Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
specjalność: Biotechnologia w produkcji roślinnej

Sylabus przedmiotu Genomika i transkryptomika:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów nauk rolniczych, leśnych i weterynaryjnych, studiów inżynierskich
Profil ogólnoakademicki
Moduł —
Przedmiot Genomika i transkryptomika
Specjalność Biotechnologia w produkcji zwierzęcej i ochronie środowiska
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt
Nauczyciel odpowiedzialny Arkadiusz Terman <Arkadiusz.Terman@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Magdalena Jędrzejczak-Silicka <mjedrzejczak@zut.edu.pl>, Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>, Iwona Szatkowska <Iwona.Szatkowska@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 4,0 ECTS (formy) 4,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny — Grupa obieralna —

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA2 10 1,00,29zaliczenie
laboratoriaL2 15 1,00,29zaliczenie
wykładyW2 20 2,00,42zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze.2
T-A-2Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów.2
T-A-3Markery oparte na retrotranspozonach2
T-A-4Analzia sprzężeń i asocjacyjna całych genomów.2
T-A-5Projekty analiz genomowych2
10
laboratoria
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego2
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.4
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA4
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.2
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.3
15
wykłady
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami2
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych2
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu2
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów2
T-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne1
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje2
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów różnych tkanek zwierzęcych2
T-W-8Czynniki tranrypcyjne i ich rola w tkankowo specyficznej ekspresji.3
T-W-9Potranskrypcyjne modyfikacje RNA4
20

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Uczestnictwo w zajęciach10
A-A-2Konsultacje6
A-A-3Przygotowanie do zaliczenia10
A-A-4Zaliczenie treści programowych4
30
laboratoria
A-L-1uczestnictwo w zajęciach15
A-L-2Studiowanie podanej lteratury6
A-L-3Konsultacje2
A-L-4Przygotowanie do zaliczenia6
A-L-5Zaliczenie materiału1
30
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach20
A-W-2Samodzielne przygotowanie się do zaliczenia wykładów15
A-W-3Konsultacje z prowadzącym12
A-W-4Zaliczenie pisemne treści wykładowych5
A-W-5Studiowanie literatury8
60

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_W01
W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.		BT_2A_W07R2A_W03, R2A_W06—C-1, C-3, C-2T-W-5, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-A-1, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-2, T-L-3, T-L-2, T-L-1, T-L-4, T-L-5M-1, M-2, M-3S-1, S-2
BT_2A_BTZ-S-C5_W02
Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.		BT_2A_W07R2A_W03, R2A_W06—C-1, C-3, C-2T-W-5, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-A-1, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-2, T-L-3, T-L-2, T-L-1, T-L-4, T-L-5M-1, M-2, M-3S-1, S-2

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_U01
Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.		BT_2A_U06R2A_U01, R2A_U04, R2A_U05, R2A_U06, R2A_U07InzA2_U02, InzA2_U06C-1, C-2T-W-2, T-W-3, T-W-4M-1, M-2, M-3S-1
BT_2A_BTZ-S-C5_U02
Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.		BT_2A_U06R2A_U01, R2A_U04, R2A_U05, R2A_U06, R2A_U07InzA2_U02, InzA2_U06C-1, C-3, C-2T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-A-1, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-2, T-L-3, T-L-2, T-L-1, T-L-4, T-L-5M-2, M-3S-1

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_K01
Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.		BT_2A_K05R2A_K03, R2A_K04InzA2_K02C-1, C-3, C-2T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-A-1M-3S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_W01
W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.		2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu sekwencji genomowych
3,0W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat poznawania projektów genomów różnych gatunków
4,0Student samodzielnie potrafi definiować i objaśniać zagdanienia związane z projektami gonomowymi
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu poznawania genomów różnych gatunków.
5,0Student obok ugruntowanej wiedzy potrafi argumentować dobór określonych metod używanych w projektach genomowych
BT_2A_BTZ-S-C5_W02
Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.		2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów
3,0Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu
4,0Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych
5,0Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_U01
Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.		2,0
3,0Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_BTZ-S-C5_U02
Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.		2,0
3,0Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-C5_K01
Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.		2,0
3,0Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2009
  2. Słomski R., Analiza DNA Teoria i praktyka, Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, Poznań, 2011

