ZUT - Krajowe Ramy Kwalifikacji / Rok 2014/2015 / Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt / Biotechnologia (N2) / Sylabus przedmiotu - Analiza sekwencji nukleotydowych in silico

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (N2)

Sylabus przedmiotu Analiza sekwencji nukleotydowych in silico:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów	Biotechnologia
Forma studiów	studia niestacjonarne	Poziom	drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta	magister inżynier
Obszary studiów	nauk rolniczych, leśnych i weterynaryjnych, studiów inżynierskich
Profil	ogólnoakademicki
Moduł	—
Przedmiot	Analiza sekwencji nukleotydowych in silico
Specjalność	Biotechnologia w produkcji zwierzęcej i ochronie środowiska
Jednostka prowadząca	Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających
Nauczyciel odpowiedzialny	Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele	Daniel Zaborski <Daniel.Zaborski@zut.edu.pl>
ECTS (planowane)	3,0	ECTS (formy)	3,0
Forma zaliczenia	zaliczenie	Język	polski
Blok obieralny	5	Grupa obieralna	1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktyczna	KOD	Semestr	Godziny	ECTS	Waga	Zaliczenie
ćwiczenia audytoryjne	A	4	7	1,5	0,41	zaliczenie
wykłady	W	4	8	1,5	0,59	zaliczenie

Wymagania wstępne

KOD	Wymaganie wstępne
W-1	Podstawowa znajomość obsługi komputera osobistego z dostępem do Internetu.
W-2	Znajomość zagadnień z zakresu biologii molekularnej.

Cele przedmiotu

KOD	Cel modułu/przedmiotu
C-1	Zapoznanie z teoretycznym i praktycznym wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych w analizie sekwencji nukleotydowych.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KOD	Treść programowa	Godziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1	Wyszukiwanie rekordów w bazach sekwencji nukleotydowych - GenBank, EBI, DDBJ.	1
T-A-2	Analiza struktury rekordów GenBank. Projektowanie starterów oligonukleotydowych.	1
T-A-3	Analiza restrykcyjna i elektroforeza DNA in silico	1
T-A-4	Znaczniki sekwencji ulegających ekspresji (EST)	1
T-A-5	Programy do wyszukiwania potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych oraz regionów promotorowych.	1
T-A-6	Analiza i projektowanie wektorów do klonownia molekularnego. SNP - projektowanie testów genetycznych (PCR-RFLP, ACRS-PCR).	1
T-A-7	Porównywanie sekwencji nukleotydowych z wykorzystaniem programów dostępnych on-line (NCBI, EBI)	1
		7
wykłady
T-W-1	Organizacja genomu - typy sekwencji nukleotydowych.	1
T-W-2	Bazy sekwencji nukleotydowych. GenBank - anatomia pliku.	1
T-W-3	Znaczenie programów bioinformatycznych w biologii molekularnej. Możliwości wykorzystania poszczególnych programów w analizie materiału genetycznego in silico (projektowanie starterów, analiza restrykcyjna, projektowanie wektorów)	2
T-W-4	Sekwencjonowanie DNA - analiza wyników.	1
T-W-5	Analiza sekwencji genów - promotory, UTR, eksony, introny.	1
T-W-6	Regiony międzygenowe. Analiza sekwencji mtDNA.	1
T-W-7	Porównywanie sekwencji nukleotydowych. Ewolucja molekularna.	1
		8

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KOD	Forma aktywności	Godziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1	Uczestnictwo w zajęciach audytoryjnych.	7
A-A-2	Przygotowanie projektu.	15
A-A-3	Samodzielne korzystanie z oprogramowania dostępnego on-line.	15
A-A-4	Przygotowanie do zaliczenia materiału zajęć audytoryjnych.	8
		45
wykłady
A-W-1	Uczestnictwo w wykładach.	8
A-W-2	Samodzielna eksploracja baz danych sekwencji nukleotydowych.	5
A-W-3	Samodzielna analiza wyników sekwencjonowania DNA.	5
A-W-4	Czytanie wskazanej literatury.	7
A-W-5	Przygotowanie do zaliczenia treści wykładów.	20
		45

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KOD	Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1	Wykład informacyjny.
M-2	Wykład konwersatoryjny.
M-3	Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-4	Pokaz.

