Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biologia (N2)

Sylabus przedmiotu Bioinformatyka:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biologia
Forma studiów studia niestacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister
Obszary studiów nauk przyrodniczych
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Bioinformatyka
Specjalność Biologia roślin
Jednostka prowadząca Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających
Nauczyciel odpowiedzialny Daniel Zaborski <Daniel.Zaborski@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA2 5 1,00,29zaliczenie
laboratoriaL2 10 1,00,29zaliczenie
wykładyW2 5 1,00,42zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu matematyki, biofizyki, biochemii

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Zapoznanie z wybranymi biologicznymi bazami danych, zasadami dopasowywania sekwencji, zagadnieniami genomiki strukturalnej i funkcjonalnej, filogenetyki oraz bioinformatyki strukturalnej
C-2Ukształtowanie umiejętności wyszukiwania informacji w biologicznych bazach danych oraz posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Filogenetyka. Metody budowy i oceny drzew filogenetycznych2
T-A-2Analiza danych mikromacierzowych2
T-A-3Wybrane zagadnienia bioinformatyki strukturalnej1
5
laboratoria
T-L-1Przegląd wybranych biologicznych baz danych oraz programów bioinformatycznych2
T-L-2Pobieranie danych z biologicznych baz danych2
T-L-3Analiza sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych2
T-L-4Analiza danych mikromacierzowych2
T-L-5Tworzenie drzew filogenetycznych2
10
wykłady
T-W-1Wybrane biologiczne bazy danych. Formaty danych2
T-W-2Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji2
T-W-3Analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów1
5

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Udział studenta w ćwiczeniach audytoryjnych10
A-A-2Przygotowanie do zaliczenia18
A-A-3Zaliczenie audytoriów w formie pisemnej2
30
laboratoria
A-L-1uczestnictwo w zajęciach10
A-L-2Przygotowanie do ćwiczeń10
A-L-3Przygotowanie do zaliczenia8
A-L-4Zaliczenie praktyczne2
30
wykłady
A-W-1Udział studenta w wykładach5
A-W-2Samodzielne studiowanie tematyki wykładów17
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia6
A-W-4Pisemne zaliczenie wykładów2
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
M-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne wykładów
S-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne audytoriów
S-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_2A_BLR-S-C6_W01
opisuje wybrane biologiczne bazy danych oraz podstawowe formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowywania sekwencji, charakteryzuje rodzaje map genomowych oraz metody sekwencjonowania, składania, opisywania i porównywania genomów, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy
BL_2A_W05, BL_2A_W12, BL_2A_W15P2A_W01, P2A_W03, P2A_W04, P2A_W05, P2A_W06, P2A_W07C-1T-W-2, T-W-3, T-W-1M-1, M-2S-1
BL_2A_BLR-S-C6_W02
charakteryzuje podstawowe typy mikromacierzy, ich zastosowania oraz etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach
BL_2A_W05, BL_2A_W12P2A_W01, P2A_W03, P2A_W05, P2A_W06, P2A_W07C-1T-A-2M-1, M-2S-2
BL_2A_BLR-S-C6_W03
definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, charakteryzuje metody tworzenia oraz oceny drzew filogenetycznych, opisuje zasady wyboru sekwencji, definiuje pojęcie parsymonii, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach
BL_2A_W05, BL_2A_W12P2A_W01, P2A_W03, P2A_W05, P2A_W06, P2A_W07C-1T-A-1M-1, M-2S-2
BL_2A_BLR-S-C6_W04
charakteryzuje strukturę białek, opisuje zasady przewidywania struktury drugorzędowej białek
BL_2A_W05, BL_2A_W12P2A_W01, P2A_W03, P2A_W05, P2A_W06, P2A_W07C-1T-A-3M-1, M-2S-2

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_2A_BLR-S-C6_U01
potrafi wyszukać potrzebną informację w odpowiedniej biologicznej bazie danych, poprawnie interpretuje informacje zawartą w rekordach baz danych, sprawnie posługuje się podstawowymi programami do analizy sekwencji biologicznych
BL_2A_U07P2A_U03, P2A_U05C-2T-L-1M-3S-3
BL_2A_BLR-S-C6_U02
potrafi pobierać dane z biologicznych baz danych, wyszukać sekwencje podobne w bazach danych oraz dokonać dopasowania wielu sekwencji, utworzyć drzewo filogenetyczne na podstawie odpowiednio dobranych sekwencji i je zinterpretować
BL_2A_U07P2A_U03, P2A_U05C-2T-L-2, T-L-5, T-L-3M-3S-3
BL_2A_BLR-S-C6_U03
stosuje podstawowe polecenia języka programowania R, wykorzystuje pakiet Bioconductor do przeprowadzenia wstępnej obróbki danych z mikromacierzy oraz do oceny jakości wyników eksperymentu mikromacierzowego, identyfikuje geny o zróżnicowanej ekspresji, tworzy heatmapy i je interpretuje
BL_2A_U07P2A_U03, P2A_U05C-2T-L-4M-3S-3

