Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa - Mikrobiologia (S2)
Sylabus przedmiotu Bioinformatyka:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Mikrobiologia | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
| Obszary studiów | charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Bioinformatyka | ||
| Specjalność | przedmiot wspólny | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Technologii Mięsa | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Remigiusz Panicz <rpanicz@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | Jerzy Balejko <Jerzy.Balejko@zut.edu.pl> | ||
| ECTS (planowane) | 2,0 | ECTS (formy) | 2,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
| Blok obieralny | 6 | Grupa obieralna | 1 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Podstawowa wiedza z zakresu technologii biologii oraz genetyki. |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Zaznajomienie z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji |
| C-2 | Zapoznanie się z narzedziami i metodami przetwarzania danych sekwencyjnych |
| C-3 | Zaznajomienie się z narzędziami do wizualizacji przetworzonych danych biologicznych |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| laboratoria | ||
| T-L-1 | Przeszukiwanie baz danych (PubMed, GenBank, OMIM, PDB) | 3 |
| T-L-2 | Pobieranie, przetwarzanie oraz wstepna analiza sekwencji nukleotydowych i białkowych | 3 |
| T-L-3 | Analiza danych sekwencyjnych (nukleotydowe, białkowe) | 4 |
| T-L-4 | Wizualizacja przetworzonych danych danych biologicznych | 3 |
| T-L-5 | Zaliczenie ćwiczeń laboratoryjnych | 2 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Bioinformatyka - wprowadzenie, podstawowe pojęcia | 2 |
| T-W-2 | Porównanie sekwencji nukleotydowych oraz aminokwasowych | 3 |
| T-W-3 | Pobieranie i analiza danych z baz biologicznych | 2 |
| T-W-4 | Filogenetyka molekularna, tworzenie drzew filogenetycznych | 2 |
| T-W-5 | Wprowadzenie do środowiska R | 2 |
| T-W-6 | Wysokoprzepustowe sekwencjonowanie (np. RNAseq, metasekwencjonowanie) | 2 |
| T-W-7 | Zaliczenie wykładów | 2 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| laboratoria | ||
| A-L-1 | Uczestnictwo w ćwiczeniach laboratoryjnych | 15 |
| A-L-2 | Konsultacje z prowadzacym | 2 |
| A-L-3 | Samodzielne przygotowanie do ćwiczeń laboratoryjnych | 8 |
| 25 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Uczestnictwo w wykładach | 15 |
| A-W-2 | Samodzielna praca | 5 |
| A-W-3 | Przygotowanie się do zaliczenia zajęć | 5 |
| 25 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną |
| M-2 | Laboratoria komputerowe |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych |
| S-2 | Ocena podsumowująca: Zaliczenie zadań samodzielnie wykonywanych w trakcie ćwiczeń laboratoryjnych |
| S-3 | Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczające wykłady |
Zamierzone efekty uczenia się - wiedza
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS_2A_PO4-1_W01 Student zna podstawy i narzędzia do analizy oraz wizualizacji danych biologicznych | MS_2A_W01 | — | — | C-1 | T-W-1, T-W-6, T-W-2, T-W-5, T-W-3 | M-1, M-2 | S-2, S-3, S-1 |
Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS_2A_PO4-1_U01 Student potrafi wybrać i zastosować narzedzia bioinformatyczne do przetworzenia oraz zwizualizowania danych biologicznych | MS_2A_U03, MS_2A_U05 | — | — | C-3, C-2 | T-L-5, T-L-1, T-L-3, T-L-4, T-L-2 | M-1, M-2 | S-2, S-1 |
Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS_2A_PO4-1_K01 Jest gotów do ciągłego pogłębiania zdobytej wiedzy | MS_2A_K01 | — | — | C-2, C-1, C-3 | T-W-1, T-W-6, T-W-2, T-W-5, T-W-3, T-L-1, T-L-3, T-L-4, T-L-2 | M-1, M-2 | S-1 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| MS_2A_PO4-1_W01 Student zna podstawy i narzędzia do analizy oraz wizualizacji danych biologicznych | 2,0 | |
| 3,0 | Student zna narzędzia do przeprowadzenia analiz bioinformatycznych | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| MS_2A_PO4-1_U01 Student potrafi wybrać i zastosować narzedzia bioinformatyczne do przetworzenia oraz zwizualizowania danych biologicznych | 2,0 | |
| 3,0 | Student potrafi poprawnie wybrać i wykorzsytać narzędzia oraz metody do przeprowadzenia analiz bioinformatycznych | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| MS_2A_PO4-1_K01 Jest gotów do ciągłego pogłębiania zdobytej wiedzy | 2,0 | |
| 3,0 | Student w stopniu dostatecznym jest gotów do popularyzacji wiedzy z zakresu analiz bioinformatycznych | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- Baxevanisa A D, Ouellette'a, Bioinformatyka, PWN, Warszawa, 2005
- P.G. Higgs, T.K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna., PWN, 2008
Literatura dodatkowa
- Żródła internetowe podane przez prowadzącego, 2013