Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Bioinformatyka (S1)
specjalność: Systemy informatyczne w biologii

Sylabus przedmiotu Modelowanie molekularne białek:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Bioinformatyka
Forma studiów studia stacjonarne Poziom pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta inżynier
Obszary studiów nauk przyrodniczych, nauk technicznych, studiów inżynierskich
Profil ogólnoakademicki
Moduł —
Przedmiot Modelowanie molekularne białek
Specjalność Biologia systemów i metody informatyczne
Jednostka prowadząca Katedra Immunologii, Mikrobiologii i Chemii Fizjologicznej
Nauczyciel odpowiedzialny Radosław Drozd <Radoslaw.Drozd@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny — Grupa obieralna —

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA5 5 0,50,50zaliczenie
laboratoriaL5 20 1,50,50zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1znajomośc chemii organicznej i nieorganicznej, biochemii, biofizyki, język angielski w stopniiu średnio zaawansowanym,

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Ukształtowanie umiejętności dobioru odpowiednich narzędzi bioinformatycznych do rozwiązywania i analizy struktury białek
C-2Wyuczenie umięjętnosci łaczenia i poprawnej interpretacji informacji dotyczacych różnych poziomów organizacji struktur białkowych

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Podstawy molekularnej budowy białek1
T-A-2Metody in vitro rozwiązywania struktury białek2
T-A-3Metody in silco rozwiązywania struktury I i II rzędu białek1
T-A-4Metody in silco rozwiązywania struktury III i IV zedu białek1
5
laboratoria
T-L-1Metody i zródła pozyskiwania informacji o strukturze białek2
T-L-2Metody analizy struktury I rzędowej białek2
T-L-3Metody rozwiązywania i analizy struktury II rzędu białek2
T-L-4Metody in silico roziwązywania i analizy struktury III rzędowej białek6
T-L-5Metody in silico rozwiązywania i analizy struktury IV białek4
T-L-6Metody in silico służace do przewidywania modyfikacji posttranslacyjnych białek2
T-L-7Metody wizualizacji struktur białkowych2
20

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1uczestnictwo w zajęciach5
A-A-2przygotowanie do zajęć5
A-A-3przygotwanie do kolokwium5
15
laboratoria
A-L-1uczestnictwo w zajęciach20
A-L-2przygotowanie do wejsciówki5
A-L-3przygotowanie sprawozdań5
A-L-4czytanie wskazanej literatury10
A-L-5przygotowanie do zajęć5
45

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1wykład konwersatoryjny
M-2metoda przypadków
M-3dyskusja dydaktyczna
M-4ćwiczenia laboratoryjne
M-5metoda projektów

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: kolokwium
S-2Ocena podsumowująca: kolokwium

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BI_1A_BIB-S-D20_W01
Posiada wiedzę o organizacji i zaleznościach strukturalnych białek. Zna metody i narzędzia bioinformatyczne do analizy struktur białkowych. Posiada wiedzę o możliwościach i następstwach manipulacji w strukturach białek.		BI_1A_W01, BI_1A_W14, BI_1A_W18P1A_W03, P1A_W04, P1A_W05, P1A_W06, P1A_W07, T1A_W01, T1A_W02, T1A_W03, T1A_W04, T1A_W07InzA_W02, InzA_W05C-2, C-1T-A-3, T-A-2, T-A-4, T-A-1M-1, M-2S-1

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BI_1A_BIB-S-D20_U01
wykorzystuje wiedzę o budowie molekularnej białek do rozwiązywania struktury białek o nieznanej budowie, charakteryzuje interakcje między elementami budowy molekularnej białek oraz między białkami metodami in silico		BI_1A_U18P1A_U01, P1A_U02, P1A_U03, P1A_U08, P1A_U09, T1A_U01, T1A_U07, T1A_U15—C-1, C-2T-L-7, T-L-3, T-L-2, T-L-5, T-L-6, T-L-4, T-L-1M-4, M-5S-2

