Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Technologii i Inżynierii Chemicznej - Inżynieria chemiczna i procesowa (S2)
specjalność: Inżynieria procesów ekoenergetyki

Sylabus przedmiotu Elementy bioinformatyki:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Inżynieria chemiczna i procesowa
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Elementy bioinformatyki
Specjalność Informatyka procesowa
Jednostka prowadząca Katedra Inżynierii Chemicznej i Procesowej
Nauczyciel odpowiedzialny Magdalena Cudak <Magdalena.Cudak@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA2 15 1,00,41zaliczenie
wykładyW2 15 1,00,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Znajomość podstaw informatyki

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Zapoznanie studentów z bazami sekwencji nykleotydowych i białkowych znajdujących się w biologicznych bazach danych

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Model danych NCBI1
T-A-2Podział baz danych (Genbank, EMBL, DDBJ)2
T-A-3Analiza baz danych struktur biomolekularnych - PDB, MMDB2
T-A-4Intrpretacja pliku GenBank2
T-A-5Bazy sekwencji poza NCBI1
T-A-6Dopasowanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych - programy FASTA i BLAST2
T-A-7Pobieranie informacji - sytem Entrez1
T-A-8Program EXPASY1
T-A-9Podstawowe zasady modeli filogenetycznych - interpretacja drzewa1
T-A-10Kolokwium2
15
wykłady
T-W-1Bioinformatyka - podział i podstawowe definicje1
T-W-2Pobieranie informacji z biologicznych baz danych2
T-W-3Projektowanie, zarządzanie i integracja baz danych1
T-W-4Projektowanie powiązań między bazami danych1
T-W-5Wyszukiwanie, analizowanie i symulacja danych biologicznych1
T-W-6Bazy danych struktur biomolekularnych1
T-W-7Narzędzia do porównywania i nakładania na siebie sekwencji i stuktur2
T-W-8Perl jako narzędzie ułatwiające analizę biologiczną2
T-W-9Analiza filogenetyczna1
T-W-10Wizualizacja informacji strukturalnych1
T-W-11Tworzenie sieci metabolicznych1
T-W-12Kolokwium1
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1uczestnictwo w zajęciach15
A-A-2przygotowanie do kolokwium8
A-A-3czytanie wskazanej literatury5
A-A-4konsultacje2
30
wykłady
A-W-1uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2przygotowanie do kolokwium7
A-W-3czytanie wskazanej literatury5
A-W-4konsultacje3
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1wykład informacyjny
M-2ćwiczenia przedmiotowe z użyciem komputera

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: wykład: kolokwium, forma pisemna, czas 45 minut
S-2Ocena podsumowująca: ćwiczenia: dwa kolokwia, forma pisemna, czas 45 minut każde

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
ICHP_2A_C01-10_W09
Student potrafi podać i omówić dostępne w internecie aplikacje bioinformatyczne Student potrafi wskazać odpowiednie narzędzie informatyczne do rozwiązania konkretnego zadania
ICHP_2A_W09C-1T-W-6, T-W-10, T-W-1, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-11, T-W-9, T-W-2, T-W-7, T-W-8M-1S-1

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
ICHP_2A_C01-10_U01
Student potrafi wyszukiwać w bazach danych biologicznych niezbędną literaturę Student potrafi wyszukiwać i analizować sekwencje nukleotydowe i białkowe
ICHP_2A_U01C-1T-A-9, T-A-4, T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-5, T-A-6, T-A-7, T-A-8, T-W-5M-2S-2

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
ICHP_2A_C01-10_K01
Student rozumie potrzebę dokształcania się
ICHP_2A_K01C-1T-A-9, T-A-4, T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-5, T-A-6, T-A-7, T-A-8, T-W-6, T-W-10, T-W-1, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-11, T-W-9, T-W-2, T-W-7, T-W-8M-1, M-2S-1, S-2

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
ICHP_2A_C01-10_W09
Student potrafi podać i omówić dostępne w internecie aplikacje bioinformatyczne Student potrafi wskazać odpowiednie narzędzie informatyczne do rozwiązania konkretnego zadania
2,0Student nie opanował podstawowej wiedzy z zakresu przedmiotu.
3,0Student opanował podstawową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział baz danych i podstawowe definicje dotyczące bioinformatyki
3,5Student opanował podstawową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział baz danych i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych
4,0Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki, zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych
4,5Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych, zna zasady tworzenia sieci metabolicznych
5,0Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych, zna zasady tworzenia sieci metabolicznych, zna zasady tworzenia modeli filogenetycznych

