Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (N2)
specjalność: Biotechnologia w produkcji roślinnej
Sylabus przedmiotu In silico analysis of nucleotide sequence:
Informacje podstawowe
Kierunek studiów | Biotechnologia | ||
---|---|---|---|
Forma studiów | studia niestacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
Obszary studiów | charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK | ||
Profil | ogólnoakademicki | ||
Moduł | — | ||
Przedmiot | In silico analysis of nucleotide sequence | ||
Specjalność | Biotechnologia w produkcji zwierzęcej i ochronie środowiska | ||
Jednostka prowadząca | Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających | ||
Nauczyciel odpowiedzialny | Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl> | ||
Inni nauczyciele | |||
ECTS (planowane) | 3,0 | ECTS (formy) | 3,0 |
Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | angielski |
Blok obieralny | 5 | Grupa obieralna | 3 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
KOD | Wymaganie wstępne |
---|---|
W-1 | The basic knowledge of computer science, genetics and molecular biology. |
Cele przedmiotu
KOD | Cel modułu/przedmiotu |
---|---|
C-1 | Learning of students with different types of nucleotide sequences in genomes. |
C-2 | The use of different bioinformatics programs for analysis of nucleotide sequences. |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
KOD | Treść programowa | Godziny |
---|---|---|
ćwiczenia audytoryjne | ||
T-A-1 | Gene prediction programs in eukaryota. | 2 |
T-A-2 | Bacterial Promoters and Operons. | 1 |
T-A-3 | Promoters/functional motifs. | 1 |
T-A-4 | RNA structures analyses. | 1 |
T-A-5 | Gene Finding in Viral Genomes | 1 |
T-A-6 | Alignments sequences and genomes | 1 |
7 | ||
wykłady | ||
T-W-1 | Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters. | 2 |
T-W-2 | Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding. | 1 |
T-W-3 | RNA classes. | 1 |
T-W-4 | Viral Genomes. | 1 |
T-W-5 | Sequence alignments. | 2 |
T-W-6 | RNA-Seq in transcriptomics. | 1 |
8 |
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
KOD | Forma aktywności | Godziny |
---|---|---|
ćwiczenia audytoryjne | ||
A-A-1 | Taking classes. | 7 |
A-A-2 | Preparation for classes. | 15 |
A-A-3 | Creating of genetic test (in silico) | 18 |
A-A-4 | Preparation for the test. | 5 |
45 | ||
wykłady | ||
A-W-1 | Participation in lectures. | 8 |
A-W-2 | Study of scientific references. | 18 |
A-W-3 | Preparation for the test. | 19 |
45 |
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
---|---|
M-1 | Lectures presenting theoretical issues (multimedia ppt). |
M-2 | Practical classes using PC (online tools). |
Sposoby oceny
KOD | Sposób oceny |
---|---|
S-1 | Ocena podsumowująca: Examination. |
S-2 | Ocena formująca: Practical test including classes. |
Zamierzone efekty uczenia się - wiedza
Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
---|---|---|---|---|---|---|---|
BTinz_2A_BTZ-N-O5.4_W01 A student describes selected nucleotide sequences in genomes and characterizes different bioinformatics programs for analyses. | BTinz_2A_W07 | — | — | C-1 | T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6 | M-1, M-2 | S-1, S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności
Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
---|---|---|---|---|---|---|---|
BTinz_2A_BTZ-N-O5.4_U01 A student can use different online tools for nuleotide sequences analyses. | BTinz_2A_U06 | — | — | C-1 | T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6 | M-2 | S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne
Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
---|---|---|---|---|---|---|---|
BTinz_2A_BTZ-N-O5.4_K01 A student is aware of genetic variability in genomes. A student is able to work with different online programs for analysis of the sequences. | BTinz_2A_K02 | — | — | C-1 | T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6 | M-1, M-2 | S-2 |
Kryterium oceny - wiedza
Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
---|---|---|
BTinz_2A_BTZ-N-O5.4_W01 A student describes selected nucleotide sequences in genomes and characterizes different bioinformatics programs for analyses. | 2,0 | |
3,0 | W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien jest w stanie ogólnie definiować typy sekwencji nukleotydowych oraz dobierać narzędzia bioinformatyczne do analizy | |
3,5 | ||
4,0 | ||
4,5 | ||
5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
---|---|---|
BTinz_2A_BTZ-N-O5.4_U01 A student can use different online tools for nuleotide sequences analyses. | 2,0 | |
3,0 | W wyniku przeprowadzonych zajęć student umie opisać (ogólnie) typy sekwencji nukleotydowych oraz potrafi wskazać wybrane programy bioinformatyczne do wykonania analizy in silico | |
3,5 | ||
4,0 | ||
4,5 | ||
5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
---|---|---|
BTinz_2A_BTZ-N-O5.4_K01 A student is aware of genetic variability in genomes. A student is able to work with different online programs for analysis of the sequences. | 2,0 | |
3,0 | W wyniku przeprowadzonych zajęć student wykazuje postawę aktywną i jest chętny do zastosowania narzędzi bioinformatycznych do świadomej analizy sekwencji nukleotydowych ze wskazaniem ich cech w oparciu o zdobytą wiedzę teoretyczną | |
3,5 | ||
4,0 | ||
4,5 | ||
5,0 |
Literatura podstawowa
- Terence A Brown., Genomes, 2nd edition, Oxford: Wiley-Liss; 2002., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21128/, 2002, ISBN-10: 0-471-25046-5, Wolny dostęp internetowy
- http://www.softberry.com, 2018, http://www.softberry.com
- Koonin EV, Galperin MY., Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics., Boston: Kluwer Academic; 2003., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK20260/, 2003