ZUT - Krajowe Ramy Kwalifikacji / Rok 2012/2013 / Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt / Bioinformatyka (S1) / Biologia systemów i metody informatyczne / Sylabus przedmiotu

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Bioinformatyka (S1)
specjalność: Biologia systemów i metody informatyczne

Sylabus przedmiotu Biologiczne pakiety obliczeniowe:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów	Bioinformatyka
Forma studiów	studia stacjonarne	Poziom	pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta	inżynier
Obszary studiów	nauk przyrodniczych, nauk technicznych, studiów inżynierskich
Profil	ogólnoakademicki
Moduł	—
Przedmiot	Biologiczne pakiety obliczeniowe
Specjalność	Biologia systemów i metody informatyczne
Jednostka prowadząca	Katedra Metod Sztucznej Inteligencji i Matematyki Stosowanej
Nauczyciel odpowiedzialny	Piotr Piela <Piotr.Piela@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele	Marcin Korzeń <Marcin.Korzen@zut.edu.pl>
ECTS (planowane)	3,0	ECTS (formy)	3,0
Forma zaliczenia	zaliczenie	Język	polski
Blok obieralny	—	Grupa obieralna	—

Formy dydaktyczne

Forma dydaktyczna	KOD	Semestr	Godziny	ECTS	Waga	Zaliczenie
wykłady	W	5	15	1,0	0,59	zaliczenie
laboratoria	L	5	25	2,0	0,41	zaliczenie

Wymagania wstępne

KOD	Wymaganie wstępne
W-1	Podstawowe wiadomości z zakresu algebry liniowej i analizy matematycznej.

Cele przedmiotu

KOD	Cel modułu/przedmiotu
C-1	Ukształtowanie umiejętności posługiwania sie wybranymi pakietami obliczeniowymi w zakresie: obliczeń naukowych, analizy danych oraz symulacji
C-2	Ukształtowanie umiejętności doboru narzędzi obliczeniowych do postawionego problemui i analizy otrzymanych wyników.
C-3	Zapoznanie studentów z komputerowymi narzędziami wspomagającymi obliczenia: R, Matlab, Python

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KOD	Treść programowa	Godziny
laboratoria
T-L-1	Wprowadzenie do obliczeń inżynierskich: liczby zmiennopozycyjne, błędy obliczeń numerycznych, prezentacja wyników	2
T-L-2	Wprowadzenie do środowiska Matlab	2
T-L-3	Wprowadzenie do środowiska R	2
T-L-4	Wprowadzenie do środowiska języka Python	2
T-L-5	Podstawy programowania w R, instrukcje warunkowe, funkcje, typy danych , macierze, ramki danych, manipulacja i wczytywanie danych danych	6
T-L-6	Wspomaganie analizy danych w R: wczytywanie danych, statystyki podsumowujące, wizualizacja danych, graficzna prezentacja wyników, podstawy wnioskowania statystycznego, formuły, modele liniowe	4
T-L-7	Symulacja układów dynamicznych z wykorzystaniem środowiska Matlab oraz pakietu Simulink	4
T-L-8	Obliczenia numeryczne w Matlab lub Python (do wyboru): numeryczne algorytmy algebry liniowej, interpolacja, aproksymacja, rozwiązywanie równań, optymalizacja	3
		25
wykłady
T-W-1	Pakiety obliczeniowe - wprowadzenie	2
T-W-2	Przegląd dostępnych na rynku pakietów obliczeń naukowych, w tym oprogramowania bioinformatycznego.	2
T-W-3	Język R, wprowadzenie do środowiska, podstawy składni, typy danych, obliczenia numeryczne w R	4
T-W-4	Analiza danych w R	3
T-W-5	Obliczenia naukowe w środowiskach Matlab i Python	3
T-W-6	Zaliczenie wykładu	1
		15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KOD	Forma aktywności	Godziny
laboratoria
A-L-1	Uczestnictwo w zajęciach	25
A-L-2	Przygotowanie do zajęć (praca własna studenta)	15
A-L-3	Zadania domowe, przygotowywanie sprawozdań, realizowane indywidualnie przez studentów (praca własna studenta).	20
		60
wykłady
A-W-1	Uczestnictwo w zajęciach	15
A-W-2	Uczestnictwo w konsultacjach do wykładu	1
A-W-3	Przygotowanie do zaliczenia (praca własna studenta)	15
		31