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_2A_BLR-S-C6_K01
wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne w interpretowaniu zjawisk i procesów biologicznych, dając tym samym wyraz swojego przekonania o ich poznawalności
BL_2A_K01P2A_K04, P2A_K07C-2T-L-4, T-L-1, T-L-3, T-L-2, T-L-5M-3S-3
BL_2A_BLR-S-C6_K02
jest świadom bogactwa informacji biologicznej dostępnej w internetowych bazach danych oraz wzrostu znaczenia narzędzi bioinformatycznych w przyszłości
BL_2A_K03P2A_K01, P2A_K05, P2A_K07C-2T-W-1, T-L-2, T-W-2, T-L-1M-1, M-2, M-3S-1, S-3
BL_2A_BLR-S-C6_K03
jest zdolny do efektywnej pracy indywidualnej w oparciu o dostarczone materiały dydaktyczne i źródła informacji dostępne w Internecie
BL_2A_K05P2A_K01, P2A_K02, P2A_K03, P2A_K08C-2T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-1, T-L-5M-3S-3

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BL_2A_BLR-S-C6_W01
opisuje wybrane biologiczne bazy danych oraz podstawowe formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowywania sekwencji, charakteryzuje rodzaje map genomowych oraz metody sekwencjonowania, składania, opisywania i porównywania genomów, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy
2,0nie potrafi wymienić żadnej biologicznej bazy danych, zdefiniować pojęcia dopasowania sekwencji, wymienić żadnego programu do przeszukiwania baz danych sekwencji, zdefiniować podstawowych pojęć z dziedziny genomiki
3,0wymienia wybrane biologiczne bazy danych, definiuje pojęcie dopasowania sekwencji, wymienia podstawowe programy do przeszukiwania baz danych sekwencji, wymienia rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, wymienia zadania genomiki porównawczej
3,5wymienia wybrane biologiczne bazy danych oraz formaty zapisu danych, definiuje pojęcie dopasowania sekwencji, wymienia podstawowe programy do przeszukiwania baz danych sekwencji, wymienia rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, wymienia zadania genomiki porównawczej
4,0krótko charakteryzuje wybrane biologiczne bazy danych, wymienia formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowania par sekwencji oraz działania programów BLAST i FASTA, krótko opisuje rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, charakteryzuje zadania genomiki porównawczej
4,5charakteryzuje wybrane biologiczne bazy danych oraz formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowania par sekwencji oraz działania programów BLAST i FASTA, opisuje rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, charakteryzuje zadania genomiki porównawczej
5,0charakteryzuje wybrane biologiczne bazy danych oraz formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowania par sekwencji oraz działania programów BLAST i FASTA, opisuje rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, charakteryzuje zadania genomiki porównawczej, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy
BL_2A_BLR-S-C6_W02
charakteryzuje podstawowe typy mikromacierzy, ich zastosowania oraz etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach
2,0nie potrafi wyjaśnić co to jest, ani do czego służy mikromacierz
3,0wymienia podstawowe rodzaje mikromacierzy, etapy analizy danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych
3,5wymienia podstawowe rodzaje mikromacierzy i ich zastosowania, wymienia etapy analizy danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych
4,0krótko opisuje podstawowe rodzaje mikromacierzy i ich zastosowania, krótko charakteryzuje etapy analizy danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych
4,5opisuje podstawowe rodzaje mikromacierzy i ich zastosowania, charakteryzuje etapy analizy danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych
5,0opisuje rodzaje mikromacierzy i ich zastosowania, charakteryzuje etapy analizy danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych, wymienia podstawowe programy do analizy danych z mikromacierzy
BL_2A_BLR-S-C6_W03
definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, charakteryzuje metody tworzenia oraz oceny drzew filogenetycznych, opisuje zasady wyboru sekwencji, definiuje pojęcie parsymonii, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach
2,0nie potrafi zdefiniować pojęcia filogenetyki molekularnej, ani drzewa filogenetycznego
3,0definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, wymienia elementy struktury drzewa filogenetycznego
3,5definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, wymienia elementy struktury drzewa filogenetycznego oraz zasady doboru sekwencji do konstrukcji drzewa
4,0definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, opisuje budowę drzewa filogenetycznego, wymienia zasady doboru sekwencji do konstrukcji drzewa
4,5definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, opisuje budowę drzewa filogenetycznego, wymienia zasady doboru sekwencji do konstrukcji drzewa, metody tworzenia i oceny drzew filogenetycznych
5,0definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, opisuje budowę drzewa filogenetycznego, metody tworzenia i oceny drzew filogenetycznych, zasady doboru sekwencji do konstrukcji drzewa, definiuje pojęcie parsymonii, wymienia podstawowe programy do tworzenia drzew filogenetycznych
BL_2A_BLR-S-C6_W04
charakteryzuje strukturę białek, opisuje zasady przewidywania struktury drugorzędowej białek
2,0nie jest w stanie określić podstawowych elementów struktury białek ani wymienić poziomów jej hierarchii
3,0opisuje budowę i właściwości aminokwasów, proces tworzenia się peptydu, wymienia poziomy hierarchii struktury białek
3,5opisuje budowę i właściwości aminokwasów, proces tworzenia się peptydu, wyjaśnia czym są kąty torsyjne, opisuje strukturę pierwszo-, drugo-, trzecio- i czwartorzędową białek
4,0opisuje budowę i właściwości aminokwasów, proces tworzenia się peptydu, wyjaśnia czym są kąty torsyjne, opisuje strukturę pierwszo-, drugo-, trzecio- i czwartorzędową białek, wymienia metody przewidywania struktury drugorzędowej białek
4,5opisuje budowę i właściwości aminokwasów, proces tworzenia się peptydu, wyjaśnia czym są kąty torsyjne, opisuje strukturę pierwszo-, drugo-, trzecio- i czwartorzędową białek, krótko charakteryzuje metody przewidywania struktury drugorzędowej białek
5,0opisuje budowę i właściwości aminokwasów, proces tworzenia się peptydu, wyjaśnia czym są kąty torsyjne, opisuje strukturę pierwszo-, drugo-, trzecio- i czwartorzędową białek, charakteryzuje metody przewidywania struktury drugorzędowej białek, wymienia programy wspomagające to przewidywanie

