Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (N2)
specjalność: Biotechnologia w produkcji roślinnej

Sylabus przedmiotu In silico analysis of nucleotide sequence:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia niestacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot In silico analysis of nucleotide sequence
Specjalność Biotechnologia w produkcji zwierzęcej i ochronie środowiska
Jednostka prowadząca Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających
Nauczyciel odpowiedzialny Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język angielski
Blok obieralny 5 Grupa obieralna 3

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
wykładyW3 8 1,50,59zaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA3 7 1,50,41zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1The basic knowledge of computer science, genetics and molecular biology.

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Learning of students with different types of nucleotide sequences in genomes.
C-2The use of different bioinformatics programs for analysis of nucleotide sequences.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Gene prediction programs in eukaryota.2
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.1
T-A-3Promoters/functional motifs.1
T-A-4RNA structures analyses.1
T-A-5Gene Finding in Viral Genomes1
T-A-6Alignments sequences and genomes1
7
wykłady
T-W-1Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters.2
T-W-2Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding.1
T-W-3RNA classes.1
T-W-4Viral Genomes.1
T-W-5Sequence alignments.2
T-W-6RNA-Seq in transcriptomics.1
8

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Taking classes.7
A-A-2Preparation for classes.15
A-A-3Creating of genetic test (in silico)18
A-A-4Preparation for the test.5
45
wykłady
A-W-1Participation in lectures.8
A-W-2Study of scientific references.18
A-W-3Preparation for the test.19
45

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Lectures presenting theoretical issues (multimedia ppt).
M-2Practical classes using PC (online tools).

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Examination.
S-2Ocena formująca: Practical test including classes.

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BTinz_2A_BTZ-N-O5.4_W01
A student describes selected nucleotide sequences in genomes and characterizes different bioinformatics programs for analyses.
BTinz_2A_W07C-1T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6M-1, M-2S-1, S-2

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BTinz_2A_BTZ-N-O5.4_U01
A student can use different online tools for nuleotide sequences analyses.
BTinz_2A_U06C-1T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6M-2S-2

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BTinz_2A_BTZ-N-O5.4_K01
A student is aware of genetic variability in genomes. A student is able to work with different online programs for analysis of the sequences.
BTinz_2A_K02C-1T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-6, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6M-1, M-2S-2

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BTinz_2A_BTZ-N-O5.4_W01
A student describes selected nucleotide sequences in genomes and characterizes different bioinformatics programs for analyses.
2,0
3,0W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien jest w stanie ogólnie definiować typy sekwencji nukleotydowych oraz dobierać narzędzia bioinformatyczne do analizy
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BTinz_2A_BTZ-N-O5.4_U01
A student can use different online tools for nuleotide sequences analyses.
2,0
3,0W wyniku przeprowadzonych zajęć student umie opisać (ogólnie) typy sekwencji nukleotydowych oraz potrafi wskazać wybrane programy bioinformatyczne do wykonania analizy in silico
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BTinz_2A_BTZ-N-O5.4_K01
A student is aware of genetic variability in genomes. A student is able to work with different online programs for analysis of the sequences.
2,0
3,0W wyniku przeprowadzonych zajęć student wykazuje postawę aktywną i jest chętny do zastosowania narzędzi bioinformatycznych do świadomej analizy sekwencji nukleotydowych ze wskazaniem ich cech w oparciu o zdobytą wiedzę teoretyczną
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Terence A Brown., Genomes, 2nd edition, Oxford: Wiley-Liss; 2002., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21128/, 2002, ISBN-10: 0-471-25046-5, Wolny dostęp internetowy
  2. http://www.softberry.com, 2018, http://www.softberry.com
  3. Koonin EV, Galperin MY., Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics., Boston: Kluwer Academic; 2003., https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK20260/, 2003

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Gene prediction programs in eukaryota.2
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.1
T-A-3Promoters/functional motifs.1
T-A-4RNA structures analyses.1
T-A-5Gene Finding in Viral Genomes1
T-A-6Alignments sequences and genomes1
7