Sposoby oceny

KOD	Sposób oceny
S-1	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści wykładów.
S-2	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści ćwiczeń audytoryjnych.
S-3	Ocena podsumowująca: Ocena przygotowanego przez studenta projektu.

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BT_2A_BTZ-S-O5.3_W01 Definiuje typy sekwencji nukleotydowych.	BT_2A_W06, BT_2A_W07	R2A_W01, R2A_W03, R2A_W04, R2A_W06	—	C-1	T-A-7, T-W-1, T-W-5, T-W-6	M-1, M-2, M-3, M-4	S-1
BT_2A_BTZ-S-O5.3_W02 Opisuje strukturę rekordów GenBank. Dobiera oprogramowanie wykorzystywane w analizach sekwencji nukleotydowych.	BT_2A_W07	R2A_W03, R2A_W06	—	C-1	T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-7	M-1, M-2, M-3, M-4	S-2, S-3

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BT_2A_BTZ-S-O5.3_U01 Potrafi przeprowadzić wybrane analizy sekwencji nukleotydowych in silico.	BT_2A_U05	R2A_U01, R2A_U03, R2A_U04, R2A_U05, R2A_U06, R2A_U07	InzA2_U01, InzA2_U05, InzA2_U08	C-1	T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-A-7, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7	M-1, M-2, M-3, M-4	S-1, S-2, S-3

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BT_2A_BTZ-S-O5.3_K01 Ma świadomość istnienia oprogramowania komputerowego wykorzystywanego w analizie sekwencji nukleotydowych.	BT_2A_K07	R2A_K01, R2A_K07	—	C-1	T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-A-7, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7	M-1, M-2, M-3, M-4	S-1, S-2, S-3

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-O5.3_W01 Definiuje typy sekwencji nukleotydowych.	2,0
	3,0	Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0
BT_2A_BTZ-S-O5.3_W02 Opisuje strukturę rekordów GenBank. Dobiera oprogramowanie wykorzystywane w analizach sekwencji nukleotydowych.	2,0
	3,0	Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BT_2A_BTZ-S-O5.3_U01 Potrafi przeprowadzić wybrane analizy sekwencji nukleotydowych in silico.	2,0
	3,0	Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów zleconego zadania, nie operuje wiedzą kontekstową
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Literatura podstawowa

Brown T.A., Genomy, PWN, Warszawa, 2009
Słomski R. (red.), Analiza DNA – teoria i praktyka, Wydawnictwo UP, Poznań, 2008
Teresa Attwood, Paul G. Higgs, Bioinformatyka i ewolucja molekularna., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2011

Literatura dodatkowa

Jo McEntyre, Jim Ostell, The NCBI Handbook, National Center for Biotechnology Information (US); 2002-., Bethesda (MD), 2010, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21101/

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KOD	Treść programowa	Godziny
T-A-1	Wyszukiwanie rekordów w bazach sekwencji nukleotydowych - GenBank, EBI, DDBJ.	1
T-A-2	Analiza struktury rekordów GenBank. Projektowanie starterów oligonukleotydowych.	1
T-A-3	Analiza restrykcyjna i elektroforeza DNA in silico	1
T-A-4	Znaczniki sekwencji ulegających ekspresji (EST)	1
T-A-5	Programy do wyszukiwania potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych oraz regionów promotorowych.	1
T-A-6	Analiza i projektowanie wektorów do klonownia molekularnego. SNP - projektowanie testów genetycznych (PCR-RFLP, ACRS-PCR).	1
T-A-7	Porównywanie sekwencji nukleotydowych z wykorzystaniem programów dostępnych on-line (NCBI, EBI)	1
		7