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BL_2A_BLR-S-C6_U01
potrafi wyszukać potrzebną informację w odpowiedniej biologicznej bazie danych, poprawnie interpretuje informacje zawartą w rekordach baz danych, sprawnie posługuje się podstawowymi programami do analizy sekwencji biologicznych
2,0nie potrafi odnaleźć w Internecie żadnej biologicznej bazy danych, ani programu do analizy sekwencji biologicznych, nie jest w stanie określić struktury rekordu w formacie GenBank
3,0potrafi zlokalizować w Internecie wybrane biologiczne bazy danych oraz programy do analizy sekwencji biologicznych, interpretuje informację zawartą w rekordzie GenBank
3,5korzysta z podstawowych narzędzi dostępnych przy przeszukiwaniu wybranych biologicznych baz danych, interpretuje informację zawartą w rekordzie GenBank, korzysta z podstawowych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych
4,0korzysta z podstawowych narzędzi dostępnych przy przeszukiwaniu wybranych biologicznych baz danych, wybiera odpowiednią biologiczną bazę danych przy wyszukiwaniu informacji, interpretuje informacje zawarte w rekordach wybranych baz danych, korzysta z podstawowych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych, dobiera odpowiedni program do zagadnienia
4,5korzysta z podstawowych narzędzi dostępnych przy przeszukiwaniu wybranych biologicznych baz danych, wybiera odpowiednią biologiczną bazę danych przy wyszukiwaniu informacji, interpretuje informacje zawarte w rekordach wybranych baz danych, korzysta z bardziej zaawansowanych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych, dobiera odpowiedni program do zagadnienia
5,0korzysta z zaawansowanych narzędzi dostępnych przy przeszukiwaniu wybranych biologicznych baz danych, wybiera odpowiednią biologiczną bazę danych przy wyszukiwaniu informacji, interpretuje informacje zawarte w rekordach wybranych baz danych, korzysta z bardziej zaawansowanych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych, dobiera odpowiedni program do zagadnienia
BL_2A_BLR-S-C6_U02
potrafi pobierać dane z biologicznych baz danych, wyszukać sekwencje podobne w bazach danych oraz dokonać dopasowania wielu sekwencji, utworzyć drzewo filogenetyczne na podstawie odpowiednio dobranych sekwencji i je zinterpretować
2,0nie potrafi stosować podstawowych opcji programu BLAST, nie potrafi utworzyć żadnego drzewa filogenetycznego
3,0korzysta z podstawowych opcji programów BLAST przy przeszukiwaniu baz danych, potrafi utworzyć drzewo filogenetyczne
3,5korzysta z podstawowych opcji programów BLAST i Clustal przy przeszukiwaniu baz danych i dopasowywaniu wielu sekwencji, potrafi utworzyć drzewo filogenetyczne
4,0korzysta z podstawowych opcji programów BLAST i Clustal przy przeszukiwaniu baz danych i dopasowywaniu wielu sekwencji, stosuje podstawowe narzędzia do tworzenia drzew filogenetycznych i je interpretuje
4,5dobiera odpowiednie parametry programów BLAST i Clustal przy przeszukiwaniu baz danych i dopasowywaniu wielu sekwencji, stosuje podstawowe narzędzia do tworzenia drzew filogenetycznych i je interpretuje
5,0dobiera odpowiednie parametry programów BLAST i Clustal przy przeszukiwaniu baz danych i dopasowywaniu wielu sekwencji, stosuje podstawowe narzędzia do tworzenia drzew filogenetycznych na bazie odpowiednio dobranych sekwencji i je interpretuje
BL_2A_BLR-S-C6_U03
stosuje podstawowe polecenia języka programowania R, wykorzystuje pakiet Bioconductor do przeprowadzenia wstępnej obróbki danych z mikromacierzy oraz do oceny jakości wyników eksperymentu mikromacierzowego, identyfikuje geny o zróżnicowanej ekspresji, tworzy heatmapy i je interpretuje
2,0nie potrafi stosować podstawowych poleceń języka R
3,0stosuje podstawowe polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty
3,5stosuje polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty, przeprowadza wstępną obróbkę danych z mikromacierzy oligonukleotydowych
4,0stosuje polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty, przeprowadza wstępną obróbkę danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych
4,5stosuje polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty, przeprowadza wstępną obróbkę danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych, dokonuje podstawowej oceny jakości eksperymentu mikromacierzowego
5,0stosuje polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty, przeprowadza wstępną obróbkę danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych, dokonuje podstawowej oceny jakości eksperymentu mikromacierzowego, identyfikuje geny o zróżnicowanej ekspresji stosując odpowiednie metody statystyczne, przeprowadza analizę skupień genów i/lub prób metodą hierarchiczną, tworzy heatmapy i je interpretuje

Literatura podstawowa

  1. Xiong J., Podstawy bioinformatyki, WUW, Warszawa, 2009
  2. Higgs P. G., Attwood T. K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2008
  3. Baxervanis A. D., Ouellette B. F. F. (red.), Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek, PWN, Warszawa, 2005

Literatura dodatkowa

  1. Hall B. G., Łatwe drzewa filogenetyczne. Poradnik użytkownika, WUW, Warszawa, 2008
  2. Westhead D. R., Parish J. H., Twyman R. M., Bioinformatics. Instant Notes, Taylor & Francis, London & New York, 2002

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Filogenetyka. Metody budowy i oceny drzew filogenetycznych2
T-A-2Analiza danych mikromacierzowych2
T-A-3Wybrane zagadnienia bioinformatyki strukturalnej1
5

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Przegląd wybranych biologicznych baz danych oraz programów bioinformatycznych2
T-L-2Pobieranie danych z biologicznych baz danych2
T-L-3Analiza sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych2
T-L-4Analiza danych mikromacierzowych2
T-L-5Tworzenie drzew filogenetycznych2
10

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Wybrane biologiczne bazy danych. Formaty danych2
T-W-2Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji2
T-W-3Analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów1
5

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Udział studenta w ćwiczeniach audytoryjnych10
A-A-2Przygotowanie do zaliczenia18
A-A-3Zaliczenie audytoriów w formie pisemnej2
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1uczestnictwo w zajęciach10
A-L-2Przygotowanie do ćwiczeń10
A-L-3Przygotowanie do zaliczenia8
A-L-4Zaliczenie praktyczne2
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Udział studenta w wykładach5
A-W-2Samodzielne studiowanie tematyki wykładów17
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia6
A-W-4Pisemne zaliczenie wykładów2
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLR-S-C6_W01opisuje wybrane biologiczne bazy danych oraz podstawowe formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowywania sekwencji, charakteryzuje rodzaje map genomowych oraz metody sekwencjonowania, składania, opisywania i porównywania genomów, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_W05posiada zaawansowaną wiedzę na temat możliwości wykorzystania metod obliczeniowych i informatycznych do modelowania zjawisk i procesów zachodzących na wszystkich poziomach hierarchicznej organizacji biologicznej
BL_2A_W12ma zaawansowaną wiedzę na w zakresie funkcjonowania, ewolucji i analizy, w tym bioinformatycznej, genów i genomów, dziedziczenia genowego i pozagenowego oraz odpowiedzi genomu na czynniki występujące w środowisku
BL_2A_W15ma ogólną, a w niektórych obszarach pogłębioną wiedzę na temat metodologii zdobywania informacji o organizmach żywych i środowisku przyrodniczym na różnych stopniach organizacji
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_W01rozumie złożone zjawiska i procesy przyrodnicze
P2A_W03ma pogłębioną wiedzę z zakresu tych nauk ścisłych, z którymi związany jest studiowany kierunek studiów (w szczególności biofizyka, biochemia, biomatematyka, geochemia, biogeochemia, geofizyka)
P2A_W04ma pogłębioną wiedzę z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów umożliwiającą dostrzeganie związków i zależności w przyrodzie
P2A_W05ma wiedzę w zakresie aktualnie dyskutowanych w literaturze kierunkowej problemów z wybranej dziedziny nauki i dyscypliny naukowej
P2A_W06ma wiedzę w zakresie statystyki na poziomie prognozowania (modelowania) przebiegu zjawisk i procesów przyrodniczych oraz ma znajomość specjalistycznych narzędzi informatycznych
P2A_W07ma wiedzę w zakresie zasad planowania badań z wykorzystaniem technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie z wybranymi biologicznymi bazami danych, zasadami dopasowywania sekwencji, zagadnieniami genomiki strukturalnej i funkcjonalnej, filogenetyki oraz bioinformatyki strukturalnej
Treści programoweT-W-2Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji
T-W-3Analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów
T-W-1Wybrane biologiczne bazy danych. Formaty danych
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne wykładów
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0nie potrafi wymienić żadnej biologicznej bazy danych, zdefiniować pojęcia dopasowania sekwencji, wymienić żadnego programu do przeszukiwania baz danych sekwencji, zdefiniować podstawowych pojęć z dziedziny genomiki
3,0wymienia wybrane biologiczne bazy danych, definiuje pojęcie dopasowania sekwencji, wymienia podstawowe programy do przeszukiwania baz danych sekwencji, wymienia rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, wymienia zadania genomiki porównawczej
3,5wymienia wybrane biologiczne bazy danych oraz formaty zapisu danych, definiuje pojęcie dopasowania sekwencji, wymienia podstawowe programy do przeszukiwania baz danych sekwencji, wymienia rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, wymienia zadania genomiki porównawczej
4,0krótko charakteryzuje wybrane biologiczne bazy danych, wymienia formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowania par sekwencji oraz działania programów BLAST i FASTA, krótko opisuje rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, charakteryzuje zadania genomiki porównawczej
4,5charakteryzuje wybrane biologiczne bazy danych oraz formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowania par sekwencji oraz działania programów BLAST i FASTA, opisuje rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, charakteryzuje zadania genomiki porównawczej
5,0charakteryzuje wybrane biologiczne bazy danych oraz formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowania par sekwencji oraz działania programów BLAST i FASTA, opisuje rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, charakteryzuje zadania genomiki porównawczej, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLR-S-C6_W02charakteryzuje podstawowe typy mikromacierzy, ich zastosowania oraz etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_W05posiada zaawansowaną wiedzę na temat możliwości wykorzystania metod obliczeniowych i informatycznych do modelowania zjawisk i procesów zachodzących na wszystkich poziomach hierarchicznej organizacji biologicznej
BL_2A_W12ma zaawansowaną wiedzę na w zakresie funkcjonowania, ewolucji i analizy, w tym bioinformatycznej, genów i genomów, dziedziczenia genowego i pozagenowego oraz odpowiedzi genomu na czynniki występujące w środowisku
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_W01rozumie złożone zjawiska i procesy przyrodnicze
P2A_W03ma pogłębioną wiedzę z zakresu tych nauk ścisłych, z którymi związany jest studiowany kierunek studiów (w szczególności biofizyka, biochemia, biomatematyka, geochemia, biogeochemia, geofizyka)
P2A_W05ma wiedzę w zakresie aktualnie dyskutowanych w literaturze kierunkowej problemów z wybranej dziedziny nauki i dyscypliny naukowej
P2A_W06ma wiedzę w zakresie statystyki na poziomie prognozowania (modelowania) przebiegu zjawisk i procesów przyrodniczych oraz ma znajomość specjalistycznych narzędzi informatycznych
P2A_W07ma wiedzę w zakresie zasad planowania badań z wykorzystaniem technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie z wybranymi biologicznymi bazami danych, zasadami dopasowywania sekwencji, zagadnieniami genomiki strukturalnej i funkcjonalnej, filogenetyki oraz bioinformatyki strukturalnej
Treści programoweT-A-2Analiza danych mikromacierzowych
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne audytoriów
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0nie potrafi wyjaśnić co to jest, ani do czego służy mikromacierz
3,0wymienia podstawowe rodzaje mikromacierzy, etapy analizy danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych
3,5wymienia podstawowe rodzaje mikromacierzy i ich zastosowania, wymienia etapy analizy danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych
4,0krótko opisuje podstawowe rodzaje mikromacierzy i ich zastosowania, krótko charakteryzuje etapy analizy danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych
4,5opisuje podstawowe rodzaje mikromacierzy i ich zastosowania, charakteryzuje etapy analizy danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych
5,0opisuje rodzaje mikromacierzy i ich zastosowania, charakteryzuje etapy analizy danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych, wymienia podstawowe programy do analizy danych z mikromacierzy
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLR-S-C6_W03definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, charakteryzuje metody tworzenia oraz oceny drzew filogenetycznych, opisuje zasady wyboru sekwencji, definiuje pojęcie parsymonii, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_W05posiada zaawansowaną wiedzę na temat możliwości wykorzystania metod obliczeniowych i informatycznych do modelowania zjawisk i procesów zachodzących na wszystkich poziomach hierarchicznej organizacji biologicznej
BL_2A_W12ma zaawansowaną wiedzę na w zakresie funkcjonowania, ewolucji i analizy, w tym bioinformatycznej, genów i genomów, dziedziczenia genowego i pozagenowego oraz odpowiedzi genomu na czynniki występujące w środowisku
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_W01rozumie złożone zjawiska i procesy przyrodnicze
P2A_W03ma pogłębioną wiedzę z zakresu tych nauk ścisłych, z którymi związany jest studiowany kierunek studiów (w szczególności biofizyka, biochemia, biomatematyka, geochemia, biogeochemia, geofizyka)
P2A_W05ma wiedzę w zakresie aktualnie dyskutowanych w literaturze kierunkowej problemów z wybranej dziedziny nauki i dyscypliny naukowej
P2A_W06ma wiedzę w zakresie statystyki na poziomie prognozowania (modelowania) przebiegu zjawisk i procesów przyrodniczych oraz ma znajomość specjalistycznych narzędzi informatycznych
P2A_W07ma wiedzę w zakresie zasad planowania badań z wykorzystaniem technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie z wybranymi biologicznymi bazami danych, zasadami dopasowywania sekwencji, zagadnieniami genomiki strukturalnej i funkcjonalnej, filogenetyki oraz bioinformatyki strukturalnej
