ZUT - Polska Rama Kwalifikacji / Rok 2023/2024 / Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa / Mikrobiologia (S2) / Sylabus przedmiotu - Techniki w diagnostyce mikrobiologicznej z elementami walidacji metod

Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa - Mikrobiologia (S2)

Sylabus przedmiotu Techniki w diagnostyce mikrobiologicznej z elementami walidacji metod:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów	Mikrobiologia
Forma studiów	studia stacjonarne	Poziom	drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta	magister inżynier
Obszary studiów	charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil	ogólnoakademicki
Moduł	—
Przedmiot	Techniki w diagnostyce mikrobiologicznej z elementami walidacji metod
Specjalność	przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca	Katedra Mikrobiologii Stosowanej i Fizjologii Żywienia Człowieka
Nauczyciel odpowiedzialny	Elżbieta Bogusławska-Wąs <Elzbieta.Boguslawska-Was@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele	Alicja Dłubała <Alicja.Dlubala@zut.edu.pl>, Barbara Szymczak <Barbara.Szymczak@zut.edu.pl>
ECTS (planowane)	4,0	ECTS (formy)	4,0
Forma zaliczenia	egzamin	Język	polski
Blok obieralny	—	Grupa obieralna	—

Formy dydaktyczne

Forma dydaktyczna	KOD	Semestr	Godziny	ECTS	Waga	Zaliczenie
ćwiczenia audytoryjne	A	3	15	1,0	0,20	zaliczenie
laboratoria	L	3	45	2,0	0,50	zaliczenie
wykłady	W	3	15	1,0	0,30	egzamin

Wymagania wstępne

KOD	Wymaganie wstępne
W-1	Mikrobiologia ogólna
W-2	Mikrobiologia szczegółowa

Cele przedmiotu

KOD	Cel modułu/przedmiotu
C-1	Zapoznanie się i praktyczne poznanie zasad diagnostyki mikrobiologicznej

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KOD	Treść programowa	Godziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1	Zasady pobierania materiałów w diagnostyce mikrobiologicznej.	1
T-A-2	Teoretyczne podstawy walidacji i weryfikacji metod i testów mikrobiologicznych	2
T-A-3	Teoretyczne podstawy metod wykorzystywanych w serotypowaniu bakterii	2
T-A-4	MALDI TOF MS jako zaawansowana metoda identyfikacji bakterii.	2
T-A-5	Oznaczanie kwasów tłuszczowych jako metoda identyfikacji bakterii. Różnice w składzie kwasów tłuszczowych u bakterii Gram+ i Gram-	2
T-A-6	Zastosowanie spektrofotometrii INFRARED w diagnostyce mikrobiologicznej.	2
T-A-7	Metody genotypowe w identyfikacji drobnoustrojów.	2
T-A-8	Zaliczenie na podstawie prezentacji	2
		15
laboratoria
T-L-1	Wyznaczenie podstawowych parametrów uwzględnianych w walidacji i weryfikacji metod i testów diagnostycznych	6
T-L-2	Szacowanie niepewności pomiaru metod mikrobiologicznych ilościowych i jakościowych.	4
T-L-3	Wykorzystanie genetycznych metod w serotypowaniu bakterii	6
T-L-4	Wykorzystanie metody ELISA w różnicowaniu serologicznym drobnoustrojów.	3
T-L-5	Wykorzystanie testów API w identyfikacji i różnicowaniu mikroorganizmów	3
T-L-6	Ilościowa identyfikacja mikroorganizmów metoda Real-Time PCR.	6
T-L-7	Wykorzystanie metody PCR-DGGE do badania zmienności genotypowej bakterii.	4
T-L-8	Techniki elektroforetyczne.	6
T-L-9	Elektroforeza białek.	5
T-L-10	Zaliczenie zajęć	2
		45
wykłady
T-W-1	Podstawowe pojęcia zwiążane z waliidacją.	2
T-W-2	Parametry walidacji, podstawowe wzory i ich zastosowanie.	3
T-W-3	Procedury sporządzania dokumentacji w procesach walidacji.	2
T-W-4	Najczęstsze problemy przy przeproowadzaniu walidacji.	2
T-W-5	Metody jakościowe - wyznaczanie niepewności na poziomie granicy wykrywalności (niepewność inoculum); obliczanie procentu fałszywych wyników (metody jakościowe).	2
T-W-6	Zapewnienie jakości wyników badań metod mikrobiologicznych jakościowych oraz ilościowych. Wewnętrzna kontrola jakości badań - analiza próbek rzeczywistych i kontaminowanych.	2
T-W-7	Kryteria oceny do badań ilościowych i jakościowych; tworzenie kart kontrolnych.	2
		15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KOD	Forma aktywności	Godziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1	uczestnictwo w zajęciach	15
A-A-2	Czytanie wskazanej literatury	4
A-A-3	Przygotowanie do kolokwium	4
A-A-4	Przygotowanie prezentacji.	2
		25
laboratoria
A-L-1	uczestnictwo w zajęciach	45
A-L-2	Przygotowanie merytoryczne do zajęć.	5
		50
wykłady
A-W-1	Uczestnictwo w zajęciach.	15
A-W-2	Samodzielne studiowanie literatury.	6
A-W-3	Przygotowanie do egzaminu.	2
A-W-4	udział w egzaminie pisemnym	2
		25