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BI_1A_BIB-S-D20_K01
rozumie następstwa modyfikacji struktur białkowych na funkcjonowanie organizmów żywych		BI_1A_K02, BI_1A_K04P1A_K01, P1A_K02, P1A_K03, P1A_K04, P1A_K06, P1A_K08, T1A_K02, T1A_K03, T1A_K04, T1A_K06InzA_K01, InzA_K02C-2, C-1T-L-3, T-L-6, T-A-1, T-L-4, T-L-2, T-A-4, T-L-7, T-L-1, T-L-5, T-A-2, T-A-3M-4, M-2, M-5S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BI_1A_BIB-S-D20_W01
Posiada wiedzę o organizacji i zaleznościach strukturalnych białek. Zna metody i narzędzia bioinformatyczne do analizy struktur białkowych. Posiada wiedzę o możliwościach i następstwach manipulacji w strukturach białek.		2,0
3,0zna podstawy budowy molekularnej białek i narzedzia do ich analizy
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BI_1A_BIB-S-D20_U01
wykorzystuje wiedzę o budowie molekularnej białek do rozwiązywania struktury białek o nieznanej budowie, charakteryzuje interakcje między elementami budowy molekularnej białek oraz między białkami metodami in silico		2,0nie wykonanie sprawozdania z projektu w terminie
3,0oddanie sprawozdania z projektu
3,5poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu
4,0poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad
4,5poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad. Przedstawione wnioski i opis badanych zjawisk wskazuje na całkowite opnowanie materiału i ugruntowane umiejętności
5,0poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad. Przedstawione wnioski i opis badanych zjawisk wskazuje na całkowite opnowanie materiału i ugruntowane umiejętności, w projekcie oprócz wymaganych elemntów obecne są dodatkowe tresci wskazujace na kreatywność wykonująch nie ograniczających sie do informacji otrzymanych na zajęciach

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BI_1A_BIB-S-D20_K01
rozumie następstwa modyfikacji struktur białkowych na funkcjonowanie organizmów żywych		2,0
3,0posiada kompetencje do analizy struktur białkowych
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Leyko, Wanda redakcja, Biofizyka dla Biologów, PWN, Warszawa, 1997
  2. Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2012, I
  3. Genowefa Ślósarek, Biofizyka molekularna, PWN, Warszawa, 2011, I
  4. Andrzej Koliński red., Multiscale Approaches to Protein Modeling, Springer, 2010, I

Literatura dodatkowa

  1. Alan Cooper, Chemia biofizyczna, PWN, Warszawa, 2010

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Podstawy molekularnej budowy białek1
T-A-2Metody in vitro rozwiązywania struktury białek2
T-A-3Metody in silco rozwiązywania struktury I i II rzędu białek1
T-A-4Metody in silco rozwiązywania struktury III i IV zedu białek1
5

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Metody i zródła pozyskiwania informacji o strukturze białek2
T-L-2Metody analizy struktury I rzędowej białek2
T-L-3Metody rozwiązywania i analizy struktury II rzędu białek2
T-L-4Metody in silico roziwązywania i analizy struktury III rzędowej białek6
T-L-5Metody in silico rozwiązywania i analizy struktury IV białek4
T-L-6Metody in silico służace do przewidywania modyfikacji posttranslacyjnych białek2
T-L-7Metody wizualizacji struktur białkowych2
20

