ZUT - Krajowe Ramy Kwalifikacji / Rok 2015/2016 / Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt / Bioinformatyka (S1) / Sylabus przedmiotu - Narzędzia bioinformatyczne i bazy danych w proteomice

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Bioinformatyka (S1)

Sylabus przedmiotu Narzędzia bioinformatyczne i bazy danych w proteomice:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów	Bioinformatyka
Forma studiów	studia stacjonarne	Poziom	pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta	inżynier
Obszary studiów	nauk przyrodniczych, nauk technicznych, studiów inżynierskich
Profil	ogólnoakademicki
Moduł	—
Przedmiot	Narzędzia bioinformatyczne i bazy danych w proteomice
Specjalność	przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca	Katedra Fizjologii, Cytobiologii i Proteomiki
Nauczyciel odpowiedzialny	Małgorzata Ożgo <Malgorzata.Ozgo@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele	Alicja Dratwa-Chałupnik <Alicja.Dratwa-Chalupnik@zut.edu.pl>, Agnieszka Herosimczyk <Agnieszka.Herosimczyk@zut.edu.pl>, Adam Lepczyński <Adam.Lepczynski@zut.edu.pl>, Katarzyna Michałek <Katarzyna.Michalek@zut.edu.pl>
ECTS (planowane)	2,0	ECTS (formy)	2,0
Forma zaliczenia	zaliczenie	Język	polski
Blok obieralny	—	Grupa obieralna	—

Formy dydaktyczne

Forma dydaktyczna	KOD	Semestr	Godziny	ECTS	Waga	Zaliczenie
laboratoria	L	3	10	1,0	0,41	zaliczenie
wykłady	W	3	10	1,0	0,59	zaliczenie

Wymagania wstępne

KOD	Wymaganie wstępne
W-1	Podstawowa wiedza z zakresu biochemii.
W-2	Podstawowa wiedza z zakresu biologii komórki.

Cele przedmiotu

KOD	Cel modułu/przedmiotu
C-1	Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
C-2	Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
C-3	Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KOD	Treść programowa	Godziny
laboratoria
T-L-1	Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc	1
T-L-2	Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.	1
T-L-3	Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.	3
T-L-4	Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.	2
T-L-5	Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.	1
T-L-6	Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.	1
T-L-7	Zaliczenie ćwiczeń w formie pisemnej.	1
		10
wykłady
T-W-1	Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.	1
T-W-2	Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.	1
T-W-3	Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.	2
T-W-4	MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.	1
T-W-5	Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.	2
T-W-6	Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.	1
T-W-7	Analiza ilościowa z wykorzystaniem spektrometrii mas. Znakowanie: różnicowe, metaboliczne, znakowanie z wykorzystaniem widm Ms/MS. Metody ilościowe bez znakowania.	1
T-W-8	Zaliczenie wykładów w formie pisemnej.	1
		10

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KOD	Forma aktywności	Godziny
laboratoria
A-L-1	Udział studenta w ćwiczeniach laboratoryjnych	15
A-L-2	Samodzielne studiowanie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.	10
A-L-3	Przygotowanie do pisemnego zaliczenia ćwiczeń laboratoryjnych.	5
		30
wykłady
A-W-1	Uczestnictwo w wykładach.	15
A-W-2	Samodzielne studiowanie tematyki wykładów.	10
A-W-3	Przygotowanie do pisemnego zaliczenia tematyki wykładów.	6
		31

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KOD	Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1	Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne.
M-2	Prezentacja multimedialna z wykorzystaniem komputera i projektora multimedialnego.
M-3	Praca w grupach.
M-4	Dyskusja dydaktyczna.
M-5	Objaśnienia dotyczące prawidłowego wykonania ćwiczeń laboratoryjnych.
M-6	Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych.
M-7	Ocena raportu z przeprowadzonych zajęc

Sposoby oceny

KOD	Sposób oceny
S-1	Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
S-2	Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-3	Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
S-4	Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-5	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie tematyki wykładów.

