Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
specjalność: Bioinżynieria produkcji żywności
Sylabus przedmiotu Genomika i transkryptomika:
Informacje podstawowe
Kierunek studiów | Biotechnologia | ||
---|---|---|---|
Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
Obszary studiów | charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK | ||
Profil | ogólnoakademicki | ||
Moduł | — | ||
Przedmiot | Genomika i transkryptomika | ||
Specjalność | Bioinżynieria produkcji żywności | ||
Jednostka prowadząca | Katedra Genetyki | ||
Nauczyciel odpowiedzialny | Arkadiusz Terman <Arkadiusz.Terman@zut.edu.pl> | ||
Inni nauczyciele | Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl>, Magdalena Jędrzejczak-Silicka <mjedrzejczak@zut.edu.pl>, Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>, Iwona Szatkowska <Iwona.Szatkowska@zut.edu.pl> | ||
ECTS (planowane) | 3,0 | ECTS (formy) | 3,0 |
Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
Blok obieralny | — | Grupa obieralna | — |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
KOD | Wymaganie wstępne |
---|---|
W-1 | Wiedza z zakresu genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej |
Cele przedmiotu
KOD | Cel modułu/przedmiotu |
---|---|
C-1 | Przedstawienie zagadnień związanych analizą genomu |
C-2 | Przedstawienie projektów poznania genomów i metod ich realizacji |
C-3 | Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy genomów |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
KOD | Treść programowa | Godziny |
---|---|---|
ćwiczenia audytoryjne | ||
T-A-1 | Genomika funkcjonalna. Cele i metody badawcze. | 2 |
T-A-2 | Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów. | 2 |
T-A-3 | Markery oparte na retrotranspozonach | 2 |
T-A-4 | Analzia sprzężeń i asocjacyjna całych genomów. | 2 |
T-A-5 | Projekty analiz genomowych | 2 |
10 | ||
laboratoria | ||
T-L-1 | Izolacja DNA plazmidowego | 2 |
T-L-2 | Tworzenie mapy restrykcyjnej. Analiza restrykcyjna. | 4 |
T-L-3 | Izolacja i analiza mtDNA | 4 |
T-L-4 | Izolacja całkowitego RNA, metody oczyszczania, analiza izolatów. | 2 |
T-L-5 | Metod analizy transkryptów RNA. | 3 |
15 | ||
wykłady | ||
T-W-1 | Rozwój dyscypliny, podstawowe pojęcia, ogólne prawa rządzące genomami | 2 |
T-W-2 | Poznawanie struktury i organizacji genomów różnych organizmów, sposoby identyfikacji genów. | 1 |
T-W-3 | Poznawanie funkcji poszczególnych elementów w genomie. | 1 |
T-W-4 | Molekularne podstawy ewolucji genomów. | 2 |
T-W-5 | Mapowanie fizyczne i genetyczne. | 1 |
T-W-6 | Klasy RNA - właściwości, funkcje | 2 |
T-W-7 | Analiza porónawcza transkryptomów różnych tkanek zwierzęcych | 2 |
T-W-8 | Czynniki tranrypcyjne i ich rola w tkankowo specyficznej ekspresji. | 2 |
T-W-9 | Potranskrypcyjne modyfikacje RNA | 2 |
15 |
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
KOD | Forma aktywności | Godziny |
---|---|---|
ćwiczenia audytoryjne | ||
A-A-1 | Uczestnictwo w zajęciach | 10 |
A-A-2 | Konsultacje | 6 |
A-A-3 | Przygotowanie do zaliczenia | 10 |
A-A-4 | Zaliczenie treści programowych | 4 |
30 | ||
laboratoria | ||
A-L-1 | uczestnictwo w zajęciach | 15 |
A-L-2 | Studiowanie podanej lteratury | 6 |
A-L-3 | Konsultacje | 2 |
A-L-4 | Przygotowanie do zaliczenia | 6 |
A-L-5 | Zaliczenie materiału | 1 |
30 | ||
wykłady | ||
A-W-1 | Uczestnictwo w zajęciach | 15 |
A-W-2 | Samodzielne przygotowanie się do zaliczenia wykładów | 5 |
A-W-3 | Konsultacje z prowadzącym | 5 |
A-W-4 | Studiowanie literatury | 5 |
30 |
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
---|---|
M-1 | Wykład wspomagany związany z zaplanowanymi treściami |
M-2 | Prezentacje multimedialne z zastosowaniem komputera i projektora |
M-3 | Praca w grupach laboratoryjnych |
Sposoby oceny
KOD | Sposób oceny |
---|---|
S-1 | Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia laboratoryjne |
S-2 | Ocena podsumowująca: Ocena za wiedze z zakresu przedstawionych wykładów oraz ćwiczen |
Zamierzone efekty uczenia się - wiedza
Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
---|---|---|---|---|---|---|---|