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KOD	Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1	Wykład informacyjny z wykorzystaniem środków audiowizualnych.
M-2	Ćwiczenia laboratoryjne - samodzelna praca studentów polegająca na wykonywaniu zadań z wykorzystaniem technik komputerowych.

Sposoby oceny

KOD	Sposób oceny
S-1	Ocena podsumowująca: Wykład - egzamin pisemny lub ustny
S-2	Ocena formująca: Ćwiczenia laboratoryjne - ocena ciągła pracy studenta, zadania realizowane na poszczególnych zajęciach oceniane są w formie punktów, ocena końcowa zależy od liczby zgromadzonych punktów

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BI_1A_BIB-S-D21_W01 W wyniku przeprowadzonych zajęc student powinien posiadać wiedzę na temat narzędzi i oprogramowania bioinformatycznego.	BI_1A_W17	P1A_W02, P1A_W04, P1A_W05, P1A_W06, P1A_W07, T1A_W03, T1A_W04, T1A_W06, T1A_W07, T1A_W08	InzA_W01, InzA_W03, InzA_W05	C-1, C-3	T-W-2, T-W-3, T-W-4	M-1	S-1

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BI_1A_BIB-S-D21_U01 W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć posłużyć się przykładowym pakietem obliczeniowym	BI_1A_U09, BI_1A_U14	P1A_U01, P1A_U03, P1A_U04, T1A_U02, T1A_U05, T1A_U07, T1A_U09, T1A_U15	InzA_U01, InzA_U07, InzA_U08	C-1	T-L-5, T-L-8, T-L-7, T-L-6	M-2	S-2
BI_1A_BIB-S-D21_U02 W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć dobrać narzędzie obliczeniowe do postawionego problemu.	BI_1A_U14	T1A_U05, T1A_U07	InzA_U07	C-2	T-L-2, T-L-4, T-L-3, T-L-5	M-2	S-2

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
BI_1A_BIB-S-D21_K01 W trakcie przeprowadzonych zajęć student będzie reprezentował aktywną postawę w samokształceniu.	BI_1A_K04	P1A_K02, P1A_K03, P1A_K06, P1A_K08, T1A_K02, T1A_K03, T1A_K04, T1A_K06	InzA_K01, InzA_K02	C-1, C-2, C-3	T-L-7, T-L-5, T-L-8, T-L-6	M-2	S-2

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BI_1A_BIB-S-D21_W01 W wyniku przeprowadzonych zajęc student powinien posiadać wiedzę na temat narzędzi i oprogramowania bioinformatycznego.	2,0	Student nie zna narzędzi i oprogramiwania bioinformatycznego.
	3,0	Student zna w stopniu podstawowym jedno wybrane narzędzie programistyczne dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
	3,5	Student zna w stopniu podstawowym kilka wybranych narzędzi programistycznych dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
	4,0	Student zna w stopniu podstawowym kilka wybranych narzędzi programistycznych dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych. Jednym z nich potrafi się swobodnie posługiwać.
	4,5	Student dobrze zna wybrane narzędzia programistyczne dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
	5,0	Student dobrze zna wybrane narzędzia programistyczne dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych. Potrafi porównać wybrane narzędzia wskazując różnice oraz możliwości ich zastosowania.

