Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Bioinformatyka (S1)
specjalność: Biologia systemów i metody informatyczne
Sylabus przedmiotu Biologiczne bazy danych:
Informacje podstawowe
Kierunek studiów | Bioinformatyka | ||
---|---|---|---|
Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | pierwszego stopnia |
Tytuł zawodowy absolwenta | inżynier | ||
Obszary studiów | nauk przyrodniczych, nauk technicznych, studiów inżynierskich | ||
Profil | ogólnoakademicki | ||
Moduł | — | ||
Przedmiot | Biologiczne bazy danych | ||
Specjalność | Biologia systemów i metody informatyczne | ||
Jednostka prowadząca | Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających | ||
Nauczyciel odpowiedzialny | Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl> | ||
Inni nauczyciele | |||
ECTS (planowane) | 4,0 | ECTS (formy) | 4,0 |
Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
Blok obieralny | — | Grupa obieralna | — |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
KOD | Wymaganie wstępne |
---|---|
W-1 | Wiedza z zakresu biologii na poziomie szkoły średniej. |
W-2 | Wiedza z zakresu informatyki na poziomie szkoły średniej. |
Cele przedmiotu
KOD | Cel modułu/przedmiotu |
---|---|
C-1 | Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną. |
C-2 | Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji. |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
KOD | Treść programowa | Godziny |
---|---|---|
laboratoria | ||
T-L-1 | Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI). | 2 |
T-L-2 | Przeszukiwanie biologicznych baz danych. | 2 |
T-L-3 | Struktura rekordów (GenBank, UniProt). | 2 |
T-L-4 | Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed). | 2 |
T-L-5 | Analiza danych mikromacierzowych. | 4 |
T-L-6 | Analiza sekwencji nukleotydowych. | 4 |
T-L-7 | Analiza profili proteomicznych. | 2 |
T-L-8 | Analiza profili metabolicznych. | 2 |
20 | ||
wykłady | ||
T-W-1 | Biologiczne bazy danych - historia tworzenia, stan dzisiejszy. | 2 |
T-W-2 | Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady. | 2 |
T-W-3 | Bazy sekwencji nukleotydowych. | 4 |
T-W-4 | Bazy genomów (bezkręgowców) | 2 |
T-W-5 | Bazy genomów (Człowieka oraz innych kręgowców) | 4 |
T-W-6 | Bazy sekwencji białkowych. | 2 |
T-W-7 | Bazy struktur. | 2 |
T-W-8 | Bazy genów człowieka oraz chorób. | 2 |
T-W-9 | Bazy ścieżek metabolicznych i sygnałowych. | 2 |
T-W-10 | Bazy proteomów. | 2 |
T-W-11 | Bazy dotyczące ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe). | 2 |
T-W-12 | Bazy immunologiczne. | 2 |
T-W-13 | Bazy polimorfizmu DNA. | 2 |
30 |
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
KOD | Forma aktywności | Godziny |
---|---|---|
laboratoria | ||
A-L-1 | Uczestnictow w ćwiczeniach. | 20 |
A-L-2 | Przygotowanie projektu. | 20 |
A-L-3 | Przygotowanie się do zaliczenia treści ćwiczeń. | 20 |
60 | ||
wykłady | ||
A-W-1 | Uczestnictwo w wykładach. | 30 |
A-W-2 | Samodzielna eksploracja wskazanych baz danych. | 15 |
A-W-3 | Przygotowanie się do zaliczenia wykładów. | 15 |
60 |
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
---|---|
M-1 | Wykład informacyjny. |
M-2 | Opis. |
M-3 | Objaśnienie lub wyjaśnienie. |
Sposoby oceny
KOD | Sposób oceny |
---|---|
S-1 | Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń. |
S-2 | Ocena podsumowująca: Projekt. |
S-3 | Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów. |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
---|---|---|---|---|---|---|---|
BI_1A_BIB-S-D23_W01 Wymienia typy biologicznych baz danych. | BI_1A_W12, BI_1A_W20 | P1A_W04, P1A_W07, P1A_W10, T1A_W02, T1A_W03, T1A_W05, T1A_W06, T1A_W07, T1A_W10 | InzA_W01, InzA_W02, InzA_W05 | C-1 | T-W-5, T-W-7, T-W-12, T-W-4, T-W-1, T-W-10, T-W-9, T-W-13, T-W-11, T-W-6, T-W-3, T-W-8 | M-3, M-2, M-1 | S-1, S-3 |
BI_1A_BIB-S-D23_W02 Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych. | BI_1A_W12 | P1A_W04, P1A_W07, T1A_W02, T1A_W03, T1A_W05, T1A_W06, T1A_W07 | InzA_W01, InzA_W02, InzA_W05 | C-2 | T-L-6, T-L-5, T-W-2, T-L-1, T-L-7, T-L-4, T-L-3, T-L-8, T-L-2 | M-2, M-3, M-1 | S-3, S-2, S-1 |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
---|---|---|---|---|---|---|---|
BI_1A_BIB-S-D23_U01 Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji. | BI_1A_U12 | P1A_U05, P1A_U07, T1A_U02, T1A_U07, T1A_U08, T1A_U13 | InzA_U08 | C-1, C-2 | T-W-4, T-L-7, T-W-13, T-W-5, T-W-7, T-L-3, T-L-6, T-W-2, T-L-1, T-W-1, T-L-5, T-W-12, T-L-4, T-W-3, T-W-6, T-W-8, T-W-10, T-W-11, T-L-8, T-W-9, T-L-2 | M-3, M-1, M-2 | S-2, S-1 |
Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne
Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
---|---|---|---|---|---|---|---|
BI_1A_BIB-S-D23_K01 Ma świadomość istnienia baz danych gromadzących informacje biologiczną. | BI_1A_K03 | P1A_K01, P1A_K02, P1A_K05, P1A_K07, P1A_K08, T1A_K01, T1A_K06, T1A_K07 | InzA_K02 | C-2, C-1 | T-W-4, T-W-6, T-W-9, T-L-3, T-W-7, T-W-11, T-L-4, T-W-3, T-W-5, T-L-1, T-W-2, T-W-8, T-L-6, T-W-12, T-L-5, T-L-8, T-W-13, T-W-1, T-L-7, T-W-10, T-L-2 | M-2, M-3, M-1 | S-2, S-3, S-1 |
Kryterium oceny - wiedza
Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
---|---|---|
BI_1A_BIB-S-D23_W01 Wymienia typy biologicznych baz danych. | 2,0 | |
3,0 | Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy | |
3,5 | ||
4,0 | ||
4,5 | ||
5,0 | ||
BI_1A_BIB-S-D23_W02 Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych. | 2,0 | |
3,0 | Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy | |
3,5 | ||
4,0 | ||
4,5 | ||
5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
---|---|---|
BI_1A_BIB-S-D23_U01 Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji. | 2,0 | |
3,0 | Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów zleconego zadania, nie operuje wiedzą kontekstową | |
3,5 | ||
4,0 | ||
4,5 | ||
5,0 |
Literatura podstawowa
- Teresa Attwood, Paul G. Higgs, Bioinformatyka i ewolucja molekularna., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2011
- Jo McEntyre, Jim Ostell, The NCBI Handbook, National Center for Biotechnology Information (US); 2002-., Bethesda (MD), 2010, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21101/
Literatura dodatkowa
- Terry A. Brown., Genomy., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012