Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Bioinformatyka (S1)
specjalność: Biologia systemów i metody informatyczne

Sylabus przedmiotu Biologiczne pakiety obliczeniowe:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Bioinformatyka
Forma studiów studia stacjonarne Poziom pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta inżynier
Obszary studiów nauk przyrodniczych, nauk technicznych, studiów inżynierskich
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Biologiczne pakiety obliczeniowe
Specjalność Biologia systemów i metody informatyczne
Jednostka prowadząca Katedra Metod Sztucznej Inteligencji i Matematyki Stosowanej
Nauczyciel odpowiedzialny Piotr Piela <Piotr.Piela@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Marcin Korzeń <Marcin.Korzen@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
wykładyW5 15 1,00,59zaliczenie
laboratoriaL5 25 2,00,41zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Podstawowe wiadomości z zakresu algebry liniowej i analizy matematycznej.

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Ukształtowanie umiejętności posługiwania sie wybranymi pakietami obliczeniowymi w zakresie: obliczeń naukowych, analizy danych oraz symulacji
C-2Ukształtowanie umiejętności doboru narzędzi obliczeniowych do postawionego problemui i analizy otrzymanych wyników.
C-3Zapoznanie studentów z komputerowymi narzędziami wspomagającymi obliczenia: R, Matlab, Python

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Wprowadzenie do obliczeń inżynierskich: liczby zmiennopozycyjne, błędy obliczeń numerycznych, prezentacja wyników2
T-L-2Wprowadzenie do środowiska Matlab2
T-L-3Wprowadzenie do środowiska R2
T-L-4Wprowadzenie do środowiska języka Python2
T-L-5Podstawy programowania w R, instrukcje warunkowe, funkcje, typy danych , macierze, ramki danych, manipulacja i wczytywanie danych danych6
T-L-6Wspomaganie analizy danych w R: wczytywanie danych, statystyki podsumowujące, wizualizacja danych, graficzna prezentacja wyników, podstawy wnioskowania statystycznego, formuły, modele liniowe4
T-L-7Symulacja układów dynamicznych z wykorzystaniem środowiska Matlab oraz pakietu Simulink4
T-L-8Obliczenia numeryczne w Matlab lub Python (do wyboru): numeryczne algorytmy algebry liniowej, interpolacja, aproksymacja, rozwiązywanie równań, optymalizacja3
25
wykłady
T-W-1Pakiety obliczeniowe - wprowadzenie2
T-W-2Przegląd dostępnych na rynku pakietów obliczeń naukowych, w tym oprogramowania bioinformatycznego.2
T-W-3Język R, wprowadzenie do środowiska, podstawy składni, typy danych, obliczenia numeryczne w R4
T-W-4Analiza danych w R3
T-W-5Obliczenia naukowe w środowiskach Matlab i Python3
T-W-6Zaliczenie wykładu1
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Uczestnictwo w zajęciach25
A-L-2Przygotowanie do zajęć (praca własna studenta)15
A-L-3Zadania domowe, przygotowywanie sprawozdań, realizowane indywidualnie przez studentów (praca własna studenta).20
60
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2Uczestnictwo w konsultacjach do wykładu1
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia (praca własna studenta)15
31

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny z wykorzystaniem środków audiowizualnych.
M-2Ćwiczenia laboratoryjne - samodzelna praca studentów polegająca na wykonywaniu zadań z wykorzystaniem technik komputerowych.

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Wykład - egzamin pisemny lub ustny
S-2Ocena formująca: Ćwiczenia laboratoryjne - ocena ciągła pracy studenta, zadania realizowane na poszczególnych zajęciach oceniane są w formie punktów, ocena końcowa zależy od liczby zgromadzonych punktów

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BI_1A_BIB-S-D21_W01
W wyniku przeprowadzonych zajęc student powinien posiadać wiedzę na temat narzędzi i oprogramowania bioinformatycznego.
BI_1A_W17P1A_W02, P1A_W04, P1A_W05, P1A_W06, P1A_W07, T1A_W03, T1A_W04, T1A_W06, T1A_W07, T1A_W08InzA_W01, InzA_W03, InzA_W05C-1, C-3T-W-2, T-W-3, T-W-4M-1S-1

