Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biologia (S1)

Sylabus przedmiotu Genomika:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta licencjat
Obszary studiów nauk przyrodniczych
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Genomika
Specjalność Biologia
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt
Nauczyciel odpowiedzialny Arkadiusz Terman <Arkadiusz.Terman@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
laboratoriaL6 15 1,00,41zaliczenie
wykładyW6 15 1,00,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego2
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.4
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA4
T-L-4Zastosowanie narzędzi bioinformatycznych i baz danych do analizy genów i genomów5
15
wykłady
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami2
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych3
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu3
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów3
T-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne2
T-W-6Badanie różnych obszarów zastosowań genomiki2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1uczestnictwo w zajęciach15
A-L-2Studiowanie podanej lteratury6
A-L-3Konsultacje2
A-L-4Przygotowanie do zaliczenia6
A-L-5Zaliczenie materiału1
30
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2Samodzielne przygotowanie się do zaliczenia wykładów10
A-W-3Konsultacje3
A-W-4Zaliczenie treści wykładowych2
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_1A_BL-S-C25_W01
W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
BL_1A_W06P1A_W01, P1A_W03, P1A_W05, P1A_W07C-1, C-2, C-3T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4M-1, M-2, M-3S-1, S-2
BL_1A_BL-S-C25_W02
Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
BL_1A_W09P1A_W03, P1A_W04, P1A_W05, P1A_W07C-1, C-2, C-3T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4M-1, M-2, M-3S-1, S-2

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_1A_BL-S-C25_U01
Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
BL_1A_U06P1A_U01, P1A_U04, P1A_U06, P1A_U10, P1A_U11
BL_1A_BL-S-C25_U02
Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
BL_1A_U12P1A_U01, P1A_U04, P1A_U06, P1A_U10

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_1A_BL-S-C25_K01
Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
BL_1A_K01P1A_K01, P1A_K04

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BL_1A_BL-S-C25_W01
W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu sekwencji genomowych
3,0W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat poznawania projektów genomów różnych gatunków
4,0Student samodzielnie potrafi definiować i objaśniać zagdanienia związane z projektami gonomowymi
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu poznawania genomów różnych gatunków.
5,0Student obok ugruntowanej wiedzy potrafi argumentować dobór określonych metod używanych w projektach genomowych
BL_1A_BL-S-C25_W02
Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów
3,0Student posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu
4,0Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych
5,0Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu

Literatura podstawowa

  1. Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2001
  2. Primrose S.B, Zasady analizy genomu, Wydawnictwa Naukowo-Techniczne, 1999
  3. Węgleński P., Genetyka molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2006

