Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
specjalność: Biotechnologia w produkcji roślinnej
Sylabus przedmiotu Molecular modelling of enzymes:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biotechnologia | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
| Obszary studiów | nauki rolnicze, leśne i weterynaryjne, studia inżynierskie | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Molecular modelling of enzymes | ||
| Specjalność | Biotechnology in animal production and environmental protection | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Immunologii, Mikrobiologii i Chemii Fizjologicznej | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Radosław Drozd <Radoslaw.Drozd@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | |||
| ECTS (planowane) | 3,0 | ECTS (formy) | 3,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
| Blok obieralny | 5 | Grupa obieralna | 2 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | The elementary knowledge of genetics, molecular genetics, cell biology and evolution. |
| W-2 | The intermadiate levele of knowledge of organic and inorganic chemistry, biochemistry, biophysics, English at intermediate level |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Developing skills of selection of appropriate bioinformatics tools to solve and analyze the structure of proteins |
| C-2 | Mastering the ability to combine and correct interpretation of information relating to various levels of organization of protein structures |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | The introduction to proteins molecular structure part II | 2 |
| T-A-2 | The introduction to proteins molecular structure part II | 2 |
| T-A-3 | The in silico methods of proteins structure II and III level determination | 2 |
| T-A-4 | The in silico methods of oligomeric enzymes structure determination | 2 |
| T-A-5 | The methods for the effective ligands design for the enzymes activity modulation part I | 2 |
| T-A-6 | The methods for the effective ligands design for the enzymes activity modulation part II | 2 |
| T-A-7 | The Molecular Dynamic simulation methods as tools for testing in-silico changed structure of enzymes. part I | 2 |
| T-A-8 | The Molecular Dynamic simulation methods as tools for testing in-silico changed structure of enzymes. part II | 1 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Methods for the data mining for protein structure on their I level. Prediction of catalytic and structural properties enzymes. part I | 2 |
| T-W-2 | Methods for the data mining for protein structure on their I level. Prediction of catalytic and structural properties enzymes. part II | 2 |
| T-W-3 | Methods for prediction localisation of enzymes catalytic sites | 2 |
| T-W-4 | Methods for characterisaation catalytic sites properities. | 2 |
| T-W-5 | Modeling of the catalytic properities of enzymes - pH optima | 2 |
| T-W-6 | Molecular docking as tool for design a accurate enzymes inhibitors. Part I | 2 |
| T-W-7 | Molecular docking as tool for design a accurate enzymes inhibitors. Part II | 2 |
| T-W-8 | Methods of enzyme analysis results visualisation by using molecular modeling software | 1 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | Uczestnictwo w ćwiczeniach. | 15 |
| A-A-2 | Samodzielne studiowanie materiałów ćwiczeniowych | 7 |
| A-A-3 | Przygotowanie do zaliczenia treści ćwiczeniowych. | 7 |
| A-A-4 | Samodzielne studiowanie zadanej literatury | 5 |
| A-A-5 | Konsultacje | 4 |
| A-A-6 | Zaliczenie treści ćwiczeniowych. | 5 |
| A-A-7 | Omówienie zaliczenia treści ćwiczeniowych | 3 |
| 46 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Uczestnictwo w wykładach. | 15 |
| A-W-2 | Samodzielne studiowanie materiałów wykładowych i zalecanej literatury. | 10 |
| A-W-3 | Konsultacje | 5 |
| A-W-4 | Przygotowanie do zaliczenia treści wykładowych. | 8 |
| A-W-5 | Zaliczenie treści wykładowych. | 5 |
| A-W-6 | Omówienie zaliczenia treści wykładowych | 2 |
| 45 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Wykład informacyjny |
| M-2 | Prelekcja |
| M-3 | Opis |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena podsumowująca: pisemna praca zaliczająca |
| S-2 | Ocena formująca: ocena prezentacja /referatu z danego zakresu materiału |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_W01 zna teorię konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej i systematyki klasycznej | BT_2A_W06 | — | — | — | — | M-1 | S-1 |
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_W02 ma wiedzę z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | BT_2A_W06 | — | — | — | — | M-2 | S-2 |
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_W03 Posiada wiedzę o organizacji i zaleznościach strukturalnych białek. Zna metody i narzędzia bioinformatyczne do analizy struktur białkowych. Posiada wiedzę o możliwościach i następstwach manipulacji w strukturach białek. | — | — | — | C-1, C-2 | T-A-1, T-A-3, T-A-4, T-A-5 | — | — |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_U01 umie skonstruować drzewo filogenetyczne wybranego gatunku | BT_2A_U05 | — | — | — | — | M-3 | S-1 |
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_U02 analizuje rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | BT_2A_U05 | — | — | — | — | M-1 | S-2 |
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_U03 wykorzystuje wiedzę o budowie molekularnej białek do rozwiązywania struktury białek o nieznanej budowie, charakteryzuje interakcje między elementami budowy molekularnej białek oraz między białkami metodami in silico | — | — | — | C-1, C-2 | — | — | — |
Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_K01 dostrzega i analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki | BT_2A_K01 | — | — | — | — | M-2 | S-2 |
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_K02 rozumie następstwa modyfikacji struktur białkowych na funkcjonowanie organizmów żywych | — | — | — | C-1, C-2 | T-A-1, T-A-3, T-A-4, T-A-5 | — | — |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_W01 zna teorię konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej i systematyki klasycznej | 2,0 | Student ma podstawową z licznymi uchybieniami wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz nie ma wiedzy na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej. |
| 3,0 | Student ma podstawową z drobnymi uchybieniami wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma podstawową z licznymi brakami wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej. | |
| 3,5 | Student ma podstawową wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma podstawową z licznymi brakami wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej. | |
| 4,0 | Student ma dobrą wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma ogólną wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej. | |
| 4,5 | Student ma doskonałą wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma dobrą wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej. | |
| 5,0 | Student ma ugruntowaną i najnowszą wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma doskonałą wiedzę na temat odnieisienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej. | |
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_W02 ma wiedzę z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | 2,0 | Student nie posiada wiedzy z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki |
| 3,0 | Student posiada wiedzę podstawową z licznymi uchybieniami z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | |
| 3,5 | Student posiada wiedzę podstawową z drobnymi uchybieniami z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | |
| 4,0 | Student ma ugruntowaną wiedzę podstawową z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | |
| 4,5 | Student ma ugruntowaną wiedzę podstawową oraz wiedzę najnowszą z drobnymi uchybieniami z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | |
| 5,0 | Student ma ugruntowana wiedzę podstawową i najnowszą z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | |
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_W03 Posiada wiedzę o organizacji i zaleznościach strukturalnych białek. Zna metody i narzędzia bioinformatyczne do analizy struktur białkowych. Posiada wiedzę o możliwościach i następstwach manipulacji w strukturach białek. | 2,0 | |
| 3,0 | zna podstawy budowy molekularnej białek i narzedzia do ich analizy | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_U01 umie skonstruować drzewo filogenetyczne wybranego gatunku | 2,0 | Student nie umie skonstruować drzewa filogenetycznego dla wybranego gatunku. |
| 3,0 | Student konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku. | |
| 3,5 | Student poprawnie konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku. | |
| 4,0 | Student dobrze z niewielkimi błędami konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku. | |
| 4,5 | Student dobrze i świadomie konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku. | |
| 5,0 | Student doskonale i świadomie konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku. | |
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_U02 analizuje rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki | 2,0 | Student nie umie przeanalizować roli filogenetyki molekularnej w róznych dziedzianch życia. |
| 3,0 | Student analizuje rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia. | |
| 3,5 | Student prawidłowo analizuje i słabo omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia. | |
| 4,0 | Student dobrze analizuje i poprawnie omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia. | |
| 4,5 | Student biegle analizuje i dobrze omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia. | |
| 5,0 | Student doskonale analizuje i biegle omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia. | |
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_U03 wykorzystuje wiedzę o budowie molekularnej białek do rozwiązywania struktury białek o nieznanej budowie, charakteryzuje interakcje między elementami budowy molekularnej białek oraz między białkami metodami in silico | 2,0 | nie wykonanie sprawozdania z projektu w terminie |
| 3,0 | oddanie sprawozdania z projektu | |
| 3,5 | poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu | |
| 4,0 | poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad | |
| 4,5 | poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad. Przedstawione wnioski i opis badanych zjawisk wskazuje na całkowite opnowanie materiału i ugruntowane umiejętności | |
| 5,0 | poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad. Przedstawione wnioski i opis badanych zjawisk wskazuje na całkowite opnowanie materiału i ugruntowane umiejętności, w projekcie oprócz wymaganych elemntów obecne są dodatkowe tresci wskazujace na kreatywność wykonująch nie ograniczających sie do informacji otrzymanych na zajęciach |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_K01 dostrzega i analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki | 2,0 | Student nie dostrzga i nie analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki. |
| 3,0 | Student dostrzega i słabo analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki. | |
| 3,5 | Student dość dobrze zauważa i słabo analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki. | |
| 4,0 | Student dobrze zauważa i dobrze analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki. | |
| 4,5 | Student dobrze zauważa i biegle analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki. | |
| 5,0 | Student doskonale zauważa i biegle analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki. | |
| BT_2A_BTZ-A-O5.2_K02 rozumie następstwa modyfikacji struktur białkowych na funkcjonowanie organizmów żywych | 2,0 | |
| 3,0 | posiada kompetencje do analizy struktur białkowych | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- Leyko, Wanda redakcja, Biofizyka dla Biologów, PWN, Warszawa, 1997
- Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2012, I
- Genowefa Ślósarek, Biofizyka molekularna, PWN, Warszawa, 2011, I
- Andrzej Koliński red., Multiscale Approaches to Protein Modeling, Springer, 2010, I
Literatura dodatkowa
- Alan Cooper, Chemia biofizyczna, PWN, Warszawa, 2010