Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)

Sylabus przedmiotu Genomika i transkryptomika:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Genomika i transkryptomika
Specjalność Biotechnologia w produkcji zwierzęcej i ochronie środowiska
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki
Nauczyciel odpowiedzialny Arkadiusz Terman <Arkadiusz.Terman@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>, Magdalena Jędrzejczak-Silicka <mjedrzejczak@zut.edu.pl>, Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>, Iwona Szatkowska <Iwona.Szatkowska@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 4,0 ECTS (formy) 4,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA3 15 1,00,29zaliczenie
laboratoriaL3 15 1,00,29zaliczenie
wykładyW3 15 2,00,42zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze.2
T-A-2Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów.2
T-A-3Markery oparte na retrotranspozonach1
T-A-4Analzia sprzężeń i asocjacyjna całych genomów.1
T-A-5Projekty analiz genomowych1
T-A-6Analiza transkryptomów z wykorzystaniem technik mikromacierzowych.4
T-A-7Analiza transkryptomów z wykorzystaniem techniki RNA-seq.4
15
laboratoria
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego3
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.3
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA3
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.3
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.3
15
wykłady
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami1
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów.2
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie.2
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów.2
T-W-5Mapowanie fizyczne i genetyczne.2
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje2
T-W-7Potranskrypcyjne modyfikacje RNA2
T-W-8Mikromacierze ekspresyjne. Analiza porównawcza transkryptomów.2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-A-2Konsultacje5
A-A-3Przygotowanie do zaliczenia8
A-A-4Zaliczenie treści programowych2
30
laboratoria
A-L-1uczestnictwo w zajęciach15
A-L-2Studiowanie podanej lteratury5
A-L-3Konsultacje4
A-L-4Przygotowanie do zaliczenia4
A-L-5Zaliczenie materiału2
30
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2Samodzielne przygotowanie się do zaliczenia wykładów15
A-W-3Konsultacje z prowadzącym15
A-W-4Zaliczenie pisemne treści wykładowych2
A-W-5Studiowanie literatury13
60

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_W01
W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
BTinz_2A_W08, BTinz_2A_W07C-1, C-3, C-2T-A-1, T-A-2, T-A-5, T-A-3, T-A-4, T-L-3, T-L-4, T-L-2, T-L-5, T-L-1, T-W-6, T-W-1, T-W-2, T-W-8, T-W-3, T-W-4, T-W-7, T-W-5M-1, M-2, M-3S-1, S-2
BT_2A_BTZ-S-C5_W02
Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
BTinz_2A_W07C-1, C-3, C-2T-A-1, T-A-2, T-A-5, T-A-3, T-A-4, T-L-3, T-L-4, T-L-2, T-L-5, T-L-1, T-W-6, T-W-1, T-W-2, T-W-8, T-W-3, T-W-4, T-W-7, T-W-5M-1, M-2, M-3S-1, S-2

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_U01
Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
BTinz_2A_U06C-1, C-2T-W-2, T-W-3, T-W-4M-1, M-2, M-3S-1
BT_2A_BTZ-S-C5_U02
Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
BTinz_2A_U06, BTinz_2A_U08C-1, C-3, C-2T-A-1, T-A-2, T-A-5, T-A-3, T-A-4, T-L-3, T-L-4, T-L-2, T-L-5, T-L-1, T-W-6, T-W-8, T-W-7, T-W-5M-2, M-3S-1

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_K01
Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
BTinz_2A_K05C-1, C-3, C-2T-A-1, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4M-3S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_W01
W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu sekwencji genomowych
3,0W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat poznawania projektów genomów różnych gatunków
4,0Student samodzielnie potrafi definiować i objaśniać zagdanienia związane z projektami gonomowymi
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu poznawania genomów różnych gatunków.
5,0Student obok ugruntowanej wiedzy potrafi argumentować dobór określonych metod używanych w projektach genomowych
BT_2A_BTZ-S-C5_W02
Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów
3,0Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu
4,0Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych
5,0Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_U01
Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
2,0
3,0Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_BTZ-S-C5_U02
Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
2,0
3,0Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_K01
Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
2,0
3,0Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2009
  2. Słomski R., Analiza DNA Teoria i praktyka, Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, Poznań, 2011

Literatura dodatkowa

  1. Charon K.M., Świtoński M., Genetyka i genomika zwierząt, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze.2
T-A-2Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów.2
T-A-3Markery oparte na retrotranspozonach1
T-A-4Analzia sprzężeń i asocjacyjna całych genomów.1
T-A-5Projekty analiz genomowych1
T-A-6Analiza transkryptomów z wykorzystaniem technik mikromacierzowych.4
T-A-7Analiza transkryptomów z wykorzystaniem techniki RNA-seq.4
15