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KOD	Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1	Wykład konwersatoryjny
M-2	Ćwiczenia laboratoryjne

Sposoby oceny

KOD	Sposób oceny
S-1	Ocena formująca: Ocena formująca
S-2	Ocena formująca: Ocena podsumowująca

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia się	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
MS_2A_B6_W01 Student zna i rozumie w stopniu pogłębionym techniki wykorzystywane w diagnostyce mikrobiologicznej.	MS_2A_W08, MS_2A_W05	—	—	C-1	T-A-1, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-A-3, T-A-7, T-A-2	M-1, M-2	S-1, S-2

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia się	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
MS_2A_B6_U01 Student potrafi prawidłowo dobierać metodę w diagnostyce mikrobiologicznej do identyfikacji różnych grup mikroorganizmów.	MS_2A_U02, MS_2A_U03	—	—	C-1	T-L-1, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-2, T-L-7, T-L-9, T-L-8, T-L-6, T-A-1, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-A-3, T-A-7, T-A-2	M-1, M-2	S-2

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia się	Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia	Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera	Cel przedmiotu	Treści programowe	Metody nauczania	Sposób oceny
MS_2A_B6_K01 Student jest gotowy do pracy w laboratorium mikrobiologicznym i wykonywania analiz diagnostycznych.	MS_2A_K01	—	—	C-1	T-L-1, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-2, T-L-7, T-L-9, T-L-8, T-L-6, T-A-1, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-A-3, T-A-7, T-A-2	M-1, M-2	S-2

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia się	Ocena	Kryterium oceny
MS_2A_B6_W01 Student zna i rozumie w stopniu pogłębionym techniki wykorzystywane w diagnostyce mikrobiologicznej.	2,0
	3,0	Student zna i rozumie w stopniu dostatecznym techniki wykorzystywane w diagnostyce mikrobiologicznej.
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia się	Ocena	Kryterium oceny
MS_2A_B6_U01 Student potrafi prawidłowo dobierać metodę w diagnostyce mikrobiologicznej do identyfikacji różnych grup mikroorganizmów.	2,0
	3,0	Student potrafi w stopniu dostatecznym prawidłowo dobierać metodę w diagnostyce mikrobiologicznej do identyfikacji różnych grup mikroorganizmów.
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia się	Ocena	Kryterium oceny
MS_2A_B6_K01 Student jest gotowy do pracy w laboratorium mikrobiologicznym i wykonywania analiz diagnostycznych.	2,0
	3,0	Student w stopniu dostatecznym jest gotowy do pracy w laboratorium mikrobiologicznym i wykonywania analiz diagnostycznych.
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Literatura podstawowa

