Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
specjalność: Bioinżynieria

Sylabus przedmiotu Genomika i transkryptomika:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Genomika i transkryptomika
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki
Nauczyciel odpowiedzialny Arkadiusz Terman <Arkadiusz.Terman@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>, Magdalena Jędrzejczak-Silicka <mjedrzejczak@zut.edu.pl>, Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>, Iwona Szatkowska <Iwona.Szatkowska@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
laboratoriaL1 20 1,50,41zaliczenie
wykładyW1 20 1,50,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna4
T-L-2Izolacja i analiza mtDNA6
T-L-3Izolacja totalnego RNA.2
T-L-4Izolacja mikro RNA (miRNA).2
T-L-5Ocena ilościowa (fluorometryczna) izolatów RNA.2
T-L-6Analiza ekspresji genu z wykorzystaniem techniki qPCR.2
T-L-7Analiza zmienności genu kodującego miRNA.2
20
wykłady
T-W-1Wstęp - rozwój dyscypliny, dziedziny genomiki, projekty badawcze3
T-W-2Genomika strukturalna - mapowanie fizyczne i genetyczne2
T-W-3Genomika funkcjonalna - poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie3
T-W-4Powstawanie nowych genów w genomie2
T-W-5Klasy RNA - właściwości, funkcje4
T-W-6Metody analizy transkryptomów - RNA Seq, technologie mikromacierzowe.4
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów - przykłady.2
20

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Uczestnictwo w zajęciach20
A-L-2Konsultacje2
A-L-3Przygotowanie do zaliczenia15
37
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach20
A-W-2Studiowanie literatury5
A-W-3Konsultacje z prowadzącym2
A-W-4Samodzielne przygotowanie się do zaliczenia wykładów11
38

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BT-S2-B03_W01
W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
BT_2A_W06, BT_2A_W14, BT_2A_W05C-1, C-3, C-2T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-W-5, T-W-6, T-W-4, T-W-2, T-W-1, T-W-3, T-W-7M-1, M-2, M-3S-1, S-2
BT_2A_BT-S2-B03_W02
Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
BT_2A_W05C-1, C-3, C-2T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-W-5, T-W-6, T-W-4, T-W-2, T-W-1, T-W-3, T-W-7M-1, M-2, M-3S-1, S-2

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BT-S2-B03_U01
Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
BT_2A_U06C-1, C-2T-W-4, T-W-3M-1, M-2, M-3S-1
BT_2A_BT-S2-B03_U02
Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
BT_2A_U06, BT_2A_U08C-1, C-3, C-2T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-W-5, T-W-6, T-W-2, T-W-7M-2, M-3S-1

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BT-S2-B03_K01
Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
BT_2A_K05C-1, C-3, C-2T-W-4, T-W-1, T-W-3M-3S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BT-S2-B03_W01
W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu sekwencji genomowych
3,0W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat poznawania projektów genomów różnych gatunków
4,0Student samodzielnie potrafi definiować i objaśniać zagdanienia związane z projektami gonomowymi
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu poznawania genomów różnych gatunków.
5,0Student obok ugruntowanej wiedzy potrafi argumentować dobór określonych metod używanych w projektach genomowych
BT_2A_BT-S2-B03_W02
Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów
3,0Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu
4,0Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych
5,0Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BT-S2-B03_U01
Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
2,0
3,0Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_BT-S2-B03_U02
Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
2,0
3,0Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BT-S2-B03_K01
Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
2,0
3,0Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2009
  2. Słomski R., Analiza DNA Teoria i praktyka, Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, Poznań, 2011

Literatura dodatkowa

  1. Charon K.M., Świtoński M., Genetyka i genomika zwierząt, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna4
T-L-2Izolacja i analiza mtDNA6
T-L-3Izolacja totalnego RNA.2
T-L-4Izolacja mikro RNA (miRNA).2
T-L-5Ocena ilościowa (fluorometryczna) izolatów RNA.2
T-L-6Analiza ekspresji genu z wykorzystaniem techniki qPCR.2
T-L-7Analiza zmienności genu kodującego miRNA.2
20