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BI_1A_BI-S-D11_W01 Ma wierdzę na temat baz danych wykorzystywanych do identyfikacji białkowych produktów genów podczas analizy MS	BI_1A_W12	P1A_W04, P1A_W07, T1A_W02, T1A_W03, T1A_W05, T1A_W06, T1A_W07	InzA_W01, InzA_W02, InzA_W05	C-1, C-2, C-3	T-W-1, T-W-3, T-W-2, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6	M-1, M-2, M-3, M-4, M-6, M-5	S-1, S-2, S-5, S-4, S-3
BI_1A_BI-S-D11_W02 Posiada wiedzę na temat znaczenia narzedzi bioinformatycznych w kompleksowej analizie proteomów oraz identyfikacji jego składowych	BI_1A_W08	P1A_W02, P1A_W06, P1A_W07, T1A_W02, T1A_W04, T1A_W07	—	C-1, C-2, C-3	T-W-1, T-W-3, T-W-2, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-6	M-1, M-2, M-3, M-4, M-6, M-5	S-1, S-2, S-5, S-4, S-3

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BI_1A_BI-S-D11_U01 Potrafi przeprowadzic identyfikację białka z uzyciem spektrometrii mass w oparciu o programy bioinformatyczne i bazy danych	BI_1A_U12	P1A_U05, P1A_U07, T1A_U02, T1A_U07, T1A_U08, T1A_U13	InzA_U08	C-1, C-2, C-3	T-W-1, T-W-3, T-W-2, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6	M-3, M-4, M-6, M-5	S-1, S-2, S-4, S-3
BI_1A_BI-S-D11_U02 Potrafi interpretować wyniki badania zmian ekspresji białek oraz selekcjonowac te których zmiany są istotne i wynikaja z wpływu czynnika eksperymentalnego	BI_1A_U03	P1A_U01, P1A_U04, P1A_U11, T1A_U05, T1A_U14	InzA_U01, InzA_U07	C-1, C-2, C-3	T-W-1, T-W-3, T-W-2, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6	M-1, M-2, M-3, M-4, M-6, M-5	S-1, S-2, S-4, S-3

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BI_1A_BI-S-D11_K01 Student wykazuje zorientowanie w możliwości wykorzystania badań analizy proteomu w celu selekcji i identyfikacji białek odgrywających znaczącą rolę w procesach fizjo- i patofizjologicznych	BI_1A_K02	P1A_K01, P1A_K04	—	C-1, C-2, C-3	T-W-8, T-W-1, T-W-3, T-W-2, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6	M-1, M-2, M-4	S-1, S-2, S-5, S-4, S-3
BI_1A_BI-S-D11_K02 Potrafi aktywnie i sprawnie pracować w grupie i jest otwarty na supozycje innych członków zespołu.	BI_1A_K04	P1A_K02, P1A_K03, P1A_K06, P1A_K08, T1A_K02, T1A_K03, T1A_K04, T1A_K06	InzA_K01, InzA_K02	C-1, C-2, C-3	T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6	M-3, M-4, M-6	S-1, S-2, S-4, S-3

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BI_1A_BI-S-D11_W01 Ma wierdzę na temat baz danych wykorzystywanych do identyfikacji białkowych produktów genów podczas analizy MS	2,0
	3,0	- w zakresie wiedzy opanował podstawowy materiał programowy - w zakresie opanowania wiedzy przyswoił zasadnicze treści programowe - w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje średnie zainteresowanie - w zakresie wyrażania wiedzy popełnia wiele błędów
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0
BI_1A_BI-S-D11_W02 Posiada wiedzę na temat znaczenia narzedzi bioinformatycznych w kompleksowej analizie proteomów oraz identyfikacji jego składowych	2,0
	3,0	- w zakresie wiedzy opanował podstawowy materiał programowy - w zakresie opanowania wiedzy przyswoił zasadnicze treści programowe - w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje średnie zainteresowanie - w zakresie wyrażania wiedzy popełnia wiele błędów
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BI_1A_BI-S-D11_U01 Potrafi przeprowadzic identyfikację białka z uzyciem spektrometrii mass w oparciu o programy bioinformatyczne i bazy danych	2,0
	3,0	Student: radzi sobie, z dużą pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0
BI_1A_BI-S-D11_U02 Potrafi interpretować wyniki badania zmian ekspresji białek oraz selekcjonowac te których zmiany są istotne i wynikaja z wpływu czynnika eksperymentalnego	2,0	Student: nie potrafi poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów przygotowanie zleconej pracy, nie operuje wiedzą kontekstową.
	3,0	Student: radzi sobie, z dużą pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
	3,5	Student: potrafi poradzić sobie, z nieznaczną pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy.
	4,0	Student: samodzielnie radzi sobie z podstawowymi trudnościami związanymi z procesem wykonania zleconej pracy
	4,5	Student: samodzielnie rozwiązuje postawione problemy i radzi sobie z trudnościami związanymi z procesem wykonania zleconej pracy
	5,0	Student: samodzielnie rozwiązuje postawione problemy i radzi sobie w pełni z trudnościami związanymi z procesem wykonania zleconej pracy; swobodnie porusza się w danej tematyce i prawidłowo wykorzystuje materiały źródłowe

