Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)

Sylabus przedmiotu Bioinformatyka:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Bioinformatyka
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających
Nauczyciel odpowiedzialny Daniel Zaborski <Daniel.Zaborski@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia egzamin Język polski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
wykładyW2 15 1,00,59egzamin
laboratoriaL2 30 2,00,41zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu matematyki, biofizyki, biochemii

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Zapoznanie z zaawansowanymi metodami przeszukiwania biologicznych baz danych, zasadami dopasowywania sekwencji, zagadnieniami genomiki strukturalnej i funkcjonalnej, filogenetyki oraz bioinformatyki strukturalnej
C-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Zaawansowane metody wyszukiwania informacji w literaturowych biologicznych bazach danych6
T-L-2Przegląd systemów pobierania informacji z biologicznych baz danych3
T-L-3Projektowanie starterów do PCR. Analiza miejsc restrykcyjnych. Programy Primer3, NebCutter2
T-L-4Podstawy programowania w języku Python2
T-L-5Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i białek. BLAST2
T-L-6Wykorzystanie Biopythona w analizie sekwencji biologicznych2
T-L-7Wprowadzenie do programu R2
T-L-8Analiza danych mikromacierzowych w programie R oraz innych programach komputerowych4
T-L-9Przyrównywanie wielu sekwencji. Tworzenie drzew filogenetycznych. Program Mega4
T-L-10Przyrównywanie strukturalne białek2
T-L-11Wizualizacja makromolekuł1
30
wykłady
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu. Przegląd formatów rekordów biologicznych baz danych4
T-W-2Przyrównywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji2
T-W-3Analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów2
T-W-4Filogenetyka i drzewa filogenetyczne3
T-W-5Analiza ekspresji genów. Analiza danych mikromacierzowych2
T-W-6Wybrane zagadnienia bioinformatyki strukturalnej2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Uczestnictwo w zajęciach30
A-L-2Przygotowanie do ćwiczeń12
A-L-3Przygotowanie do zaliczenia15
A-L-4Zaliczenie praktyczne3
60
wykłady
A-W-1Udział studenta w wykładach15
A-W-2Samodzielne studiowanie tematyki wykładów2
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia11
A-W-4Pisemne zaliczenie wykładów2
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
M-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne wykładów
S-2Ocena formująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 1-7
S-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 8-15

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BT-S2-B1_W01
Student definuje pojęcie bioinformatyki, opisuje wybrane formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowywania sekwencji, charakteryzuje rodzaje map genomowych oraz metody sekwencjonowania, składania, opisywania i porównywania genomów, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy
BT_2A_W06, BT_2A_W14C-1T-W-1, T-W-3, T-W-2M-2, M-1S-1
BT_2A_BT-S2-B1_W02
Student charakteryzuje podstawowe typy mikromacierzy, ich zastosowania oraz etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, charakteryzuje metody tworzenia oraz oceny drzew filogenetycznych, opisuje zasady przewidywania struktury drugorzędowej białek, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach
BT_2A_W06, BT_2A_W14C-1T-W-5, T-W-4, T-W-6M-2, M-1S-1

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BT-S2-B1_U01
Student stosuje zaawansowane metody przeszukiwania biologicznych baz danych, sprawnie posługuje się podstawowymi programami do analizy sekwencji biologicznych, stosuje podstawowe polecenia języka Python
BT_2A_U02, BT_2A_U08, BT_2A_U05C-2T-L-1, T-L-3, T-L-4, T-L-2M-3S-2
BT_2A_BT-S2-B1_U02
Student potrafi dokonywać analizy składniowej rekordów baz danych, tworzyć proste programy do analizy sekwencji kwasów nukleinowych i białek, wyszukać sekwencje podobne w bazach danych oraz dokonać dopasowania wielu sekwencji, utworzyć drzewo filogenetyczne na podstawie odpowiednio dobranych sekwencji i je zinterpretować
BT_2A_U02, BT_2A_U08, BT_2A_U05C-2T-L-5, T-L-9, T-L-6M-3S-2, S-3
BT_2A_BT-S2-B1_U03
Student stosuje podstawowe polecenia języka programowania R, wykorzystuje pakiet Bioconductor do przeprowadzenia wstępnej obróbki danych z mikromacierzy oraz do oceny jakości wyników eksperymentu mikromacierzowego, identyfikuje geny o zróżnicowanej ekspresji, tworzy heatmapy i je interpretuje, posługuje się programami do wizualizacji oraz przyrównywania struktur białek
BT_2A_U02, BT_2A_U08C-2T-L-11, T-L-10, T-L-7, T-L-8M-3S-3