Literatura dodatkowa

  1. Bal J., Biologia molekularna w medycynie, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2001

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego2
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.4
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA4
T-L-4Zastosowanie narzędzi bioinformatycznych i baz danych do analizy genów i genomów5
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami2
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych3
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu3
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów3
T-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne2
T-W-6Badanie różnych obszarów zastosowań genomiki2
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1uczestnictwo w zajęciach15
A-L-2Studiowanie podanej lteratury6
A-L-3Konsultacje2
A-L-4Przygotowanie do zaliczenia6
A-L-5Zaliczenie materiału1
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2Samodzielne przygotowanie się do zaliczenia wykładów10
A-W-3Konsultacje3
A-W-4Zaliczenie treści wykładowych2
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_1A_BL-S-C25_W01W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_1A_W06posiada wiedzę na temat teorii dziedziczenia cech jakościowych i ilościowych organizmów, funkcjonowania genów i genomów, zasady inżynierii genetycznej oraz założenia modyfikacji kwasów nukleinowych
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_W01rozumie podstawowe zjawiska i procesy przyrodnicze
P1A_W03ma wiedzę z zakresu matematyki, fizyki i chemii niezbędną dla zrozumienia podstawowych procesów i zjawisk przyrodniczych
P1A_W05ma wiedzę w zakresie podstawowych kategorii pojęciowych i terminologii przyrodniczej oraz ma znajomość rozwoju dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów i stosowanych w nich metod badawczych
P1A_W07ma wiedzę w zakresie podstawowych technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
Treści programoweT-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów
T-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne
T-W-6Badanie różnych obszarów zastosowań genomiki
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA
T-L-4Zastosowanie narzędzi bioinformatycznych i baz danych do analizy genów i genomów
Metody nauczaniaM-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu sekwencji genomowych
3,0W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat poznawania projektów genomów różnych gatunków
4,0Student samodzielnie potrafi definiować i objaśniać zagdanienia związane z projektami gonomowymi
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu poznawania genomów różnych gatunków.
5,0Student obok ugruntowanej wiedzy potrafi argumentować dobór określonych metod używanych w projektach genomowych
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_1A_BL-S-C25_W02Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_1A_W09zna biochemiczne podłoże procesów życiowych bazujące na wiedzy o klasyfikacji, budowie, funkcjach i przemianach substratów wystepujących w żywych organizmach
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_W03ma wiedzę z zakresu matematyki, fizyki i chemii niezbędną dla zrozumienia podstawowych procesów i zjawisk przyrodniczych
P1A_W04ma wiedzę w zakresie najważniejszych problemów z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów oraz zna ich powiązania z innymi dyscyplinami przyrodniczymi
P1A_W05ma wiedzę w zakresie podstawowych kategorii pojęciowych i terminologii przyrodniczej oraz ma znajomość rozwoju dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów i stosowanych w nich metod badawczych
P1A_W07ma wiedzę w zakresie podstawowych technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu
C-2Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów
Treści programoweT-W-1Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami
T-W-2Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów, polimorfizm DNA i jego rodzaje, wykrywanie różnych typów polimorfizmów genetycznych
T-W-3Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie, badania nad poznaniem funkcjonowania całego genomu, badanie ekspresji wielu genów, analiza regulacji funkcjonowania genomu
T-W-4Molekularne podstawy ewolucji genomów. Mapowanie genomów
T-W-5Biblioteki genomowe i ekspresyjne
T-W-6Badanie różnych obszarów zastosowań genomiki
T-L-1Izolacja DNA plazmidowego
T-L-2Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna.
T-L-3Izolacja i analiza mtDNA
T-L-4Zastosowanie narzędzi bioinformatycznych i baz danych do analizy genów i genomów
Metody nauczaniaM-1Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami
M-2Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora
M-3Praca w grupach laboratoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów
3,0Student posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy.
3,5Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu
4,0Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu
4,5Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych
5,0Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_1A_BL-S-C25_U01Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_1A_U06posiada umiejętność rozumienia mechanizmów determinujących funkcje życiowe, ontogenezę; potrafi posługiwać się podstawowymi narzędziami biologii molekularnej, inżynierii genetycznej, potrafi określić obszary, w których wykorzystuje się techniki molekularne; potrafi przeprowadzić proste analizy molekularne pod opieką prowadzącego; posiada umiejętności analizy i interpretacji wyników;
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_U01stosuje podstawowe techniki i narzędzia badawcze w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
P1A_U04wykonuje zlecone proste zadania badawcze lub ekspertyzy pod kierunkiem opiekuna naukowego
P1A_U06przeprowadza obserwacje oraz wykonuje w terenie lub laboratorium proste pomiary fizyczne, biologiczne i chemiczne
P1A_U10posiada umiejętność wystąpień ustnych w języku polskim i języku obcym, dotyczących zagadnień szczegółowych z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
P1A_U11uczy się samodzielnie w sposób ukierunkowany
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_1A_BL-S-C25_U02Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_1A_U12posługuje się kluczowymi pojęciami z zakresu chemii bioorganicznej; umie przewidywać przebieg reakcji związków organicznych; wykorzystuje metody analizy instrumentalnej stosowanej w chemii organicznej i biochemicznej; analizuje informacje wynikające z różnic w profilach białkowych; zna podstawowe zasady analiz proteomicznych; analizuje zmiany w organizmie powstające przy zażywaniu wybranych substancji;
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_U01stosuje podstawowe techniki i narzędzia badawcze w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
P1A_U04wykonuje zlecone proste zadania badawcze lub ekspertyzy pod kierunkiem opiekuna naukowego
P1A_U06przeprowadza obserwacje oraz wykonuje w terenie lub laboratorium proste pomiary fizyczne, biologiczne i chemiczne
P1A_U10posiada umiejętność wystąpień ustnych w języku polskim i języku obcym, dotyczących zagadnień szczegółowych z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_1A_BL-S-C25_K01Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_1A_K01wykazuje zrozumienie podstawowych procesów i zjawisk biologicznych oraz przekonanie o ich empirycznej poznawalności w oparciu o metody matematyczne i statystyczne
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_K01rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie
P1A_K04prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu