Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S1)

Sylabus przedmiotu Biologiczne bazy danych:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł —
Przedmiot Biologiczne bazy danych
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki
Nauczyciel odpowiedzialny Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 10 Grupa obieralna 1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
wykładyW4 10 1,00,59zaliczenie
laboratoriaL4 20 2,00,41zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu biologii na poziomie szkoły średniej.
W-2Wiedza z zakresu informatyki na poziomie szkoły średniej.

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
C-2Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).2
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.4
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).4
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).4
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.2
T-L-6Analiza danych mikromacierzowych.2
T-L-7Analiza profili proteomicznych.2
20
wykłady
T-W-1Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.2
T-W-2Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.1
T-W-3Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).2
T-W-4Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.1
T-W-5Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).1
T-W-6Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.2
T-W-7Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.1
10

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Uczestnictwo w ćwiczeniach.20
A-L-2Przygotowanie projektów.20
A-L-3Przygotowanie się do zaliczenia treści ćwiczeń.20
60
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w wykładach.15
A-W-2Samodzielna eksploracja wskazanych baz danych.5
A-W-3Przygotowanie się do zaliczenia wykładów.10
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny.
M-2Opis.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
S-2Ocena podsumowująca: Projekt.
S-3Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_W01
Wymienia typy biologicznych baz danych.		BT_1A_W09, BT_1A_W21——C-1T-W-1, T-W-6, T-W-3, T-W-7, T-W-5, T-W-4M-3, M-2, M-1S-3, S-1
BT_1A_BT-S-O12.3_W02
Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych.		BT_1A_W21——C-2T-W-2, T-L-1, T-L-5, T-L-7, T-L-6, T-L-2, T-L-3, T-L-4M-3, M-2, M-1S-2, S-3, S-1

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_U01
Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji.		BT_1A_U13——C-2, C-1T-W-1, T-W-6, T-W-3, T-W-7, T-W-5, T-W-4, T-W-2, T-L-1, T-L-5, T-L-7, T-L-6, T-L-2, T-L-3, T-L-4M-3, M-2, M-1S-2, S-1

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_K01
Ma świadomość istnienia baz danych gromadzących informacje biologiczną.		BT_1A_K05——C-2, C-1T-W-1, T-W-6, T-W-3, T-W-7, T-W-5, T-W-4, T-W-2, T-L-1, T-L-5, T-L-7, T-L-6, T-L-2, T-L-3, T-L-4M-3, M-2, M-1S-2, S-3, S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_W01
Wymienia typy biologicznych baz danych.		2,0
3,0Student poprawnie wykorzystuje i korzysta z zasobów niektórych biologicznych baz danych
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_1A_BT-S-O12.3_W02
Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych.		2,0
3,0Student poprawnie definiuje strukturę rekordów najważniejszych biologicznych baz danych
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_U01
Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji.		2,0
3,0Student wykorzystuje najważniejsze biologiczne bazy danych do pozyskiwania informacji
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Teresa Attwood, Paul G. Higgs, Bioinformatyka i ewolucja molekularna., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2011
  2. Jo McEntyre, Jim Ostell, The NCBI Handbook, National Center for Biotechnology Information (US); 2002-., Bethesda (MD), 2010, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21101/

Literatura dodatkowa

  1. Terry A. Brown., Genomy., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).2
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.4
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).4
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).4
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.2
T-L-6Analiza danych mikromacierzowych.2
T-L-7Analiza profili proteomicznych.2
20

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.2
T-W-2Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.1
T-W-3Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).2
T-W-4Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.1
T-W-5Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).1
T-W-6Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.2
T-W-7Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.1
10

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Uczestnictwo w ćwiczeniach.20
A-L-2Przygotowanie projektów.20
A-L-3Przygotowanie się do zaliczenia treści ćwiczeń.20
60
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w wykładach.15
A-W-2Samodzielna eksploracja wskazanych baz danych.5
A-W-3Przygotowanie się do zaliczenia wykładów.10
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_1A_BT-S-O12.3_W01Wymienia typy biologicznych baz danych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_W09Ma ugruntowaną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska.
BT_1A_W21Ma podstawową wiedzę z zakresu informatyki, programów komputerowych oraz biologicznych baz danych wykorzystywanych w biotechnologii.
Cel przedmiotuC-1Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
Treści programoweT-W-1Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.
T-W-6Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.
T-W-3Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).
T-W-7Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.
T-W-5Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).
T-W-4Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.
Metody nauczaniaM-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-2Opis.
M-1Wykład informacyjny.
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.
S-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student poprawnie wykorzystuje i korzysta z zasobów niektórych biologicznych baz danych
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_1A_BT-S-O12.3_W02Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_W21Ma podstawową wiedzę z zakresu informatyki, programów komputerowych oraz biologicznych baz danych wykorzystywanych w biotechnologii.
Cel przedmiotuC-2Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.
Treści programoweT-W-2Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.
T-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.
T-L-7Analiza profili proteomicznych.
T-L-6Analiza danych mikromacierzowych.
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).
Metody nauczaniaM-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-2Opis.
M-1Wykład informacyjny.
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Projekt.
S-3Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.
S-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student poprawnie definiuje strukturę rekordów najważniejszych biologicznych baz danych
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_1A_BT-S-O12.3_U01Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_U13Wykorzystuje narzędzia informatyczne oraz biologiczne bazy danych w badaniach biotechnologicznych.
Cel przedmiotuC-2Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.
C-1Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
Treści programoweT-W-1Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.
T-W-6Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.
T-W-3Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).
T-W-7Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.
T-W-5Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).
T-W-4Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.
T-W-2Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.
T-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.
T-L-7Analiza profili proteomicznych.
T-L-6Analiza danych mikromacierzowych.
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).
Metody nauczaniaM-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-2Opis.
M-1Wykład informacyjny.
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Projekt.
S-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student wykorzystuje najważniejsze biologiczne bazy danych do pozyskiwania informacji
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_1A_BT-S-O12.3_K01Ma świadomość istnienia baz danych gromadzących informacje biologiczną.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_K05Wykazuje otwartość dla ogólnego i kierunkowego kształtowania i rozwijania własnej aktywności poznawczej w oparciu o różne źródła informacji naukowej; umie myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy.
Cel przedmiotuC-2Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.
C-1Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
Treści programoweT-W-1Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.
T-W-6Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.
T-W-3Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).
T-W-7Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.
T-W-5Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).
T-W-4Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.
T-W-2Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.
T-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.
T-L-7Analiza profili proteomicznych.
T-L-6Analiza danych mikromacierzowych.
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).
Metody nauczaniaM-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-2Opis.
M-1Wykład informacyjny.
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Projekt.
S-3Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.
S-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.