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Wstęp - rozwój dyscypliny, dziedziny genomiki, projekty badawcze3
T-W-2Genomika strukturalna - mapowanie fizyczne i genetyczne2
T-W-3Genomika funkcjonalna - poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie3
T-W-4Powstawanie nowych genów w genomie2
T-W-5Klasy RNA - właściwości, funkcje4
T-W-6Metody analizy transkryptomów - RNA Seq, technologie mikromacierzowe.4
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów - przykłady.2
20

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Uczestnictwo w zajęciach20
A-L-2Konsultacje2
A-L-3Przygotowanie do zaliczenia15
37
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach20
A-W-2Studiowanie literatury5
A-W-3Konsultacje z prowadzącym2
A-W-4Samodzielne przygotowanie się do zaliczenia wykładów11
38
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B03_W01W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W06posiada znajomość zaawansowanych metod laboratoryjnych, technik i narzędzi inżynierskich pozwalających na wykonywanie technicznych zadań dostosowanych do kierunku biotechnologia
BT_2A_W14zna zaawansowane techniki bioinformatyczne i możliwości ich wykorzystania w biotechnologii
BT_2A_W05wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-L-1Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna
T-L-2Izolacja i analiza mtDNA
T-L-3Izolacja totalnego RNA.
T-W-5Klasy RNA - właściwości, funkcje
T-W-6Metody analizy transkryptomów - RNA Seq, technologie mikromacierzowe.
T-W-4Powstawanie nowych genów w genomie
T-W-2Genomika strukturalna - mapowanie fizyczne i genetyczne
T-W-1Wstęp - rozwój dyscypliny, dziedziny genomiki, projekty badawcze
T-W-3Genomika funkcjonalna - poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów - przykłady.
Metody nauczaniaM-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu sekwencji genomowych
3,0W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat poznawania projektów genomów różnych gatunków
4,0Student samodzielnie potrafi definiować i objaśniać zagdanienia związane z projektami gonomowymi
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu poznawania genomów różnych gatunków.
5,0Student obok ugruntowanej wiedzy potrafi argumentować dobór określonych metod używanych w projektach genomowych
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B03_W02Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W05wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-L-1Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna
T-L-2Izolacja i analiza mtDNA
T-L-3Izolacja totalnego RNA.
T-W-5Klasy RNA - właściwości, funkcje
T-W-6Metody analizy transkryptomów - RNA Seq, technologie mikromacierzowe.
T-W-4Powstawanie nowych genów w genomie
T-W-2Genomika strukturalna - mapowanie fizyczne i genetyczne
T-W-1Wstęp - rozwój dyscypliny, dziedziny genomiki, projekty badawcze
T-W-3Genomika funkcjonalna - poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów - przykłady.
Metody nauczaniaM-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów
3,0Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu
4,0Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych
5,0Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B03_U01Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U06dokonuje wszechstronnej analizy molekularnych podstaw ewolucji, a także czynników oddziałujących na funkcjonowanie genomu oraz transkryptomu; analizuje czynniki wpływające na zmienność organizmu
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-W-4Powstawanie nowych genów w genomie
T-W-3Genomika funkcjonalna - poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie
Metody nauczaniaM-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B03_U02Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U06dokonuje wszechstronnej analizy molekularnych podstaw ewolucji, a także czynników oddziałujących na funkcjonowanie genomu oraz transkryptomu; analizuje czynniki wpływające na zmienność organizmu
BT_2A_U08dobiera i stosuje zaawansowane techniki i narzędzia badawcze wykorzystywane w biotechnologii
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-L-1Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna
T-L-2Izolacja i analiza mtDNA
T-L-3Izolacja totalnego RNA.
T-W-5Klasy RNA - właściwości, funkcje
T-W-6Metody analizy transkryptomów - RNA Seq, technologie mikromacierzowe.
T-W-2Genomika strukturalna - mapowanie fizyczne i genetyczne
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów - przykłady.
Metody nauczaniaM-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B03_K01Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_K05wykazuje zdyscyplinowanie w pracy indywidualnej; chętnie uczestniczy w pracy grupowej; potrafi kreatywnie planować i realizować działania własne i zespołowe
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-W-4Powstawanie nowych genów w genomie
T-W-1Wstęp - rozwój dyscypliny, dziedziny genomiki, projekty badawcze
T-W-3Genomika funkcjonalna - poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie
Metody nauczaniaM-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
3,5
4,0
4,5
5,0