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BI_1A_BIB-S-D21_U01
W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć posłużyć się przykładowym pakietem obliczeniowym
BI_1A_U09, BI_1A_U14P1A_U01, P1A_U03, P1A_U04, T1A_U02, T1A_U05, T1A_U07, T1A_U09, T1A_U15InzA_U01, InzA_U07, InzA_U08C-1T-L-5, T-L-8, T-L-7, T-L-6M-2S-2
BI_1A_BIB-S-D21_U02
W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć dobrać narzędzie obliczeniowe do postawionego problemu.
BI_1A_U14T1A_U05, T1A_U07InzA_U07C-2T-L-2, T-L-4, T-L-3, T-L-5M-2S-2

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BI_1A_BIB-S-D21_K01
W trakcie przeprowadzonych zajęć student będzie reprezentował aktywną postawę w samokształceniu.
BI_1A_K04P1A_K02, P1A_K03, P1A_K06, P1A_K08, T1A_K02, T1A_K03, T1A_K04, T1A_K06InzA_K01, InzA_K02C-1, C-2, C-3T-L-7, T-L-5, T-L-8, T-L-6M-2S-2

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BI_1A_BIB-S-D21_W01
W wyniku przeprowadzonych zajęc student powinien posiadać wiedzę na temat narzędzi i oprogramowania bioinformatycznego.
2,0Student nie zna narzędzi i oprogramiwania bioinformatycznego.
3,0Student zna w stopniu podstawowym jedno wybrane narzędzie programistyczne dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
3,5Student zna w stopniu podstawowym kilka wybranych narzędzi programistycznych dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
4,0Student zna w stopniu podstawowym kilka wybranych narzędzi programistycznych dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych. Jednym z nich potrafi się swobodnie posługiwać.
4,5Student dobrze zna wybrane narzędzia programistyczne dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
5,0Student dobrze zna wybrane narzędzia programistyczne dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych. Potrafi porównać wybrane narzędzia wskazując różnice oraz możliwości ich zastosowania.

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BI_1A_BIB-S-D21_U01
W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć posłużyć się przykładowym pakietem obliczeniowym
2,0Student nie potrafi posługiwać się żadnym pakietem obliczeniowym.
3,0Student potrafi posługiwać się jednym wybranym pakietem obliczeniowym w stopniu minimalnym.
3,5Student potrafi posługiwać się przynajmniej dwoma pakietami obliczeniowymi w stopniu podstawowym.
4,0Student potrafi posługiwać się przynajmniej dwoma pakietami obliczeniowymi w stopniu podstawowym. Jednym z pakietów posługuje sie swobodnie.
4,5Student potrafi dobrze posługiwać się wybranymi narzędziami programistycznymi dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
5,0Student potrafi dobrze posługiwać się wybranymi narzędziami programistycznymi dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych. Potrafi porównać wybrane narzędzia wskazując różnice oraz możliwości ich zastosowania.
BI_1A_BIB-S-D21_U02
W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć dobrać narzędzie obliczeniowe do postawionego problemu.
2,0Student nie umie dobrać narzędzia obliczeniowego do rozwiązywania zadań.
3,0Student umie zaproponować najprostsze algorytmy numeryczne do rozwiązania wybranych zagadnień.
3,5Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania wybranych zagadnień.
4,0Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania wybranych zagadnień oraz uzasadnić swój wybór.
4,5Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania różnych problemów rzeczywistych oraz uzasadnić swój wybór.
5,0Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania różnych problemów rzeczywistych, potrafi porównać ich efektywność i na tej podstawie uzasadnić swój wybór.

