Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
Sylabus przedmiotu In silico analysis of nucleotide sequence:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biotechnologia | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
| Obszary studiów | nauki rolnicze, leśne i weterynaryjne, studia inżynierskie | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | In silico analysis of nucleotide sequence | ||
| Specjalność | Biotechnology in animal production and environmental protection | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | |||
| ECTS (planowane) | 3,0 | ECTS (formy) | 3,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | angielski |
| Blok obieralny | 6 | Grupa obieralna | 1 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Ogólna wiedza z realizowanych na I stopniu studiów przedmiotów: biologia molekularna, genetyka ogólna. |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Student pozna typy sekwencji nukleotydowych oraz metody ich analizy. |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Gene prediction programs in eukaryota. | 4 |
| T-A-2 | Bacterial Promoters and Operons. | 2 |
| T-A-3 | Promoters/functional motifs. | 2 |
| T-A-4 | RNA structures analyses. | 2 |
| T-A-5 | Gene Finding in Viral Genomes | 2 |
| T-A-6 | Alignments sequences and genomes | 3 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters. | 4 |
| T-W-2 | Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding. | 2 |
| T-W-3 | RNA classes. | 2 |
| T-W-4 | Viral Genomes. | 2 |
| T-W-5 | Sequence alignments. | 3 |
| T-W-6 | RNA-Seq in transcriptomics. | 2 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | Uczestniczenie w ćwiczeniach | 15 |
| A-A-2 | Konsultacje z prowadzącym ćwiczenia | 4 |
| A-A-3 | Przygotowanie wraz z zespołem pod kontrolą prowadzacego ćwiczenia prezentacji i jej omówenia | 7 |
| A-A-4 | Studiowanie literatury omawiajacej zagadnienia związane z tematem bieżących ćwiczeń | 6 |
| A-A-5 | Przygotowanie do pisemnego zaliczenia całości materiału objętego programem ćwiczeń | 11 |
| A-A-6 | Pisemne zaliczenie materiału objętego programem ćwiczeń | 2 |
| 45 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Uczestnictwo w wykladach | 15 |
| A-W-2 | Konsultacje z prowadzącym wykłady | 5 |
| A-W-3 | Studiowanie literatury omawiajacej tematykę bieżących wykładów | 8 |
| A-W-4 | Przygotowanie do pisemnego zaliczenia materiału objętego programem wykładów | 15 |
| A-W-5 | Pisemne zaliczenie materiału objętego programem wykładów | 2 |
| 45 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Wykład informacyjny omawiajacy zagadnienia teoretyczne |
| M-2 | Prezentacja multmedialna z wykorzystaniem komputera i projektora |
| M-3 | konsultacje z prowadzącymi wykłady i ćwiczenia |
| M-4 | Dyskusja dydaktyczna i problemowa |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena formująca: Ocena przygotowania studenta i jego aktywności na każdych ćwiczeniach |
| S-2 | Ocena formująca: Ocena prezentacji przgotowanej z zespołem oraz udziału studenta w jej omówieniu |
| S-3 | Ocena podsumowująca: Ocena z końcowego, pisemnego zaliczenia całości materiału objętego programem wykładów. |
| S-4 | Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena zaliczenia cwiczeń, na którą składają się oceny z: aktywności studenta, prezentacji i zaliczenia końcowego materiału objętego programem ćwiczeń |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O6.2_W01 Student zna typy sekwencji nukleotydowych oraz narzędzia bioinformatyczne do ich analizy | BTap_2A_W07 | — | — | C-1 | T-A-3, T-W-6, T-W-2, T-A-4, T-A-2, T-A-6, T-W-4, T-W-5, T-A-1, T-A-5, T-W-1, T-W-3 | M-4, M-2, M-3, M-1 | S-3, S-4, S-1, S-2 |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O6.2_U01 Student potrafi wykorzystać wybrane programy komputerowe do analizy sekwencji nukleotydowych | BTap_2A_U06 | — | — | C-1 | T-A-5, T-A-3, T-A-4, T-A-6, T-A-1, T-A-2 | M-4, M-3, M-2 | S-2 |
Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O6.2_K01 Jest świadomy obecności zmienności sekwencji nukleotydowych oraz istnienia narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych w analizie in silico. | BTap_2A_K02 | — | — | C-1 | T-W-4, T-A-6, T-A-3, T-A-5, T-W-3, T-W-5, T-W-2, T-A-1, T-A-2, T-W-6, T-A-4, T-W-1 | M-2, M-4, M-3, M-1 | S-2, S-3 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O6.2_W01 Student zna typy sekwencji nukleotydowych oraz narzędzia bioinformatyczne do ich analizy | 2,0 | |
| 3,0 | W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien jest w stanie ogólnie definiować typy sekwencji nukleotydowych oraz dobierać narzędzia bioinformatyczne do analizy | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O6.2_U01 Student potrafi wykorzystać wybrane programy komputerowe do analizy sekwencji nukleotydowych | 2,0 | |
| 3,0 | W wyniku przeprowadzonych zajęć student umie opisać (ogólnie) typy sekwencji nukleotydowych oraz potrafi wskazać wybrane programy bioinformatyczne do wykonania analizy in silico | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O6.2_K01 Jest świadomy obecności zmienności sekwencji nukleotydowych oraz istnienia narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych w analizie in silico. | 2,0 | |
| 3,0 | W wyniku przeprowadzonych zajęć student wykazuje postawę aktywną i jest chętny do zastosowania narzędzi bioinformatycznych do świadomej analizy sekwencji nukleotydowych ze wskazaniem ich cech w oparciu o zdobytą wiedzę teoretyczną | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- http://www.softberry.com, 2018, http://www.softberry.com
- Zależnie od artykułu, Wybrane artykuły naukowe, 2016, wony dostęp internetowy
- Zależnie od artykułu, Artykuły przegladowe, 2017, Wolny dostęp internetowy