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BI_1A_BIB-S-D21_U01 W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć posłużyć się przykładowym pakietem obliczeniowym	2,0	Student nie potrafi posługiwać się żadnym pakietem obliczeniowym.
	3,0	Student potrafi posługiwać się jednym wybranym pakietem obliczeniowym w stopniu minimalnym.
	3,5	Student potrafi posługiwać się przynajmniej dwoma pakietami obliczeniowymi w stopniu podstawowym.
	4,0	Student potrafi posługiwać się przynajmniej dwoma pakietami obliczeniowymi w stopniu podstawowym. Jednym z pakietów posługuje sie swobodnie.
	4,5	Student potrafi dobrze posługiwać się wybranymi narzędziami programistycznymi dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
	5,0	Student potrafi dobrze posługiwać się wybranymi narzędziami programistycznymi dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych. Potrafi porównać wybrane narzędzia wskazując różnice oraz możliwości ich zastosowania.
BI_1A_BIB-S-D21_U02 W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć dobrać narzędzie obliczeniowe do postawionego problemu.	2,0	Student nie umie dobrać narzędzia obliczeniowego do rozwiązywania zadań.
	3,0	Student umie zaproponować najprostsze algorytmy numeryczne do rozwiązania wybranych zagadnień.
	3,5	Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania wybranych zagadnień.
	4,0	Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania wybranych zagadnień oraz uzasadnić swój wybór.
	4,5	Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania różnych problemów rzeczywistych oraz uzasadnić swój wybór.
	5,0	Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania różnych problemów rzeczywistych, potrafi porównać ich efektywność i na tej podstawie uzasadnić swój wybór.

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształcenia	Ocena	Kryterium oceny
BI_1A_BIB-S-D21_K01 W trakcie przeprowadzonych zajęć student będzie reprezentował aktywną postawę w samokształceniu.	2,0	Student nie jest przygotowany do zajęć.
	3,0	Student jest przygotowany do zajęć w minimalnym stopniu.
	3,5	Student jest przygotowany do zajęć w minimalnym stopniu i potrafi samodzielnie rozwiązywać proste problemy.
	4,0	Student jest przygotowany do zajęć i potrafi samodzielnie rozwązywać postawione problemy.
	4,5	Student jest przygotowany do zajęć i potrafi samodzielnie rozwiązywać postawione problemy oraz prowadzić dyskusję o osiągniętych wynikach.
	5,0	Student jest przygotowany do zajęć i potrafi samodzielnie rozwiązywać postawione problemy oraz prowadzić dyskusję o osiągniętych wynikach, a także proponować modyfikacje.

Literatura podstawowa

Guntenbaum J., Modelowanie matematyczne systemów, Akademicka Oficyna Wydawnicza EXIT, Warszawa, 2003, III
Morrison F., Sztuka modelowania układów dynamicznych, WNT, Warszawa, 1996, I
Foryś U., Matematyka w biologii, Wydawnictwa Naukowo-Techniczne, Warszawa, 2005
Murray J. D., Wprowadzenie do biomatematyki, Wydawnictwo PWN, Warszawa, 2007
Wrzosek D., Matematyka dla biologów, Wydawnictwo WUW, Warszawa, 2008

Literatura dodatkowa

Kincaid D., Cheney W., Analiza numeryczna, WNT, Warszawa, 2006, III
Mrozek B., Mrozek Z., MATLAB i Simulink. Poradnik użytkownika, Helion, Gliwice, 2010, III

Treści programowe - laboratoria

KOD	Treść programowa	Godziny
T-L-1	Wprowadzenie do obliczeń inżynierskich: liczby zmiennopozycyjne, błędy obliczeń numerycznych, prezentacja wyników	2
T-L-2	Wprowadzenie do środowiska Matlab	2
T-L-3	Wprowadzenie do środowiska R	2
T-L-4	Wprowadzenie do środowiska języka Python	2
T-L-5	Podstawy programowania w R, instrukcje warunkowe, funkcje, typy danych , macierze, ramki danych, manipulacja i wczytywanie danych danych	6
T-L-6	Wspomaganie analizy danych w R: wczytywanie danych, statystyki podsumowujące, wizualizacja danych, graficzna prezentacja wyników, podstawy wnioskowania statystycznego, formuły, modele liniowe	4
T-L-7	Symulacja układów dynamicznych z wykorzystaniem środowiska Matlab oraz pakietu Simulink	4
T-L-8	Obliczenia numeryczne w Matlab lub Python (do wyboru): numeryczne algorytmy algebry liniowej, interpolacja, aproksymacja, rozwiązywanie równań, optymalizacja	3
		25