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
ICHP_2A_C01-10_U01
Student potrafi wyszukiwać w bazach danych biologicznych niezbędną literaturę Student potrafi wyszukiwać i analizować sekwencje nukleotydowe i białkowe
2,0Student nie opanował podstawowej wiedzy z zakresu przedmiotu.
3,0Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę.
3,5Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku.
4,0Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe
4,5Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe; potrafi za pomoca odpowiednich programów znaleźć sekwencje podobne.
5,0Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe; potrafi za pomoca odpowiednich programów znaleźć sekwencje podobne; potrafi interpretować drzewa filogenetyczne

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
ICHP_2A_C01-10_K01
Student rozumie potrzebę dokształcania się
2,0Student nie rozumie potrzeby poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
3,0Student rozumie w stopniu podstawowym potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
3,5Student rozumie w stopniu więcej niż podstawowym potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
4,0Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
4,5Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych oraz wykazuje aktywność w zakresie praktycznych ćwiczeń dotyczących ich poszukiwania w Internecie
5,0Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych oraz wykazuje dużą aktywność w zakresie praktycznych ćwiczeń dotyczących ich poszukiwania w Internecie

Literatura podstawowa

  1. A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette, Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek, PWN, Warszawa, 2004
  2. P.G. Higgs, T.K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2008
  3. A. Lesk, Wprowadzenie do bioinformatyki, PWN, Warszawa, 2020

Literatura dodatkowa

  1. J. Bal, Genetyka medyczna i molekularna, PWN, Warszawa, 2018
  2. J. Xiong, Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2009