Treści programoweT-A-1Filogenetyka. Metody budowy i oceny drzew filogenetycznych
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne audytoriów
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0nie potrafi zdefiniować pojęcia filogenetyki molekularnej, ani drzewa filogenetycznego
3,0definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, wymienia elementy struktury drzewa filogenetycznego
3,5definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, wymienia elementy struktury drzewa filogenetycznego oraz zasady doboru sekwencji do konstrukcji drzewa
4,0definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, opisuje budowę drzewa filogenetycznego, wymienia zasady doboru sekwencji do konstrukcji drzewa
4,5definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, opisuje budowę drzewa filogenetycznego, wymienia zasady doboru sekwencji do konstrukcji drzewa, metody tworzenia i oceny drzew filogenetycznych
5,0definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, opisuje budowę drzewa filogenetycznego, metody tworzenia i oceny drzew filogenetycznych, zasady doboru sekwencji do konstrukcji drzewa, definiuje pojęcie parsymonii, wymienia podstawowe programy do tworzenia drzew filogenetycznych
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLR-S-C6_W04charakteryzuje strukturę białek, opisuje zasady przewidywania struktury drugorzędowej białek
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_W05posiada zaawansowaną wiedzę na temat możliwości wykorzystania metod obliczeniowych i informatycznych do modelowania zjawisk i procesów zachodzących na wszystkich poziomach hierarchicznej organizacji biologicznej
BL_2A_W12ma zaawansowaną wiedzę na w zakresie funkcjonowania, ewolucji i analizy, w tym bioinformatycznej, genów i genomów, dziedziczenia genowego i pozagenowego oraz odpowiedzi genomu na czynniki występujące w środowisku
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_W01rozumie złożone zjawiska i procesy przyrodnicze
P2A_W03ma pogłębioną wiedzę z zakresu tych nauk ścisłych, z którymi związany jest studiowany kierunek studiów (w szczególności biofizyka, biochemia, biomatematyka, geochemia, biogeochemia, geofizyka)
P2A_W05ma wiedzę w zakresie aktualnie dyskutowanych w literaturze kierunkowej problemów z wybranej dziedziny nauki i dyscypliny naukowej
P2A_W06ma wiedzę w zakresie statystyki na poziomie prognozowania (modelowania) przebiegu zjawisk i procesów przyrodniczych oraz ma znajomość specjalistycznych narzędzi informatycznych
P2A_W07ma wiedzę w zakresie zasad planowania badań z wykorzystaniem technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie z wybranymi biologicznymi bazami danych, zasadami dopasowywania sekwencji, zagadnieniami genomiki strukturalnej i funkcjonalnej, filogenetyki oraz bioinformatyki strukturalnej
Treści programoweT-A-3Wybrane zagadnienia bioinformatyki strukturalnej
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne audytoriów
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0nie jest w stanie określić podstawowych elementów struktury białek ani wymienić poziomów jej hierarchii
3,0opisuje budowę i właściwości aminokwasów, proces tworzenia się peptydu, wymienia poziomy hierarchii struktury białek
3,5opisuje budowę i właściwości aminokwasów, proces tworzenia się peptydu, wyjaśnia czym są kąty torsyjne, opisuje strukturę pierwszo-, drugo-, trzecio- i czwartorzędową białek
4,0opisuje budowę i właściwości aminokwasów, proces tworzenia się peptydu, wyjaśnia czym są kąty torsyjne, opisuje strukturę pierwszo-, drugo-, trzecio- i czwartorzędową białek, wymienia metody przewidywania struktury drugorzędowej białek
4,5opisuje budowę i właściwości aminokwasów, proces tworzenia się peptydu, wyjaśnia czym są kąty torsyjne, opisuje strukturę pierwszo-, drugo-, trzecio- i czwartorzędową białek, krótko charakteryzuje metody przewidywania struktury drugorzędowej białek
5,0opisuje budowę i właściwości aminokwasów, proces tworzenia się peptydu, wyjaśnia czym są kąty torsyjne, opisuje strukturę pierwszo-, drugo-, trzecio- i czwartorzędową białek, charakteryzuje metody przewidywania struktury drugorzędowej białek, wymienia programy wspomagające to przewidywanie
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLR-S-C6_U01potrafi wyszukać potrzebną informację w odpowiedniej biologicznej bazie danych, poprawnie interpretuje informacje zawartą w rekordach baz danych, sprawnie posługuje się podstawowymi programami do analizy sekwencji biologicznych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_U07ma pogłębioną wiedzę bioinformatyczną i posiada umiejętność jej stosowania w pracy biologa, posługuje się metodami statystyki matematycznej w analizie danych doświadczalnych i obserwacji biologicznych;
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_U03wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych
P2A_U05stosuje metody statystyczne oraz techniki i narzędzia informatyczne do opisu zjawisk i analizy danych o charakterze specjalistycznym
