Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (N1)

Sylabus przedmiotu Biologiczne bazy danych:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia niestacjonarne Poziom pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Biologiczne bazy danych
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki
Nauczyciel odpowiedzialny Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 10 Grupa obieralna 1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
laboratoriaL4 10 2,00,41zaliczenie
wykładyW4 5 1,00,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu biologii na poziomie szkoły średniej.
W-2Wiedza z zakresu informatyki na poziomie szkoły średniej.

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
C-2Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).2
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.2
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).2
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).2
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.2
10
wykłady
T-W-1Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.1
T-W-2Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).1
T-W-3Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).1
T-W-4Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.1
T-W-5Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.1
5

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Uczestnictow w ćwiczeniach.10
A-L-2Przygotowanie projektu.15
A-L-3Przygotowanie się do zaliczenia treści ćwiczeń.15
A-L-4Samodzielna eksploracja biologicznych baz danych.20
60
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w wykładach.5
A-W-2Samodzielna eksploracja wskazanych baz danych.15
A-W-3Przygotowanie się do zaliczenia wykładów.10
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny.
M-2Opis.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
S-2Ocena podsumowująca: Projekt.
S-3Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_W01
Wymienia typy biologicznych baz danych.
BT_1A_W09, BT_1A_W21C-1T-W-5, T-W-3, T-W-2, T-W-4M-1, M-3, M-2S-3, S-1
BT_1A_BT-S-O12.3_W02
Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych.
BT_1A_W21C-2T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-W-1M-1, M-3, M-2S-2, S-3, S-1

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_U01
Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji.
BT_1A_U13C-1, C-2T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-W-1, T-W-5, T-W-3, T-W-2, T-W-4M-1, M-3, M-2S-2, S-1

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_K01
Ma świadomość istnienia baz danych gromadzących informacje biologiczną.
BT_1A_K05C-1, C-2T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-W-1, T-W-5, T-W-3, T-W-2, T-W-4M-1, M-3, M-2S-2, S-3, S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_W01
Wymienia typy biologicznych baz danych.
2,0
3,0Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_1A_BT-S-O12.3_W02
Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych.
2,0
3,0Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_U01
Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji.
2,0
3,0Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów zleconego zadania, nie operuje wiedzą kontekstową
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_1A_BT-S-O12.3_K01
Ma świadomość istnienia baz danych gromadzących informacje biologiczną.
2,0
3,0Ma dostateczną świadomość istnienia baz danych gromadzacych informację biologiczną.
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Teresa Attwood, Paul G. Higgs, Bioinformatyka i ewolucja molekularna., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2011
  2. Jo McEntyre, Jim Ostell, The NCBI Handbook, National Center for Biotechnology Information (US); 2002-., Bethesda (MD), 2010, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21101/

Literatura dodatkowa

  1. Terry A. Brown., Genomy., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).2
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.2
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).2
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).2
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.2
10

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.1
T-W-2Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).1
T-W-3Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).1
T-W-4Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.1
T-W-5Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.1
5

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Uczestnictow w ćwiczeniach.10
A-L-2Przygotowanie projektu.15
A-L-3Przygotowanie się do zaliczenia treści ćwiczeń.15
A-L-4Samodzielna eksploracja biologicznych baz danych.20
60
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w wykładach.5
A-W-2Samodzielna eksploracja wskazanych baz danych.15
A-W-3Przygotowanie się do zaliczenia wykładów.10
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_1A_BT-S-O12.3_W01Wymienia typy biologicznych baz danych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_W09Ma ugruntowaną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska.
BT_1A_W21Ma podstawową wiedzę z zakresu informatyki, programów komputerowych oraz biologicznych baz danych wykorzystywanych w biotechnologii.
Cel przedmiotuC-1Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
Treści programoweT-W-5Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.
T-W-3Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).
T-W-2Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).
T-W-4Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-2Opis.
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.
S-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_1A_BT-S-O12.3_W02Definiuje strukturę rekordów wybranych baz danych.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_W21Ma podstawową wiedzę z zakresu informatyki, programów komputerowych oraz biologicznych baz danych wykorzystywanych w biotechnologii.
Cel przedmiotuC-2Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.
Treści programoweT-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.
T-W-1Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-2Opis.
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Projekt.
S-3Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.
S-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_1A_BT-S-O12.3_U01Korzysta z najważniejszych baz danych w celu pozyskiwania informacji.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_U13Wykorzystuje narzędzia informatyczne oraz biologiczne bazy danych w badaniach biotechnologicznych.
Cel przedmiotuC-1Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
C-2Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.
Treści programoweT-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.
T-W-1Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.
T-W-5Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.
T-W-3Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).
T-W-2Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).
T-W-4Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-2Opis.
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Projekt.
S-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów zleconego zadania, nie operuje wiedzą kontekstową
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_1A_BT-S-O12.3_K01Ma świadomość istnienia baz danych gromadzących informacje biologiczną.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_K05Wykazuje otwartość dla ogólnego i kierunkowego kształtowania i rozwijania własnej aktywności poznawczej w oparciu o różne źródła informacji naukowej; umie myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy.
Cel przedmiotuC-1Przegląd baz danych gromadzących informację biologiczną.
C-2Zasady korzystania z baz danych, pozyskiwanie potrzebnych informacji.
Treści programoweT-L-1Gromadzenie informacji biologicznej (NCBI, EBI).
T-L-2Przeszukiwanie biologicznych baz danych.
T-L-3Struktura rekordów (GenBank, UniProt).
T-L-4Wyszukiwanie literatury naukowej (PubMed, PMC).
T-L-5Analiza sekwencji nukleotydowych.
T-W-1Struktura rekordów w biologicznych bazach danych - przykłady.
T-W-5Bazy proteomów, ścieżek metabolicznych i sygnałowych.
T-W-3Bazy ekspresji genów (w tym dane mikromacierzowe).
T-W-2Bazy sekwencji nukleotydowych. Projekty sekwencjonowania DNA (bazy genomów).
T-W-4Bazy sekwencji białkowych oraz struktur.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny.
M-3Objaśnienie lub wyjaśnienie.
M-2Opis.
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Projekt.
S-3Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie wykładów.
S-1Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie ćwiczeń.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Ma dostateczną świadomość istnienia baz danych gromadzacych informację biologiczną.
3,5
4,0
4,5
5,0