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BI_1A_BIB-S-D21_K01
W trakcie przeprowadzonych zajęć student będzie reprezentował aktywną postawę w samokształceniu.
2,0Student nie jest przygotowany do zajęć.
3,0Student jest przygotowany do zajęć w minimalnym stopniu.
3,5Student jest przygotowany do zajęć w minimalnym stopniu i potrafi samodzielnie rozwiązywać proste problemy.
4,0Student jest przygotowany do zajęć i potrafi samodzielnie rozwązywać postawione problemy.
4,5Student jest przygotowany do zajęć i potrafi samodzielnie rozwiązywać postawione problemy oraz prowadzić dyskusję o osiągniętych wynikach.
5,0Student jest przygotowany do zajęć i potrafi samodzielnie rozwiązywać postawione problemy oraz prowadzić dyskusję o osiągniętych wynikach, a także proponować modyfikacje.

Literatura podstawowa

  1. Guntenbaum J., Modelowanie matematyczne systemów, Akademicka Oficyna Wydawnicza EXIT, Warszawa, 2003, III
  2. Morrison F., Sztuka modelowania układów dynamicznych, WNT, Warszawa, 1996, I
  3. Foryś U., Matematyka w biologii, Wydawnictwa Naukowo-Techniczne, Warszawa, 2005
  4. Murray J. D., Wprowadzenie do biomatematyki, Wydawnictwo PWN, Warszawa, 2007
  5. Wrzosek D., Matematyka dla biologów, Wydawnictwo WUW, Warszawa, 2008

Literatura dodatkowa

  1. Kincaid D., Cheney W., Analiza numeryczna, WNT, Warszawa, 2006, III
  2. Mrozek B., Mrozek Z., MATLAB i Simulink. Poradnik użytkownika, Helion, Gliwice, 2010, III

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Wprowadzenie do obliczeń inżynierskich: liczby zmiennopozycyjne, błędy obliczeń numerycznych, prezentacja wyników2
T-L-2Wprowadzenie do środowiska Matlab2
T-L-3Wprowadzenie do środowiska R2
T-L-4Wprowadzenie do środowiska języka Python2
T-L-5Podstawy programowania w R, instrukcje warunkowe, funkcje, typy danych , macierze, ramki danych, manipulacja i wczytywanie danych danych6
T-L-6Wspomaganie analizy danych w R: wczytywanie danych, statystyki podsumowujące, wizualizacja danych, graficzna prezentacja wyników, podstawy wnioskowania statystycznego, formuły, modele liniowe4
T-L-7Symulacja układów dynamicznych z wykorzystaniem środowiska Matlab oraz pakietu Simulink4
T-L-8Obliczenia numeryczne w Matlab lub Python (do wyboru): numeryczne algorytmy algebry liniowej, interpolacja, aproksymacja, rozwiązywanie równań, optymalizacja3
25