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BT-S2-B1_K01
Student wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne w interpretowaniu zjawisk i procesów biologicznych, dając tym samym wyraz swojego przekonania o ich poznawalności
BT_2A_K02C-2T-L-5, T-L-9, T-L-11, T-L-1, T-L-3, T-L-4, T-L-10, T-L-6, T-L-7, T-L-8, T-L-2M-2, M-3, M-1S-2, S-3
BT_2A_BT-S2-B1_K02
Student jest świadom bogactwa informacji biologicznej dostępnej w internetowych bazach danych oraz wzrostu znaczenia narzędzi bioinformatycznych w przyszłości
BT_2A_K01C-2T-W-1, T-W-2, T-L-1, T-L-2M-2, M-3, M-1S-2
BT_2A_BT-S2-B1_K03
Student jest zdolny do efektywnej pracy indywidualnej w oparciu o dostarczone materiały dydaktyczne i źródła informacji dostępne w Internecie
BT_2A_K05C-2T-L-5, T-L-9, T-L-11, T-L-1, T-L-3, T-L-4, T-L-10, T-L-6, T-L-7, T-L-8, T-L-2M-3S-2, S-3

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BT-S2-B1_W01
Student definuje pojęcie bioinformatyki, opisuje wybrane formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowywania sekwencji, charakteryzuje rodzaje map genomowych oraz metody sekwencjonowania, składania, opisywania i porównywania genomów, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy
2,0
3,0Student definiuje pojęcie bioinformatyki, dopasowania sekwencji, wymienia podstawowe programy do przeszukiwania baz danych sekwencji, opisuje rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, krótko charakteryzuje zadania genomiki porównawczej
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_BT-S2-B1_W02
Student charakteryzuje podstawowe typy mikromacierzy, ich zastosowania oraz etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, charakteryzuje metody tworzenia oraz oceny drzew filogenetycznych, opisuje zasady przewidywania struktury drugorzędowej białek, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach
2,0
3,0Student wymienia podstawowe rodzaje mikromacierzy, etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, krótko charakteryzuje strukturę drzewa filogenetycznego, najważniejsze metody budowy i oceny jakości drzew filogenetycznych, wymienia i krótko opisuje algorytmy przewidywania struktury drugorzędowej białek
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BT-S2-B1_U01
Student stosuje zaawansowane metody przeszukiwania biologicznych baz danych, sprawnie posługuje się podstawowymi programami do analizy sekwencji biologicznych, stosuje podstawowe polecenia języka Python
2,0
3,0Student korzysta z zaawansowanych narzędzi przy przeszukiwaniu biologicznych baz danych oraz z podstawowych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych, stosuje podstawowe polecenia Pythona
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_BT-S2-B1_U02
Student potrafi dokonywać analizy składniowej rekordów baz danych, tworzyć proste programy do analizy sekwencji kwasów nukleinowych i białek, wyszukać sekwencje podobne w bazach danych oraz dokonać dopasowania wielu sekwencji, utworzyć drzewo filogenetyczne na podstawie odpowiednio dobranych sekwencji i je zinterpretować
2,0
3,0Student stosuje podstawowe polecenia Biopythona przy tworzeniu prostych skryptów do analizy sekwencji kwasów nukleinowych i białek, korzysta z podstawowych opcji programów BLAST i Clustal przy przeszukiwaniu baz danych i dopasowywaniu wielu sekwencji, potrafi utworzyć drzewo filogenetyczne i je zinterpretować
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_BT-S2-B1_U03
Student stosuje podstawowe polecenia języka programowania R, wykorzystuje pakiet Bioconductor do przeprowadzenia wstępnej obróbki danych z mikromacierzy oraz do oceny jakości wyników eksperymentu mikromacierzowego, identyfikuje geny o zróżnicowanej ekspresji, tworzy heatmapy i je interpretuje, posługuje się programami do wizualizacji oraz przyrównywania struktur białek
2,0
3,0Student stosuje podstawowe polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty w języku R, przeprowadzić wstępną obróbkę danych z mikromacierzy, identyfikować geny o zróżnicowanej ekspresji stosując odpowiednie metody statystyczne, tworzyć heatmapy i je interpretować
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BT-S2-B1_K01
Student wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne w interpretowaniu zjawisk i procesów biologicznych, dając tym samym wyraz swojego przekonania o ich poznawalności
2,0
3,0Student wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne w interpretowaniu zjawisk i procesów biologicznych
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_BT-S2-B1_K02
Student jest świadom bogactwa informacji biologicznej dostępnej w internetowych bazach danych oraz wzrostu znaczenia narzędzi bioinformatycznych w przyszłości
2,0
3,0Student jest świadom bogactwa informacji biologicznej dostępnej w internetowych bazach danych
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_BT-S2-B1_K03
Student jest zdolny do efektywnej pracy indywidualnej w oparciu o dostarczone materiały dydaktyczne i źródła informacji dostępne w Internecie
2,0
3,0Student jest zdolny do efektywnej pracy indywidualnej
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Xiong J., Podstawy bioinformatyki, WUW, Warszawa, 2009
  2. Higgs P. G., Attwood T. K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2008
  3. Baxervanis A. D., Ouellette B. F. F. (red.), Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek, PWN, Warszawa, 2005