BT_2A_BPŻ-S-C5_W01 W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt. | BTinz_2A_W07, BTinz_2A_W08 | — | — | C-2, C-1, C-3 | T-L-1, T-L-4, T-L-5, T-L-2, T-L-3, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-2, T-A-1, T-W-2, T-W-1, T-W-6, T-W-7, T-W-9, T-W-8, T-W-3, T-W-4, T-W-5 | M-1, M-2, M-3 | S-1, S-2 |
BT_2A_BPŻ-S-C5_W02 Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy. | BTinz_2A_W07 | — | — | C-2, C-1, C-3 | T-L-1, T-L-4, T-L-5, T-L-2, T-L-3, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-2, T-A-1, T-W-2, T-W-1, T-W-6, T-W-7, T-W-9, T-W-8, T-W-3, T-W-4, T-W-5 | M-1, M-2, M-3 | S-1, S-2 |
Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności
Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
---|---|---|---|---|---|---|---|
BT_2A_BPŻ-S-C5_U01 Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji. | BTinz_2A_U06 | — | — | C-2, C-1 | T-W-2, T-W-3, T-W-4 | M-1, M-2, M-3 | S-1 |
BT_2A_BPŻ-S-C5_U02 Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach. | BTinz_2A_U06, BTinz_2A_U08 | — | — | C-2, C-1, C-3 | T-L-1, T-L-4, T-L-5, T-L-2, T-L-3, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-2, T-A-1, T-W-6, T-W-7, T-W-9, T-W-8, T-W-5 | M-2, M-3 | S-1 |
Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne
Zamierzone efekty uczenia się | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
---|---|---|---|---|---|---|---|
BT_2A_BPŻ-S-C5_K01 Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście. | BTinz_2A_K05 | — | — | C-2, C-1, C-3 | T-A-1, T-W-2, T-W-1, T-W-3, T-W-4 | M-3 | S-1 |
Kryterium oceny - wiedza
Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
---|---|---|
BT_2A_BPŻ-S-C5_W01 W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt. | 2,0 | Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu sekwencji genomowych |
3,0 | W zakresie wiedzy student objaśnia zagadnienia z zakresu analizy sekwencji genomowych. Potrafi definiować metody realizacji projektów poznawania genomów ludzi i zwierząt. | |
3,5 | Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat poznawania projektów genomów różnych gatunków | |
4,0 | Student samodzielnie potrafi definiować i objaśniać zagdanienia związane z projektami gonomowymi | |
4,5 | Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu poznawania genomów różnych gatunków. | |
5,0 | Student obok ugruntowanej wiedzy potrafi argumentować dobór określonych metod używanych w projektach genomowych | |
BT_2A_BPŻ-S-C5_W02 Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy. | 2,0 | Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów |
3,0 | Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy. | |
3,5 | Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu | |
4,0 | Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu | |
4,5 | Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych | |
5,0 | Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu |
Kryterium oceny - umiejętności
Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
---|---|---|
BT_2A_BPŻ-S-C5_U01 Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji. | 2,0 | |
3,0 | Student pozyskał umiejętności całościowego spojrzenia na genom, uwzględniając zarówno jego strukturę i funkcję jak i aspekty dotyczące jego ewolucji. | |
3,5 | ||
4,0 | ||
4,5 | ||
5,0 | ||
BT_2A_BPŻ-S-C5_U02 Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach. | 2,0 | |
3,0 | Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach. | |
3,5 | ||
4,0 | ||
4,5 | ||
5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
Efekt uczenia się | Ocena | Kryterium oceny |
---|---|---|
BT_2A_BPŻ-S-C5_K01 Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście. | 2,0 | |
3,0 | Student potrafi kreowac aktywna postawę, ma zdolność do kompleksowego spojrzenia na analizowane fakty oraz widzi zagadnienia w szerszym kontekście. | |
3,5 | ||
4,0 | ||
4,5 | ||
5,0 |
Literatura podstawowa
- Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2009
- Słomski R., Analiza DNA Teoria i praktyka, Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, Poznań, 2011
Literatura dodatkowa
- Charon K.M., Świtoński M., Genetyka i genomika zwierząt, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012