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BI_1A_BI-S-D11_K01 Student wykazuje zorientowanie w możliwości wykorzystania badań analizy proteomu w celu selekcji i identyfikacji białek odgrywających znaczącą rolę w procesach fizjo- i patofizjologicznych	2,0
	3,0	W zakresie prac zespołowych student: - planuje i wykonuje pracę w sposób nieudolny na każdym z jej etapów (przygotowawczy, inkubacyjny, olśnienia, wykonawczy, weryfikacji, prezentacji rozwiązań)
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0
BI_1A_BI-S-D11_K02 Potrafi aktywnie i sprawnie pracować w grupie i jest otwarty na supozycje innych członków zespołu.	2,0
	3,0	W zakresie prac zespołowych student: - planuje i wykonuje pracę w sposób nieudolny na każdym z jej etapów (przygotowawczy, inkubacyjny, olśnienia, wykonawczy, weryfikacji, prezentacji rozwiązań)
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Literatura podstawowa

Kraj A., Drabik A., Silberring J., Metabolomika i Proteomika, Uniwersytet Warszawski, Warszawa, 2010, wydanie I
Kraj A., Silberring J., Proteomika, Wydawnictwo EJB, Kraków, 2004, Wydanie I
Skrzypczak W.F., Proteomika. Wybrane zagadnienia., Wydawnictwo Zapol, Szczecin, 2011
Suder P., Silberring J., Spektrometria mas., Wydawnictwo UJ, Kraków, 2006, Wydanie I
Doonan T.A., Białka i peptydy., PWN, Warszawa, 2008
Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2009

Literatura dodatkowa

Charon K.M., Świtoński M., Genetyka i genomika zwierząt, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012

Treści programowe - laboratoria

KOD	Treść programowa	Godziny
T-L-1	Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc	1
T-L-2	Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.	1
T-L-3	Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.	3
T-L-4	Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.	2
T-L-5	Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.	1
T-L-6	Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.	1
T-L-7	Zaliczenie ćwiczeń w formie pisemnej.	1
		10

Treści programowe - wykłady

KOD	Treść programowa	Godziny
T-W-1	Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.	1
T-W-2	Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.	1
T-W-3	Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.	2
T-W-4	MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.	1
T-W-5	Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.	2
T-W-6	Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.	1
T-W-7	Analiza ilościowa z wykorzystaniem spektrometrii mas. Znakowanie: różnicowe, metaboliczne, znakowanie z wykorzystaniem widm Ms/MS. Metody ilościowe bez znakowania.	1
T-W-8	Zaliczenie wykładów w formie pisemnej.	1
		10

Formy aktywności - laboratoria

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-L-1	Udział studenta w ćwiczeniach laboratoryjnych	15
A-L-2	Samodzielne studiowanie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.	10
A-L-3	Przygotowanie do pisemnego zaliczenia ćwiczeń laboratoryjnych.	5
		30

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-W-1	Uczestnictwo w wykładach.	15
A-W-2	Samodzielne studiowanie tematyki wykładów.	10
A-W-3	Przygotowanie do pisemnego zaliczenia tematyki wykładów.	6
		31