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Pakiety obliczeniowe - wprowadzenie2
T-W-2Przegląd dostępnych na rynku pakietów obliczeń naukowych, w tym oprogramowania bioinformatycznego.2
T-W-3Język R, wprowadzenie do środowiska, podstawy składni, typy danych, obliczenia numeryczne w R4
T-W-4Analiza danych w R3
T-W-5Obliczenia naukowe w środowiskach Matlab i Python3
T-W-6Zaliczenie wykładu1
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Uczestnictwo w zajęciach25
A-L-2Przygotowanie do zajęć (praca własna studenta)15
A-L-3Zadania domowe, przygotowywanie sprawozdań, realizowane indywidualnie przez studentów (praca własna studenta).20
60
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2Uczestnictwo w konsultacjach do wykładu1
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia (praca własna studenta)15
31
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BIB-S-D21_W01W wyniku przeprowadzonych zajęc student powinien posiadać wiedzę na temat narzędzi i oprogramowania bioinformatycznego.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_W17posiada wiedzę o narzędziach matematycznych i informatycznych, wykorzystywanych w analizach biologicznych i bioinformatycznych
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_W02w interpretacji zjawisk i procesów przyrodniczych opiera się na podstawach empirycznych, rozumiejąc w pełni znaczenie metod matematycznych i statystycznych
P1A_W04ma wiedzę w zakresie najważniejszych problemów z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów oraz zna ich powiązania z innymi dyscyplinami przyrodniczymi
P1A_W05ma wiedzę w zakresie podstawowych kategorii pojęciowych i terminologii przyrodniczej oraz ma znajomość rozwoju dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów i stosowanych w nich metod badawczych
P1A_W06ma wiedzę w zakresie statystyki i informatyki na poziomie pozwalającym na opisywanie i interpretowanie zjawisk przyrodniczych
P1A_W07ma wiedzę w zakresie podstawowych technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
T1A_W03ma uporządkowaną, podbudowaną teoretycznie wiedzę ogólną obejmującą kluczowe zagadnienia z zakresu studiowanego kierunku studiów
T1A_W04ma szczegółową wiedzę związaną z wybranymi zagadnieniami z zakresu studiowanego kierunku studiów
T1A_W06ma podstawową wiedzę o cyklu życia urządzeń, obiektów i systemów technicznych
T1A_W07zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu prostych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
T1A_W08ma podstawową wiedzę niezbędną do rozumienia społecznych, ekonomicznych, prawnych i innych pozatechnicznych uwarunkowań działalności inżynierskiej
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_W01ma podstawową wiedzę o cyklu życia urządzeń, obiektów i systemów technicznych
InzA_W03ma podstawową wiedzę niezbędną do rozumienia społecznych, ekonomicznych, prawnych i innych uwarunkowań działalności inżynierskiej
InzA_W05zna typowe technologie inżynierskie w zakresie studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Ukształtowanie umiejętności posługiwania sie wybranymi pakietami obliczeniowymi w zakresie: obliczeń naukowych, analizy danych oraz symulacji
C-3Zapoznanie studentów z komputerowymi narzędziami wspomagającymi obliczenia: R, Matlab, Python
Treści programoweT-W-2Przegląd dostępnych na rynku pakietów obliczeń naukowych, w tym oprogramowania bioinformatycznego.
T-W-3Język R, wprowadzenie do środowiska, podstawy składni, typy danych, obliczenia numeryczne w R
T-W-4Analiza danych w R
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny z wykorzystaniem środków audiowizualnych.
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Wykład - egzamin pisemny lub ustny
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie zna narzędzi i oprogramiwania bioinformatycznego.
3,0Student zna w stopniu podstawowym jedno wybrane narzędzie programistyczne dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
3,5Student zna w stopniu podstawowym kilka wybranych narzędzi programistycznych dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
4,0Student zna w stopniu podstawowym kilka wybranych narzędzi programistycznych dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych. Jednym z nich potrafi się swobodnie posługiwać.
4,5Student dobrze zna wybrane narzędzia programistyczne dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
5,0Student dobrze zna wybrane narzędzia programistyczne dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych. Potrafi porównać wybrane narzędzia wskazując różnice oraz możliwości ich zastosowania.
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BIB-S-D21_U01W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć posłużyć się przykładowym pakietem obliczeniowym
