Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biologia (N2)
specjalność: Biologia molekularna i podstawy analityki
Sylabus przedmiotu Markery genetyczne:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biologia | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia niestacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister | ||
| Obszary studiów | nauk przyrodniczych | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Markery genetyczne | ||
| Specjalność | Biologia molekularna i podstawy analityki | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | |||
| ECTS (planowane) | 2,0 | ECTS (formy) | 2,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
| Blok obieralny | — | Grupa obieralna | — |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Student powinien posiadać wiadomości z zakresu genetyki ogólnej oraz biologii molekularnej. |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Celem przedmiotu jest zapoznanie studenta z markerami genetycznymi. |
| C-2 | Przybliżenie aktualnych metod molekularnych stosowanych w celu identyfikacji i analizy markerów genetycznych. |
| C-3 | Wskazanie sposobów poszukiwania nowych markerów genetycznych. |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| laboratoria | ||
| T-L-1 | Zasady BHP w laboratorium. Obsługa urządzeń laboratoryjnych. Przygotowanie stanowisk do pracy. Izolacja kwasów nukleinowych z różnych tkanek. Porównanie metod izolacji DNA. Preparatyka RNA. Metody zabezpieczania RNA przed degradacją. | 1 |
| T-L-2 | Jakościowa oraz ilościowa ocena preparatów kwasów nukleinowych. Techniki wykorzystywane w identyfikacji markerów genetycznych. PCR, PCR-RFLP, PCR-ACRS cz.1 Techniki wykorzystywane w identyfikacji markerów genetycznych. PCR-indel, PCR-multipleks, LONG-PCR cz.2 | 1 |
| T-L-3 | Wykrywanie nieznanych mutacji w sekwencjach DNA. PCR-SSCP.Elektroforeza poliakrylamidowa. Barwienie DNA srebrem. Diagnostyka chorób genetcznych. Polimorfizm indel genu PRNP owcy. Markery molekularne płci. Ustalanie płci ssaków i ptaków. | 1 |
| T-L-4 | Markery genetyczne otłuszczenia i umięśnienia. Polimorfizm genów leptyny i miostatyny. Analiza ekspresji genów cz.1 RT-PCR, półilościowa ocena poziomu ekspresji genów. Analiza ekspresji genów cz.2. real time-PCR, ilościowa ocena poziomu ekspresji genów. | 1 |
| T-L-5 | Markery genetyczne w identyfikacji gatunkowej. Międzygatunkowa analiza sekwencjii mtDNA wybranych gatunków. Markery genetyczne w identyfikacji osobniczej. Sekwencje powtórzone (STR, VNTR). Analiza wyników sekwencjonowania DNA. | 1 |
| 5 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Definicje markerów genetycznych. Organizacja genomu ssaków. Charakterystyka markerów klasy I i II oraz możliwości ich wykorzystania w analizie wybranych cech u ssaków. Markery cytogenetyczne. | 2 |
| T-W-2 | Wykorzystanie martkerów molekularnych i cytogenetycznych w diagnostyce wad rozwojowych. | 2 |
| T-W-3 | Markery genetyczne w prognozowaniu otłuszczenia u ssaków na modelu mysim. | 2 |
| T-W-4 | Proces starzenia się - choroba genetyczna czy stan fizjologiczny? Progeria i przypadek Brooke Greenberg a merkery genetyczne starzenia się ssakówe. | 2 |
| T-W-5 | Prosta definicja płci a złożony proces determinacji i różnicowania płciowego u ssków. Identyfikacja płci z wykorzystaniem markerów molekularnych. | 2 |
| 10 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| laboratoria | ||
| A-L-1 | Uczestnictwo w zajęciach laboratoryjnych. | 5 |
| A-L-2 | Samodzielne poszerzanie wiedzy teoretycznej. | 5 |
| A-L-3 | Przygotowanie do zaliczenia materiału. | 5 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Udział studenta w przeprowadzonych wykładach | 10 |
| A-W-2 | Przygotowanie się do zaliczenia. | 5 |
| A-W-3 | Samodzielne studiowanie pismiennictwa | 30 |
| 45 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Metody podające (wykład informacyjny, pogadanka, objaśnienie). |
| M-2 | Metody problemowe (wykład problemowy, wykład konwersatoryjny). |
| M-3 | Metody praktyczne (ćwiczenia laboratoryjne, metoda projektów). |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów. |
| S-2 | Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń. |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-B7_W01 Definiuje typy markerów genetycznych. | BL_2A_W12 | P2A_W01, P2A_W05, P2A_W07 | C-1 | T-W-1 | M-1 | S-1 |