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BI_1A_BI-S-D11_W01	Ma wierdzę na temat baz danych wykorzystywanych do identyfikacji białkowych produktów genów podczas analizy MS
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BI_1A_W12	ma wiedzę w zakresie budowy i zasad funkcjonowania systemów baz danych
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P1A_W04	ma wiedzę w zakresie najważniejszych problemów z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów oraz zna ich powiązania z innymi dyscyplinami przyrodniczymi
	P1A_W07	ma wiedzę w zakresie podstawowych technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
	T1A_W02	ma podstawową wiedzę w zakresie kierunków studiów powiązanych ze studiowanym kierunkiem studiów
	T1A_W03	ma uporządkowaną, podbudowaną teoretycznie wiedzę ogólną obejmującą kluczowe zagadnienia z zakresu studiowanego kierunku studiów
	T1A_W05	ma podstawową wiedzę o trendach rozwojowych z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
	T1A_W06	ma podstawową wiedzę o cyklu życia urządzeń, obiektów i systemów technicznych
	T1A_W07	zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu prostych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	InzA_W01	ma podstawową wiedzę o cyklu życia urządzeń, obiektów i systemów technicznych
	InzA_W02	zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu prostych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
	InzA_W05	zna typowe technologie inżynierskie w zakresie studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotu	C-1	Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
	C-2	Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
	C-3	Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów
Treści programowe	T-W-1	Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.
	T-W-3	Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.
	T-W-2	Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.
	T-W-4	MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.
	T-W-5	Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.
	T-W-6	Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.
	T-W-7	Analiza ilościowa z wykorzystaniem spektrometrii mas. Znakowanie: różnicowe, metaboliczne, znakowanie z wykorzystaniem widm Ms/MS. Metody ilościowe bez znakowania.
	T-L-1	Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc
	T-L-2	Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
	T-L-3	Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
	T-L-4	Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.
	T-L-5	Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.
	T-L-6	Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.
Metody nauczania	M-1	Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne.
	M-2	Prezentacja multimedialna z wykorzystaniem komputera i projektora multimedialnego.
	M-3	Praca w grupach.
	M-4	Dyskusja dydaktyczna.
	M-6	Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych.
	M-5	Objaśnienia dotyczące prawidłowego wykonania ćwiczeń laboratoryjnych.
Sposób oceny	S-1	Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
	S-2	Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
	S-5	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie tematyki wykładów.
	S-4	Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
	S-3	Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	- w zakresie wiedzy opanował podstawowy materiał programowy - w zakresie opanowania wiedzy przyswoił zasadnicze treści programowe - w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje średnie zainteresowanie - w zakresie wyrażania wiedzy popełnia wiele błędów
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BI_1A_BI-S-D11_W02	Posiada wiedzę na temat znaczenia narzedzi bioinformatycznych w kompleksowej analizie proteomów oraz identyfikacji jego składowych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BI_1A_W08	posiada wiedzę o metodach i narzędziach diagnostycznych wykorzystywanych w analizach i doświadczeniach biologicznych, a także o sposobach interpretacji uzyskanych wyników
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P1A_W02	w interpretacji zjawisk i procesów przyrodniczych opiera się na podstawach empirycznych, rozumiejąc w pełni znaczenie metod matematycznych i statystycznych
	P1A_W06	ma wiedzę w zakresie statystyki i informatyki na poziomie pozwalającym na opisywanie i interpretowanie zjawisk przyrodniczych
	P1A_W07	ma wiedzę w zakresie podstawowych technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
	T1A_W02	ma podstawową wiedzę w zakresie kierunków studiów powiązanych ze studiowanym kierunkiem studiów
	T1A_W04	ma szczegółową wiedzę związaną z wybranymi zagadnieniami z zakresu studiowanego kierunku studiów
	T1A_W07	zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu prostych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotu	C-1	Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
	C-2	Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
	C-3	Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów
Treści programowe	T-W-1	Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.
	T-W-3	Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.
	T-W-2	Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.
	T-W-4	MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.
	T-W-5	Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.
	T-W-6	Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.
	T-W-7	Analiza ilościowa z wykorzystaniem spektrometrii mas. Znakowanie: różnicowe, metaboliczne, znakowanie z wykorzystaniem widm Ms/MS. Metody ilościowe bez znakowania.
	T-L-1	Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc
	T-L-2	Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
	T-L-3	Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
	T-L-6	Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.
Metody nauczania	M-1	Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne.
	M-2	Prezentacja multimedialna z wykorzystaniem komputera i projektora multimedialnego.
	M-3	Praca w grupach.
	M-4	Dyskusja dydaktyczna.
	M-6	Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych.
	M-5	Objaśnienia dotyczące prawidłowego wykonania ćwiczeń laboratoryjnych.
Sposób oceny	S-1	Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
	S-2	Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
	S-5	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie tematyki wykładów.
	S-4	Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
	S-3	Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	- w zakresie wiedzy opanował podstawowy materiał programowy - w zakresie opanowania wiedzy przyswoił zasadnicze treści programowe - w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje średnie zainteresowanie - w zakresie wyrażania wiedzy popełnia wiele błędów