Literatura dodatkowa

  1. Charon K.M., Świtoński M., Genetyka i genomika zwierząt, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze.2
T-A-2Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów.2
T-A-3Markery oparte na retrotranspozonach2
T-A-4Analzia sprzężeń i asocjacyjna całych genomów.2
T-A-5Projekty analiz genomowych2
10

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego2
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.4
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA4
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.2
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.3
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami2
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych2
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu2
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów2
T-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne1
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje2
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów różnych tkanek zwierzęcych2
T-W-8Czynniki tranrypcyjne i ich rola w tkankowo specyficznej ekspresji.3
T-W-9Potranskrypcyjne modyfikacje RNA4
20

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Uczestnictwo w zajęciach10
A-A-2Konsultacje6
A-A-3Przygotowanie do zaliczenia10
A-A-4Zaliczenie treści programowych4
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1uczestnictwo w zajęciach15
A-L-2Studiowanie podanej lteratury6
A-L-3Konsultacje2
A-L-4Przygotowanie do zaliczenia6
A-L-5Zaliczenie materiału1
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach20
A-W-2Samodzielne przygotowanie się do zaliczenia wykładów15
A-W-3Konsultacje z prowadzącym12
A-W-4Zaliczenie pisemne treści wykładowych5
A-W-5Studiowanie literatury8
60
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-C5_W01W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W07wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_W03ma pogłębioną wiedzę na temat biosfery, chemicznych i fizycznych procesów w niej zachodzących, podstaw techniki i kształtowania środowiska dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W06ma rozszerzoną wiedzę o roli i znaczeniu środowiska przyrodniczego i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej oraz o jego zagrożeniach
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów różnych tkanek zwierzęcych
T-W-8Czynniki tranrypcyjne i ich rola w tkankowo specyficznej ekspresji.
T-W-9Potranskrypcyjne modyfikacje RNA
T-A-1Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze.
T-A-3Markery oparte na retrotranspozonach
T-A-4Analzia sprzężeń i asocjacyjna całych genomów.
T-A-5Projekty analiz genomowych
T-A-2Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów.
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.
Metody nauczaniaM-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu sekwencji genomowych
3,0W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat poznawania projektów genomów różnych gatunków
4,0Student samodzielnie potrafi definiować i objaśniać zagdanienia związane z projektami gonomowymi
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu poznawania genomów różnych gatunków.
5,0Student obok ugruntowanej wiedzy potrafi argumentować dobór określonych metod używanych w projektach genomowych
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-C5_W02Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W07wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_W03ma pogłębioną wiedzę na temat biosfery, chemicznych i fizycznych procesów w niej zachodzących, podstaw techniki i kształtowania środowiska dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W06ma rozszerzoną wiedzę o roli i znaczeniu środowiska przyrodniczego i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej oraz o jego zagrożeniach
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów różnych tkanek zwierzęcych
T-W-8Czynniki tranrypcyjne i ich rola w tkankowo specyficznej ekspresji.
T-W-9Potranskrypcyjne modyfikacje RNA
T-A-1Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze.
T-A-3Markery oparte na retrotranspozonach
T-A-4Analzia sprzężeń i asocjacyjna całych genomów.
T-A-5Projekty analiz genomowych
T-A-2Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów.
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.
Metody nauczaniaM-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów
3,0Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu
4,0Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych
5,0Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-C5_U01Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U06Potrafi wykorzystać techniki molekularne stosowane w taksonomii roślin, zwierząt i ludzi; rozumie budowę i funkcje genomu oraz transkryptomu organizmów eukariotycznych i prokariotycznych; zna procesy dziedziczenia i rozwoju organizmu; wykorzystuje metody molekularne w biotechnologii stosowanej; rozumie molekularne podstawy ewolucji; zna czynniki wpływające na zmienność organizmu.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_U01posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i twórczego wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U04samodzielnie planuje, przeprowadza, analizuje i ocenia poprawność wykonanego zadania z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U05samodzielnie i wszechstronnie analizuje problemy wpływające na produkcję i jakość żywności, zdrowie zwierząt i ludzi, stan środowiska naturalnego i zasobów naturalnych oraz wykazuje znajomość zastosowania specjalistycznych technik i ich optymalizacji dostosowanych do studiowanego kierunku studiów i profilu kształcenia
R2A_U06posiada umiejętność doboru i modyfikacji typowych działań (w tym technik i technologii) dostosowanych do zasobów przyrody w celu poprawy jakości życia człowieka, zgodnych ze studiowanym kierunkiem studiów
R2A_U07ocenia wady i zalety podjętych działań, w tym ich oryginalność w rozwiązywaniu zaistniałych problemów zawodowych - dla nabrania doświadczenia i doskonalenia kompetencji inżynierskich
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_U02potrafi wykorzystać do formułowania i rozwiązywania zadań inżynierskich metody analityczne, symulacyjne oraz eksperymentalne
InzA2_U06potrafi dokonać identyfikacji i sformułować specyfikację prostych zadań inżynierskich o charakterze praktycznym, charakterystycznych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów
Metody nauczaniaM-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-C5_U02Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U06Potrafi wykorzystać techniki molekularne stosowane w taksonomii roślin, zwierząt i ludzi; rozumie budowę i funkcje genomu oraz transkryptomu organizmów eukariotycznych i prokariotycznych; zna procesy dziedziczenia i rozwoju organizmu; wykorzystuje metody molekularne w biotechnologii stosowanej; rozumie molekularne podstawy ewolucji; zna czynniki wpływające na zmienność organizmu.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_U01posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i twórczego wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U04samodzielnie planuje, przeprowadza, analizuje i ocenia poprawność wykonanego zadania z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U05samodzielnie i wszechstronnie analizuje problemy wpływające na produkcję i jakość żywności, zdrowie zwierząt i ludzi, stan środowiska naturalnego i zasobów naturalnych oraz wykazuje znajomość zastosowania specjalistycznych technik i ich optymalizacji dostosowanych do studiowanego kierunku studiów i profilu kształcenia
R2A_U06posiada umiejętność doboru i modyfikacji typowych działań (w tym technik i technologii) dostosowanych do zasobów przyrody w celu poprawy jakości życia człowieka, zgodnych ze studiowanym kierunkiem studiów
R2A_U07ocenia wady i zalety podjętych działań, w tym ich oryginalność w rozwiązywaniu zaistniałych problemów zawodowych - dla nabrania doświadczenia i doskonalenia kompetencji inżynierskich
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_U02potrafi wykorzystać do formułowania i rozwiązywania zadań inżynierskich metody analityczne, symulacyjne oraz eksperymentalne
InzA2_U06potrafi dokonać identyfikacji i sformułować specyfikację prostych zadań inżynierskich o charakterze praktycznym, charakterystycznych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne
T-W-6Klasy RNA - właściwości, funkcje
T-W-7Analiza porónawcza transkryptomów różnych tkanek zwierzęcych
T-W-8Czynniki tranrypcyjne i ich rola w tkankowo specyficznej ekspresji.
T-W-9Potranskrypcyjne modyfikacje RNA
T-A-1Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze.
T-A-3Markery oparte na retrotranspozonach
T-A-4Analzia sprzężeń i asocjacyjna całych genomów.
T-A-5Projekty analiz genomowych
T-A-2Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów.
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego
T-L-4Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów.
T-L-5Metod analizy transkryptów RNA.
Metody nauczaniaM-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-S-C5_K01Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_K05wykazuje zdyscyplinowanie w pracy indywidualnej; chętnie uczestniczy w pracy grupowej; potrafi kreatywnie planować i realizować działania własne i zespołowe
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_K03potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
R2A_K04prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_K02potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów
T-A-1Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze.
Metody nauczaniaM-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
3,5
4,0
4,5
5,0