Treści programowe - wykłady

KOD	Treść programowa	Godziny
T-W-1	Pakiety obliczeniowe - wprowadzenie	2
T-W-2	Przegląd dostępnych na rynku pakietów obliczeń naukowych, w tym oprogramowania bioinformatycznego.	2
T-W-3	Język R, wprowadzenie do środowiska, podstawy składni, typy danych, obliczenia numeryczne w R	4
T-W-4	Analiza danych w R	3
T-W-5	Obliczenia naukowe w środowiskach Matlab i Python	3
T-W-6	Zaliczenie wykładu	1
		15

Formy aktywności - laboratoria

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-L-1	Uczestnictwo w zajęciach	25
A-L-2	Przygotowanie do zajęć (praca własna studenta)	15
A-L-3	Zadania domowe, przygotowywanie sprawozdań, realizowane indywidualnie przez studentów (praca własna studenta).	20
		60

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-W-1	Uczestnictwo w zajęciach	15
A-W-2	Uczestnictwo w konsultacjach do wykładu	1
A-W-3	Przygotowanie do zaliczenia (praca własna studenta)	15
		31

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BI_1A_BIB-S-D21_W01	W wyniku przeprowadzonych zajęc student powinien posiadać wiedzę na temat narzędzi i oprogramowania bioinformatycznego.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BI_1A_W17	posiada wiedzę o narzędziach matematycznych i informatycznych, wykorzystywanych w analizach biologicznych i bioinformatycznych
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P1A_W02	w interpretacji zjawisk i procesów przyrodniczych opiera się na podstawach empirycznych, rozumiejąc w pełni znaczenie metod matematycznych i statystycznych
	P1A_W04	ma wiedzę w zakresie najważniejszych problemów z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów oraz zna ich powiązania z innymi dyscyplinami przyrodniczymi
	P1A_W05	ma wiedzę w zakresie podstawowych kategorii pojęciowych i terminologii przyrodniczej oraz ma znajomość rozwoju dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów i stosowanych w nich metod badawczych
	P1A_W06	ma wiedzę w zakresie statystyki i informatyki na poziomie pozwalającym na opisywanie i interpretowanie zjawisk przyrodniczych
	P1A_W07	ma wiedzę w zakresie podstawowych technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
	T1A_W03	ma uporządkowaną, podbudowaną teoretycznie wiedzę ogólną obejmującą kluczowe zagadnienia z zakresu studiowanego kierunku studiów
	T1A_W04	ma szczegółową wiedzę związaną z wybranymi zagadnieniami z zakresu studiowanego kierunku studiów
	T1A_W06	ma podstawową wiedzę o cyklu życia urządzeń, obiektów i systemów technicznych
	T1A_W07	zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu prostych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
	T1A_W08	ma podstawową wiedzę niezbędną do rozumienia społecznych, ekonomicznych, prawnych i innych pozatechnicznych uwarunkowań działalności inżynierskiej
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	InzA_W01	ma podstawową wiedzę o cyklu życia urządzeń, obiektów i systemów technicznych
	InzA_W03	ma podstawową wiedzę niezbędną do rozumienia społecznych, ekonomicznych, prawnych i innych uwarunkowań działalności inżynierskiej
	InzA_W05	zna typowe technologie inżynierskie w zakresie studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotu	C-1	Ukształtowanie umiejętności posługiwania sie wybranymi pakietami obliczeniowymi w zakresie: obliczeń naukowych, analizy danych oraz symulacji
Cel przedmiotu	C-3	Zapoznanie studentów z komputerowymi narzędziami wspomagającymi obliczenia: R, Matlab, Python
Treści programowe	T-W-2	Przegląd dostępnych na rynku pakietów obliczeń naukowych, w tym oprogramowania bioinformatycznego.
	T-W-3	Język R, wprowadzenie do środowiska, podstawy składni, typy danych, obliczenia numeryczne w R
	T-W-4	Analiza danych w R
Metody nauczania	M-1	Wykład informacyjny z wykorzystaniem środków audiowizualnych.
Sposób oceny	S-1	Ocena podsumowująca: Wykład - egzamin pisemny lub ustny
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0	Student nie zna narzędzi i oprogramiwania bioinformatycznego.
	3,0	Student zna w stopniu podstawowym jedno wybrane narzędzie programistyczne dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
	3,5	Student zna w stopniu podstawowym kilka wybranych narzędzi programistycznych dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
	4,0	Student zna w stopniu podstawowym kilka wybranych narzędzi programistycznych dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych. Jednym z nich potrafi się swobodnie posługiwać.
	4,5	Student dobrze zna wybrane narzędzia programistyczne dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
	5,0	Student dobrze zna wybrane narzędzia programistyczne dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych. Potrafi porównać wybrane narzędzia wskazując różnice oraz możliwości ich zastosowania.