| BL_2A_BLM-S-B7_W02 Rozróżnia choroby genetyczne dziedziczone autosomalnie recesywnie i dominująco. Objaśnia mechanizmy genetycznej determinacji otłuszczenia, miognezy, starzenia się organizmu oraz zaburzeń determinacji płci. | BL_2A_W11, BL_2A_W12 | P2A_W01, P2A_W04, P2A_W05, P2A_W07 | C-3 | T-W-2, T-W-5, T-W-4, T-W-3 | M-2, M-1 | S-1 |
| BL_2A_BLM-S-B7_W03 Rozróżnia metody izolacji kwasów nukleinowych. Dobiera metodę identyfikacji markera genetycznego w zależności od rodzaju sekwencji nukleotydowej, typu polimorfizmu sekwencji. | BL_2A_W03, BL_2A_W12 | P2A_W01, P2A_W02, P2A_W05, P2A_W06, P2A_W07 | C-2 | T-L-2, T-L-1, T-L-5, T-L-3, T-L-4 | M-3 | S-2 |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-B7_U01 Potrafi przeprowadzić preparatykę DNA/RNA z różnych tkanek. Interpretuje wyniki oceny ilościowej i jakościowej preparatów kwasów nukleinowych. | BL_2A_U06 | P2A_U01, P2A_U03, P2A_U06 | C-2 | — | M-3 | S-2 |
| BL_2A_BLM-S-B7_U02 Potrafi przygotować mieszaninę reakcyjną do przeprowadzenia syntezy DNA in vitro, wykorzystywać enzymy restrykcyjne do identyfikacji substytucji pojedynczych nukleotydów. Potrafi posługiwać się techniką PCR do identyfikacji polimorfizmu DNA typu ins/del, analizy ekspresji genów. | BL_2A_U06, BL_2A_U11 | P2A_U01, P2A_U02, P2A_U03, P2A_U04, P2A_U06 | C-3, C-2 | — | M-3 | S-2 |
| BL_2A_BLM-S-B7_U03 Interpretuje wyniki analizy SSCP. Umie przeprowadzić barwienie żeli PAA srebrem. Potrafi odczytać wyniki sekwencjonowania DNA. | BL_2A_U09 | P2A_U01, P2A_U02, P2A_U04, P2A_U05 | C-3 | — | M-3 | S-2 |
Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-B7_K01 Ma świadomość złożoności i różnorodności genomów. | BL_2A_K01 | P2A_K04, P2A_K07 | C-1 | T-W-2, T-W-1, T-W-5, T-W-4, T-W-3 | M-1 | S-1 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-B7_W01 Definiuje typy markerów genetycznych. | 2,0 | |
| 3,0 | Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe,wykazuje średnie zainteresowaniew stosunku do wiedzy,popełnia wiele błędóww zakresie wyrażania wiedzy | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 | ||
| BL_2A_BLM-S-B7_W02 Rozróżnia choroby genetyczne dziedziczone autosomalnie recesywnie i dominująco. Objaśnia mechanizmy genetycznej determinacji otłuszczenia, miognezy, starzenia się organizmu oraz zaburzeń determinacji płci. | 2,0 | |
| 3,0 | Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe,wykazuje średnie zainteresowaniew stosunku do wiedzy,popełnia wiele błędóww zakresie wyrażania wiedzy | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 | ||
| BL_2A_BLM-S-B7_W03 Rozróżnia metody izolacji kwasów nukleinowych. Dobiera metodę identyfikacji markera genetycznego w zależności od rodzaju sekwencji nukleotydowej, typu polimorfizmu sekwencji. | 2,0 | |
| 3,0 | Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe,wykazuje średnie zainteresowaniew stosunku do wiedzy,popełnia wiele błędóww zakresie wyrażania wiedzy | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-B7_U01 Potrafi przeprowadzić preparatykę DNA/RNA z różnych tkanek. Interpretuje wyniki oceny ilościowej i jakościowej preparatów kwasów nukleinowych. | 2,0 | |
| 3,0 | Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów zleconego zadania, nie operuje wiedzą kontekstową | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 | ||
| BL_2A_BLM-S-B7_U02 Potrafi przygotować mieszaninę reakcyjną do przeprowadzenia syntezy DNA in vitro, wykorzystywać enzymy restrykcyjne do identyfikacji substytucji pojedynczych nukleotydów. Potrafi posługiwać się techniką PCR do identyfikacji polimorfizmu DNA typu ins/del, analizy ekspresji genów. | 2,0 | |
| 3,0 | Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów zleconego zadania, nie operuje wiedzą kontekstową | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 | ||
| BL_2A_BLM-S-B7_U03 Interpretuje wyniki analizy SSCP. Umie przeprowadzić barwienie żeli PAA srebrem. Potrafi odczytać wyniki sekwencjonowania DNA. | 2,0 | |
| 3,0 | Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów zleconego zadania, nie operuje wiedzą kontekstową | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- Brown T.A., Genomy z CD-ROM, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2009
- Słomski R. (red.), Analiza DNA teoria i praktyka, Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, Poznań, 2011
- Zwierzchowski L., Świtoński M., Genomika bydła i świń., Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, Poznań, 2009
Literatura dodatkowa
- Bal J., Biologia molekularna w medycynie. Elementy genetyki klinicznej., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2008