Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
specjalność: Biotechnology in animal production and environmental protection

Sylabus przedmiotu In silico analysis of nucleotide sequence:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów nauki rolnicze, leśne i weterynaryjne, studia inżynierskie
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot In silico analysis of nucleotide sequence
Specjalność Biotechnology in animal production and environmental protection
Jednostka prowadząca Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających
Nauczyciel odpowiedzialny Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język angielski
Blok obieralny 6 Grupa obieralna 1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA2 15 1,50,41zaliczenie
wykładyW2 15 1,50,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Ogólna wiedza z realizowanych na I stopniu studiów przedmiotów: biologia molekularna, genetyka ogólna.

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Student pozna typy sekwencji nukleotydowych oraz metody ich analizy.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Gene prediction programs in eukaryota.4
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.2
T-A-3Promoters/functional motifs.2
T-A-4RNA structures analyses.2
T-A-5Gene Finding in Viral Genomes2
T-A-6Alignments sequences and genomes3
15
wykłady
T-W-1Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters.4
T-W-2Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding.2
T-W-3RNA classes.2
T-W-4Viral Genomes.2
T-W-5Sequence alignments.3
T-W-6RNA-Seq in transcriptomics.2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Uczestniczenie w ćwiczeniach15
A-A-2Konsultacje z prowadzącym ćwiczenia4
A-A-3Przygotowanie wraz z zespołem pod kontrolą prowadzacego ćwiczenia prezentacji i jej omówenia7
A-A-4Studiowanie literatury omawiajacej zagadnienia związane z tematem bieżących ćwiczeń6
A-A-5Przygotowanie do pisemnego zaliczenia całości materiału objętego programem ćwiczeń11
A-A-6Pisemne zaliczenie materiału objętego programem ćwiczeń2
45
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w wykladach15
A-W-2Konsultacje z prowadzącym wykłady5
A-W-3Studiowanie literatury omawiajacej tematykę bieżących wykładów8
A-W-4Przygotowanie do pisemnego zaliczenia materiału objętego programem wykładów15
A-W-5Pisemne zaliczenie materiału objętego programem wykładów2
45

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny omawiajacy zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacja multmedialna z wykorzystaniem komputera i projektora
M-3konsultacje z prowadzącymi wykłady i ćwiczenia
M-4Dyskusja dydaktyczna i problemowa

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena przygotowania studenta i jego aktywności na każdych ćwiczeniach
S-2Ocena formująca: Ocena prezentacji przgotowanej z zespołem oraz udziału studenta w jej omówieniu
S-3Ocena podsumowująca: Ocena z końcowego, pisemnego zaliczenia całości materiału objętego programem wykładów.
S-4Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena zaliczenia cwiczeń, na którą składają się oceny z: aktywności studenta, prezentacji i zaliczenia końcowego materiału objętego programem ćwiczeń

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_W01
Student zna typy sekwencji nukleotydowych oraz narzędzia bioinformatyczne do ich analizy
BTap_2A_W07C-1T-A-3, T-W-6, T-W-2, T-A-4, T-A-2, T-A-6, T-W-4, T-W-5, T-A-1, T-A-5, T-W-1, T-W-3M-4, M-2, M-3, M-1S-3, S-4, S-1, S-2

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_U01
Student potrafi wykorzystać wybrane programy komputerowe do analizy sekwencji nukleotydowych
BTap_2A_U06C-1T-A-5, T-A-3, T-A-4, T-A-6, T-A-1, T-A-2M-4, M-3, M-2S-2

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_K01
Jest świadomy obecności zmienności sekwencji nukleotydowych oraz istnienia narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych w analizie in silico.
BTap_2A_K02C-1T-W-4, T-A-6, T-A-3, T-A-5, T-W-3, T-W-5, T-W-2, T-A-1, T-A-2, T-W-6, T-A-4, T-W-1M-2, M-4, M-3, M-1S-2, S-3

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_W01
Student zna typy sekwencji nukleotydowych oraz narzędzia bioinformatyczne do ich analizy
2,0
3,0W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien jest w stanie ogólnie definiować typy sekwencji nukleotydowych oraz dobierać narzędzia bioinformatyczne do analizy
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_U01
Student potrafi wykorzystać wybrane programy komputerowe do analizy sekwencji nukleotydowych
2,0
3,0W wyniku przeprowadzonych zajęć student umie opisać (ogólnie) typy sekwencji nukleotydowych oraz potrafi wskazać wybrane programy bioinformatyczne do wykonania analizy in silico
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-A-O6.2_K01
Jest świadomy obecności zmienności sekwencji nukleotydowych oraz istnienia narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych w analizie in silico.
2,0
3,0W wyniku przeprowadzonych zajęć student wykazuje postawę aktywną i jest chętny do zastosowania narzędzi bioinformatycznych do świadomej analizy sekwencji nukleotydowych ze wskazaniem ich cech w oparciu o zdobytą wiedzę teoretyczną
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. http://www.softberry.com, 2018, http://www.softberry.com
  2. Zależnie od artykułu, Wybrane artykuły naukowe, 2016, wony dostęp internetowy
  3. Zależnie od artykułu, Artykuły przegladowe, 2017, Wolny dostęp internetowy