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BI_1A_BI-S-D11_U01	Potrafi przeprowadzic identyfikację białka z uzyciem spektrometrii mass w oparciu o programy bioinformatyczne i bazy danych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BI_1A_U12	wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne umożliwiające przeszukiwanie biologicznych baz danych, projektuje i tworzy proste bazy danych zawierające informacje o podłożu biologicznym
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P1A_U05	stosuje podstawowe metody statystyczne oraz algorytmy i techniki informatyczne do opisu zjawisk i analizy danych
	P1A_U07	wykazuje umiejętność poprawnego wnioskowania na podstawie danych pochodzących z różnych źródeł
	T1A_U02	potrafi porozumiewać się przy użyciu różnych technik w środowisku zawodowym oraz w innych środowiskach
	T1A_U07	potrafi posługiwać się technikami informacyjno-komunikacyjnymi właściwymi do realizacji zadań typowych dla działalności inżynierskiej
	T1A_U08	potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
	T1A_U13	potrafi dokonać krytycznej analizy sposobu funkcjonowania i ocenić - zwłaszcza w powiązaniu ze studiowanym kierunkiem studiów - istniejące rozwiązania techniczne, w szczególności urządzenia, obiekty, systemy, procesy, usługi
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	InzA_U08	potrafi - zgodnie z zadaną specyfikacją - zaprojektować proste urządzenie, obiekt, system lub proces, typowe dla studiowanego kierunku studiów, używając właściwych metod, technik i narzędzi
Cel przedmiotu	C-1	Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
	C-2	Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
	C-3	Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów
Treści programowe	T-W-1	Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.
	T-W-3	Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.
	T-W-2	Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.
	T-W-4	MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.
	T-W-5	Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.
	T-W-6	Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.
	T-W-7	Analiza ilościowa z wykorzystaniem spektrometrii mas. Znakowanie: różnicowe, metaboliczne, znakowanie z wykorzystaniem widm Ms/MS. Metody ilościowe bez znakowania.
	T-L-1	Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc
	T-L-2	Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
	T-L-3	Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
	T-L-4	Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.
	T-L-5	Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.
	T-L-6	Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.
Metody nauczania	M-3	Praca w grupach.
	M-4	Dyskusja dydaktyczna.
	M-6	Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych.
	M-5	Objaśnienia dotyczące prawidłowego wykonania ćwiczeń laboratoryjnych.
Sposób oceny	S-1	Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
	S-2	Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
	S-4	Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
	S-3	Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	Student: radzi sobie, z dużą pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BI_1A_BI-S-D11_U02	Potrafi interpretować wyniki badania zmian ekspresji białek oraz selekcjonowac te których zmiany są istotne i wynikaja z wpływu czynnika eksperymentalnego
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BI_1A_U03	wiedzę o złożoności systemów biologicznych wykorzystuje w badaniach i analizie procesów zachodzących na każdym poziomie organizacji żywej materii, umiejętnie dobiera metody badawcze do rodzaju badanego materiału biologicznego
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P1A_U01	stosuje podstawowe techniki i narzędzia badawcze w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
	P1A_U04	wykonuje zlecone proste zadania badawcze lub ekspertyzy pod kierunkiem opiekuna naukowego
	P1A_U11	uczy się samodzielnie w sposób ukierunkowany
	T1A_U05	ma umiejętność samokształcenia się
	T1A_U14	potrafi dokonać identyfikacji i sformułować specyfikację prostych zadań inżynierskich o charakterze praktycznym, charakterystycznych dla studiowanego kierunku studiów
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	InzA_U01	potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
	InzA_U07	potrafi ocenić przydatność rutynowych metod i narzędzi służących do rozwiązania prostego zadania inżynierskiego o charakterze praktycznym, charakterystycznego dla studiowanego kierunku studiów oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia
Cel przedmiotu	C-1	Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
	C-2	Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
	C-3	Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów
Treści programowe	T-W-1	Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.
	T-W-3	Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.
	T-W-2	Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.
	T-W-4	MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.
	T-W-5	Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.
	T-W-6	Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.
	T-W-7	Analiza ilościowa z wykorzystaniem spektrometrii mas. Znakowanie: różnicowe, metaboliczne, znakowanie z wykorzystaniem widm Ms/MS. Metody ilościowe bez znakowania.
	T-L-1	Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc
	T-L-2	Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
	T-L-3	Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
	T-L-4	Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.
	T-L-5	Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.
	T-L-6	Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.
Metody nauczania	M-1	Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne.
	M-2	Prezentacja multimedialna z wykorzystaniem komputera i projektora multimedialnego.
	M-3	Praca w grupach.
	M-4	Dyskusja dydaktyczna.
	M-6	Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych.
	M-5	Objaśnienia dotyczące prawidłowego wykonania ćwiczeń laboratoryjnych.
Sposób oceny	S-1	Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
	S-2	Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
	S-4	Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
	S-3	Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0	Student: nie potrafi poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów przygotowanie zleconej pracy, nie operuje wiedzą kontekstową.
	3,0	Student: radzi sobie, z dużą pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
	3,5	Student: potrafi poradzić sobie, z nieznaczną pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy.
	4,0	Student: samodzielnie radzi sobie z podstawowymi trudnościami związanymi z procesem wykonania zleconej pracy
	4,5	Student: samodzielnie rozwiązuje postawione problemy i radzi sobie z trudnościami związanymi z procesem wykonania zleconej pracy
	5,0	Student: samodzielnie rozwiązuje postawione problemy i radzi sobie w pełni z trudnościami związanymi z procesem wykonania zleconej pracy; swobodnie porusza się w danej tematyce i prawidłowo wykorzystuje materiały źródłowe