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_U09stosuje techniki programowania i języki odpowiednio do przedstawionego problemu, korzysta z wiedzy o różnicach w możliwościach zastosowań środowiska programistycznego, potrafi pod nadzorem opiekuna wykonać aplikację służącą do analizy danych biologicznych
BI_1A_U14wykorzystuje możliwości oprogramowania do wizualizacji systemów biologicznych, dobiera i optymalizuje warunki prezentacji
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_U01stosuje podstawowe techniki i narzędzia badawcze w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
P1A_U03wykorzystuje dostępne źródła informacji, w tym źródła elektroniczne
P1A_U04wykonuje zlecone proste zadania badawcze lub ekspertyzy pod kierunkiem opiekuna naukowego
T1A_U02potrafi porozumiewać się przy użyciu różnych technik w środowisku zawodowym oraz w innych środowiskach
T1A_U05ma umiejętność samokształcenia się
T1A_U07potrafi posługiwać się technikami informacyjno-komunikacyjnymi właściwymi do realizacji zadań typowych dla działalności inżynierskiej
T1A_U09potrafi wykorzystać do formułowania i rozwiązywania zadań inżynierskich metody analityczne, symulacyjne oraz eksperymentalne
T1A_U15potrafi ocenić przydatność rutynowych metod i narzędzi służących do rozwiązania prostego zadania inżynierskiego o charakterze praktycznym, charakterystycznego dla studiowanego kierunku studiów oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_U01potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
InzA_U07potrafi ocenić przydatność rutynowych metod i narzędzi służących do rozwiązania prostego zadania inżynierskiego o charakterze praktycznym, charakterystycznego dla studiowanego kierunku studiów oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia
InzA_U08potrafi - zgodnie z zadaną specyfikacją - zaprojektować proste urządzenie, obiekt, system lub proces, typowe dla studiowanego kierunku studiów, używając właściwych metod, technik i narzędzi
Cel przedmiotuC-1Ukształtowanie umiejętności posługiwania sie wybranymi pakietami obliczeniowymi w zakresie: obliczeń naukowych, analizy danych oraz symulacji
Treści programoweT-L-5Podstawy programowania w R, instrukcje warunkowe, funkcje, typy danych , macierze, ramki danych, manipulacja i wczytywanie danych danych
T-L-8Obliczenia numeryczne w Matlab lub Python (do wyboru): numeryczne algorytmy algebry liniowej, interpolacja, aproksymacja, rozwiązywanie równań, optymalizacja
T-L-7Symulacja układów dynamicznych z wykorzystaniem środowiska Matlab oraz pakietu Simulink
T-L-6Wspomaganie analizy danych w R: wczytywanie danych, statystyki podsumowujące, wizualizacja danych, graficzna prezentacja wyników, podstawy wnioskowania statystycznego, formuły, modele liniowe
Metody nauczaniaM-2Ćwiczenia laboratoryjne - samodzelna praca studentów polegająca na wykonywaniu zadań z wykorzystaniem technik komputerowych.
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Ćwiczenia laboratoryjne - ocena ciągła pracy studenta, zadania realizowane na poszczególnych zajęciach oceniane są w formie punktów, ocena końcowa zależy od liczby zgromadzonych punktów
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie potrafi posługiwać się żadnym pakietem obliczeniowym.
3,0Student potrafi posługiwać się jednym wybranym pakietem obliczeniowym w stopniu minimalnym.
3,5Student potrafi posługiwać się przynajmniej dwoma pakietami obliczeniowymi w stopniu podstawowym.
4,0Student potrafi posługiwać się przynajmniej dwoma pakietami obliczeniowymi w stopniu podstawowym. Jednym z pakietów posługuje sie swobodnie.
4,5Student potrafi dobrze posługiwać się wybranymi narzędziami programistycznymi dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych.
5,0Student potrafi dobrze posługiwać się wybranymi narzędziami programistycznymi dla rozwiązywania zagadnień bioinformatycznych. Potrafi porównać wybrane narzędzia wskazując różnice oraz możliwości ich zastosowania.
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BIB-S-D21_U02W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien umieć dobrać narzędzie obliczeniowe do postawionego problemu.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_U14wykorzystuje możliwości oprogramowania do wizualizacji systemów biologicznych, dobiera i optymalizuje warunki prezentacji
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaT1A_U05ma umiejętność samokształcenia się
T1A_U07potrafi posługiwać się technikami informacyjno-komunikacyjnymi właściwymi do realizacji zadań typowych dla działalności inżynierskiej
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_U07potrafi ocenić przydatność rutynowych metod i narzędzi służących do rozwiązania prostego zadania inżynierskiego o charakterze praktycznym, charakterystycznego dla studiowanego kierunku studiów oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności doboru narzędzi obliczeniowych do postawionego problemui i analizy otrzymanych wyników.