Literatura dodatkowa

  1. Hall B. G., Łatwe drzewa filogenetyczne. Poradnik użytkownika, WUW, Warszawa, 2008
  2. Westhead D. R., Parish J. H., Twyman R. M., Bioinformatics. Instant Notes, Taylor & Francis, London & New York, 2002

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Zaawansowane metody wyszukiwania informacji w literaturowych biologicznych bazach danych6
T-L-2Przegląd systemów pobierania informacji z biologicznych baz danych3
T-L-3Projektowanie starterów do PCR. Analiza miejsc restrykcyjnych. Programy Primer3, NebCutter2
T-L-4Podstawy programowania w języku Python2
T-L-5Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i białek. BLAST2
T-L-6Wykorzystanie Biopythona w analizie sekwencji biologicznych2
T-L-7Wprowadzenie do programu R2
T-L-8Analiza danych mikromacierzowych w programie R oraz innych programach komputerowych4
T-L-9Przyrównywanie wielu sekwencji. Tworzenie drzew filogenetycznych. Program Mega4
T-L-10Przyrównywanie strukturalne białek2
T-L-11Wizualizacja makromolekuł1
30

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu. Przegląd formatów rekordów biologicznych baz danych4
T-W-2Przyrównywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji2
T-W-3Analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów2
T-W-4Filogenetyka i drzewa filogenetyczne3
T-W-5Analiza ekspresji genów. Analiza danych mikromacierzowych2
T-W-6Wybrane zagadnienia bioinformatyki strukturalnej2
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Uczestnictwo w zajęciach30
A-L-2Przygotowanie do ćwiczeń12
A-L-3Przygotowanie do zaliczenia15
A-L-4Zaliczenie praktyczne3
60
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Udział studenta w wykładach15
A-W-2Samodzielne studiowanie tematyki wykładów2
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia11
A-W-4Pisemne zaliczenie wykładów2
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B1_W01Student definuje pojęcie bioinformatyki, opisuje wybrane formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowywania sekwencji, charakteryzuje rodzaje map genomowych oraz metody sekwencjonowania, składania, opisywania i porównywania genomów, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W06posiada znajomość zaawansowanych metod laboratoryjnych, technik i narzędzi inżynierskich pozwalających na wykonywanie technicznych zadań dostosowanych do kierunku biotechnologia
BT_2A_W14zna zaawansowane techniki bioinformatyczne i możliwości ich wykorzystania w biotechnologii
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie z zaawansowanymi metodami przeszukiwania biologicznych baz danych, zasadami dopasowywania sekwencji, zagadnieniami genomiki strukturalnej i funkcjonalnej, filogenetyki oraz bioinformatyki strukturalnej
Treści programoweT-W-1Wprowadzenie do przedmiotu. Przegląd formatów rekordów biologicznych baz danych
T-W-3Analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów
T-W-2Przyrównywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji
Metody nauczaniaM-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
M-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne wykładów
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student definiuje pojęcie bioinformatyki, dopasowania sekwencji, wymienia podstawowe programy do przeszukiwania baz danych sekwencji, opisuje rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, krótko charakteryzuje zadania genomiki porównawczej
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B1_W02Student charakteryzuje podstawowe typy mikromacierzy, ich zastosowania oraz etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, charakteryzuje metody tworzenia oraz oceny drzew filogenetycznych, opisuje zasady przewidywania struktury drugorzędowej białek, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W06posiada znajomość zaawansowanych metod laboratoryjnych, technik i narzędzi inżynierskich pozwalających na wykonywanie technicznych zadań dostosowanych do kierunku biotechnologia
BT_2A_W14zna zaawansowane techniki bioinformatyczne i możliwości ich wykorzystania w biotechnologii
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie z zaawansowanymi metodami przeszukiwania biologicznych baz danych, zasadami dopasowywania sekwencji, zagadnieniami genomiki strukturalnej i funkcjonalnej, filogenetyki oraz bioinformatyki strukturalnej
Treści programoweT-W-5Analiza ekspresji genów. Analiza danych mikromacierzowych
T-W-4Filogenetyka i drzewa filogenetyczne
T-W-6Wybrane zagadnienia bioinformatyki strukturalnej
Metody nauczaniaM-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
