Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S1)

Sylabus przedmiotu Biologiczne bazy danych:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta inżynier
Obszary studiów nauk rolniczych, leśnych i weterynaryjnych, studiów inżynierskich
Profil ogólnoakademicki
Moduł —
Przedmiot Biologiczne bazy danych
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających
Nauczyciel odpowiedzialny Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 16 Grupa obieralna 1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
wykładyW6 15 1,00,59zaliczenie
laboratoriaL6 15 1,00,41zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu biologii na poziomie szkoły średniej.
W-2Wiedza z zakresu informatyki na poziomie szkoły średniej.

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
C-2Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).2
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.2
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).3
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).2
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.2
T-L-6Analiza danych mikromacierzowych.2
T-L-7Analiza profili proteomicznych.2
15
wykłady
T-W-1Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.2
T-W-2Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.2
T-W-3Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).3
T-W-4Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.2
T-W-5Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).2
T-W-6Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.2
T-W-7Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Uczestnictow w ćwiczeniach.15
A-L-2Przygotowanie projektu.5
A-L-3Przygotowanie się do zaliczenia treści ćwiczeń.10
30
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w wykładach.15
A-W-2Samodzielna eksploracja wskazanych baz danych.5
A-W-3Przygotowanie się do zaliczenia wykładów.10
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny.
M-2Opis.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
S-2Ocena podsumowująca: Projekt.
S-3Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_W01
Wymienia typy biologicznych baz danych.		BT_1A_W21, BT_1A_W09R1A_W01, R1A_W03, R1A_W06, R1A_W09—C-1T-W-1, T-W-3, T-W-6, T-W-4, T-W-7, T-W-5M-1, M-2, M-3S-1, S-3
BT_1A_BT-S-O12.3_W02
Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych.		BT_1A_W21R1A_W01, R1A_W09—C-2T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-6, T-L-5, T-L-7, T-W-2M-1, M-2, M-3S-1, S-2, S-3

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_U01
Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji.		BT_1A_U13R1A_U01, R1A_U03, R1A_U04InzA_U01, InzA_U02, InzA_U03C-1, C-2T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-6, T-L-5, T-L-7, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-6, T-W-4, T-W-7, T-W-5M-1, M-2, M-3S-1, S-2

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_K01
Ma świadomość istnienia baz danych gromadzących informacje biologiczną.		BT_1A_K05R1A_K01, R1A_K07, R1A_K08InzA_K02C-1, C-2T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-6, T-L-5, T-L-7, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-6, T-W-4, T-W-7, T-W-5M-1, M-2, M-3S-1, S-2, S-3

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_W01
Wymienia typy biologicznych baz danych.		2,0
3,0Student poprawnie wykorzystuje i korzysta z zasobów niektórych biologicznych baz danych
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_1A_BT-S-O12.3_W02
Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych.		2,0
3,0Student poprawnie definiuje strukturę rekordów najważniejszych biologicznych baz danych
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_U01
Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji.		2,0
3,0Student wykorzystuje najważniejsze biologiczne bazy danych do pozyskiwania informacji
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Teresa Attwood, Paul G. Higgs, Bioinformatyka i ewolucja molekularna., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2011
  2. Jo McEntyre, Jim Ostell, The NCBI Handbook, National Center for Biotechnology Information (US); 2002-., Bethesda (MD), 2010, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21101/

