Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biologia (N1)

Sylabus przedmiotu Genomika:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biologia
Forma studiów studia niestacjonarne Poziom pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta licencjat
Obszary studiów nauki przyrodnicze
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Genomika
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt
Nauczyciel odpowiedzialny Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
wykładyW6 5 1,00,59zaliczenie
laboratoriaL6 5 1,00,41zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego1
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.1
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA1
T-L-4Zastosowanie narzędzi bioinformatycznych i baz danych do analizy genów i genomów2
5
wykłady
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami1
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych1
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu1
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów1
T-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne Badanie różnych obszarów zastosowań genomiki1
5

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1uczestnictwo w zajęciach5
A-L-2Studiowanie podanej lteratury16
A-L-3Konsultacje2
A-L-4Przygotowanie do zaliczenia6
A-L-5Zaliczenie materiału1
30
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach5
A-W-2Samodzielne przygotowanie się do zaliczenia wykładów20
A-W-3Konsultacje3
A-W-4Zaliczenie treści wykładowych2
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_1A_BL-N-C25_W01
Student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów. Posiada wiedzę z zakresu z genomiki funkcjonalnej.
BL_1A_W06C-1, C-3, C-2T-L-2, T-L-4, T-L-3, T-L-1, T-W-4, T-W-3, T-W-1, T-W-2, T-W-5M-2, M-3, M-1S-2, S-1

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_1A_BL-N-C25_U01
Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję. Ponadto nabył umiejętność poruszania się w bazach danych zawierających zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
BL_1A_U06C-1, C-3T-L-2, T-L-3, T-W-3, T-L-4, T-L-1, T-W-4M-3, M-2, M-1S-1

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_1A_BL-N-C25_K01
Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
BL_1A_K01C-1T-W-3, T-W-5, T-W-2, T-W-4M-1, M-3S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BL_1A_BL-N-C25_W01
Student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów. Posiada wiedzę z zakresu z genomiki funkcjonalnej.
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu sekwencji genomowych
3,0W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat poznawania projektów genomów różnych gatunków
4,0Student samodzielnie potrafi definiować i objaśniać zagdanienia związane z projektami gonomowymi
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu poznawania genomów różnych gatunków.
5,0Student obok ugruntowanej wiedzy potrafi argumentować dobór określonych metod używanych w projektach genomowych

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BL_1A_BL-N-C25_U01
Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję. Ponadto nabył umiejętność poruszania się w bazach danych zawierających zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
2,0
3,0Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BL_1A_BL-N-C25_K01
Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
2,0
3,0Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2009
  2. Słomski R., Analiza DNA Teoria i praktyka, Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, Poznań, 2011

Literatura dodatkowa

  1. Charon K.M., Świtoński M., Genetyka i genomika zwierząt, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego1
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.1
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA1
T-L-4Zastosowanie narzędzi bioinformatycznych i baz danych do analizy genów i genomów2
5

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami1
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych1
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu1
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów1
T-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne Badanie różnych obszarów zastosowań genomiki1
5

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1uczestnictwo w zajęciach5
A-L-2Studiowanie podanej lteratury16
A-L-3Konsultacje2
A-L-4Przygotowanie do zaliczenia6
A-L-5Zaliczenie materiału1
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach5
A-W-2Samodzielne przygotowanie się do zaliczenia wykładów20
A-W-3Konsultacje3
A-W-4Zaliczenie treści wykładowych2
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_1A_BL-N-C25_W01Student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów. Posiada wiedzę z zakresu z genomiki funkcjonalnej.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_1A_W06posiada wiedzę na temat teorii dziedziczenia cech jakościowych i ilościowych organizmów, funkcjonowania genów i genomów, zasady inżynierii genetycznej oraz założenia modyfikacji kwasów nukleinowych
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.
T-L-4Zastosowanie narzędzi bioinformatycznych i baz danych do analizy genów i genomów
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych
T-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne Badanie różnych obszarów zastosowań genomiki
Metody nauczaniaM-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
M-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu sekwencji genomowych
3,0W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat poznawania projektów genomów różnych gatunków
4,0Student samodzielnie potrafi definiować i objaśniać zagdanienia związane z projektami gonomowymi
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu poznawania genomów różnych gatunków.
5,0Student obok ugruntowanej wiedzy potrafi argumentować dobór określonych metod używanych w projektach genomowych
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_1A_BL-N-C25_U01Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję. Ponadto nabył umiejętność poruszania się w bazach danych zawierających zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_1A_U06posiada umiejętność rozumienia mechanizmów determinujących funkcje życiowe, ontogenezę; potrafi posługiwać się podstawowymi narzędziami biologii molekularnej, inżynierii genetycznej, potrafi określić obszary, w których wykorzystuje się techniki molekularne; potrafi przeprowadzić proste analizy molekularne pod opieką prowadzącego; posiada umiejętności analizy i interpretacji wyników;
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
Treści programoweT-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu
T-L-4Zastosowanie narzędzi bioinformatycznych i baz danych do analizy genów i genomów
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów
Metody nauczaniaM-3Praca w grupach laboratoryjnych
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_1A_BL-N-C25_K01Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_1A_K01wykazuje zrozumienie podstawowych procesów i zjawisk biologicznych oraz przekonanie o ich empirycznej poznawalności w oparciu o metody matematyczne i statystyczne
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
Treści programoweT-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu
T-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne Badanie różnych obszarów zastosowań genomiki
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów
Metody nauczaniaM-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
3,5
4,0
4,5
5,0