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Model danych NCBI1
T-A-2Podział baz danych (Genbank, EMBL, DDBJ)2
T-A-3Analiza baz danych struktur biomolekularnych - PDB, MMDB2
T-A-4Intrpretacja pliku GenBank2
T-A-5Bazy sekwencji poza NCBI1
T-A-6Dopasowanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych - programy FASTA i BLAST2
T-A-7Pobieranie informacji - sytem Entrez1
T-A-8Program EXPASY1
T-A-9Podstawowe zasady modeli filogenetycznych - interpretacja drzewa1
T-A-10Kolokwium2
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Bioinformatyka - podział i podstawowe definicje1
T-W-2Pobieranie informacji z biologicznych baz danych2
T-W-3Projektowanie, zarządzanie i integracja baz danych1
T-W-4Projektowanie powiązań między bazami danych1
T-W-5Wyszukiwanie, analizowanie i symulacja danych biologicznych1
T-W-6Bazy danych struktur biomolekularnych1
T-W-7Narzędzia do porównywania i nakładania na siebie sekwencji i stuktur2
T-W-8Perl jako narzędzie ułatwiające analizę biologiczną2
T-W-9Analiza filogenetyczna1
T-W-10Wizualizacja informacji strukturalnych1
T-W-11Tworzenie sieci metabolicznych1
T-W-12Kolokwium1
15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1uczestnictwo w zajęciach15
A-A-2przygotowanie do kolokwium8
A-A-3czytanie wskazanej literatury5
A-A-4konsultacje2
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2przygotowanie do kolokwium7
A-W-3czytanie wskazanej literatury5
A-W-4konsultacje3
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięICHP_2A_C01-10_W09Student potrafi podać i omówić dostępne w internecie aplikacje bioinformatyczne Student potrafi wskazać odpowiednie narzędzie informatyczne do rozwiązania konkretnego zadania
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówICHP_2A_W09ma pogłębioną wiedzę na temat metod, technik, narzędzi i materiałów stosowanych przy rozwiązywaniu złożonych zadań inżynierskich z zakresu studiowanej specjalności
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie studentów z bazami sekwencji nykleotydowych i białkowych znajdujących się w biologicznych bazach danych
Treści programoweT-W-6Bazy danych struktur biomolekularnych
T-W-10Wizualizacja informacji strukturalnych
T-W-1Bioinformatyka - podział i podstawowe definicje
T-W-3Projektowanie, zarządzanie i integracja baz danych
T-W-4Projektowanie powiązań między bazami danych
T-W-5Wyszukiwanie, analizowanie i symulacja danych biologicznych
T-W-11Tworzenie sieci metabolicznych
T-W-9Analiza filogenetyczna
T-W-2Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-7Narzędzia do porównywania i nakładania na siebie sekwencji i stuktur
T-W-8Perl jako narzędzie ułatwiające analizę biologiczną
Metody nauczaniaM-1wykład informacyjny
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: wykład: kolokwium, forma pisemna, czas 45 minut
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie opanował podstawowej wiedzy z zakresu przedmiotu.
3,0Student opanował podstawową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział baz danych i podstawowe definicje dotyczące bioinformatyki
3,5Student opanował podstawową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział baz danych i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych
4,0Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki, zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych
4,5Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych, zna zasady tworzenia sieci metabolicznych
5,0Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych, zna zasady tworzenia sieci metabolicznych, zna zasady tworzenia modeli filogenetycznych
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięICHP_2A_C01-10_U01Student potrafi wyszukiwać w bazach danych biologicznych niezbędną literaturę Student potrafi wyszukiwać i analizować sekwencje nukleotydowe i białkowe
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówICHP_2A_U01posiada umiejętność pozyskiwania i krytycznej oceny informacji z literatury, baz danych oraz innych źródeł, również w języku obcym, oraz formułowania na tej podstawie wyczerpujących opinii i raportów
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie studentów z bazami sekwencji nykleotydowych i białkowych znajdujących się w biologicznych bazach danych
Treści programoweT-A-9Podstawowe zasady modeli filogenetycznych - interpretacja drzewa
T-A-4Intrpretacja pliku GenBank
T-A-1Model danych NCBI
T-A-2Podział baz danych (Genbank, EMBL, DDBJ)
T-A-3Analiza baz danych struktur biomolekularnych - PDB, MMDB
T-A-5Bazy sekwencji poza NCBI
T-A-6Dopasowanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych - programy FASTA i BLAST
T-A-7Pobieranie informacji - sytem Entrez
T-A-8Program EXPASY
T-W-5Wyszukiwanie, analizowanie i symulacja danych biologicznych
Metody nauczaniaM-2ćwiczenia przedmiotowe z użyciem komputera
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: ćwiczenia: dwa kolokwia, forma pisemna, czas 45 minut każde
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie opanował podstawowej wiedzy z zakresu przedmiotu.
3,0Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę.
3,5Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku.
4,0Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe
4,5Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe; potrafi za pomoca odpowiednich programów znaleźć sekwencje podobne.
5,0Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe; potrafi za pomoca odpowiednich programów znaleźć sekwencje podobne; potrafi interpretować drzewa filogenetyczne
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięICHP_2A_C01-10_K01Student rozumie potrzebę dokształcania się
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówICHP_2A_K01posiada świadomość potrzeby ciągłego kształcenia i doskonalenia zawodowego, potrafi inspirować i organizować proces uczenia się innych osób
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie studentów z bazami sekwencji nykleotydowych i białkowych znajdujących się w biologicznych bazach danych
Treści programoweT-A-9Podstawowe zasady modeli filogenetycznych - interpretacja drzewa
T-A-4Intrpretacja pliku GenBank
T-A-1Model danych NCBI
T-A-2Podział baz danych (Genbank, EMBL, DDBJ)
T-A-3Analiza baz danych struktur biomolekularnych - PDB, MMDB
T-A-5Bazy sekwencji poza NCBI
T-A-6Dopasowanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych - programy FASTA i BLAST
T-A-7Pobieranie informacji - sytem Entrez
T-A-8Program EXPASY
T-W-6Bazy danych struktur biomolekularnych
T-W-10Wizualizacja informacji strukturalnych
T-W-1Bioinformatyka - podział i podstawowe definicje
T-W-3Projektowanie, zarządzanie i integracja baz danych
T-W-4Projektowanie powiązań między bazami danych
T-W-5Wyszukiwanie, analizowanie i symulacja danych biologicznych
T-W-11Tworzenie sieci metabolicznych
T-W-9Analiza filogenetyczna
T-W-2Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-7Narzędzia do porównywania i nakładania na siebie sekwencji i stuktur
T-W-8Perl jako narzędzie ułatwiające analizę biologiczną
Metody nauczaniaM-1wykład informacyjny
M-2ćwiczenia przedmiotowe z użyciem komputera
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: wykład: kolokwium, forma pisemna, czas 45 minut
S-2Ocena podsumowująca: ćwiczenia: dwa kolokwia, forma pisemna, czas 45 minut każde
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie rozumie potrzeby poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
3,0Student rozumie w stopniu podstawowym potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
3,5Student rozumie w stopniu więcej niż podstawowym potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
4,0Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
4,5Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych oraz wykazuje aktywność w zakresie praktycznych ćwiczeń dotyczących ich poszukiwania w Internecie
5,0Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych oraz wykazuje dużą aktywność w zakresie praktycznych ćwiczeń dotyczących ich poszukiwania w Internecie