Treści programowe - wykłady

KOD	Treść programowa	Godziny
T-W-1	Organizacja genomu - typy sekwencji nukleotydowych.	1
T-W-2	Bazy sekwencji nukleotydowych. GenBank - anatomia pliku.	1
T-W-3	Znaczenie programów bioinformatycznych w biologii molekularnej. Możliwości wykorzystania poszczególnych programów w analizie materiału genetycznego in silico (projektowanie starterów, analiza restrykcyjna, projektowanie wektorów)	2
T-W-4	Sekwencjonowanie DNA - analiza wyników.	1
T-W-5	Analiza sekwencji genów - promotory, UTR, eksony, introny.	1
T-W-6	Regiony międzygenowe. Analiza sekwencji mtDNA.	1
T-W-7	Porównywanie sekwencji nukleotydowych. Ewolucja molekularna.	1
		8

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-A-1	Uczestnictwo w zajęciach audytoryjnych.	7
A-A-2	Przygotowanie projektu.	15
A-A-3	Samodzielne korzystanie z oprogramowania dostępnego on-line.	15
A-A-4	Przygotowanie do zaliczenia materiału zajęć audytoryjnych.	8
		45

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-W-1	Uczestnictwo w wykładach.	8
A-W-2	Samodzielna eksploracja baz danych sekwencji nukleotydowych.	5
A-W-3	Samodzielna analiza wyników sekwencjonowania DNA.	5
A-W-4	Czytanie wskazanej literatury.	7
A-W-5	Przygotowanie do zaliczenia treści wykładów.	20
		45