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności wyszukiwania informacji w biologicznych bazach danych oraz posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-1Przegląd wybranych biologicznych baz danych oraz programów bioinformatycznych
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0nie potrafi odnaleźć w Internecie żadnej biologicznej bazy danych, ani programu do analizy sekwencji biologicznych, nie jest w stanie określić struktury rekordu w formacie GenBank
3,0potrafi zlokalizować w Internecie wybrane biologiczne bazy danych oraz programy do analizy sekwencji biologicznych, interpretuje informację zawartą w rekordzie GenBank
3,5korzysta z podstawowych narzędzi dostępnych przy przeszukiwaniu wybranych biologicznych baz danych, interpretuje informację zawartą w rekordzie GenBank, korzysta z podstawowych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych
4,0korzysta z podstawowych narzędzi dostępnych przy przeszukiwaniu wybranych biologicznych baz danych, wybiera odpowiednią biologiczną bazę danych przy wyszukiwaniu informacji, interpretuje informacje zawarte w rekordach wybranych baz danych, korzysta z podstawowych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych, dobiera odpowiedni program do zagadnienia
4,5korzysta z podstawowych narzędzi dostępnych przy przeszukiwaniu wybranych biologicznych baz danych, wybiera odpowiednią biologiczną bazę danych przy wyszukiwaniu informacji, interpretuje informacje zawarte w rekordach wybranych baz danych, korzysta z bardziej zaawansowanych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych, dobiera odpowiedni program do zagadnienia
5,0korzysta z zaawansowanych narzędzi dostępnych przy przeszukiwaniu wybranych biologicznych baz danych, wybiera odpowiednią biologiczną bazę danych przy wyszukiwaniu informacji, interpretuje informacje zawarte w rekordach wybranych baz danych, korzysta z bardziej zaawansowanych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych, dobiera odpowiedni program do zagadnienia
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLR-S-C6_U02potrafi pobierać dane z biologicznych baz danych, wyszukać sekwencje podobne w bazach danych oraz dokonać dopasowania wielu sekwencji, utworzyć drzewo filogenetyczne na podstawie odpowiednio dobranych sekwencji i je zinterpretować
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_U07ma pogłębioną wiedzę bioinformatyczną i posiada umiejętność jej stosowania w pracy biologa, posługuje się metodami statystyki matematycznej w analizie danych doświadczalnych i obserwacji biologicznych;
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_U03wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych
P2A_U05stosuje metody statystyczne oraz techniki i narzędzia informatyczne do opisu zjawisk i analizy danych o charakterze specjalistycznym
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności wyszukiwania informacji w biologicznych bazach danych oraz posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-2Pobieranie danych z biologicznych baz danych
T-L-5Tworzenie drzew filogenetycznych
T-L-3Analiza sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0nie potrafi stosować podstawowych opcji programu BLAST, nie potrafi utworzyć żadnego drzewa filogenetycznego
3,0korzysta z podstawowych opcji programów BLAST przy przeszukiwaniu baz danych, potrafi utworzyć drzewo filogenetyczne
3,5korzysta z podstawowych opcji programów BLAST i Clustal przy przeszukiwaniu baz danych i dopasowywaniu wielu sekwencji, potrafi utworzyć drzewo filogenetyczne
4,0korzysta z podstawowych opcji programów BLAST i Clustal przy przeszukiwaniu baz danych i dopasowywaniu wielu sekwencji, stosuje podstawowe narzędzia do tworzenia drzew filogenetycznych i je interpretuje
4,5dobiera odpowiednie parametry programów BLAST i Clustal przy przeszukiwaniu baz danych i dopasowywaniu wielu sekwencji, stosuje podstawowe narzędzia do tworzenia drzew filogenetycznych i je interpretuje
5,0dobiera odpowiednie parametry programów BLAST i Clustal przy przeszukiwaniu baz danych i dopasowywaniu wielu sekwencji, stosuje podstawowe narzędzia do tworzenia drzew filogenetycznych na bazie odpowiednio dobranych sekwencji i je interpretuje
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLR-S-C6_U03stosuje podstawowe polecenia języka programowania R, wykorzystuje pakiet Bioconductor do przeprowadzenia wstępnej obróbki danych z mikromacierzy oraz do oceny jakości wyników eksperymentu mikromacierzowego, identyfikuje geny o zróżnicowanej ekspresji, tworzy heatmapy i je interpretuje
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_U07ma pogłębioną wiedzę bioinformatyczną i posiada umiejętność jej stosowania w pracy biologa, posługuje się metodami statystyki matematycznej w analizie danych doświadczalnych i obserwacji biologicznych;
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_U03wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych
P2A_U05stosuje metody statystyczne oraz techniki i narzędzia informatyczne do opisu zjawisk i analizy danych o charakterze specjalistycznym
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności wyszukiwania informacji w biologicznych bazach danych oraz posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-4Analiza danych mikromacierzowych
