Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
specjalność: Nanobioinżynieria
Sylabus przedmiotu Spektrometria mas:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biotechnologia | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
| Obszary studiów | nauki rolnicze, leśne i weterynaryjne, studia inżynierskie | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Spektrometria mas | ||
| Specjalność | Nanobioinżynieria | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Fizjologii, Cytobiologii i Proteomiki | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Małgorzata Ożgo <Malgorzata.Ozgo@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | Agnieszka Herosimczyk <Agnieszka.Herosimczyk@zut.edu.pl>, Adam Lepczyński <Adam.Lepczynski@zut.edu.pl> | ||
| ECTS (planowane) | 3,0 | ECTS (formy) | 3,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
| Blok obieralny | 2 | Grupa obieralna | 2 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Podstawowe zagadnienia z zakresu biochemiii |
| W-2 | Podstawowe zagadnienia z zakresu biologii komórki |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Przekazanie studentom wiedzy z zakresu spoektrometrii mas i jej zastosowaniu w badaniu czynności organizmów. |
| C-2 | Przekazanie wiedzy dotyczacej podstawowych technik analitycznych wykorzystywanych w badaniach spektrometrii mas. |
| C-3 | Głównym celem prowadzonych zajeć jest przekazanie studentom wiedzy z zakresu spektrometrii mas i jej zastosowania w badaniu czynności organizmów. |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| laboratoria | ||
| T-L-1 | Przygotowanie białek rozdzielonych na żelu poliakrylamidowym do analizy za pomocą spektrometrii mas. | 2 |
| T-L-2 | Zapoznanie się z analizą peptydów i białek techniką MALDI-TOF. Przygotowa-nie matrycy z użyciem kwasu α-cyjano – 4 hydroksycynamonowego (CHCA) | 3 |
| T-L-3 | Nakładanie próbek na płytkę spektrometru masowego MALDI (peptydy i białka w matrycy CHCA) | 2 |
| T-L-4 | Podstawy interpretacji widm masowych. Wpływ zdolności rozdzielczej spek-trometru na wygląd widma. Rejestracja widm peptydów w trybie liniowym i z odbiciem. Rejestracja widma białka w trybie liniowym. Kalibracja widm maso-wych. | 4 |
| T-L-5 | Bioinformatyczne narzędzia identyfikacji białek. Identyfikacja wybranego biał-ka na podstawie jego mapy peptydowej uzyskanej w wyniku trawienia trypsy-ną. | 4 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | 1.Spektrometria mas-co i jak możemy zmierzyć? Historia spektrometrii mas. Do czego służy spektrometria mas? Zalety spektrometrii mas w porównaniu z innymi technikami. | 3 |
| T-W-2 | Budowa spektrometru masowego. Metody jonizacji stosowane w spektrometrii mas. Zakresy zastosowań metod jonizacji stosowanych w spektrometrii mas. Przykłady widm masowych i ich interpretacja. Desorpcja/jonizacja laserowa wspomagana matrycą (MALDI). MALDI w analizie i identyfikacji białek. MALDI a fragmentacja. MALDI a sekwencjonowanie białek. | 3 |
| T-W-3 | Analizatory masy jonów stosowane w spektrometrii mas: TOF oraz TOF/TOF. Detektory w spektrometrii mas. | 3 |
| T-W-4 | Biblioteki widm masowych. Identyfikacja związków organicznych wykorzystaniem komputerowych bibliotek widm masowych. | 3 |
| T-W-5 | Podstawowe wady i zalety technik różnych w spektrometrii mas. Tandemowa spektrometria mas. Proces fragmentacji w spektrometrii mas. Przykłady zasto-sowań spektrometrii mas. Bioinformatyczne narzędzia identyfikacji białek. | 3 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| laboratoria | ||
| A-L-1 | Uczestnictwo w zajęciach. | 15 |
| A-L-2 | Przygotowanie pisemnego sprawozdania z przeprowadzonych ćwiczeń | 5 |
| A-L-3 | Samodzielne studiowanie literatury. | 15 |
| A-L-4 | Samodzielne studiowanie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych. | 10 |
| 45 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Uczestnictwo w zajęciach | 15 |
| A-W-2 | Samodzielne przygotowanie się do wykładów | 30 |
| 45 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami |
| M-2 | Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora |
| M-3 | Praca w grupach |
| M-4 | Sprawoazdanie z wykonanych ćwiczeń |
| M-5 | Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne |
| M-6 | Wyjaśnienie przygotowania ćwiczeń praktycznych dotyczących spektrometrii mas |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne |
| S-2 | Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczeń. |
| S-3 | Ocena podsumowująca: Ocena sprawozdań z wykonanych ćwiczeń laboratoryjnych. |
| S-4 | Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie tematyki wykładów. |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BTna_2A_NB2-S-O2.3_W01 W wyniku przeprowadzonych zajęć student objaśnia zasadę działania spektrometru masowego typu Maldi Tof oraz rozróznia inne spektrometry z zastosowaniem róznych technologii jonizacji. | BTna_2A_W08 | — | — | C-1 | T-W-2, T-W-3 | M-5, M-1 | S-4 |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BTna_2A_NB2-S-O2.3_U01 W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć obsugiwać spektrometr masowy typu Maldi Tof oraz analizować uzyskane widma masowe. | BTna_2A_U02, BTna_2A_U05 | — | — | C-2 | T-W-5, T-W-2, T-W-4, T-W-1 | M-6, M-5, M-4 | S-3 |
Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BTna_2A_NB2-S-O2.3_K01 Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście. | BTna_2A_K07 | — | — | C-1, C-2, C-3 | T-W-1, T-W-5 | M-6, M-4, M-5, M-2, M-3, M-1 | S-3 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BTna_2A_NB2-S-O2.3_W01 W wyniku przeprowadzonych zajęć student objaśnia zasadę działania spektrometru masowego typu Maldi Tof oraz rozróznia inne spektrometry z zastosowaniem róznych technologii jonizacji. | 2,0 | |
| 3,0 | w zakresie wiedzy opanował podstawowy materiał programowy - w zakresie opanowania wiedzy przyswoił zasadnicze treści programowe - w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje średnie zainteresowanie - w zakresie wyrażania wiedzy popełnia wiele błędów | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BTna_2A_NB2-S-O2.3_U01 W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć obsugiwać spektrometr masowy typu Maldi Tof oraz analizować uzyskane widma masowe. | 2,0 | |
| 3,0 | Student: radzi sobie, z dużą pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BTna_2A_NB2-S-O2.3_K01 Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście. | 2,0 | |
| 3,0 | Student wykazuje w stopniu podstawowym zorientowanie w możliwości wykorzystania badań proteomicznych w szeroko rozumianej fizjjologii i aptofizjologii. Wykazuje aktywną postawę podczas pracy w grupie. | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- Skrzypczak W.F., Proteomika. Wybrane zagadnienia., Zapol, Szczecin, 2011
- Suder P., Silberring J., Spektrometria mas, Uniwerytet Jagielloński, Kraków, 2006
- Kraj A., Drabik A., Silberring J., Proteomika i metabolomika, Umiwersytet Warszawski, Warszawa, 2010
Literatura dodatkowa
- Kraj A., Silberring J., Proteomika, EJB, Kraków, 2004