Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (N2)
Sylabus przedmiotu Analiza sekwencji nukleotydowych in silico:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biotechnologia | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia niestacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
| Obszary studiów | nauki rolnicze, leśne i weterynaryjne, studia inżynierskie | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Analiza sekwencji nukleotydowych in silico | ||
| Specjalność | Biotechnologia w produkcji zwierzęcej i ochronie środowiska | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | Daniel Zaborski <Daniel.Zaborski@zut.edu.pl> | ||
| ECTS (planowane) | 3,0 | ECTS (formy) | 3,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
| Blok obieralny | 5 | Grupa obieralna | 1 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Podstawowa znajomość obsługi komputera osobistego z dostępem do Internetu. |
| W-2 | Znajomość zagadnień z zakresu biologii molekularnej. |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Zapoznanie z teoretycznym i praktycznym wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych w analizie sekwencji nukleotydowych. |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Wyszukiwanie rekordów w bazach sekwencji nukleotydowych - GenBank, EBI, DDBJ. | 1 |
| T-A-2 | Analiza struktury rekordów GenBank. Projektowanie starterów oligonukleotydowych. | 1 |
| T-A-3 | Analiza restrykcyjna i elektroforeza DNA in silico | 1 |
| T-A-4 | Znaczniki sekwencji ulegających ekspresji (EST) | 1 |
| T-A-5 | Programy do wyszukiwania potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych oraz regionów promotorowych. | 1 |
| T-A-6 | Analiza i projektowanie wektorów do klonownia molekularnego. SNP - projektowanie testów genetycznych (PCR-RFLP, ACRS-PCR). | 1 |
| T-A-7 | Porównywanie sekwencji nukleotydowych z wykorzystaniem programów dostępnych on-line (NCBI, EBI) | 1 |
| 7 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Organizacja genomu - typy sekwencji nukleotydowych. | 1 |
| T-W-2 | Bazy sekwencji nukleotydowych. GenBank - anatomia pliku. | 1 |
| T-W-3 | Znaczenie programów bioinformatycznych w biologii molekularnej. Możliwości wykorzystania poszczególnych programów w analizie materiału genetycznego in silico (projektowanie starterów, analiza restrykcyjna, projektowanie wektorów) | 2 |
| T-W-4 | Sekwencjonowanie DNA - analiza wyników. | 1 |
| T-W-5 | Analiza sekwencji genów - promotory, UTR, eksony, introny. | 1 |
| T-W-6 | Regiony międzygenowe. Analiza sekwencji mtDNA. | 1 |
| T-W-7 | Porównywanie sekwencji nukleotydowych. Ewolucja molekularna. | 1 |
| 8 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | Uczestnictwo w zajęciach audytoryjnych. | 7 |
| A-A-2 | Przygotowanie projektu. | 15 |
| A-A-3 | Samodzielne korzystanie z oprogramowania dostępnego on-line. | 15 |
| A-A-4 | Przygotowanie do zaliczenia materiału zajęć audytoryjnych. | 8 |
| 45 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Uczestnictwo w wykładach. | 8 |
| A-W-2 | Samodzielna eksploracja baz danych sekwencji nukleotydowych. | 5 |
| A-W-3 | Samodzielna analiza wyników sekwencjonowania DNA. | 5 |
| A-W-4 | Czytanie wskazanej literatury. | 7 |
| A-W-5 | Przygotowanie do zaliczenia treści wykładów. | 20 |
| 45 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Wykład informacyjny. |
| M-2 | Wykład konwersatoryjny. |
| M-3 | Objaśnienie lub wyjaśnienie. |
| M-4 | Pokaz. |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści wykładów. |
| S-2 | Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści ćwiczeń audytoryjnych. |
| S-3 | Ocena podsumowująca: Ocena przygotowanego przez studenta projektu. |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-S-O5.3_W01 Definiuje typy sekwencji nukleotydowych. | BT_2A_W06, BT_2A_W07 | — | — | C-1 | T-A-7, T-W-1, T-W-5, T-W-6 | M-4, M-1, M-3, M-2 | S-1 |
| BT_2A_BTZ-S-O5.3_W02 Opisuje strukturę rekordów GenBank. Dobiera oprogramowanie wykorzystywane w analizach sekwencji nukleotydowych. | BT_2A_W07 | — | — | C-1 | T-A-3, T-A-6, T-A-5, T-A-2, T-A-4, T-A-1, T-W-7, T-W-3, T-W-2, T-W-4 | M-4, M-1, M-3, M-2 | S-2, S-3 |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-S-O5.3_U01 Potrafi przeprowadzić wybrane analizy sekwencji nukleotydowych in silico. | BT_2A_U05 | — | — | C-1 | T-A-3, T-A-6, T-A-5, T-A-2, T-A-4, T-A-7, T-A-1, T-W-1, T-W-7, T-W-3, T-W-5, T-W-6, T-W-2, T-W-4 | M-4, M-1, M-3, M-2 | S-2, S-3, S-1 |
Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-S-O5.3_K01 Ma świadomość istnienia oprogramowania komputerowego wykorzystywanego w analizie sekwencji nukleotydowych. | BT_2A_K07 | — | — | C-1 | T-A-3, T-A-6, T-A-5, T-A-2, T-A-4, T-A-7, T-A-1, T-W-1, T-W-7, T-W-3, T-W-5, T-W-6, T-W-2, T-W-4 | M-4, M-1, M-3, M-2 | S-2, S-3, S-1 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-S-O5.3_W01 Definiuje typy sekwencji nukleotydowych. | 2,0 | |
| 3,0 | Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 | ||
| BT_2A_BTZ-S-O5.3_W02 Opisuje strukturę rekordów GenBank. Dobiera oprogramowanie wykorzystywane w analizach sekwencji nukleotydowych. | 2,0 | |
| 3,0 | Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-S-O5.3_U01 Potrafi przeprowadzić wybrane analizy sekwencji nukleotydowych in silico. | 2,0 | |
| 3,0 | Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów zleconego zadania, nie operuje wiedzą kontekstową | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- Brown T.A., Genomy, PWN, Warszawa, 2009
- Słomski R. (red.), Analiza DNA – teoria i praktyka, Wydawnictwo UP, Poznań, 2008
- Teresa Attwood, Paul G. Higgs, Bioinformatyka i ewolucja molekularna., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2011
Literatura dodatkowa
- Jo McEntyre, Jim Ostell, The NCBI Handbook, National Center for Biotechnology Information (US); 2002-., Bethesda (MD), 2010, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21101/