Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnology (S2)
Sylabus przedmiotu Molecular modelling of enzymes:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biotechnology | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
| Obszary studiów | charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Molecular modelling of enzymes | ||
| Specjalność | Biotechnology in animal production and environmental protection | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Mikrobiologii i Biotechnologii | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Radosław Drozd <Radoslaw.Drozd@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | |||
| ECTS (planowane) | 3,0 | ECTS (formy) | 3,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | angielski |
| Blok obieralny | 5 | Grupa obieralna | 2 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | The elementary knowledge of genetics, molecular genetics, cell biology and evolution. |
| W-2 | The intermadiate levele of knowledge of organic and inorganic chemistry, biochemistry, biophysics, English at intermediate level |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Developing skills of selection of appropriate bioinformatics tools to solve and analyze the structure of proteins |
| C-2 | Mastering the ability to combine and correct interpretation of information relating to various levels of organization of protein structures |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | The introduction to proteins molecular structure part II | 2 |
| T-A-2 | The introduction to proteins molecular structure part II | 2 |
| T-A-3 | The in silico methods of proteins structure II and III level determination | 2 |
| T-A-4 | The in silico methods of oligomeric enzymes structure determination | 2 |
| T-A-5 | The methods for the effective ligands design for the enzymes activity modulation part I | 2 |
| T-A-6 | The methods for the effective ligands design for the enzymes activity modulation part II | 2 |
| T-A-7 | The Molecular Dynamic simulation methods as tools for testing in-silico changed structure of enzymes. part I | 2 |
| T-A-8 | The Molecular Dynamic simulation methods as tools for testing in-silico changed structure of enzymes. part II | 1 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Methods for the data mining for protein structure on their I level. Prediction of catalytic and structural properties enzymes. part I | 2 |
| T-W-2 | Methods for the data mining for protein structure on their I level. Prediction of catalytic and structural properties enzymes. part II | 2 |
| T-W-3 | Methods for prediction localisation of enzymes catalytic sites | 2 |
| T-W-4 | Methods for characterisaation catalytic sites properities. | 2 |
| T-W-5 | Modeling of the catalytic properities of enzymes - pH optima | 2 |
| T-W-6 | Molecular docking as tool for design a accurate enzymes inhibitors. Part I | 2 |
| T-W-7 | Molecular docking as tool for design a accurate enzymes inhibitors. Part II | 2 |
| T-W-8 | Methods of enzyme analysis results visualisation by using molecular modeling software | 1 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | Participation in the classes. | 15 |
| A-A-2 | Individual study of training materials | 7 |
| A-A-3 | Preparation for passing the tutorial content. | 7 |
| A-A-4 | consultations | 16 |
| 45 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Participation in lectures. | 15 |
| A-W-2 | Independent study of lecture materials and recommended literature. | 10 |
| A-W-3 | Consultation | 5 |
| A-W-4 | Preparation for passing the lecture content. | 8 |
| A-W-5 | Passing the lecture content. | 5 |
| A-W-6 | Discussing lecture content | 2 |
| 45 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Information lectures |
| M-2 | explanation or clarification |
| M-3 | description |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena podsumowująca: test |
| S-2 | Ocena formująca: multimedia presentation |
Zamierzone efekty uczenia się - wiedza
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_W03 Student has knowledge about the organization and structural relationships of proteins. He knows bioinformatic methods and tools for the analysis of protein structures. Has knowledge about the possibilities and consequences of manipulation in protein structures. | BTap_2A_W01 | — | — | C-1, C-2 | T-A-1, T-A-3, T-A-4, T-A-5 | M-1, M-2, M-3 | S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_U01 Correctly applying a bioinformatic tools to 3D enzymes structure solving | BTap_2A_U05 | — | — | C-1, C-2 | T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4 | M-3 | S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_K02 Understands the consequences of modifying protein structures on the functioning of living organisms | BTap_2A_K02 | — | — | C-1, C-2 | T-A-1, T-A-3, T-A-4, T-A-5 | M-1, M-2, M-3 | S-2 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_W03 Student has knowledge about the organization and structural relationships of proteins. He knows bioinformatic methods and tools for the analysis of protein structures. Has knowledge about the possibilities and consequences of manipulation in protein structures. | 2,0 | |
| 3,0 | Preparation of a multimedia presentation, participation in 90% of auditory classes, Correct answer to 60% of test questions - exam | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_U01 Correctly applying a bioinformatic tools to 3D enzymes structure solving | 2,0 | |
| 3,0 | Preparation of a multimedia presentation, participation in 90% of auditory classes, | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_K02 Understands the consequences of modifying protein structures on the functioning of living organisms | 2,0 | |
| 3,0 | Preparation of a multimedia presentation, participation in 90% of auditory classes, | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- K. I. Ramachandran, Gopakumar Deepa, Krishnan Namboori, Computational Chemistry and Molecular Modeling: Principles and Applications, Springer, Berlin Heidelberg, 2008
- Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatics and Molecular Evolution, Wiley-Blackwell, USA, 2005, I
- Huzefa Rangwala, George Karypis (Ed.), Introduction to Protein Structure Prediction: Methods and Algorithms, Wiley, USA, 2011, I
- Andrzej Koliński red., Multiscale Approaches to Protein Modeling, Springer, 2010, I
Literatura dodatkowa
- Alan Cooper, Biophysical Chemistry, RSC, 2010, II