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1uczestnictwo w zajęciach5
A-A-2przygotowanie do zajęć5
A-A-3przygotwanie do kolokwium5
15
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1uczestnictwo w zajęciach20
A-L-2przygotowanie do wejsciówki5
A-L-3przygotowanie sprawozdań5
A-L-4czytanie wskazanej literatury10
A-L-5przygotowanie do zajęć5
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BIB-S-D20_W01Posiada wiedzę o organizacji i zaleznościach strukturalnych białek. Zna metody i narzędzia bioinformatyczne do analizy struktur białkowych. Posiada wiedzę o możliwościach i następstwach manipulacji w strukturach białek.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_W01zna zjawiska fizyczne i biologiczne, procesy chemiczne oraz analizy matematyczne przydatne przy posługiwaniu się narzędziami bioinformatycznymi
BI_1A_W14zna podstawy grafiki komputerowej i technik wizualizacji
BI_1A_W18ma wiedzę w zakresie podstaw modelowania systemów
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_W03ma wiedzę z zakresu matematyki, fizyki i chemii niezbędną dla zrozumienia podstawowych procesów i zjawisk przyrodniczych
P1A_W04ma wiedzę w zakresie najważniejszych problemów z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów oraz zna ich powiązania z innymi dyscyplinami przyrodniczymi
P1A_W05ma wiedzę w zakresie podstawowych kategorii pojęciowych i terminologii przyrodniczej oraz ma znajomość rozwoju dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów i stosowanych w nich metod badawczych
P1A_W06ma wiedzę w zakresie statystyki i informatyki na poziomie pozwalającym na opisywanie i interpretowanie zjawisk przyrodniczych
P1A_W07ma wiedzę w zakresie podstawowych technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
T1A_W01ma wiedzę z zakresu matematyki, fizyki, chemii i innych obszarów właściwych dla studiowanego kierunku studiów przydatną do formułowania i rozwiązywania prostych zadań z zakresu studiowanego kierunku studiów
T1A_W02ma podstawową wiedzę w zakresie kierunków studiów powiązanych ze studiowanym kierunkiem studiów
T1A_W03ma uporządkowaną, podbudowaną teoretycznie wiedzę ogólną obejmującą kluczowe zagadnienia z zakresu studiowanego kierunku studiów
T1A_W04ma szczegółową wiedzę związaną z wybranymi zagadnieniami z zakresu studiowanego kierunku studiów
T1A_W07zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu prostych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_W02zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu prostych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
InzA_W05zna typowe technologie inżynierskie w zakresie studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-2Wyuczenie umięjętnosci łaczenia i poprawnej interpretacji informacji dotyczacych różnych poziomów organizacji struktur białkowych
C-1Ukształtowanie umiejętności dobioru odpowiednich narzędzi bioinformatycznych do rozwiązywania i analizy struktury białek
Treści programoweT-A-3Metody in silco rozwiązywania struktury I i II rzędu białek
T-A-2Metody in vitro rozwiązywania struktury białek
T-A-4Metody in silco rozwiązywania struktury III i IV zedu białek
T-A-1Podstawy molekularnej budowy białek
Metody nauczaniaM-1wykład konwersatoryjny
M-2metoda przypadków
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: kolokwium
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0zna podstawy budowy molekularnej białek i narzedzia do ich analizy
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BIB-S-D20_U01wykorzystuje wiedzę o budowie molekularnej białek do rozwiązywania struktury białek o nieznanej budowie, charakteryzuje interakcje między elementami budowy molekularnej białek oraz między białkami metodami in silico
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_U18potrafi wykorzystywać poznane metody, modele matematyczne oraz symulacje komputerowe do rozwiązywania prostych problemów biologicznych
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_U01stosuje podstawowe techniki i narzędzia badawcze w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
P1A_U02rozumie literaturę z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów w języku polskim; czyta ze zrozumieniem nieskomplikowane teksty naukowe w języku angielskim
P1A_U03wykorzystuje dostępne źródła informacji, w tym źródła elektroniczne
P1A_U08wykorzystuje język naukowy w podejmowanych dyskursach ze specjalistami z wybranej dyscypliny naukowej
P1A_U09umie przygotować w języku polskim i języku obcym dobrze udokumentowane opracowanie problemów z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
T1A_U01potrafi pozyskiwać informacje z literatury, baz danych oraz innych właściwie dobranych źródeł, także w języku angielskim lub innym języku obcym uznawanym za język komunikacji międzynarodowej w zakresie studiowanego kierunku studiów; potrafi integrować uzyskane informacje, dokonywać ich interpretacji, a także wyciągać wnioski oraz formułować i uzasadniać opinie