M-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne wykładów
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student wymienia podstawowe rodzaje mikromacierzy, etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, krótko charakteryzuje strukturę drzewa filogenetycznego, najważniejsze metody budowy i oceny jakości drzew filogenetycznych, wymienia i krótko opisuje algorytmy przewidywania struktury drugorzędowej białek
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B1_U01Student stosuje zaawansowane metody przeszukiwania biologicznych baz danych, sprawnie posługuje się podstawowymi programami do analizy sekwencji biologicznych, stosuje podstawowe polecenia języka Python
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U02umie zaplanować i analizować badania biotechnologiczne z wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych
BT_2A_U08dobiera i stosuje zaawansowane techniki i narzędzia badawcze wykorzystywane w biotechnologii
BT_2A_U05potrafi indywidualnie lub w grupie zaprojektować i zrealizować proces eksperymentalny, w tym przeprowadzić pomiary, znajdujące zastosowanie w biotechnologii; interpretuje uzyskane wyniki i wyciąga wnioski; prowadzi dyskusję w oparciu o samodzielnie zdobytą wiedzę posługując się językiem specjalistycznym
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-1Zaawansowane metody wyszukiwania informacji w literaturowych biologicznych bazach danych
T-L-3Projektowanie starterów do PCR. Analiza miejsc restrykcyjnych. Programy Primer3, NebCutter
T-L-4Podstawy programowania w języku Python
T-L-2Przegląd systemów pobierania informacji z biologicznych baz danych
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 1-7
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student korzysta z zaawansowanych narzędzi przy przeszukiwaniu biologicznych baz danych oraz z podstawowych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych, stosuje podstawowe polecenia Pythona
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B1_U02Student potrafi dokonywać analizy składniowej rekordów baz danych, tworzyć proste programy do analizy sekwencji kwasów nukleinowych i białek, wyszukać sekwencje podobne w bazach danych oraz dokonać dopasowania wielu sekwencji, utworzyć drzewo filogenetyczne na podstawie odpowiednio dobranych sekwencji i je zinterpretować
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U02umie zaplanować i analizować badania biotechnologiczne z wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych
BT_2A_U08dobiera i stosuje zaawansowane techniki i narzędzia badawcze wykorzystywane w biotechnologii
BT_2A_U05potrafi indywidualnie lub w grupie zaprojektować i zrealizować proces eksperymentalny, w tym przeprowadzić pomiary, znajdujące zastosowanie w biotechnologii; interpretuje uzyskane wyniki i wyciąga wnioski; prowadzi dyskusję w oparciu o samodzielnie zdobytą wiedzę posługując się językiem specjalistycznym
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-5Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i białek. BLAST
T-L-9Przyrównywanie wielu sekwencji. Tworzenie drzew filogenetycznych. Program Mega
T-L-6Wykorzystanie Biopythona w analizie sekwencji biologicznych
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 1-7
S-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 8-15
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student stosuje podstawowe polecenia Biopythona przy tworzeniu prostych skryptów do analizy sekwencji kwasów nukleinowych i białek, korzysta z podstawowych opcji programów BLAST i Clustal przy przeszukiwaniu baz danych i dopasowywaniu wielu sekwencji, potrafi utworzyć drzewo filogenetyczne i je zinterpretować
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B1_U03Student stosuje podstawowe polecenia języka programowania R, wykorzystuje pakiet Bioconductor do przeprowadzenia wstępnej obróbki danych z mikromacierzy oraz do oceny jakości wyników eksperymentu mikromacierzowego, identyfikuje geny o zróżnicowanej ekspresji, tworzy heatmapy i je interpretuje, posługuje się programami do wizualizacji oraz przyrównywania struktur białek
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U02umie zaplanować i analizować badania biotechnologiczne z wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych
BT_2A_U08dobiera i stosuje zaawansowane techniki i narzędzia badawcze wykorzystywane w biotechnologii
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-11Wizualizacja makromolekuł
T-L-10Przyrównywanie strukturalne białek
T-L-7Wprowadzenie do programu R
T-L-8Analiza danych mikromacierzowych w programie R oraz innych programach komputerowych