Eligia M. Szewczyk, Diagnostyka bakteriologiczna, PWN, Warszawa, 2019, III
Kędzia Włodzimierz, Diagnostyka mikrobiologiczna w medycynie, PZWL, Warszawa, 1990
Mordarska Przondo Anna, Procedury diagnostyki mikrobiologicznej w wybranych zakażeniach układowych, Continuo, Wrocław, 2004

Literatura dodatkowa

Diagnostic Microbiology
Stefaniuk E., Bosacka K., Hryniewicz W., Walidacja i weryfikacja metod i testów diagnostycznych w laboratorium mikrobiologicznym, Postępy Mikrobiologii, 2015, 54,4, 415-424

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KOD	Treść programowa	Godziny
T-A-1	Zasady pobierania materiałów w diagnostyce mikrobiologicznej.	1
T-A-2	Teoretyczne podstawy walidacji i weryfikacji metod i testów mikrobiologicznych	2
T-A-3	Teoretyczne podstawy metod wykorzystywanych w serotypowaniu bakterii	2
T-A-4	MALDI TOF MS jako zaawansowana metoda identyfikacji bakterii.	2
T-A-5	Oznaczanie kwasów tłuszczowych jako metoda identyfikacji bakterii. Różnice w składzie kwasów tłuszczowych u bakterii Gram+ i Gram-	2
T-A-6	Zastosowanie spektrofotometrii INFRARED w diagnostyce mikrobiologicznej.	2
T-A-7	Metody genotypowe w identyfikacji drobnoustrojów.	2
T-A-8	Zaliczenie na podstawie prezentacji	2
		15

Treści programowe - laboratoria

KOD	Treść programowa	Godziny
T-L-1	Wyznaczenie podstawowych parametrów uwzględnianych w walidacji i weryfikacji metod i testów diagnostycznych	6
T-L-2	Szacowanie niepewności pomiaru metod mikrobiologicznych ilościowych i jakościowych.	4
T-L-3	Wykorzystanie genetycznych metod w serotypowaniu bakterii	6
T-L-4	Wykorzystanie metody ELISA w różnicowaniu serologicznym drobnoustrojów.	3
T-L-5	Wykorzystanie testów API w identyfikacji i różnicowaniu mikroorganizmów	3
T-L-6	Ilościowa identyfikacja mikroorganizmów metoda Real-Time PCR.	6
T-L-7	Wykorzystanie metody PCR-DGGE do badania zmienności genotypowej bakterii.	4
T-L-8	Techniki elektroforetyczne.	6
T-L-9	Elektroforeza białek.	5
T-L-10	Zaliczenie zajęć	2
		45

Treści programowe - wykłady

KOD	Treść programowa	Godziny
T-W-1	Podstawowe pojęcia zwiążane z waliidacją.	2
T-W-2	Parametry walidacji, podstawowe wzory i ich zastosowanie.	3
T-W-3	Procedury sporządzania dokumentacji w procesach walidacji.	2
T-W-4	Najczęstsze problemy przy przeproowadzaniu walidacji.	2
T-W-5	Metody jakościowe - wyznaczanie niepewności na poziomie granicy wykrywalności (niepewność inoculum); obliczanie procentu fałszywych wyników (metody jakościowe).	2
T-W-6	Zapewnienie jakości wyników badań metod mikrobiologicznych jakościowych oraz ilościowych. Wewnętrzna kontrola jakości badań - analiza próbek rzeczywistych i kontaminowanych.	2
T-W-7	Kryteria oceny do badań ilościowych i jakościowych; tworzenie kart kontrolnych.	2
		15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-A-1	uczestnictwo w zajęciach	15
A-A-2	Czytanie wskazanej literatury	4
A-A-3	Przygotowanie do kolokwium	4
A-A-4	Przygotowanie prezentacji.	2
		25

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - laboratoria

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-L-1	uczestnictwo w zajęciach	45
A-L-2	Przygotowanie merytoryczne do zajęć.	5
		50