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BI_1A_BIB-S-D21_U01	W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć posłużyć się przykładowym pakietem obliczeniowym
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BI_1A_U09	stosuje techniki programowania i języki odpowiednio do przedstawionego problemu, korzysta z wiedzy o różnicach w możliwościach zastosowań środowiska programistycznego, potrafi pod nadzorem opiekuna wykonać aplikację służącą do analizy danych biologicznych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BI_1A_U14	wykorzystuje możliwości oprogramowania do wizualizacji systemów biologicznych, dobiera i optymalizuje warunki prezentacji
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P1A_U01	stosuje podstawowe techniki i narzędzia badawcze w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
	P1A_U03	wykorzystuje dostępne źródła informacji, w tym źródła elektroniczne
	P1A_U04	wykonuje zlecone proste zadania badawcze lub ekspertyzy pod kierunkiem opiekuna naukowego
	T1A_U02	potrafi porozumiewać się przy użyciu różnych technik w środowisku zawodowym oraz w innych środowiskach
	T1A_U05	ma umiejętność samokształcenia się
	T1A_U07	potrafi posługiwać się technikami informacyjno-komunikacyjnymi właściwymi do realizacji zadań typowych dla działalności inżynierskiej
	T1A_U09	potrafi wykorzystać do formułowania i rozwiązywania zadań inżynierskich metody analityczne, symulacyjne oraz eksperymentalne
	T1A_U15	potrafi ocenić przydatność rutynowych metod i narzędzi służących do rozwiązania prostego zadania inżynierskiego o charakterze praktycznym, charakterystycznego dla studiowanego kierunku studiów oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	InzA_U01	potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
	InzA_U07	potrafi ocenić przydatność rutynowych metod i narzędzi służących do rozwiązania prostego zadania inżynierskiego o charakterze praktycznym, charakterystycznego dla studiowanego kierunku studiów oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia
	InzA_U08	potrafi - zgodnie z zadaną specyfikacją - zaprojektować proste urządzenie, obiekt, system lub proces, typowe dla studiowanego kierunku studiów, używając właściwych metod, technik i narzędzi
Cel przedmiotu	C-1	Ukształtowanie umiejętności posługiwania sie wybranymi pakietami obliczeniowymi w zakresie: obliczeń naukowych, analizy danych oraz symulacji
Treści programowe	T-L-5	Podstawy programowania w R, instrukcje warunkowe, funkcje, typy danych , macierze, ramki danych, manipulacja i wczytywanie danych danych
	T-L-8	Obliczenia numeryczne w Matlab lub Python (do wyboru): numeryczne algorytmy algebry liniowej, interpolacja, aproksymacja, rozwiązywanie równań, optymalizacja
	T-L-7	Symulacja układów dynamicznych z wykorzystaniem środowiska Matlab oraz pakietu Simulink
	T-L-6	Wspomaganie analizy danych w R: wczytywanie danych, statystyki podsumowujące, wizualizacja danych, graficzna prezentacja wyników, podstawy wnioskowania statystycznego, formuły, modele liniowe
Metody nauczania	M-2	Ćwiczenia laboratoryjne - samodzelna praca studentów polegająca na wykonywaniu zadań z wykorzystaniem technik komputerowych.
Sposób oceny	S-2	Ocena formująca: Ćwiczenia laboratoryjne - ocena ciągła pracy studenta, zadania realizowane na poszczególnych zajęciach oceniane są w formie punktów, ocena końcowa zależy od liczby zgromadzonych punktów
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0	Student nie potrafi posługiwać się żadnym pakietem obliczeniowym.
	3,0	Student potrafi posługiwać się jednym wybranym pakietem obliczeniowym w stopniu minimalnym.
	3,5	Student potrafi posługiwać się przynajmniej dwoma pakietami obliczeniowymi w stopniu podstawowym.
	4,0	Student potrafi posługiwać się przynajmniej dwoma pakietami obliczeniowymi w stopniu podstawowym. Jednym z pakietów posługuje sie swobodnie.
	4,5	Student potrafi dobrze posługiwać się wybranymi narzędziami programistycznymi dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
	5,0	Student potrafi dobrze posługiwać się wybranymi narzędziami programistycznymi dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych. Potrafi porównać wybrane narzędzia wskazując różnice oraz możliwości ich zastosowania.

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BI_1A_BIB-S-D21_U02	W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć dobrać narzędzie obliczeniowe do postawionego problemu.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BI_1A_U14	wykorzystuje możliwości oprogramowania do wizualizacji systemów biologicznych, dobiera i optymalizuje warunki prezentacji
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	T1A_U05	ma umiejętność samokształcenia się
	T1A_U07	potrafi posługiwać się technikami informacyjno-komunikacyjnymi właściwymi do realizacji zadań typowych dla działalności inżynierskiej
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	InzA_U07	potrafi ocenić przydatność rutynowych metod i narzędzi służących do rozwiązania prostego zadania inżynierskiego o charakterze praktycznym, charakterystycznego dla studiowanego kierunku studiów oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia
Cel przedmiotu	C-2	Ukształtowanie umiejętności doboru narzędzi obliczeniowych do postawionego problemui i analizy otrzymanych wyników.
Treści programowe	T-L-2	Wprowadzenie do środowiska Matlab
	T-L-4	Wprowadzenie do środowiska języka Python
	T-L-3	Wprowadzenie do środowiska R
	T-L-5	Podstawy programowania w R, instrukcje warunkowe, funkcje, typy danych , macierze, ramki danych, manipulacja i wczytywanie danych danych
Metody nauczania	M-2	Ćwiczenia laboratoryjne - samodzelna praca studentów polegająca na wykonywaniu zadań z wykorzystaniem technik komputerowych.
Sposób oceny	S-2	Ocena formująca: Ćwiczenia laboratoryjne - ocena ciągła pracy studenta, zadania realizowane na poszczególnych zajęciach oceniane są w formie punktów, ocena końcowa zależy od liczby zgromadzonych punktów
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0	Student nie umie dobrać narzędzia obliczeniowego do rozwiązywania zadań.
	3,0	Student umie zaproponować najprostsze algorytmy numeryczne do rozwiązania wybranych zagadnień.
	3,5	Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania wybranych zagadnień.
	4,0	Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania wybranych zagadnień oraz uzasadnić swój wybór.
	4,5	Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania różnych problemów rzeczywistych oraz uzasadnić swój wybór.
	5,0	Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania różnych problemów rzeczywistych, potrafi porównać ich efektywność i na tej podstawie uzasadnić swój wybór.