Treści programoweT-L-2Wprowadzenie do środowiska Matlab
T-L-4Wprowadzenie do środowiska języka Python
T-L-3Wprowadzenie do środowiska R
T-L-5Podstawy programowania w R, instrukcje warunkowe, funkcje, typy danych , macierze, ramki danych, manipulacja i wczytywanie danych danych
Metody nauczaniaM-2Ćwiczenia laboratoryjne - samodzelna praca studentów polegająca na wykonywaniu zadań z wykorzystaniem technik komputerowych.
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Ćwiczenia laboratoryjne - ocena ciągła pracy studenta, zadania realizowane na poszczególnych zajęciach oceniane są w formie punktów, ocena końcowa zależy od liczby zgromadzonych punktów
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie umie dobrać narzędzia obliczeniowego do rozwiązywania zadań.
3,0Student umie zaproponować najprostsze algorytmy numeryczne do rozwiązania wybranych zagadnień.
3,5Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania wybranych zagadnień.
4,0Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania wybranych zagadnień oraz uzasadnić swój wybór.
4,5Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania różnych problemów rzeczywistych oraz uzasadnić swój wybór.
5,0Student umie zaproponować algorytmy numeryczne do rozwiązania różnych problemów rzeczywistych, potrafi porównać ich efektywność i na tej podstawie uzasadnić swój wybór.
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BIB-S-D21_K01W trakcie przeprowadzonych zajęć student będzie reprezentował aktywną postawę w samokształceniu.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_K04jest zdolny do efektywnej pracy samodzielnej i zespołowej, wykazuje odpowiedzialność za pracę własną, wspólnie realizowane zadania oraz powierzany sprzęt
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_K02potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
P1A_K03potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
P1A_K06jest odpowiedzialny za bezpieczeństwo pracy własnej i innych; umie postępować w stanach zagrożenia
P1A_K08potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
T1A_K02ma świadomość ważności i zrozumienie pozatechnicznych aspektów i skutków działalności inżynierskiej, w tym jej wpływu na środowisko, i związanej z tym odpowiedzialności za podejmowane decyzje
T1A_K03potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
T1A_K04potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
T1A_K06potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_K01ma świadomość ważności i rozumie pozatechniczne aspekty i skutki działalności inżynierskiej, w tym jej wpływu na środowisko, i związanej z tym odpowiedzialności za podejmowane decyzje
InzA_K02potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotuC-1Ukształtowanie umiejętności posługiwania sie wybranymi pakietami obliczeniowymi w zakresie: obliczeń naukowych, analizy danych oraz symulacji
C-2Ukształtowanie umiejętności doboru narzędzi obliczeniowych do postawionego problemui i analizy otrzymanych wyników.
C-3Zapoznanie studentów z komputerowymi narzędziami wspomagającymi obliczenia: R, Matlab, Python
Treści programoweT-L-7Symulacja układów dynamicznych z wykorzystaniem środowiska Matlab oraz pakietu Simulink
T-L-5Podstawy programowania w R, instrukcje warunkowe, funkcje, typy danych , macierze, ramki danych, manipulacja i wczytywanie danych danych
T-L-8Obliczenia numeryczne w Matlab lub Python (do wyboru): numeryczne algorytmy algebry liniowej, interpolacja, aproksymacja, rozwiązywanie równań, optymalizacja
T-L-6Wspomaganie analizy danych w R: wczytywanie danych, statystyki podsumowujące, wizualizacja danych, graficzna prezentacja wyników, podstawy wnioskowania statystycznego, formuły, modele liniowe
Metody nauczaniaM-2Ćwiczenia laboratoryjne - samodzelna praca studentów polegająca na wykonywaniu zadań z wykorzystaniem technik komputerowych.
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Ćwiczenia laboratoryjne - ocena ciągła pracy studenta, zadania realizowane na poszczególnych zajęciach oceniane są w formie punktów, ocena końcowa zależy od liczby zgromadzonych punktów
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie jest przygotowany do zajęć.
3,0Student jest przygotowany do zajęć w minimalnym stopniu.
3,5Student jest przygotowany do zajęć w minimalnym stopniu i potrafi samodzielnie rozwiązywać proste problemy.
4,0Student jest przygotowany do zajęć i potrafi samodzielnie rozwązywać postawione problemy.
4,5Student jest przygotowany do zajęć i potrafi samodzielnie rozwiązywać postawione problemy oraz prowadzić dyskusję o osiągniętych wynikach.
5,0Student jest przygotowany do zajęć i potrafi samodzielnie rozwiązywać postawione problemy oraz prowadzić dyskusję o osiągniętych wynikach, a także proponować modyfikacje.