Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnology (S2)
Sylabus przedmiotu Genomics and Transcriptomics:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biotechnology | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
| Obszary studiów | charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Genomics and Transcriptomics | ||
| Specjalność | przedmiot wspólny | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Genetyki | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | Magdalena Jędrzejczak-Silicka <mjedrzejczak@zut.edu.pl>, Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>, Iwona Szatkowska <Iwona.Szatkowska@zut.edu.pl> | ||
| ECTS (planowane) | 4,0 | ECTS (formy) | 4,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | angielski |
| Blok obieralny | — | Grupa obieralna | — |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Knowledge in the area of molecular genetics and genetic engineering |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Presentation of issues associated with genome analysis |
| C-2 | Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment |
| C-3 | Familiarizing with the databases as a way of genomes analysis results |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Genomic diseases | 2 |
| T-A-2 | Transcripts analysis by use of RNA-seq method | 4 |
| T-A-3 | Retrotransposon-based markers | 2 |
| T-A-4 | Current projects of genomes analysis | 1 |
| T-A-5 | Structural genomics - sequencig of DNA fragments and whole genomes | 2 |
| T-A-6 | Transcripts analysis by use of microarrays | 4 |
| 15 | ||
| laboratoria | ||
| T-L-1 | Design of restriction map. Restriction analysis. | 4 |
| T-L-2 | Mitochondrial DNA isolation and analysis (D-LOOP) | 6 |
| T-L-3 | Isolation of total RNA, methods for purification, analysis of isolates | 2 |
| T-L-4 | Methods for RNA transcripts analysis | 3 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Introduction - discipline development, research areas, main genomic projects | 2 |
| T-W-2 | Structural genomics - genetic and physical mapping | 2 |
| T-W-3 | Functional genomics - discovery of functional DNA elements in genomes | 1 |
| T-W-4 | Origin of new genes in genome | 2 |
| T-W-5 | RNA classess - features, functions | 2 |
| T-W-6 | Comparative analysis of transcripts derived from different animal tissues | 2 |
| T-W-7 | Transcription factors and their role in tissue-specific expression | 2 |
| T-W-8 | Post-transcriptional modification | 2 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | Attend the classes | 15 |
| A-A-2 | Consultation with the teacher | 2 |
| A-A-3 | Individual preparing for examination | 20 |
| 37 | ||
| laboratoria | ||
| A-L-1 | Attend the laboratory classes | 15 |
| A-L-2 | Study of given literature | 2 |
| A-L-3 | Consultation with the teacher | 2 |
| A-L-4 | Individual preparing for examination | 6 |
| 25 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Attend the lectures | 15 |
| A-W-2 | Individual preparing for examination | 20 |
| A-W-3 | Consultation with the teacher | 2 |
| 37 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Lecture |
| M-2 | Multimedia presentation by use PC and projector |
| M-3 | Work in laboratory groups |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes |
| S-2 | Ocena podsumowująca: Grade covering the lecture content |
Zamierzone efekty uczenia się - wiedza
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BTap_2A_BTA-S2-B05_W01 In the field of knowledge student explains issues of genomic sequences analysis; can define methods for human and animal genomes projects accomplishment | BTap_2A_W05 | — | — | C-3, C-1, C-2 | T-L-4, T-L-3, T-L-2, T-L-1, T-W-5, T-W-6, T-W-1, T-W-4, T-W-2, T-W-7, T-W-3, T-A-1, T-A-2, T-A-4, T-A-3 | M-3, M-2, M-1 | S-1, S-2 |
| BTap_2A_BTA-S2-B05_W02 Student has knowledge of transcriptomics in terms of analysis of gene expression and investigation of their structure and function. He has familiarized with the mechanisms of genomes evolution, its rearrangement and response to stress | BTap_2A_W05 | — | — | C-3, C-1, C-2 | T-L-4, T-L-3, T-L-2, T-L-1, T-W-5, T-W-6, T-W-1, T-W-4, T-W-2, T-W-7, T-W-3, T-A-1, T-A-2, T-A-4, T-A-3 | M-3, M-2, M-1 | S-1, S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BTap_2A_BTA-S2-B05_U01 Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution | BTap_2A_U06 | — | — | C-1, C-2 | T-W-1, T-W-4, T-W-2, T-W-3, T-A-5 | M-3, M-2, M-1 | S-1 |
| BTap_2A_BTA-S2-B05_U02 Student has acquired ability to plan appropriate research strategies to understand the structure of the genome, its functions and evolution. He has become acquainted with mechanisms and factors reducing the stability of the genome. In addition, he acquired the ability to search databases containing deposited data on sequences and genomes | BTap_2A_U06 | — | — | C-3, C-1, C-2 | T-L-4, T-L-3, T-L-2, T-L-1, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-A-1, T-A-2, T-A-4, T-A-3 | M-3, M-2 | S-1 |
Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BTap_2A_BTA-S2-B05_K01 Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context. | BTap_2A_K05 | — | — | C-3, C-1, C-2 | T-W-1, T-W-4, T-W-2, T-W-3, T-A-1 | M-3 | S-1 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BTap_2A_BTA-S2-B05_W01 In the field of knowledge student explains issues of genomic sequences analysis; can define methods for human and animal genomes projects accomplishment | 2,0 | Student does not have sufficient knowledge of the genomic sequences |
| 3,0 | Student explains the issues related to the analysis of genomic sequences. He can define methods for analysis the genomes of humans and animals. | |
| 3,5 | Student has sufficient knowledge about genomes projects of different species | |
| 4,0 | Student is able to define and explain issues related to the genomes projects | |
| 4,5 | Student has a wide and well-ordered knowledge concerning genomes of different species | |
| 5,0 | Student next to well-established knowledge can argue the selection of specific methods used in genomic projects | |
| BTap_2A_BTA-S2-B05_W02 Student has knowledge of transcriptomics in terms of analysis of gene expression and investigation of their structure and function. He has familiarized with the mechanisms of genomes evolution, its rearrangement and response to stress | 2,0 | Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów |
| 3,0 | Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy. | |
| 3,5 | Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu | |
| 4,0 | Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu | |
| 4,5 | Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych | |
| 5,0 | Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BTap_2A_BTA-S2-B05_U01 Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution | 2,0 | |
| 3,0 | Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 | ||
| BTap_2A_BTA-S2-B05_U02 Student has acquired ability to plan appropriate research strategies to understand the structure of the genome, its functions and evolution. He has become acquainted with mechanisms and factors reducing the stability of the genome. In addition, he acquired the ability to search databases containing deposited data on sequences and genomes | 2,0 | |
| 3,0 | Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach. | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BTap_2A_BTA-S2-B05_K01 Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context. | 2,0 | |
| 3,0 | Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context. | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- Brown T.A., Genomes 3rd edition, Garland Science, 2006
- Starkey M., Elaswarapu R., Genomics: Essential Methods, John Wiley & Sons, Ltd, 2010