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters.2
T-W-2Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding.1
T-W-3RNA classes.1
T-W-4Viral Genomes.1
T-W-5Sequence alignments.2
T-W-6RNA-Seq in transcriptomics.1
8

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Taking classes.7
A-A-2Preparation for classes.15
A-A-3Creating of genetic test (in silico)18
A-A-4Preparation for the test.5
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Participation in lectures.8
A-W-2Study of scientific references.18
A-W-3Preparation for the test.19
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBTinz_2A_BTZ-N-O5.4_W01A student describes selected nucleotide sequences in genomes and characterizes different bioinformatics programs for analyses.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTinz_2A_W07wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Cel przedmiotuC-1Learning of students with different types of nucleotide sequences in genomes.
Treści programoweT-A-1Gene prediction programs in eukaryota.
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.
T-A-3Promoters/functional motifs.
T-A-4RNA structures analyses.
T-A-5Gene Finding in Viral Genomes
T-A-6Alignments sequences and genomes
T-W-1Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters.
T-W-2Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding.
T-W-3RNA classes.
T-W-4Viral Genomes.
T-W-5Sequence alignments.
T-W-6RNA-Seq in transcriptomics.
Metody nauczaniaM-1Lectures presenting theoretical issues (multimedia ppt).
M-2Practical classes using PC (online tools).
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Examination.
S-2Ocena formująca: Practical test including classes.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0W wyniku przeprowadzonych zajęć student powinien jest w stanie ogólnie definiować typy sekwencji nukleotydowych oraz dobierać narzędzia bioinformatyczne do analizy
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBTinz_2A_BTZ-N-O5.4_U01A student can use different online tools for nuleotide sequences analyses.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTinz_2A_U06dokonuje wszechstronnej analizy molekularnych podstaw ewolucji, a także czynników oddziałujących na funkcjonowanie genomu oraz transkryptomu; analizuje czynniki wpływające na zmienność organizmu
Cel przedmiotuC-1Learning of students with different types of nucleotide sequences in genomes.
Treści programoweT-A-1Gene prediction programs in eukaryota.
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.
T-A-3Promoters/functional motifs.
T-A-4RNA structures analyses.
T-A-5Gene Finding in Viral Genomes
T-A-6Alignments sequences and genomes
Metody nauczaniaM-2Practical classes using PC (online tools).
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Practical test including classes.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0W wyniku przeprowadzonych zajęć student umie opisać (ogólnie) typy sekwencji nukleotydowych oraz potrafi wskazać wybrane programy bioinformatyczne do wykonania analizy in silico
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBTinz_2A_BTZ-N-O5.4_K01A student is aware of genetic variability in genomes. A student is able to work with different online programs for analysis of the sequences.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBTinz_2A_K02wykazuje zrozumienie procesów biotechnologicznych wykorzystywanych w różnych obszarach działalności człowieka; interpretuje i opisuje te procesy wykorzystując podejście naukowe
Cel przedmiotuC-1Learning of students with different types of nucleotide sequences in genomes.
Treści programoweT-A-1Gene prediction programs in eukaryota.
T-A-2Bacterial Promoters and Operons.
T-A-3Promoters/functional motifs.
T-A-4RNA structures analyses.
T-A-5Gene Finding in Viral Genomes
T-A-6Alignments sequences and genomes
T-W-1Gene Finding. Gene models construction, splice sites, protein-coding exons, promoters.
T-W-2Bacterial Promoter, Operon and Gene Finding.
T-W-3RNA classes.
T-W-4Viral Genomes.
T-W-5Sequence alignments.
T-W-6RNA-Seq in transcriptomics.
Metody nauczaniaM-1Lectures presenting theoretical issues (multimedia ppt).
M-2Practical classes using PC (online tools).
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Practical test including classes.
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0W wyniku przeprowadzonych zajęć student wykazuje postawę aktywną i jest chętny do zastosowania narzędzi bioinformatycznych do świadomej analizy sekwencji nukleotydowych ze wskazaniem ich cech w oparciu o zdobytą wiedzę teoretyczną
3,5
4,0
4,5
5,0