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KOD	Forma aktywności	Godziny
A-W-1	Uczestnictwo w zajęciach.	15
A-W-2	Samodzielne studiowanie literatury.	6
A-W-3	Przygotowanie do egzaminu.	2
A-W-4	udział w egzaminie pisemnym	2
		25

(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia się	MS_2A_B6_W01	Student zna i rozumie w stopniu pogłębionym techniki wykorzystywane w diagnostyce mikrobiologicznej.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	MS_2A_W08	Zna i rozumie w pogłębionym stopniu wiedzę na temat wpływu mikroorganizmów na jakość i bezpieczeństwo zdrowotne żywności oraz z biotechnologii przemysłu spożywczego, w tym przetwórstwa z udziałem mikroorganizmów.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	MS_2A_W05	Zna i rozumie w pogłębionym stopniu zagadnienia dotyczące mikroorganizmów (wirusów, bakterii, grzybów) i pasożytów oraz metod diagnostycznych służących do ich wykrywania.
Cel przedmiotu	C-1	Zapoznanie się i praktyczne poznanie zasad diagnostyki mikrobiologicznej
Treści programowe	T-A-1	Zasady pobierania materiałów w diagnostyce mikrobiologicznej.
	T-A-4	MALDI TOF MS jako zaawansowana metoda identyfikacji bakterii.
	T-A-5	Oznaczanie kwasów tłuszczowych jako metoda identyfikacji bakterii. Różnice w składzie kwasów tłuszczowych u bakterii Gram+ i Gram-
	T-A-6	Zastosowanie spektrofotometrii INFRARED w diagnostyce mikrobiologicznej.
	T-A-3	Teoretyczne podstawy metod wykorzystywanych w serotypowaniu bakterii
	T-A-7	Metody genotypowe w identyfikacji drobnoustrojów.
	T-A-2	Teoretyczne podstawy walidacji i weryfikacji metod i testów mikrobiologicznych
Metody nauczania	M-1	Wykład konwersatoryjny
Metody nauczania	M-2	Ćwiczenia laboratoryjne
Sposób oceny	S-1	Ocena formująca: Ocena formująca
Sposób oceny	S-2	Ocena formująca: Ocena podsumowująca
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	Student zna i rozumie w stopniu dostatecznym techniki wykorzystywane w diagnostyce mikrobiologicznej.
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia się	MS_2A_B6_U01	Student potrafi prawidłowo dobierać metodę w diagnostyce mikrobiologicznej do identyfikacji różnych grup mikroorganizmów.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	MS_2A_U02	Potrafi opracować dokumentację dotyczącą realizacji zadania analitycznego i przygotować tekst zawierający omówienie wyników realizacji tego zadania oraz przedstawić je w formie werbalnej (prezentacji) oraz opisowej w języku polskim i obcym.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	MS_2A_U03	Potrafi dobrać właściwe procedury i metody analityczne. Potrafi wykorzystać w praktyce podstawowe i specjalistyczne techniki i narzędzia badawcze właściwe dla mikrobiologii stosowanej i nauk pokrewnych.
Cel przedmiotu	C-1	Zapoznanie się i praktyczne poznanie zasad diagnostyki mikrobiologicznej
Treści programowe	T-L-1	Wyznaczenie podstawowych parametrów uwzględnianych w walidacji i weryfikacji metod i testów diagnostycznych
	T-L-3	Wykorzystanie genetycznych metod w serotypowaniu bakterii
	T-L-4	Wykorzystanie metody ELISA w różnicowaniu serologicznym drobnoustrojów.
	T-L-5	Wykorzystanie testów API w identyfikacji i różnicowaniu mikroorganizmów
	T-L-2	Szacowanie niepewności pomiaru metod mikrobiologicznych ilościowych i jakościowych.
	T-L-7	Wykorzystanie metody PCR-DGGE do badania zmienności genotypowej bakterii.
	T-L-9	Elektroforeza białek.
	T-L-8	Techniki elektroforetyczne.
	T-L-6	Ilościowa identyfikacja mikroorganizmów metoda Real-Time PCR.
	T-A-1	Zasady pobierania materiałów w diagnostyce mikrobiologicznej.
	T-A-4	MALDI TOF MS jako zaawansowana metoda identyfikacji bakterii.
	T-A-5	Oznaczanie kwasów tłuszczowych jako metoda identyfikacji bakterii. Różnice w składzie kwasów tłuszczowych u bakterii Gram+ i Gram-
	T-A-6	Zastosowanie spektrofotometrii INFRARED w diagnostyce mikrobiologicznej.
	T-A-3	Teoretyczne podstawy metod wykorzystywanych w serotypowaniu bakterii
	T-A-7	Metody genotypowe w identyfikacji drobnoustrojów.
	T-A-2	Teoretyczne podstawy walidacji i weryfikacji metod i testów mikrobiologicznych
Metody nauczania	M-1	Wykład konwersatoryjny
Metody nauczania	M-2	Ćwiczenia laboratoryjne
Sposób oceny	S-2	Ocena formująca: Ocena podsumowująca
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	Student potrafi w stopniu dostatecznym prawidłowo dobierać metodę w diagnostyce mikrobiologicznej do identyfikacji różnych grup mikroorganizmów.
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0