T1A_U07potrafi posługiwać się technikami informacyjno-komunikacyjnymi właściwymi do realizacji zadań typowych dla działalności inżynierskiej
T1A_U15potrafi ocenić przydatność rutynowych metod i narzędzi służących do rozwiązania prostego zadania inżynierskiego o charakterze praktycznym, charakterystycznego dla studiowanego kierunku studiów oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia
Cel przedmiotuC-1Ukształtowanie umiejętności dobioru odpowiednich narzędzi bioinformatycznych do rozwiązywania i analizy struktury białek
C-2Wyuczenie umięjętnosci łaczenia i poprawnej interpretacji informacji dotyczacych różnych poziomów organizacji struktur białkowych
Treści programoweT-L-7Metody wizualizacji struktur białkowych
T-L-3Metody rozwiązywania i analizy struktury II rzędu białek
T-L-2Metody analizy struktury I rzędowej białek
T-L-5Metody in silico rozwiązywania i analizy struktury IV białek
T-L-6Metody in silico służace do przewidywania modyfikacji posttranslacyjnych białek
T-L-4Metody in silico roziwązywania i analizy struktury III rzędowej białek
T-L-1Metody i zródła pozyskiwania informacji o strukturze białek
Metody nauczaniaM-4ćwiczenia laboratoryjne
M-5metoda projektów
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: kolokwium
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0nie wykonanie sprawozdania z projektu w terminie
3,0oddanie sprawozdania z projektu
3,5poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu
4,0poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad
4,5poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad. Przedstawione wnioski i opis badanych zjawisk wskazuje na całkowite opnowanie materiału i ugruntowane umiejętności
5,0poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad. Przedstawione wnioski i opis badanych zjawisk wskazuje na całkowite opnowanie materiału i ugruntowane umiejętności, w projekcie oprócz wymaganych elemntów obecne są dodatkowe tresci wskazujace na kreatywność wykonująch nie ograniczających sie do informacji otrzymanych na zajęciach
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BIB-S-D20_K01rozumie następstwa modyfikacji struktur białkowych na funkcjonowanie organizmów żywych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_K02wykazuje zrozumienie podstawowych zjawisk i procesów biologicznych, a przy ich interpretacji opiera się na podstawach empirycznych dostrzegając rolę metod matematycznych i statystycznych
BI_1A_K04jest zdolny do efektywnej pracy samodzielnej i zespołowej, wykazuje odpowiedzialność za pracę własną, wspólnie realizowane zadania oraz powierzany sprzęt
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_K01rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie
P1A_K02potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
P1A_K03potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
P1A_K04prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu
P1A_K06jest odpowiedzialny za bezpieczeństwo pracy własnej i innych; umie postępować w stanach zagrożenia
P1A_K08potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
T1A_K02ma świadomość ważności i zrozumienie pozatechnicznych aspektów i skutków działalności inżynierskiej, w tym jej wpływu na środowisko, i związanej z tym odpowiedzialności za podejmowane decyzje
T1A_K03potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
T1A_K04potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
T1A_K06potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_K01ma świadomość ważności i rozumie pozatechniczne aspekty i skutki działalności inżynierskiej, w tym jej wpływu na środowisko, i związanej z tym odpowiedzialności za podejmowane decyzje
InzA_K02potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotuC-2Wyuczenie umięjętnosci łaczenia i poprawnej interpretacji informacji dotyczacych różnych poziomów organizacji struktur białkowych
C-1Ukształtowanie umiejętności dobioru odpowiednich narzędzi bioinformatycznych do rozwiązywania i analizy struktury białek
Treści programoweT-L-3Metody rozwiązywania i analizy struktury II rzędu białek
T-L-6Metody in silico służace do przewidywania modyfikacji posttranslacyjnych białek
T-A-1Podstawy molekularnej budowy białek
T-L-4Metody in silico roziwązywania i analizy struktury III rzędowej białek
T-L-2Metody analizy struktury I rzędowej białek
T-A-4Metody in silco rozwiązywania struktury III i IV zedu białek
T-L-7Metody wizualizacji struktur białkowych
T-L-1Metody i zródła pozyskiwania informacji o strukturze białek
T-L-5Metody in silico rozwiązywania i analizy struktury IV białek
T-A-2Metody in vitro rozwiązywania struktury białek
T-A-3Metody in silco rozwiązywania struktury I i II rzędu białek
Metody nauczaniaM-4ćwiczenia laboratoryjne
M-2metoda przypadków
M-5metoda projektów
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: kolokwium
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0posiada kompetencje do analizy struktur białkowych
3,5
4,0
4,5
5,0