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0nie potrafi stosować podstawowych poleceń języka R
3,0stosuje podstawowe polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty
3,5stosuje polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty, przeprowadza wstępną obróbkę danych z mikromacierzy oligonukleotydowych
4,0stosuje polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty, przeprowadza wstępną obróbkę danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych
4,5stosuje polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty, przeprowadza wstępną obróbkę danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych, dokonuje podstawowej oceny jakości eksperymentu mikromacierzowego
5,0stosuje polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty, przeprowadza wstępną obróbkę danych z mikromacierzy oligonukleotydowych i drukowanych, dokonuje podstawowej oceny jakości eksperymentu mikromacierzowego, identyfikuje geny o zróżnicowanej ekspresji stosując odpowiednie metody statystyczne, przeprowadza analizę skupień genów i/lub prób metodą hierarchiczną, tworzy heatmapy i je interpretuje
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLR-S-C6_K01wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne w interpretowaniu zjawisk i procesów biologicznych, dając tym samym wyraz swojego przekonania o ich poznawalności
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_K01wykazuje zrozumienie i przekonanie o poznawalności procesów i zjawisk biologicznych zachodzących w świecie żywych organizmów; w interpretowaniu procesów i zjawisk biologicznych wykorzystuje podejście naukowe
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_K04prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu
P2A_K07systematycznie aktualizuje wiedzę przyrodniczą i zna jej praktyczne zastosowania
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności wyszukiwania informacji w biologicznych bazach danych oraz posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-4Analiza danych mikromacierzowych
T-L-1Przegląd wybranych biologicznych baz danych oraz programów bioinformatycznych
T-L-3Analiza sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych
T-L-2Pobieranie danych z biologicznych baz danych
T-L-5Tworzenie drzew filogenetycznych
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLR-S-C6_K02jest świadom bogactwa informacji biologicznej dostępnej w internetowych bazach danych oraz wzrostu znaczenia narzędzi bioinformatycznych w przyszłości
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_K03rozumie potrzebę ukierunkowanego rozwijania własnej aktywności poznawczej i kompetencji zawodowych; wykazuje samodzielność poznawczą w oparciu o różne naukowe źródła informacji
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_K01rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, potrafi inspirować i organizować proces uczenia się innych osób
P2A_K05rozumie potrzebę systematycznego zapoznawania się z czasopismami naukowymi i popularnonaukowymi, podstawowymi dla studiowanego kierunku studiów, w celu poszerzania i pogłębiania wiedzy
P2A_K07systematycznie aktualizuje wiedzę przyrodniczą i zna jej praktyczne zastosowania
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności wyszukiwania informacji w biologicznych bazach danych oraz posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-W-1Wybrane biologiczne bazy danych. Formaty danych
T-L-2Pobieranie danych z biologicznych baz danych
T-W-2Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji
T-L-1Przegląd wybranych biologicznych baz danych oraz programów bioinformatycznych
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
M-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne wykładów
S-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLR-S-C6_K03jest zdolny do efektywnej pracy indywidualnej w oparciu o dostarczone materiały dydaktyczne i źródła informacji dostępne w Internecie
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_K05wykazuje zdyscyplinowanie w pracy indywidualnej oraz aktywnie uczestniczy w pracy grupowej; samodzielnie i kreatywnie potrafi planować, organizować i realizować działania własne oraz zespołowe
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_K01rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, potrafi inspirować i organizować proces uczenia się innych osób
P2A_K02potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
P2A_K03potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
P2A_K08potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności wyszukiwania informacji w biologicznych bazach danych oraz posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-2Pobieranie danych z biologicznych baz danych
T-L-3Analiza sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych
T-L-4Analiza danych mikromacierzowych
T-L-1Przegląd wybranych biologicznych baz danych oraz programów bioinformatycznych
T-L-5Tworzenie drzew filogenetycznych
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych