Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa - Mikrobiologia stosowana (S2)

Sylabus przedmiotu Bioinformatyka:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Mikrobiologia stosowana
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Bioinformatyka
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Zakład Inżynierii Procesowej i Maszynoznawstwa
Nauczyciel odpowiedzialny Jerzy Balejko <Jerzy.Balejko@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Jerzy Balejko <Jerzy.Balejko@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 6 Grupa obieralna 1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
wykładyW2 15 1,00,50zaliczenie
laboratoriaL2 15 1,00,50zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Podstawowa wiedza z zakresu technologii informacyjnych

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Zapoznanie się z narzedziami i metodami komputerowymi w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
C-2Nabycie umiejętności tworzenia modeli matematycznych pozwalających w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
C-3Zaznajomienie z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu2
T-L-2Wprowadzenie do baz danych2
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych2
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych4
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych3
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych2
15
wykłady
T-W-1Podstawy Internetu2
T-W-2Protokoły Internetowe2
T-W-3Usługi Internetowe2
T-W-4Bazy danych sekwencji1
T-W-5Bazy danych struktur molekularnych1
T-W-6Mapowanie genów1
T-W-7Bazy danych map1
T-W-8Pobieranie informacji z biologicznych baz danych1
T-W-9Dopasowywanie sekwencji1
T-W-10Analiza porównawcza genomów2
T-W-11Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek1
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Uczestnictwo w ćwiczeniach laboratoryjnych15
A-L-2konsultacje z prowadzacym5
A-L-3Samodzielne przygotowanie do ćwiczeń lasboratoryjnych10
30
wykłady
A-W-1uczestnictwo w wykładach15
A-W-2Samodzielna praca15
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
S-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie zadań samodzielnie wykonywanych w trakcie ćwiczeń laboratoryjnych
S-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczające wykłady

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_PO4-1_W01
Posiada wiedzę o narzedziach i metodach komputerowych stosowanych w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
MS_2A_W01C-1T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-W-10, T-W-11, T-W-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-1M-1, M-2S-2, S-3, S-1

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_PO4-1_U01
Potrafi tworzyć modele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
MS_2A_U03, MS_2A_U05C-2T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-W-10, T-W-11, T-W-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-1M-1, M-2S-2, S-1
MS_2A_PO4-1_U02
Jest zaznajomiony z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji
MS_2A_U03, MS_2A_U05C-3T-W-4, T-W-5, T-W-7, T-L-2, T-L-4, T-L-5, T-L-6M-1, M-2S-2, S-3, S-1

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_PO4-1_K01
Jest zorientowany na ciągłe rozszerzanie zdobytej wiedzy
MS_2A_K01C-1, C-2, C-3T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-W-10, T-W-11, T-W-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-1M-1, M-2S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_PO4-1_W01
Posiada wiedzę o narzedziach i metodach komputerowych stosowanych w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
2,0
3,0Student posiada zadowalającą wiedzę o narzedziach i metodach komputerowych stosowanych w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne, ale z licznymi brakami
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_PO4-1_U01
Potrafi tworzyć modele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
2,0
3,0Student w zadowalającym stopniu potrafi tworzyćmodele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych, ale z licznymi brakami
3,5
4,0
4,5
5,0
MS_2A_PO4-1_U02
Jest zaznajomiony z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji
2,0
3,0Student w zadowalającym stopniu jest zaznajomiony z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji, ale z licznymi brakami
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
MS_2A_PO4-1_K01
Jest zorientowany na ciągłe rozszerzanie zdobytej wiedzy
2,0
3,0Student w zadowalającym stopniu chce rozszerzać zdobytą wiedzę
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Baxevanisa A D, Ouellette'a, Bioinformatyka, PWN, Warszawa, 2005
  2. P.G. Higgs, T.K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna., PWN, 2008