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BT_2A_BTZ-S-O5.3_W01	Definiuje typy sekwencji nukleotydowych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BT_2A_W06	ma szczegółową i uporządkowaną wiedzę z zakresu wykorzystania procesów molekularnych, enzymatycznych i fizjologicznych organizmów żywych w biotechnologii
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BT_2A_W07	wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	R2A_W01	ma rozszerzoną wiedzę z zakresu biologii, chemii, matematyki, fizyki i nauk pokrewnych dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
	R2A_W03	ma pogłębioną wiedzę na temat biosfery, chemicznych i fizycznych procesów w niej zachodzących, podstaw techniki i kształtowania środowiska dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
	R2A_W04	ma pogłębioną wiedzę o funkcjonowaniu organizmów żywych na różnych poziomach złożoności, przyrody nieożywionej oraz o technicznych zadaniach inżynierskich dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
	R2A_W06	ma rozszerzoną wiedzę o roli i znaczeniu środowiska przyrodniczego i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej oraz o jego zagrożeniach
Cel przedmiotu	C-1	Zapoznanie z teoretycznym i praktycznym wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych w analizie sekwencji nukleotydowych.
Treści programowe	T-A-7	Porównywanie sekwencji nukleotydowych z wykorzystaniem programów dostępnych on-line (NCBI, EBI)
	T-W-1	Organizacja genomu - typy sekwencji nukleotydowych.
	T-W-5	Analiza sekwencji genów - promotory, UTR, eksony, introny.
	T-W-6	Regiony międzygenowe. Analiza sekwencji mtDNA.
Metody nauczania	M-1	Wykład informacyjny.
	M-2	Wykład konwersatoryjny.
	M-3	Objaśnienie lub wyjaśnienie.
	M-4	Pokaz.
Sposób oceny	S-1	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści wykładów.
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BT_2A_BTZ-S-O5.3_W02	Opisuje strukturę rekordów GenBank. Dobiera oprogramowanie wykorzystywane w analizach sekwencji nukleotydowych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BT_2A_W07	wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	R2A_W03	ma pogłębioną wiedzę na temat biosfery, chemicznych i fizycznych procesów w niej zachodzących, podstaw techniki i kształtowania środowiska dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
	R2A_W06	ma rozszerzoną wiedzę o roli i znaczeniu środowiska przyrodniczego i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej oraz o jego zagrożeniach
Cel przedmiotu	C-1	Zapoznanie z teoretycznym i praktycznym wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych w analizie sekwencji nukleotydowych.
Treści programowe	T-A-1	Wyszukiwanie rekordów w bazach sekwencji nukleotydowych - GenBank, EBI, DDBJ.
	T-A-2	Analiza struktury rekordów GenBank. Projektowanie starterów oligonukleotydowych.
	T-A-3	Analiza restrykcyjna i elektroforeza DNA in silico
	T-A-4	Znaczniki sekwencji ulegających ekspresji (EST)
	T-A-5	Programy do wyszukiwania potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych oraz regionów promotorowych.
	T-A-6	Analiza i projektowanie wektorów do klonownia molekularnego. SNP - projektowanie testów genetycznych (PCR-RFLP, ACRS-PCR).
	T-W-2	Bazy sekwencji nukleotydowych. GenBank - anatomia pliku.
	T-W-3	Znaczenie programów bioinformatycznych w biologii molekularnej. Możliwości wykorzystania poszczególnych programów w analizie materiału genetycznego in silico (projektowanie starterów, analiza restrykcyjna, projektowanie wektorów)
	T-W-4	Sekwencjonowanie DNA - analiza wyników.
	T-W-7	Porównywanie sekwencji nukleotydowych. Ewolucja molekularna.
Metody nauczania	M-1	Wykład informacyjny.
	M-2	Wykład konwersatoryjny.
	M-3	Objaśnienie lub wyjaśnienie.
	M-4	Pokaz.
Sposób oceny	S-2	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści ćwiczeń audytoryjnych.
Sposób oceny	S-3	Ocena podsumowująca: Ocena przygotowanego przez studenta projektu.
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BT_2A_BTZ-S-O5.3_U01	Potrafi przeprowadzić wybrane analizy sekwencji nukleotydowych in silico.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BT_2A_U05	Potrafi zaprojektować oraz zrealizować proces eksperymentalny; zna i stosuje metody oraz systemy diagnostyki laboratoryjnej i molekularnej; posiada umiejętność prowadzenia prac badawczych z użyciem materiału biologicznego; potrafi przeprowadzać badania z użyciem mikroskopów; stosuje w analizie i diagnostyce narzędzia bioinformatyczne. Zna systemy i procesy wykorzystywane w ocenie stanu środowiska.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	R2A_U01	posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i twórczego wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
	R2A_U03	rozumie i stosuje odpowiednie technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji z zakresu produkcji rolniczej i leśnej
	R2A_U04	samodzielnie planuje, przeprowadza, analizuje i ocenia poprawność wykonanego zadania z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
	R2A_U05	samodzielnie i wszechstronnie analizuje problemy wpływające na produkcję i jakość żywności, zdrowie zwierząt i ludzi, stan środowiska naturalnego i zasobów naturalnych oraz wykazuje znajomość zastosowania specjalistycznych technik i ich optymalizacji dostosowanych do studiowanego kierunku studiów i profilu kształcenia
