Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
specjalność: Biotechnology in animal production and environmental protection

Sylabus przedmiotu Genomics and transcriptomics:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów nauk rolniczych, leśnych i weterynaryjnych, studiów inżynierskich
Profil ogólnoakademicki
Moduł —
Przedmiot Genomics and transcriptomics
Specjalność Biotechnology in animal production and environmental protection
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt
Nauczyciel odpowiedzialny Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Magdalena Jędrzejczak-Silicka <mjedrzejczak@zut.edu.pl>, Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>, Iwona Szatkowska <Iwona.Szatkowska@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 4,0 ECTS (formy) 4,0
Forma zaliczenia egzamin Język polski
Blok obieralny — Grupa obieralna —

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
laboratoriaL2 15 1,00,29zaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA2 20 1,00,29zaliczenie
wykładyW2 15 2,00,42zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Knowledge in the area of molecular genetics and genetic engineering

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Presentation of issues associated with genome analysis
C-2Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment
C-3Familiarizing with the databases as a way of genomes analysis results

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Functional genomics - aims and methods2
T-A-2Methods for DNA fragments and whole genomes sequencing2
T-A-3Retrotransposon-based markers2
T-A-4Genome-wide association and linkage studies2
T-A-5Projects of genomes analysis2
10
laboratoria
T-L-1Plasmid DNA isolation2
T-L-2Design of restriction map. Restriction analysis.4
T-L-3Mitochondrial DNA isolation and analysis (D-LOOP)4
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.2
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.3
15
wykłady
T-W-1Genomics development, basic terms, research areas, main genomic projects2
T-W-2Study of genomes structure in different organisms. Methods for genes recognition.2
T-W-3Study of functional DNA elements in genomes2
T-W-4Molecular basis of genomes evolution2
T-W-5Physical and genetic mapping1
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje2
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów różnych tkanek zwierzęcych2
T-W-8Czynniki tranrypcyjne i ich rola w tkankowo specyficznej ekspresji.3
T-W-9Potranskrypcyjne modyfikacje RNA4
20

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Attend the classes10
A-A-2Consultation with the teacher6
A-A-3Individual preparing for examination10
A-A-4Written examination4
30
laboratoria
A-L-1Attend the laboratory classes15
A-L-2Study of given literature6
A-L-3Consultation with the teacher2
A-L-4Individual preparing for examination6
A-L-5Written examination1
30
wykłady
A-W-1Attend the lectures20
A-W-2Individual preparing for examination15
A-W-3Consultation with the teacher12
A-W-4Written examination5
A-W-5Literature study8
60

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Lecture
M-2Multimedia presentation by use PC and projector
M-3Work in laboratory groups

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes
S-2Ocena podsumowująca: Grade covering the lecture content

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_W01
In the field of knowledge student explains issues of genomic sequences analysis; can define methods for human and animal genomes projects accomplishment		BT_2A_W07R2A_W03, R2A_W06—C-1, C-3, C-2T-W-1, T-W-5, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-A-1, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-2, T-L-3, T-L-2, T-L-1, T-L-4, T-L-5M-1, M-2, M-3S-1, S-2
BT_2A_BTZ-S-C5_W02
Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.		BT_2A_W07R2A_W03, R2A_W06—C-1, C-3, C-2T-W-1, T-W-5, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-A-1, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-2, T-L-3, T-L-2, T-L-1, T-L-4, T-L-5M-1, M-2, M-3S-1, S-2

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_U01
Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution		BT_2A_U06R2A_U01, R2A_U04, R2A_U05, R2A_U06, R2A_U07InzA2_U02, InzA2_U06C-1, C-2T-W-2, T-W-3, T-W-4M-1, M-2, M-3S-1
BT_2A_BTZ-S-C5_U02
Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.		BT_2A_U06R2A_U01, R2A_U04, R2A_U05, R2A_U06, R2A_U07InzA2_U02, InzA2_U06C-1, C-3, C-2T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-A-1, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-2, T-L-3, T-L-2, T-L-1, T-L-4, T-L-5M-2, M-3S-1

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_K01
Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context.		BT_2A_K05R2A_K03, R2A_K04InzA2_K02C-1, C-3, C-2T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-A-1M-3S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_W01
In the field of knowledge student explains issues of genomic sequences analysis; can define methods for human and animal genomes projects accomplishment		2,0Student does not have sufficient knowledge of the genomic sequences
3,0Student explains the issues related to the analysis of genomic sequences. He can define methods for analysis the genomes of humans and animals.
3,5Student has sufficient knowledge about genomes projects of different species
4,0Student is able to define and explain issues related to the genomes projects
4,5Student has a wide and well-ordered knowledge concerning genomes of different species
5,0Student next to well-established knowledge can argue the selection of specific methods used in genomic projects
BT_2A_BTZ-S-C5_W02
Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.		2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów
3,0Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu
4,0Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych
5,0Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_U01
Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution		2,0
3,0Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_BTZ-S-C5_U02
Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.		2,0
3,0Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_K01
Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context.		2,0
3,0Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context.
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Brown T.A., Genomes 3rd edition, Garland Science, 2006
  2. Starkey M., Elaswarapu R., Genomics: Essential Methods, John Wiley & Sons, Ltd, 2010

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Functional genomics - aims and methods2
T-A-2Methods for DNA fragments and whole genomes sequencing2
T-A-3Retrotransposon-based markers2
T-A-4Genome-wide association and linkage studies2
T-A-5Projects of genomes analysis2
10

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Plasmid DNA isolation2
T-L-2Design of restriction map. Restriction analysis.4
T-L-3Mitochondrial DNA isolation and analysis (D-LOOP)4
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.2
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.3
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Genomics development, basic terms, research areas, main genomic projects2
T-W-2Study of genomes structure in different organisms. Methods for genes recognition.2
T-W-3Study of functional DNA elements in genomes2
T-W-4Molecular basis of genomes evolution2
T-W-5Physical and genetic mapping1
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje2
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów różnych tkanek zwierzęcych2
T-W-8Czynniki tranrypcyjne i ich rola w tkankowo specyficznej ekspresji.3
T-W-9Potranskrypcyjne modyfikacje RNA4
20

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Attend the classes10
A-A-2Consultation with the teacher6
A-A-3Individual preparing for examination10
A-A-4Written examination4
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Attend the laboratory classes15
A-L-2Study of given literature6
A-L-3Consultation with the teacher2
A-L-4Individual preparing for examination6
A-L-5Written examination1
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Attend the lectures20
A-W-2Individual preparing for examination15
A-W-3Consultation with the teacher12
A-W-4Written examination5
A-W-5Literature study8
60
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-C5_W01In the field of knowledge student explains issues of genomic sequences analysis; can define methods for human and animal genomes projects accomplishment
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W07wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_W03ma pogłębioną wiedzę na temat biosfery, chemicznych i fizycznych procesów w niej zachodzących, podstaw techniki i kształtowania środowiska dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W06ma rozszerzoną wiedzę o roli i znaczeniu środowiska przyrodniczego i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej oraz o jego zagrożeniach
Cel przedmiotuC-1Presentation of issues associated with genome analysis
C-3Familiarizing with the databases as a way of genomes analysis results
C-2Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment
Treści programoweT-W-1Genomics development, basic terms, research areas, main genomic projects
T-W-5Physical and genetic mapping
T-W-2Study of genomes structure in different organisms. Methods for genes recognition.
T-W-3Study of functional DNA elements in genomes
T-W-4Molecular basis of genomes evolution
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów różnych tkanek zwierzęcych
T-W-8Czynniki tranrypcyjne i ich rola w tkankowo specyficznej ekspresji.
T-W-9Potranskrypcyjne modyfikacje RNA
T-A-1Functional genomics - aims and methods
T-A-3Retrotransposon-based markers
T-A-4Genome-wide association and linkage studies
T-A-5Projects of genomes analysis
T-A-2Methods for DNA fragments and whole genomes sequencing
T-L-3Mitochondrial DNA isolation and analysis (D-LOOP)
T-L-2Design of restriction map. Restriction analysis.
T-L-1Plasmid DNA isolation
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.
Metody nauczaniaM-1Lecture
M-2Multimedia presentation by use PC and projector
M-3Work in laboratory groups
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes
S-2Ocena podsumowująca: Grade covering the lecture content
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student does not have sufficient knowledge of the genomic sequences
3,0Student explains the issues related to the analysis of genomic sequences. He can define methods for analysis the genomes of humans and animals.
3,5Student has sufficient knowledge about genomes projects of different species
4,0Student is able to define and explain issues related to the genomes projects
4,5Student has a wide and well-ordered knowledge concerning genomes of different species
5,0Student next to well-established knowledge can argue the selection of specific methods used in genomic projects
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-C5_W02Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W07wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_W03ma pogłębioną wiedzę na temat biosfery, chemicznych i fizycznych procesów w niej zachodzących, podstaw techniki i kształtowania środowiska dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W06ma rozszerzoną wiedzę o roli i znaczeniu środowiska przyrodniczego i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej oraz o jego zagrożeniach
Cel przedmiotuC-1Presentation of issues associated with genome analysis
C-3Familiarizing with the databases as a way of genomes analysis results
C-2Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment
Treści programoweT-W-1Genomics development, basic terms, research areas, main genomic projects
T-W-5Physical and genetic mapping
T-W-2Study of genomes structure in different organisms. Methods for genes recognition.
T-W-3Study of functional DNA elements in genomes
T-W-4Molecular basis of genomes evolution
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów różnych tkanek zwierzęcych
T-W-8Czynniki tranrypcyjne i ich rola w tkankowo specyficznej ekspresji.
T-W-9Potranskrypcyjne modyfikacje RNA
T-A-1Functional genomics - aims and methods
T-A-3Retrotransposon-based markers
T-A-4Genome-wide association and linkage studies
T-A-5Projects of genomes analysis
T-A-2Methods for DNA fragments and whole genomes sequencing
T-L-3Mitochondrial DNA isolation and analysis (D-LOOP)
T-L-2Design of restriction map. Restriction analysis.
T-L-1Plasmid DNA isolation
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.
Metody nauczaniaM-1Lecture
M-2Multimedia presentation by use PC and projector
M-3Work in laboratory groups
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes
S-2Ocena podsumowująca: Grade covering the lecture content
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów
3,0Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu
4,0Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych
5,0Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-C5_U01Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U06Potrafi wykorzystać techniki molekularne stosowane w taksonomii roślin, zwierząt i ludzi; rozumie budowę i funkcje genomu oraz transkryptomu organizmów eukariotycznych i prokariotycznych; zna procesy dziedziczenia i rozwoju organizmu; wykorzystuje metody molekularne w biotechnologii stosowanej; rozumie molekularne podstawy ewolucji; zna czynniki wpływające na zmienność organizmu.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_U01posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i twórczego wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U04samodzielnie planuje, przeprowadza, analizuje i ocenia poprawność wykonanego zadania z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U05samodzielnie i wszechstronnie analizuje problemy wpływające na produkcję i jakość żywności, zdrowie zwierząt i ludzi, stan środowiska naturalnego i zasobów naturalnych oraz wykazuje znajomość zastosowania specjalistycznych technik i ich optymalizacji dostosowanych do studiowanego kierunku studiów i profilu kształcenia
R2A_U06posiada umiejętność doboru i modyfikacji typowych działań (w tym technik i technologii) dostosowanych do zasobów przyrody w celu poprawy jakości życia człowieka, zgodnych ze studiowanym kierunkiem studiów
R2A_U07ocenia wady i zalety podjętych działań, w tym ich oryginalność w rozwiązywaniu zaistniałych problemów zawodowych - dla nabrania doświadczenia i doskonalenia kompetencji inżynierskich
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_U02potrafi wykorzystać do formułowania i rozwiązywania zadań inżynierskich metody analityczne, symulacyjne oraz eksperymentalne
InzA2_U06potrafi dokonać identyfikacji i sformułować specyfikację prostych zadań inżynierskich o charakterze praktycznym, charakterystycznych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Presentation of issues associated with genome analysis
C-2Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment
Treści programoweT-W-2Study of genomes structure in different organisms. Methods for genes recognition.
T-W-3Study of functional DNA elements in genomes
T-W-4Molecular basis of genomes evolution
Metody nauczaniaM-1Lecture
M-2Multimedia presentation by use PC and projector
M-3Work in laboratory groups
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-C5_U02Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U06Potrafi wykorzystać techniki molekularne stosowane w taksonomii roślin, zwierząt i ludzi; rozumie budowę i funkcje genomu oraz transkryptomu organizmów eukariotycznych i prokariotycznych; zna procesy dziedziczenia i rozwoju organizmu; wykorzystuje metody molekularne w biotechnologii stosowanej; rozumie molekularne podstawy ewolucji; zna czynniki wpływające na zmienność organizmu.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_U01posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i twórczego wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U04samodzielnie planuje, przeprowadza, analizuje i ocenia poprawność wykonanego zadania z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U05samodzielnie i wszechstronnie analizuje problemy wpływające na produkcję i jakość żywności, zdrowie zwierząt i ludzi, stan środowiska naturalnego i zasobów naturalnych oraz wykazuje znajomość zastosowania specjalistycznych technik i ich optymalizacji dostosowanych do studiowanego kierunku studiów i profilu kształcenia
R2A_U06posiada umiejętność doboru i modyfikacji typowych działań (w tym technik i technologii) dostosowanych do zasobów przyrody w celu poprawy jakości życia człowieka, zgodnych ze studiowanym kierunkiem studiów
R2A_U07ocenia wady i zalety podjętych działań, w tym ich oryginalność w rozwiązywaniu zaistniałych problemów zawodowych - dla nabrania doświadczenia i doskonalenia kompetencji inżynierskich
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_U02potrafi wykorzystać do formułowania i rozwiązywania zadań inżynierskich metody analityczne, symulacyjne oraz eksperymentalne
InzA2_U06potrafi dokonać identyfikacji i sformułować specyfikację prostych zadań inżynierskich o charakterze praktycznym, charakterystycznych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Presentation of issues associated with genome analysis
C-3Familiarizing with the databases as a way of genomes analysis results
C-2Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment
Treści programoweT-W-5Physical and genetic mapping
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów różnych tkanek zwierzęcych
T-W-8Czynniki tranrypcyjne i ich rola w tkankowo specyficznej ekspresji.
T-W-9Potranskrypcyjne modyfikacje RNA
T-A-1Functional genomics - aims and methods
T-A-3Retrotransposon-based markers
T-A-4Genome-wide association and linkage studies
T-A-5Projects of genomes analysis
T-A-2Methods for DNA fragments and whole genomes sequencing
T-L-3Mitochondrial DNA isolation and analysis (D-LOOP)
T-L-2Design of restriction map. Restriction analysis.
T-L-1Plasmid DNA isolation
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.
Metody nauczaniaM-2Multimedia presentation by use PC and projector
M-3Work in laboratory groups
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-C5_K01Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_K05wykazuje zdyscyplinowanie w pracy indywidualnej; chętnie uczestniczy w pracy grupowej; potrafi kreatywnie planować i realizować działania własne i zespołowe
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_K03potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
R2A_K04prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_K02potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotuC-1Presentation of issues associated with genome analysis
C-3Familiarizing with the databases as a way of genomes analysis results
C-2Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment
Treści programoweT-W-1Genomics development, basic terms, research areas, main genomic projects
T-W-2Study of genomes structure in different organisms. Methods for genes recognition.
T-W-3Study of functional DNA elements in genomes
T-W-4Molecular basis of genomes evolution
T-A-1Functional genomics - aims and methods
Metody nauczaniaM-3Work in laboratory groups
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context.
3,5
4,0
4,5
5,0