ZUT - Krajowe Ramy Kwalifikacji / Rok 2017/2018 / Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt / Biotechnologia (S1) / Sylabus przedmiotu

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S1)

Sylabus przedmiotu Biologiczne bazy danych:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów	Biotechnologia
Forma studiów	studia stacjonarne	Poziom	pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta	inżynier
Obszary studiów	nauk rolniczych, leśnych i weterynaryjnych, studiów inżynierskich
Profil	ogólnoakademicki
Moduł	—
Przedmiot	Biologiczne bazy danych
Specjalność	przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca	Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających
Nauczyciel odpowiedzialny	Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele	Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
ECTS (planowane)	3,0	ECTS (formy)	3,0
Forma zaliczenia	zaliczenie	Język	polski
Blok obieralny	10	Grupa obieralna	1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktyczna	KOD	Semestr	Godziny	ECTS	Waga	Zaliczenie
wykłady	W	4	10	1,0	0,59	zaliczenie
laboratoria	L	4	20	2,0	0,41	zaliczenie

Wymagania wstępne

KOD	Wymaganie wstępne
W-1	Wiedza z zakresu biologii na poziomie szkoły średniej.
W-2	Wiedza z zakresu informatyki na poziomie szkoły średniej.

Cele przedmiotu

KOD	Cel modułu/przedmiotu
C-1	Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
C-2	Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KOD	Treść programowa	Godziny
laboratoria
T-L-1	Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).	2
T-L-2	Przeszukiwanie biologicznych baz danych.	4
T-L-3	Struktura rekordów (GenBank, UniProt).	4
T-L-4	Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).	4
T-L-5	Analiza sekwencji nukleotydowych.	2
T-L-6	Analiza danych mikromacierzowych.	2
T-L-7	Analiza profili proteomicznych.	2
		20
wykłady
T-W-1	Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.	2
T-W-2	Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.	1
T-W-3	Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).	2
T-W-4	Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.	1
T-W-5	Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).	1
T-W-6	Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.	2
T-W-7	Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.	1
		10

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KOD	Forma aktywności	Godziny
laboratoria
A-L-1	Uczestnictwo w ćwiczeniach.	20
A-L-2	Przygotowanie projektów.	20
A-L-3	Przygotowanie się do zaliczenia treści ćwiczeń.	20
		60
wykłady
A-W-1	Uczestnictwo w wykładach.	15
A-W-2	Samodzielna eksploracja wskazanych baz danych.	5
A-W-3	Przygotowanie się do zaliczenia wykładów.	10
		30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KOD	Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1	Wykład informacyjny.
M-2	Opis.
M-3	Objaśnienie lub wyjaśnienie.

Sposoby oceny

KOD	Sposób oceny
S-1	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
S-2	Ocena podsumowująca: Projekt.
S-3	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_W01 Wymienia typy biologicznych baz danych.	BT_1A_W09, BT_1A_W21	R1A_W01, R1A_W03, R1A_W06, R1A_W09	—	C-1	T-W-1, T-W-3, T-W-4, T-W-6, T-W-5, T-W-7	M-3, M-2, M-1	S-3, S-1
BT_1A_BT-S-O12.3_W02 Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych.	BT_1A_W21	R1A_W01, R1A_W09	—	C-2	T-L-1, T-L-5, T-L-4, T-L-3, T-L-2, T-L-7, T-L-6, T-W-2	M-3, M-2, M-1	S-2, S-3, S-1

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_U01 Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji.	BT_1A_U13	R1A_U01, R1A_U03, R1A_U04	InzA_U01, InzA_U02, InzA_U03	C-2, C-1	T-L-1, T-L-5, T-L-4, T-L-3, T-L-2, T-L-7, T-L-6, T-W-2, T-W-1, T-W-3, T-W-4, T-W-6, T-W-5, T-W-7	M-3, M-2, M-1	S-2, S-1