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego3
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.3
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA3
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.3
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.3
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami1
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów.2
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie.2
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów.2
T-W-5Mapowanie fizyczne i genetyczne.2
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje2
T-W-7Potranskrypcyjne modyfikacje RNA2
T-W-8Mikromacierze ekspresyjne. Analiza porównawcza transkryptomów.2
15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-A-2Konsultacje5
A-A-3Przygotowanie do zaliczenia8
A-A-4Zaliczenie treści programowych2
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1uczestnictwo w zajęciach15
A-L-2Studiowanie podanej lteratury5
A-L-3Konsultacje4
A-L-4Przygotowanie do zaliczenia4
A-L-5Zaliczenie materiału2
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2Samodzielne przygotowanie się do zaliczenia wykładów15
A-W-3Konsultacje z prowadzącym15
A-W-4Zaliczenie pisemne treści wykładowych2
A-W-5Studiowanie literatury13
60
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTZ-S-C5_W01W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTinz_2A_W08posiada znajomość zaawansowanych metod laboratoryjnych, technik i narzędzi inżynierskich pozwalających na wykonywanie technicznych zadań dostosowanych do kierunku biotechnologia
BTinz_2A_W07wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-A-1Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze.
T-A-2Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów.
T-A-5Projekty analiz genomowych
T-A-3Markery oparte na retrotranspozonach
T-A-4Analzia sprzężeń i asocjacyjna całych genomów.
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów.
T-W-8Mikromacierze ekspresyjne. Analiza porównawcza transkryptomów.
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie.
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów.
T-W-7Potranskrypcyjne modyfikacje RNA
T-W-5Mapowanie fizyczne i genetyczne.
Metody nauczaniaM-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu sekwencji genomowych
3,0W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat poznawania projektów genomów różnych gatunków
4,0Student samodzielnie potrafi definiować i objaśniać zagdanienia związane z projektami gonomowymi
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu poznawania genomów różnych gatunków.
5,0Student obok ugruntowanej wiedzy potrafi argumentować dobór określonych metod używanych w projektach genomowych
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTZ-S-C5_W02Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTinz_2A_W07wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-A-1Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze.
T-A-2Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów.
T-A-5Projekty analiz genomowych
T-A-3Markery oparte na retrotranspozonach
T-A-4Analzia sprzężeń i asocjacyjna całych genomów.
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów.
T-W-8Mikromacierze ekspresyjne. Analiza porównawcza transkryptomów.
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie.
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów.
T-W-7Potranskrypcyjne modyfikacje RNA
T-W-5Mapowanie fizyczne i genetyczne.
Metody nauczaniaM-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów
3,0Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu
4,0Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych
5,0Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTZ-S-C5_U01Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTinz_2A_U06dokonuje wszechstronnej analizy molekularnych podstaw ewolucji, a także czynników oddziałujących na funkcjonowanie genomu oraz transkryptomu; analizuje czynniki wpływające na zmienność organizmu
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów.
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie.
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów.
Metody nauczaniaM-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTZ-S-C5_U02Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTinz_2A_U06dokonuje wszechstronnej analizy molekularnych podstaw ewolucji, a także czynników oddziałujących na funkcjonowanie genomu oraz transkryptomu; analizuje czynniki wpływające na zmienność organizmu
BTinz_2A_U08dobiera i stosuje zaawansowane techniki i narzędzia badawcze wykorzystywane w biotechnologii
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-A-1Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze.
T-A-2Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów.
T-A-5Projekty analiz genomowych
T-A-3Markery oparte na retrotranspozonach
T-A-4Analzia sprzężeń i asocjacyjna całych genomów.
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje
T-W-8Mikromacierze ekspresyjne. Analiza porównawcza transkryptomów.
T-W-7Potranskrypcyjne modyfikacje RNA
T-W-5Mapowanie fizyczne i genetyczne.
Metody nauczaniaM-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTZ-S-C5_K01Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTinz_2A_K05wykazuje zdyscyplinowanie w pracy indywidualnej; chętnie uczestniczy w pracy grupowej; potrafi kreatywnie planować i realizować działania własne i zespołowe
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-A-1Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze.
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów.
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie.
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów.
Metody nauczaniaM-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
3,5
4,0
4,5
5,0