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Gene prediction programs in eukaryota.4
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.2
T-A-3Promoters/functional motifs.2
T-A-4RNA structures analyses.2
T-A-5Gene Finding in Viral Genomes2
T-A-6Alignments sequences and genomes3
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters.4
T-W-2Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding.2
T-W-3RNA classes.2
T-W-4Viral Genomes.2
T-W-5Sequence alignments.3
T-W-6RNA-Seq in transcriptomics.2
15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Uczestniczenie w ćwiczeniach15
A-A-2Konsultacje z prowadzącym ćwiczenia4
A-A-3Przygotowanie wraz z zespołem pod kontrolą prowadzacego ćwiczenia prezentacji i jej omówenia7
A-A-4Studiowanie literatury omawiajacej zagadnienia związane z tematem bieżących ćwiczeń6
A-A-5Przygotowanie do pisemnego zaliczenia całości materiału objętego programem ćwiczeń11
A-A-6Pisemne zaliczenie materiału objętego programem ćwiczeń2
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w wykladach15
A-W-2Konsultacje z prowadzącym wykłady5
A-W-3Studiowanie literatury omawiajacej tematykę bieżących wykładów8
A-W-4Przygotowanie do pisemnego zaliczenia materiału objętego programem wykładów15
A-W-5Pisemne zaliczenie materiału objętego programem wykładów2
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-A-O6.2_W01Student zna typy sekwencji nukleotydowych oraz narzędzia bioinformatyczne do ich analizy
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_W07wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Cel przedmiotuC-1Student pozna typy sekwencji nukleotydowych oraz metody ich analizy.
Treści programoweT-A-3Promoters/functional motifs.
T-W-6RNA-Seq in transcriptomics.
T-W-2Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding.
T-A-4RNA structures analyses.
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.
T-A-6Alignments sequences and genomes
T-W-4Viral Genomes.
T-W-5Sequence alignments.
T-A-1Gene prediction programs in eukaryota.
T-A-5Gene Finding in Viral Genomes
T-W-1Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters.
T-W-3RNA classes.
Metody nauczaniaM-4Dyskusja dydaktyczna i problemowa
M-2Prezentacja multmedialna z wykorzystaniem komputera i projektora
M-3konsultacje z prowadzącymi wykłady i ćwiczenia
M-1Wykład informacyjny omawiajacy zagadnienia teoretyczne
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Ocena z końcowego, pisemnego zaliczenia całości materiału objętego programem wykładów.
S-4Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena zaliczenia cwiczeń, na którą składają się oceny z: aktywności studenta, prezentacji i zaliczenia końcowego materiału objętego programem ćwiczeń
S-1Ocena formująca: Ocena przygotowania studenta i jego aktywności na każdych ćwiczeniach
S-2Ocena formująca: Ocena prezentacji przgotowanej z zespołem oraz udziału studenta w jej omówieniu
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien jest w stanie ogólnie definiować typy sekwencji nukleotydowych oraz dobierać narzędzia bioinformatyczne do analizy
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-A-O6.2_U01Student potrafi wykorzystać wybrane programy komputerowe do analizy sekwencji nukleotydowych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_U06dokonuje wszechstronnej analizy molekularnych podstaw ewolucji, a także czynników oddziałujących na funkcjonowanie genomu oraz transkryptomu; analizuje czynniki wpływające na zmienność organizmu
Cel przedmiotuC-1Student pozna typy sekwencji nukleotydowych oraz metody ich analizy.
Treści programoweT-A-5Gene Finding in Viral Genomes
T-A-3Promoters/functional motifs.
T-A-4RNA structures analyses.
T-A-6Alignments sequences and genomes
T-A-1Gene prediction programs in eukaryota.
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.
Metody nauczaniaM-4Dyskusja dydaktyczna i problemowa
M-3konsultacje z prowadzącymi wykłady i ćwiczenia
M-2Prezentacja multmedialna z wykorzystaniem komputera i projektora
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Ocena prezentacji przgotowanej z zespołem oraz udziału studenta w jej omówieniu
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0W wyniku przeprowadzonych zajęć student umie opisać (ogólnie) typy sekwencji nukleotydowych oraz potrafi wskazać wybrane programy bioinformatyczne do wykonania analizy in silico
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-A-O6.2_K01Jest świadomy obecności zmienności sekwencji nukleotydowych oraz istnienia narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych w analizie in silico.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTap_2A_K02wykazuje zrozumienie procesów biotechnologicznych wykorzystywanych w różnych obszarach działalności człowieka; interpretuje i opisuje te procesy wykorzystując podejście naukowe
Cel przedmiotuC-1Student pozna typy sekwencji nukleotydowych oraz metody ich analizy.
Treści programoweT-W-4Viral Genomes.
T-A-6Alignments sequences and genomes
T-A-3Promoters/functional motifs.
T-A-5Gene Finding in Viral Genomes
T-W-3RNA classes.
T-W-5Sequence alignments.
T-W-2Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding.
T-A-1Gene prediction programs in eukaryota.
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.
T-W-6RNA-Seq in transcriptomics.
T-A-4RNA structures analyses.
T-W-1Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters.
Metody nauczaniaM-2Prezentacja multmedialna z wykorzystaniem komputera i projektora
M-4Dyskusja dydaktyczna i problemowa
M-3konsultacje z prowadzącymi wykłady i ćwiczenia
M-1Wykład informacyjny omawiajacy zagadnienia teoretyczne
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Ocena prezentacji przgotowanej z zespołem oraz udziału studenta w jej omówieniu
S-3Ocena podsumowująca: Ocena z końcowego, pisemnego zaliczenia całości materiału objętego programem wykładów.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0W wyniku przeprowadzonych zajęć student wykazuje postawę aktywną i jest chętny do zastosowania narzędzi bioinformatycznych do świadomej analizy sekwencji nukleotydowych ze wskazaniem ich cech w oparciu o zdobytą wiedzę teoretyczną
3,5
4,0
4,5
5,0