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_K01 Ma świadomość istnienia baz danych gromadzących informacje biologiczną.	BT_1A_K05	R1A_K01, R1A_K07, R1A_K08	InzA_K02	C-2, C-1	T-L-1, T-L-5, T-L-4, T-L-3, T-L-2, T-L-7, T-L-6, T-W-2, T-W-1, T-W-3, T-W-4, T-W-6, T-W-5, T-W-7	M-3, M-2, M-1	S-2, S-3, S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_W01 Wymienia typy biologicznych baz danych.	2,0
	3,0	Student poprawnie wykorzystuje i korzysta z zasobów niektórych biologicznych baz danych
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0
BT_1A_BT-S-O12.3_W02 Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych.	2,0
	3,0	Student poprawnie definiuje strukturę rekordów najważniejszych biologicznych baz danych
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_U01 Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji.	2,0
	3,0	Student wykorzystuje najważniejsze biologiczne bazy danych do pozyskiwania informacji
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Literatura podstawowa

Teresa Attwood, Paul G. Higgs, Bioinformatyka i ewolucja molekularna., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2011
Jo McEntyre, Jim Ostell, The NCBI Handbook, National Center for Biotechnology Information (US); 2002-., Bethesda (MD), 2010, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21101/

Literatura dodatkowa

Terry A. Brown., Genomy., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012

Treści programowe - laboratoria

KOD	Treść programowa	Godziny
T-L-1	Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).	2
T-L-2	Przeszukiwanie biologicznych baz danych.	4
T-L-3	Struktura rekordów (GenBank, UniProt).	4
T-L-4	Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).	4
T-L-5	Analiza sekwencji nukleotydowych.	2
T-L-6	Analiza danych mikromacierzowych.	2
T-L-7	Analiza profili proteomicznych.	2
		20

Treści programowe - wykłady

KOD	Treść programowa	Godziny
T-W-1	Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.	2
T-W-2	Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.	1
T-W-3	Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).	2
T-W-4	Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.	1
T-W-5	Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).	1
T-W-6	Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.	2
T-W-7	Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.	1
		10

Formy aktywności - laboratoria

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-L-1	Uczestnictwo w ćwiczeniach.	20
A-L-2	Przygotowanie projektów.	20
A-L-3	Przygotowanie się do zaliczenia treści ćwiczeń.	20
		60

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-W-1	Uczestnictwo w wykładach.	15
A-W-2	Samodzielna eksploracja wskazanych baz danych.	5
A-W-3	Przygotowanie się do zaliczenia wykładów.	10
		30