Pole	KOD	Znaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia się	MS_2A_B6_K01	Student jest gotowy do pracy w laboratorium mikrobiologicznym i wykonywania analiz diagnostycznych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów	MS_2A_K01	Jest gotowy do ciągłego dokształcania się i konieczności podnoszenia kompetencji zawodowych. Wyznacza kierunki własnego rozwoju i kształcenia (trzeciego stopnia, studia podyplomowe, kursy).
Cel przedmiotu	C-1	Zapoznanie się i praktyczne poznanie zasad diagnostyki mikrobiologicznej
Treści programowe	T-L-1	Wyznaczenie podstawowych parametrów uwzględnianych w walidacji i weryfikacji metod i testów diagnostycznych
	T-L-3	Wykorzystanie genetycznych metod w serotypowaniu bakterii
	T-L-4	Wykorzystanie metody ELISA w różnicowaniu serologicznym drobnoustrojów.
	T-L-5	Wykorzystanie testów API w identyfikacji i różnicowaniu mikroorganizmów
	T-L-2	Szacowanie niepewności pomiaru metod mikrobiologicznych ilościowych i jakościowych.
	T-L-7	Wykorzystanie metody PCR-DGGE do badania zmienności genotypowej bakterii.
	T-L-9	Elektroforeza białek.
	T-L-8	Techniki elektroforetyczne.
	T-L-6	Ilościowa identyfikacja mikroorganizmów metoda Real-Time PCR.
	T-A-1	Zasady pobierania materiałów w diagnostyce mikrobiologicznej.
	T-A-4	MALDI TOF MS jako zaawansowana metoda identyfikacji bakterii.
	T-A-5	Oznaczanie kwasów tłuszczowych jako metoda identyfikacji bakterii. Różnice w składzie kwasów tłuszczowych u bakterii Gram+ i Gram-
	T-A-6	Zastosowanie spektrofotometrii INFRARED w diagnostyce mikrobiologicznej.
	T-A-3	Teoretyczne podstawy metod wykorzystywanych w serotypowaniu bakterii
	T-A-7	Metody genotypowe w identyfikacji drobnoustrojów.
	T-A-2	Teoretyczne podstawy walidacji i weryfikacji metod i testów mikrobiologicznych
Metody nauczania	M-1	Wykład konwersatoryjny
Metody nauczania	M-2	Ćwiczenia laboratoryjne
Sposób oceny	S-2	Ocena formująca: Ocena podsumowująca
Kryteria oceny	Ocena	Kryterium oceny
	2,0
	3,0	Student w stopniu dostatecznym jest gotowy do pracy w laboratorium mikrobiologicznym i wykonywania analiz diagnostycznych.
	3,5
	4,0
	4,5
	5,0