Literatura dodatkowa

  1. Żródła internetowe podane przez prowadzącego, 2013

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu2
T-L-2Wprowadzenie do baz danych2
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych2
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych4
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych3
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych2
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Podstawy Internetu2
T-W-2Protokoły Internetowe2
T-W-3Usługi Internetowe2
T-W-4Bazy danych sekwencji1
T-W-5Bazy danych struktur molekularnych1
T-W-6Mapowanie genów1
T-W-7Bazy danych map1
T-W-8Pobieranie informacji z biologicznych baz danych1
T-W-9Dopasowywanie sekwencji1
T-W-10Analiza porównawcza genomów2
T-W-11Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek1
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Uczestnictwo w ćwiczeniach laboratoryjnych15
A-L-2konsultacje z prowadzacym5
A-L-3Samodzielne przygotowanie do ćwiczeń lasboratoryjnych10
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1uczestnictwo w wykładach15
A-W-2Samodzielna praca15
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_PO4-1_W01Posiada wiedzę o narzedziach i metodach komputerowych stosowanych w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_W01Ma poszerzoną wiedzę w zakresie metod statystycznych, technik informatycznych i bioinformatyki wykorzystywanych w naukach rolniczych i pokrewnych
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie się z narzedziami i metodami komputerowymi w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
Treści programoweT-W-2Protokoły Internetowe
T-W-3Usługi Internetowe
T-W-4Bazy danych sekwencji
T-W-5Bazy danych struktur molekularnych
T-W-6Mapowanie genów
T-W-7Bazy danych map
T-W-8Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-9Dopasowywanie sekwencji
T-W-10Analiza porównawcza genomów
T-W-11Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek
T-W-1Podstawy Internetu
T-L-2Wprowadzenie do baz danych
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie zadań samodzielnie wykonywanych w trakcie ćwiczeń laboratoryjnych
S-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczające wykłady
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student posiada zadowalającą wiedzę o narzedziach i metodach komputerowych stosowanych w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne, ale z licznymi brakami
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_PO4-1_U01Potrafi tworzyć modele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_U03Potrafi dobrać właściwe procedury i metody analityczne. Potrafi wykorzystać w praktyce podstawowe i specjalistyczne techniki i narzędzia badawcze właściwe dla mikrobiologii stosowanej i nauk pokrewnych.
MS_2A_U05Posiada umiejętność wprowadzenia systemów zarządzania i normalizacji. Potrafi wykorzystać praktycznie wiedzę z zkresu prawa chroniącego własność intelektualną i prawa pracy. Umie przeprowadzić analizy statystyczne wykorzystane w naukach rolniczych.
Cel przedmiotuC-2Nabycie umiejętności tworzenia modeli matematycznych pozwalających w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
Treści programoweT-W-2Protokoły Internetowe
T-W-3Usługi Internetowe
T-W-4Bazy danych sekwencji
T-W-5Bazy danych struktur molekularnych
T-W-6Mapowanie genów
T-W-7Bazy danych map
T-W-8Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-9Dopasowywanie sekwencji
T-W-10Analiza porównawcza genomów
T-W-11Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek
T-W-1Podstawy Internetu
T-L-2Wprowadzenie do baz danych
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie zadań samodzielnie wykonywanych w trakcie ćwiczeń laboratoryjnych
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student w zadowalającym stopniu potrafi tworzyćmodele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych, ale z licznymi brakami
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_PO4-1_U02Jest zaznajomiony z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_U03Potrafi dobrać właściwe procedury i metody analityczne. Potrafi wykorzystać w praktyce podstawowe i specjalistyczne techniki i narzędzia badawcze właściwe dla mikrobiologii stosowanej i nauk pokrewnych.
MS_2A_U05Posiada umiejętność wprowadzenia systemów zarządzania i normalizacji. Potrafi wykorzystać praktycznie wiedzę z zkresu prawa chroniącego własność intelektualną i prawa pracy. Umie przeprowadzić analizy statystyczne wykorzystane w naukach rolniczych.
Cel przedmiotuC-3Zaznajomienie z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji
Treści programoweT-W-4Bazy danych sekwencji
T-W-5Bazy danych struktur molekularnych
T-W-7Bazy danych map
T-L-2Wprowadzenie do baz danych
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie zadań samodzielnie wykonywanych w trakcie ćwiczeń laboratoryjnych
S-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczające wykłady
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student w zadowalającym stopniu jest zaznajomiony z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji, ale z licznymi brakami
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięMS_2A_PO4-1_K01Jest zorientowany na ciągłe rozszerzanie zdobytej wiedzy
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_K01Rozumie potrzebę ciągłego dokształcania się i konieczności podnoszenia kompetencji zawodowych. Wyznacza kierunki własnego rozwoju i kształcenia (trzeciego stopnia, studia podyplomowe, kursy)
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie się z narzedziami i metodami komputerowymi w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
C-2Nabycie umiejętności tworzenia modeli matematycznych pozwalających w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
C-3Zaznajomienie z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji
Treści programoweT-W-2Protokoły Internetowe
T-W-3Usługi Internetowe
T-W-4Bazy danych sekwencji
T-W-5Bazy danych struktur molekularnych
T-W-6Mapowanie genów
T-W-7Bazy danych map
T-W-8Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-9Dopasowywanie sekwencji
T-W-10Analiza porównawcza genomów
T-W-11Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek
T-W-1Podstawy Internetu
T-L-2Wprowadzenie do baz danych
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student w zadowalającym stopniu chce rozszerzać zdobytą wiedzę
3,5
4,0
4,5
5,0