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BT_1A_BT-S-O12.3_W01	Wymienia typy biologicznych baz danych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BT_1A_W09	Ma ugruntowaną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BT_1A_W21	Ma podstawową wiedzę z zakresu informatyki, programów komputerowych oraz biologicznych baz danych wykorzystywanych w biotechnologii.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	R1A_W01	ma podstawową wiedzę z zakresu biologii, chemii, matematyki, fizyki i nauk pokrewnych dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
	R1A_W03	ma ogólną wiedzę na temat biosfery, chemicznych i fizycznych procesów w niej zachodzących, właściwości surowców roślinnych i zwierzęcych, podstaw techniki i kształtowania środowiska dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
	R1A_W06	ma wiedzę o roli i znaczeniu środowiska przyrodniczego i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej oraz jego zagrożeniach
	R1A_W09	zna ogólne zasady tworzenia i rozwoju form indywidualnej przedsiębiorczości, wykorzystującej wiedzę z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotu	C-1	Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
Treści programowe	T-W-1	Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.
	T-W-3	Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).
	T-W-4	Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.
	T-W-6	Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.
	T-W-5	Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).
	T-W-7	Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.
Metody nauczania	M-3	Objaśnienie lub wyjaśnienie.
	M-2	Opis.
	M-1	Wykład informacyjny.
Sposób oceny	S-3	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.
Sposób oceny	S-1	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	Student poprawnie wykorzystuje i korzysta z zasobów niektórych biologicznych baz danych
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BT_1A_BT-S-O12.3_W02	Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BT_1A_W21	Ma podstawową wiedzę z zakresu informatyki, programów komputerowych oraz biologicznych baz danych wykorzystywanych w biotechnologii.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	R1A_W01	ma podstawową wiedzę z zakresu biologii, chemii, matematyki, fizyki i nauk pokrewnych dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
	R1A_W09	zna ogólne zasady tworzenia i rozwoju form indywidualnej przedsiębiorczości, wykorzystującej wiedzę z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotu	C-2	Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.
Treści programowe	T-L-1	Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).
	T-L-5	Analiza sekwencji nukleotydowych.
	T-L-4	Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).
	T-L-3	Struktura rekordów (GenBank, UniProt).
	T-L-2	Przeszukiwanie biologicznych baz danych.
	T-L-7	Analiza profili proteomicznych.
	T-L-6	Analiza danych mikromacierzowych.
	T-W-2	Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.
Metody nauczania	M-3	Objaśnienie lub wyjaśnienie.
	M-2	Opis.
	M-1	Wykład informacyjny.
Sposób oceny	S-2	Ocena podsumowująca: Projekt.
	S-3	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.
	S-1	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	Student poprawnie definiuje strukturę rekordów najważniejszych biologicznych baz danych
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BT_1A_BT-S-O12.3_U01	Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BT_1A_U13	Wykorzystuje narzędzia informatyczne oraz biologiczne bazy danych w badaniach biotechnologicznych.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	R1A_U01	posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
	R1A_U03	stosuje podstawowe technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji z zakresu produkcji rolniczej i leśnej
	R1A_U04	wykonuje pod kierunkiem opiekuna naukowego proste zadanie badawcze lub projektowe dotyczące szeroko rozumianego rolnictwa, prawidłowo interpretuje rezultaty i wyciąga wnioski
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	InzA_U01	potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
	InzA_U02	potrafi wykorzystać do formułowania i rozwiązywania zadań inżynierskich metody analityczne, symulacyjne oraz eksperymentalne
	InzA_U03	potrafi - przy formułowaniu i rozwiązywaniu zadań inżynierskich - dostrzegać ich aspekty systemowe i pozatechniczne
Cel przedmiotu	C-2	Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.
Cel przedmiotu	C-1	Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
Treści programowe	T-L-1	Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).
	T-L-5	Analiza sekwencji nukleotydowych.
	T-L-4	Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).
	T-L-3	Struktura rekordów (GenBank, UniProt).
	T-L-2	Przeszukiwanie biologicznych baz danych.
	T-L-7	Analiza profili proteomicznych.
	T-L-6	Analiza danych mikromacierzowych.
	T-W-2	Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.
	T-W-1	Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.
	T-W-3	Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).
	T-W-4	Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.
	T-W-6	Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.
	T-W-5	Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).
	T-W-7	Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.
Metody nauczania	M-3	Objaśnienie lub wyjaśnienie.
	M-2	Opis.
	M-1	Wykład informacyjny.
Sposób oceny	S-2	Ocena podsumowująca: Projekt.
Sposób oceny	S-1	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	Student wykorzystuje najważniejsze biologiczne bazy danych do pozyskiwania informacji
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BT_1A_BT-S-O12.3_K01	Ma świadomość istnienia baz danych gromadzących informacje biologiczną.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BT_1A_K05	Wykazuje otwartość dla ogólnego i kierunkowego kształtowania i rozwijania własnej aktywności poznawczej w oparciu o różne źródła informacji naukowej; umie myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	R1A_K01	rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie
	R1A_K07	ma świadomość potrzeby dokształcania i samodoskonalenia w zakresie wykonywanego zawodu
	R1A_K08	potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	InzA_K02	potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotu	C-2	Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.
Cel przedmiotu	C-1	Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
Treści programowe	T-L-1	Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).
	T-L-5	Analiza sekwencji nukleotydowych.
	T-L-4	Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).
	T-L-3	Struktura rekordów (GenBank, UniProt).
	T-L-2	Przeszukiwanie biologicznych baz danych.
	T-L-7	Analiza profili proteomicznych.
	T-L-6	Analiza danych mikromacierzowych.
	T-W-2	Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.
	T-W-1	Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.
	T-W-3	Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).
	T-W-4	Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.
	T-W-6	Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.
	T-W-5	Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).
	T-W-7	Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.
Metody nauczania	M-3	Objaśnienie lub wyjaśnienie.
	M-2	Opis.
	M-1	Wykład informacyjny.
Sposób oceny	S-2	Ocena podsumowująca: Projekt.
	S-3	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.
	S-1	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.