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 8-15
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student stosuje podstawowe polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty w języku R, przeprowadzić wstępną obróbkę danych z mikromacierzy, identyfikować geny o zróżnicowanej ekspresji stosując odpowiednie metody statystyczne, tworzyć heatmapy i je interpretować
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B1_K01Student wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne w interpretowaniu zjawisk i procesów biologicznych, dając tym samym wyraz swojego przekonania o ich poznawalności
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_K02wykazuje zrozumienie procesów biotechnologicznych wykorzystywanych w różnych obszarach działalności człowieka; interpretuje i opisuje te procesy wykorzystując podejście naukowe
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-5Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i białek. BLAST
T-L-9Przyrównywanie wielu sekwencji. Tworzenie drzew filogenetycznych. Program Mega
T-L-11Wizualizacja makromolekuł
T-L-1Zaawansowane metody wyszukiwania informacji w literaturowych biologicznych bazach danych
T-L-3Projektowanie starterów do PCR. Analiza miejsc restrykcyjnych. Programy Primer3, NebCutter
T-L-4Podstawy programowania w języku Python
T-L-10Przyrównywanie strukturalne białek
T-L-6Wykorzystanie Biopythona w analizie sekwencji biologicznych
T-L-7Wprowadzenie do programu R
T-L-8Analiza danych mikromacierzowych w programie R oraz innych programach komputerowych
T-L-2Przegląd systemów pobierania informacji z biologicznych baz danych
Metody nauczaniaM-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
M-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
M-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 1-7
S-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 8-15
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne w interpretowaniu zjawisk i procesów biologicznych
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B1_K02Student jest świadom bogactwa informacji biologicznej dostępnej w internetowych bazach danych oraz wzrostu znaczenia narzędzi bioinformatycznych w przyszłości
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_K01wykazuje potrzebę ciągłego podnoszenia wiedzy ogólnej i kierunkowej; ma świadomość celowości podnoszenia zdobytej wiedzy zarówno w działaniach zawodowych, jak i rozwoju osobistym
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-W-1Wprowadzenie do przedmiotu. Przegląd formatów rekordów biologicznych baz danych
T-W-2Przyrównywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji
T-L-1Zaawansowane metody wyszukiwania informacji w literaturowych biologicznych bazach danych
T-L-2Przegląd systemów pobierania informacji z biologicznych baz danych
Metody nauczaniaM-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
M-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
M-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 1-7
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student jest świadom bogactwa informacji biologicznej dostępnej w internetowych bazach danych
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BT-S2-B1_K03Student jest zdolny do efektywnej pracy indywidualnej w oparciu o dostarczone materiały dydaktyczne i źródła informacji dostępne w Internecie
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_K05wykazuje zdyscyplinowanie w pracy indywidualnej; chętnie uczestniczy w pracy grupowej; potrafi kreatywnie planować i realizować działania własne i zespołowe
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-5Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i białek. BLAST
T-L-9Przyrównywanie wielu sekwencji. Tworzenie drzew filogenetycznych. Program Mega
T-L-11Wizualizacja makromolekuł
T-L-1Zaawansowane metody wyszukiwania informacji w literaturowych biologicznych bazach danych
T-L-3Projektowanie starterów do PCR. Analiza miejsc restrykcyjnych. Programy Primer3, NebCutter
T-L-4Podstawy programowania w języku Python
T-L-10Przyrównywanie strukturalne białek
T-L-6Wykorzystanie Biopythona w analizie sekwencji biologicznych
T-L-7Wprowadzenie do programu R
T-L-8Analiza danych mikromacierzowych w programie R oraz innych programach komputerowych
T-L-2Przegląd systemów pobierania informacji z biologicznych baz danych
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 1-7
S-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 8-15
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student jest zdolny do efektywnej pracy indywidualnej
3,5
4,0
4,5
5,0