	R2A_U06	posiada umiejętność doboru i modyfikacji typowych działań (w tym technik i technologii) dostosowanych do zasobów przyrody w celu poprawy jakości życia człowieka, zgodnych ze studiowanym kierunkiem studiów
	R2A_U07	ocenia wady i zalety podjętych działań, w tym ich oryginalność w rozwiązywaniu zaistniałych problemów zawodowych - dla nabrania doświadczenia i doskonalenia kompetencji inżynierskich
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	InzA2_U01	potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
	InzA2_U05	potrafi dokonać krytycznej analizy sposobu funkcjonowania i ocenić - zwłaszcza w powiązaniu ze studiowanym kierunkiem studiów - istniejące rozwiązania techniczne, w szczególności urządzenia, obiekty, systemy, procesy, usługi
	InzA2_U08	potrafi - zgodnie z zadaną specyfikacją - zaprojektować proste urządzenie, obiekt, system lub proces, typowe dla studiowanego kierunku studiów, używając właściwych metod, technik i narzędzi
Cel przedmiotu	C-1	Zapoznanie z teoretycznym i praktycznym wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych w analizie sekwencji nukleotydowych.
Treści programowe	T-A-1	Wyszukiwanie rekordów w bazach sekwencji nukleotydowych - GenBank, EBI, DDBJ.
	T-A-2	Analiza struktury rekordów GenBank. Projektowanie starterów oligonukleotydowych.
	T-A-3	Analiza restrykcyjna i elektroforeza DNA in silico
	T-A-4	Znaczniki sekwencji ulegających ekspresji (EST)
	T-A-5	Programy do wyszukiwania potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych oraz regionów promotorowych.
	T-A-6	Analiza i projektowanie wektorów do klonownia molekularnego. SNP - projektowanie testów genetycznych (PCR-RFLP, ACRS-PCR).
	T-A-7	Porównywanie sekwencji nukleotydowych z wykorzystaniem programów dostępnych on-line (NCBI, EBI)
	T-W-1	Organizacja genomu - typy sekwencji nukleotydowych.
	T-W-2	Bazy sekwencji nukleotydowych. GenBank - anatomia pliku.
	T-W-3	Znaczenie programów bioinformatycznych w biologii molekularnej. Możliwości wykorzystania poszczególnych programów w analizie materiału genetycznego in silico (projektowanie starterów, analiza restrykcyjna, projektowanie wektorów)
	T-W-4	Sekwencjonowanie DNA - analiza wyników.
	T-W-5	Analiza sekwencji genów - promotory, UTR, eksony, introny.
	T-W-6	Regiony międzygenowe. Analiza sekwencji mtDNA.
	T-W-7	Porównywanie sekwencji nukleotydowych. Ewolucja molekularna.
Metody nauczania	M-1	Wykład informacyjny.
	M-2	Wykład konwersatoryjny.
	M-3	Objaśnienie lub wyjaśnienie.
	M-4	Pokaz.
Sposób oceny	S-1	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści wykładów.
	S-2	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści ćwiczeń audytoryjnych.
	S-3	Ocena podsumowująca: Ocena przygotowanego przez studenta projektu.
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów zleconego zadania, nie operuje wiedzą kontekstową
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BT_2A_BTZ-S-O5.3_K01	Ma świadomość istnienia oprogramowania komputerowego wykorzystywanego w analizie sekwencji nukleotydowych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BT_2A_K07	rozumie celowość pobudzania indywidualnej aktywności poznawczej oraz podnoszenia kompetencji zawodowych; wykazuje samodzielność w zdobywaniu informacji naukowych z różnych źródeł
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	R2A_K01	rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, potrafi inspirować i organizować proces uczenia się innych osób
	R2A_K07	ma świadomość potrzeby ukierunkowanego dokształcania i samodoskonalenia w zakresie wykonywanego zawodu
Cel przedmiotu	C-1	Zapoznanie z teoretycznym i praktycznym wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych w analizie sekwencji nukleotydowych.
Treści programowe	T-A-1	Wyszukiwanie rekordów w bazach sekwencji nukleotydowych - GenBank, EBI, DDBJ.
	T-A-2	Analiza struktury rekordów GenBank. Projektowanie starterów oligonukleotydowych.
	T-A-3	Analiza restrykcyjna i elektroforeza DNA in silico
	T-A-4	Znaczniki sekwencji ulegających ekspresji (EST)
	T-A-5	Programy do wyszukiwania potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych oraz regionów promotorowych.
	T-A-6	Analiza i projektowanie wektorów do klonownia molekularnego. SNP - projektowanie testów genetycznych (PCR-RFLP, ACRS-PCR).
	T-A-7	Porównywanie sekwencji nukleotydowych z wykorzystaniem programów dostępnych on-line (NCBI, EBI)
	T-W-1	Organizacja genomu - typy sekwencji nukleotydowych.
	T-W-2	Bazy sekwencji nukleotydowych. GenBank - anatomia pliku.
	T-W-3	Znaczenie programów bioinformatycznych w biologii molekularnej. Możliwości wykorzystania poszczególnych programów w analizie materiału genetycznego in silico (projektowanie starterów, analiza restrykcyjna, projektowanie wektorów)
	T-W-4	Sekwencjonowanie DNA - analiza wyników.
	T-W-5	Analiza sekwencji genów - promotory, UTR, eksony, introny.
	T-W-6	Regiony międzygenowe. Analiza sekwencji mtDNA.
	T-W-7	Porównywanie sekwencji nukleotydowych. Ewolucja molekularna.
Metody nauczania	M-1	Wykład informacyjny.
	M-2	Wykład konwersatoryjny.
	M-3	Objaśnienie lub wyjaśnienie.
	M-4	Pokaz.
Sposób oceny	S-1	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści wykładów.
	S-2	Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie treści ćwiczeń audytoryjnych.
	S-3	Ocena podsumowująca: Ocena przygotowanego przez studenta projektu.