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BI_1A_BI-S-D11_K01	Student wykazuje zorientowanie w możliwości wykorzystania badań analizy proteomu w celu selekcji i identyfikacji białek odgrywających znaczącą rolę w procesach fizjo- i patofizjologicznych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BI_1A_K02	wykazuje zrozumienie podstawowych zjawisk i procesów biologicznych, a przy ich interpretacji opiera się na podstawach empirycznych dostrzegając rolę metod matematycznych i statystycznych
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P1A_K01	rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie
	P1A_K04	prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu
Cel przedmiotu	C-1	Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
	C-2	Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
	C-3	Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów
Treści programowe	T-W-8	Zaliczenie wykładów w formie pisemnej.
	T-W-1	Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.
	T-W-3	Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.
	T-W-2	Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.
	T-W-4	MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.
	T-W-5	Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.
	T-W-6	Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.
	T-L-1	Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc
	T-L-2	Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
	T-L-3	Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
	T-L-4	Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.
	T-L-5	Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.
	T-L-6	Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.
Metody nauczania	M-1	Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne.
	M-2	Prezentacja multimedialna z wykorzystaniem komputera i projektora multimedialnego.
	M-4	Dyskusja dydaktyczna.
Sposób oceny	S-1	Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
	S-2	Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
	S-5	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie tematyki wykładów.
	S-4	Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
	S-3	Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	W zakresie prac zespołowych student: - planuje i wykonuje pracę w sposób nieudolny na każdym z jej etapów (przygotowawczy, inkubacyjny, olśnienia, wykonawczy, weryfikacji, prezentacji rozwiązań)
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BI_1A_BI-S-D11_K02	Potrafi aktywnie i sprawnie pracować w grupie i jest otwarty na supozycje innych członków zespołu.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BI_1A_K04	jest zdolny do efektywnej pracy samodzielnej i zespołowej, wykazuje odpowiedzialność za pracę własną, wspólnie realizowane zadania oraz powierzany sprzęt
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P1A_K02	potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
	P1A_K03	potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
	P1A_K06	jest odpowiedzialny za bezpieczeństwo pracy własnej i innych; umie postępować w stanach zagrożenia
	P1A_K08	potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
	T1A_K02	ma świadomość ważności i zrozumienie pozatechnicznych aspektów i skutków działalności inżynierskiej, w tym jej wpływu na środowisko, i związanej z tym odpowiedzialności za podejmowane decyzje
	T1A_K03	potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
	T1A_K04	potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
	T1A_K06	potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	InzA_K01	ma świadomość ważności i rozumie pozatechniczne aspekty i skutki działalności inżynierskiej, w tym jej wpływu na środowisko, i związanej z tym odpowiedzialności za podejmowane decyzje
	InzA_K02	potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotu	C-1	Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
	C-2	Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
	C-3	Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów
Treści programowe	T-L-1	Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc
	T-L-2	Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
	T-L-3	Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
	T-L-4	Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.
	T-L-5	Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.
	T-L-6	Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.
Metody nauczania	M-3	Praca w grupach.
	M-4	Dyskusja dydaktyczna.
	M-6	Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych.
Sposób oceny	S-1	Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
	S-2	Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
	S-4	Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
	S-3	Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	W zakresie prac zespołowych student: - planuje i wykonuje pracę w sposób nieudolny na każdym z jej etapów (przygotowawczy, inkubacyjny, olśnienia, wykonawczy, weryfikacji, prezentacji rozwiązań)
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0