W-6, T-A-3, T-W-3, T-A-4, T-A-5, T-W-1, T-W-2, T-A-2, T-A-1, T-W-4, T-A-7, T-W-5 | M-2, M-1, M-3 | S-1, S-2 |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MS_2A_B1_U01 Potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów. Potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych. Ptrafi zinterpretować wyniki analiz, podejmować decyzję w przypadku trudności otrzymania porządanego efektu, oraz zpobiegać powstawaniu błędów analitycznych. Umien łączyć podejście metodyczne i koncepcyjne w ramach multidyscypliny genomika. | MS_2A_U08 | P2A_U01, P2A_U04 | C-1, C-2 | T-A-1, T-A-2, T-A-5, T-A-3, T-A-6, T-A-4, T-A-7 | M-2, M-3 | S-1 |
Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MS_2A_B1_K01 Samodzielnie projektuje, modeluje i ocenia efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych. Postępuje zgodnie z zasadami dobrej praktyki laboratoryjnej. Świadomie wykorzystuje wiedzę w praktyce laboratoryjnej podczas pozyskiwania informacji o genach, sekwencjach i wynikach doświadczeń, z zachowaniem zasad własności intelektualnej | MS_2A_K01, MS_2A_K03 | P2A_K01, P2A_K02, P2A_K05, P2A_K06, P2A_K07 | C-1, C-2 | T-A-2, T-A-7, T-A-3, T-W-3, T-W-6, T-A-6, T-W-5, T-W-4, T-A-1, T-A-5, T-W-1, T-W-2, T-A-4 | M-2, M-1, M-3 | S-1 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| MS_2A_B1_W01 Potrafi definiować podstawowe pojęć z zakresu genomiki mikroorganizmow. Zna budowę i funkcję genomów bakteryjnych. Potrafi objaśnić i wytłumaczyć działanie mechanizmów ewolucji genomów na tle właściwości biologicznych wybranych gatunków. Wskazuje najwazniejsze osiągnięcia genomiki strukturalnej, funkcjonalnej i porównawczej na tle zagrożeń dla człowieka i środowiska. Na podstawie zdobytej wiedzy umie wybrać gatunki mikroorganizmów o cennych właściwościach biologicznych w ujęciu wykorzystania do poprawy życia, zdrowia człowieka, zwierząt i roślin. | 2,0 | |
| 3,0 | Student posiada podstawoe pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| MS_2A_B1_U01 Potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów. Potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych. Ptrafi zinterpretować wyniki analiz, podejmować decyzję w przypadku trudności otrzymania porządanego efektu, oraz zpobiegać powstawaniu błędów analitycznych. Umien łączyć podejście metodyczne i koncepcyjne w ramach multidyscypliny genomika. | 2,0 | |
| 3,0 | Potrafi interpretować podstawowe dane z zakresu genomiki | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| MS_2A_B1_K01 Samodzielnie projektuje, modeluje i ocenia efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych. Postępuje zgodnie z zasadami dobrej praktyki laboratoryjnej. Świadomie wykorzystuje wiedzę w praktyce laboratoryjnej podczas pozyskiwania informacji o genach, sekwencjach i wynikach doświadczeń, z zachowaniem zasad własności intelektualnej | 2,0 | |
| 3,0 | Ma podstawową świadomość roli społecznej w propagowaniu wiedzy na temat genomiki mikroorganizmów | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- Primrose S. B., Zasady analizy genomu - przewodnik do mapowania i sekwencjonowania DNA różnych organizmów, Wydawnictwo Naukowo-Techniczne, Warszawa, 1999, 1
- Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012
- Higgs P.G., Attwood T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2013
Literatura dodatkowa
- Artykuły popularno naukowe w czasopismach krajowych “Świat Nauki”, „Wiedza i Życie”, „Kosmos”, 2011