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty kształcenia	BI_1A_BIB-S-D21_K01	W trakcie przeprowadzonych zajęć student będzie reprezentował aktywną postawę w samokształceniu.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	BI_1A_K04	jest zdolny do efektywnej pracy samodzielnej i zespołowej, wykazuje odpowiedzialność za pracę własną, wspólnie realizowane zadania oraz powierzany sprzęt
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	P1A_K02	potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
	P1A_K03	potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
	P1A_K06	jest odpowiedzialny za bezpieczeństwo pracy własnej i innych; umie postępować w stanach zagrożenia
	P1A_K08	potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
	T1A_K02	ma świadomość ważności i zrozumienie pozatechnicznych aspektów i skutków działalności inżynierskiej, w tym jej wpływu na środowisko, i związanej z tym odpowiedzialności za podejmowane decyzje
	T1A_K03	potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
	T1A_K04	potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
	T1A_K06	potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	InzA_K01	ma świadomość ważności i rozumie pozatechniczne aspekty i skutki działalności inżynierskiej, w tym jej wpływu na środowisko, i związanej z tym odpowiedzialności za podejmowane decyzje
	InzA_K02	potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotu	C-1	Ukształtowanie umiejętności posługiwania sie wybranymi pakietami obliczeniowymi w zakresie: obliczeń naukowych, analizy danych oraz symulacji
	C-2	Ukształtowanie umiejętności doboru narzędzi obliczeniowych do postawionego problemui i analizy otrzymanych wyników.
	C-3	Zapoznanie studentów z komputerowymi narzędziami wspomagającymi obliczenia: R, Matlab, Python
Treści programowe	T-L-7	Symulacja układów dynamicznych z wykorzystaniem środowiska Matlab oraz pakietu Simulink
	T-L-5	Podstawy programowania w R, instrukcje warunkowe, funkcje, typy danych , macierze, ramki danych, manipulacja i wczytywanie danych danych
	T-L-8	Obliczenia numeryczne w Matlab lub Python (do wyboru): numeryczne algorytmy algebry liniowej, interpolacja, aproksymacja, rozwiązywanie równań, optymalizacja
	T-L-6	Wspomaganie analizy danych w R: wczytywanie danych, statystyki podsumowujące, wizualizacja danych, graficzna prezentacja wyników, podstawy wnioskowania statystycznego, formuły, modele liniowe
Metody nauczania	M-2	Ćwiczenia laboratoryjne - samodzelna praca studentów polegająca na wykonywaniu zadań z wykorzystaniem technik komputerowych.
Sposób oceny	S-2	Ocena formująca: Ćwiczenia laboratoryjne - ocena ciągła pracy studenta, zadania realizowane na poszczególnych zajęciach oceniane są w formie punktów, ocena końcowa zależy od liczby zgromadzonych punktów
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0	Student nie jest przygotowany do zajęć.
	3,0	Student jest przygotowany do zajęć w minimalnym stopniu.
	3,5	Student jest przygotowany do zajęć w minimalnym stopniu i potrafi samodzielnie rozwiązywać proste problemy.
	4,0	Student jest przygotowany do zajęć i potrafi samodzielnie rozwązywać postawione problemy.
	4,5	Student jest przygotowany do zajęć i potrafi samodzielnie rozwiązywać postawione problemy oraz prowadzić dyskusję o osiągniętych wynikach.
	5,0	Student jest przygotowany do zajęć i potrafi samodzielnie rozwiązywać postawione problemy oraz prowadzić dyskusję o osiągniętych wynikach, a także proponować modyfikacje.