Literatura dodatkowa

  1. Terry A. Brown., Genomy., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).2
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.2
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).3
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).2
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.2
T-L-6Analiza danych mikromacierzowych.2
T-L-7Analiza profili proteomicznych.2
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.2
T-W-2Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.2
T-W-3Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).3
T-W-4Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.2
T-W-5Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).2
T-W-6Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.2
T-W-7Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.2
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Uczestnictow w ćwiczeniach.15
A-L-2Przygotowanie projektu.5
A-L-3Przygotowanie się do zaliczenia treści ćwiczeń.10
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w wykładach.15
A-W-2Samodzielna eksploracja wskazanych baz danych.5
A-W-3Przygotowanie się do zaliczenia wykładów.10
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_1A_BT-S-O12.3_W01Wymienia typy biologicznych baz danych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_W21ma podstawową wiedzę w zakresie informatyki, programów komputerowych oraz biologicznych baz danych i potrafi ją wykorzystywać w biotechnologii
BT_1A_W09ma ugruntowaną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR1A_W01ma podstawową wiedzę z zakresu biologii, chemii, matematyki, fizyki i nauk pokrewnych dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R1A_W03ma ogólną wiedzę na temat biosfery, chemicznych i fizycznych procesów w niej zachodzących, właściwości surowców roślinnych i zwierzęcych, podstaw techniki i kształtowania środowiska dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R1A_W06ma wiedzę o roli i znaczeniu środowiska przyrodniczego i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej oraz jego zagrożeniach
R1A_W09zna ogólne zasady tworzenia i rozwoju form indywidualnej przedsiębiorczości, wykorzystującej wiedzę z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
Treści programoweT-W-1Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.
T-W-3Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).
T-W-6Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.
T-W-4Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.
T-W-7Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.
T-W-5Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny.
M-2Opis.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
S-3Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student poprawnie wykorzystuje i korzysta z zasobów niektórych biologicznych baz danych
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_1A_BT-S-O12.3_W02Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_W21ma podstawową wiedzę w zakresie informatyki, programów komputerowych oraz biologicznych baz danych i potrafi ją wykorzystywać w biotechnologii
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR1A_W01ma podstawową wiedzę z zakresu biologii, chemii, matematyki, fizyki i nauk pokrewnych dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R1A_W09zna ogólne zasady tworzenia i rozwoju form indywidualnej przedsiębiorczości, wykorzystującej wiedzę z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-2Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.
Treści programoweT-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).
T-L-6Analiza danych mikromacierzowych.
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.
T-L-7Analiza profili proteomicznych.
T-W-2Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny.
M-2Opis.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
S-2Ocena podsumowująca: Projekt.
S-3Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student poprawnie definiuje strukturę rekordów najważniejszych biologicznych baz danych
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_1A_BT-S-O12.3_U01Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_U13Umie zastosować wiedzę i umiejętności z zakresu bioinformatyki w badaniach biotechnologicznych; wykorzystuje biologiczne bazy danych jako ważne źródło informacji.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR1A_U01posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R1A_U03stosuje podstawowe technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji z zakresu produkcji rolniczej i leśnej
R1A_U04wykonuje pod kierunkiem opiekuna naukowego proste zadanie badawcze lub projektowe dotyczące szeroko rozumianego rolnictwa, prawidłowo interpretuje rezultaty i wyciąga wnioski
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_U01potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
InzA_U02potrafi wykorzystać do formułowania i rozwiązywania zadań inżynierskich metody analityczne, symulacyjne oraz eksperymentalne
InzA_U03potrafi - przy formułowaniu i rozwiązywaniu zadań inżynierskich - dostrzegać ich aspekty systemowe i pozatechniczne
Cel przedmiotuC-1Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
C-2Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.
Treści programoweT-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).
T-L-6Analiza danych mikromacierzowych.
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.
T-L-7Analiza profili proteomicznych.
T-W-1Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.
T-W-2Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.
T-W-3Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).
T-W-6Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.
T-W-4Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.
T-W-7Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.
T-W-5Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny.
M-2Opis.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
S-2Ocena podsumowująca: Projekt.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student wykorzystuje najważniejsze biologiczne bazy danych do pozyskiwania informacji
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_1A_BT-S-O12.3_K01Ma świadomość istnienia baz danych gromadzących informacje biologiczną.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_K05wykazuje otwartość dla ogólnego i kierunkowego kształtowania i rozwijania własnej aktywności poznawczej w oparciu o różne źródła informacji naukowe; umie myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR1A_K01rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie
R1A_K07ma świadomość potrzeby dokształcania i samodoskonalenia w zakresie wykonywanego zawodu
R1A_K08potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_K02potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotuC-1Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
C-2Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.
Treści programoweT-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).
T-L-6Analiza danych mikromacierzowych.
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.
T-L-7Analiza profili proteomicznych.
T-W-1Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy.
T-W-2Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.
T-W-3Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).
T-W-6Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.
T-W-4Bazy genów człowieka, chorób oraz polimorfizmu DNA.
T-W-7Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.
T-W-5Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny.
M-2Opis.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
S-2Ocena podsumowująca: Projekt.
S-3Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.