Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)

Sylabus przedmiotu Genomika roślin:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Genomika roślin
Specjalność Biotechnologia w produkcji roślinnej
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin
Nauczyciel odpowiedzialny Piotr Masojć <Piotr.Masojc@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Beata Myśków <Beata.Myskow@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA1 15 1,50,41zaliczenie
wykładyW1 15 1,50,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1genetyka ogólna
W-2biologia molekularna

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1wyjaśnienie metodologii i osiągnięć współczesnej genomiki roślin

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Porównanie map genetycznych genomów zbóż2
T-A-2Porównanie sekwencji genomów odrębnych geograficznie linii ogórka2
T-A-3Analiza architektury genomowej cech użytkowych roślin uprawnych3
T-A-4Zasady konstruowania mikromacierzy DNA2
T-A-5Przykłady wykorzystania mikromacierzy DNA w analizie genomów roślin2
T-A-6Zasady konstruowania mikromacierzy na bazie cDNA2
T-A-7Przykłady wykorzystania mikromacierzy na bazie sekwencji cDNA w analizie ekspresji genów2
15
wykłady
T-W-1Struktura i wielkość genomów Arabidopsis, ryżu, ogórka jako roślin modelowych1
T-W-2Kolinearność genomów traw i jej konsekwencje dla metodologii badań1
T-W-3Rozmieszczenie genów w genomach traw na podstawie skonstruowanych map genetycznych1
T-W-4Wielość kopii genu w genomie i obecność rodzin wielogenowych1
T-W-5Architektura genomowa cech mierzalnych na podstawie analizy QTL1
T-W-6Architektura genomowa cech mierzalnych na podstawie analizy metodą BSG1
T-W-7Plastyczność genomów roślinnych w warunkach krzyżowań oddalonych i w kulturach in vitro1
T-W-8Globalne zmiany ekspresji genów w odpowiedzi na stres suszy, zasolenia i chłodu1
T-W-9Linie introgresywne jako narzędzie badania genomów roślin1
T-W-10Zmiany ekspresji genów w fazach rozwojowych roślin1
T-W-11Ekspresja genów związana z odpornością na porastanie żyta1
T-W-12Zmiany genomowe ekspresji genów pod wpływem transformacji roślin1
T-W-13Zmiany ekspresji genów związane z tolerancją roślin na niedobory pokarmowe1
T-W-14Zmiany ekspresji genów pod wpływem herbicydów1
T-W-15Genomika szlaków metabolicznych1
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-A-2Opracowanie zagadnień z wybranych publikacji naukowych w formie referatu15
A-A-3praca własna z literaturą naukową na temat zagadnień omawianych na ćwiczeniach12
A-A-4zaliczenie ćwiczeń3
45
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w wykładach15
A-W-2Samodzielna praca studenta na bazie podręcznika, notatek z wykładów16
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia12
A-W-4Zaliczenie wykładów2
45

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1wykład informacyjny
M-2prezentacje multimedialne z użyciem komputera i rzutnika
M-3metoda aktywizacyjna: student opracowuje i przedstawiw na forum grupy referat na bazie przestudiowania oryginalnych angielskojęzycznych publikacjach naukowych ilustrujących zagadnienia poruszane na ćwiczeniach

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Test pisemny złożony z 15 pytań szczegółowych z zakresu wiedzy podanej na wykładach
S-2Ocena podsumowująca: ocena referatu prezentowanego przez studenta na ćwiczeniach
S-3Ocena podsumowująca: Test pisemny z zakresu wiedzy omawianej na ćwiczeniach

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTR-S-C5_W01
student potrafi opisać metody genomiki roślin i podać przykłady ich zastosowań w badaniach nad genomami roślin
BT_2A_W07C-1T-A-3, T-A-1, T-A-5, T-A-6, T-A-2, T-A-4, T-A-7, T-W-9, T-W-10, T-W-11, T-W-12, T-W-13, T-W-14, T-W-15, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-5, T-W-6, T-W-4, T-W-7, T-W-8M-1, M-2, M-3S-3, S-1, S-2

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTR-S-C5_U01
posiada umiejętność analizowania i prezentowania metod i wyników współczesnych publikacji oryginalnych z zakresu genomiki roślin
BT_2A_U06C-1T-A-3, T-A-1, T-A-5, T-A-6, T-A-2, T-A-4, T-A-7M-2S-2

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTR-S-C5_K01
ma świadomość możliwości analitycznych współczesnych metod genomiki
BT_2A_K02C-1T-A-3, T-A-1, T-A-5, T-A-6, T-A-2, T-A-4, T-A-7, T-W-9, T-W-10, T-W-11, T-W-12, T-W-13, T-W-14, T-W-15, T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-5, T-W-6, T-W-4, T-W-7, T-W-8M-2, M-3S-3, S-2

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTR-S-C5_W01
student potrafi opisać metody genomiki roślin i podać przykłady ich zastosowań w badaniach nad genomami roślin
2,0student wykazuje brak wiedzy na temat metod genomiki roślin i przykładów jej analizy
3,0student wykazuje podstawową wiedzę na temat metod genomiki roślin i zna jakiekolwiek przykłady ich zastosowań
3,5student wykazuje podstawową wiedzę na temat metod genomiki roślin i podaje kilka przykładów wykorzystania tych metod w badaniach genomicznych roślin
4,0student ma wiedzę na temat większości metod genomiki roslin omawianych na zajęciach i większości omawianych zastosowań
4,5student ma wiedzę na temat wszystkich metod genomiki roślin omawianych na zajęciach i większości omawianych zastosowań
5,0student ma dogłębna wiedzę na temat metod genomiki roślin i wszystkich omawianych zastosowań

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTR-S-C5_U01
posiada umiejętność analizowania i prezentowania metod i wyników współczesnych publikacji oryginalnych z zakresu genomiki roślin
2,0Nie umie zaprezentować metod i wyników badań z oryginalnych publikacji naukowych z dziedziny genomiki
3,0umie prezentować wybrane metody i wyniki z publikacji naukowych z dziedziny genomiki roślin
3,5umie prezentować większość metod i wyników badań z publikacji z dziedziny genomiki roślin
4,0potrafi prezentować i dyskutować metody i wyniki badań z publikacji z dziedziny genomiki roślin
4,5potrafi samodzielnie interpretować wyniki i metody badań z publikacji z dziedziny genomiki roślin
5,0potrafi przedstawić i krytycznie odnieść się do wyników i metod prezentowanych w publikacjach naukowych z dziedziny genomiki roślin

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTR-S-C5_K01
ma świadomość możliwości analitycznych współczesnych metod genomiki
2,0nie ma świadomości możliwości analitycznych współczesnych metod genomiki roślin
3,0wykazuje świadomość mozliwości analitycznych wybranych metod genomiki roslin
3,5wykazuje świadomośc mozliwości analitycznych wielu metod genomiki roślin
4,0wykazuje świadomość możliwości analitycznych większości metod genomiki roślin
4,5wykazuje świadomość możliwości analitycznych wszystkich omawianych metod genomiki roślin
5,0ma świadomość możliwości analitycznych wszystkich omawianych metod genomiki roślin i ich przydatności w rozwiązywaniu konkretnych problemów badawczych

Literatura podstawowa

  1. T.A. Brown, Genomy, Wydawnictwo naukowe PWN, Warszawa, 2009

Literatura dodatkowa

  1. Zespoły badawcze z całego świata, Bieżące publikacje naukowe oryginalnych prac z dziedziny genomiki roślin, różne, czasopisma angielskojęzyczne, 2011

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Porównanie map genetycznych genomów zbóż2
T-A-2Porównanie sekwencji genomów odrębnych geograficznie linii ogórka2
T-A-3Analiza architektury genomowej cech użytkowych roślin uprawnych3
T-A-4Zasady konstruowania mikromacierzy DNA2
T-A-5Przykłady wykorzystania mikromacierzy DNA w analizie genomów roślin2
T-A-6Zasady konstruowania mikromacierzy na bazie cDNA2
T-A-7Przykłady wykorzystania mikromacierzy na bazie sekwencji cDNA w analizie ekspresji genów2
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Struktura i wielkość genomów Arabidopsis, ryżu, ogórka jako roślin modelowych1
T-W-2Kolinearność genomów traw i jej konsekwencje dla metodologii badań1
T-W-3Rozmieszczenie genów w genomach traw na podstawie skonstruowanych map genetycznych1
T-W-4Wielość kopii genu w genomie i obecność rodzin wielogenowych1
T-W-5Architektura genomowa cech mierzalnych na podstawie analizy QTL1
T-W-6Architektura genomowa cech mierzalnych na podstawie analizy metodą BSG1
T-W-7Plastyczność genomów roślinnych w warunkach krzyżowań oddalonych i w kulturach in vitro1
T-W-8Globalne zmiany ekspresji genów w odpowiedzi na stres suszy, zasolenia i chłodu1
T-W-9Linie introgresywne jako narzędzie badania genomów roślin1
T-W-10Zmiany ekspresji genów w fazach rozwojowych roślin1
T-W-11Ekspresja genów związana z odpornością na porastanie żyta1
T-W-12Zmiany genomowe ekspresji genów pod wpływem transformacji roślin1
T-W-13Zmiany ekspresji genów związane z tolerancją roślin na niedobory pokarmowe1
T-W-14Zmiany ekspresji genów pod wpływem herbicydów1
T-W-15Genomika szlaków metabolicznych1
15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-A-2Opracowanie zagadnień z wybranych publikacji naukowych w formie referatu15
A-A-3praca własna z literaturą naukową na temat zagadnień omawianych na ćwiczeniach12
A-A-4zaliczenie ćwiczeń3
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w wykładach15
A-W-2Samodzielna praca studenta na bazie podręcznika, notatek z wykładów16
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia12
A-W-4Zaliczenie wykładów2
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTR-S-C5_W01student potrafi opisać metody genomiki roślin i podać przykłady ich zastosowań w badaniach nad genomami roślin
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W07wykazuje pogłębioną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska
Cel przedmiotuC-1wyjaśnienie metodologii i osiągnięć współczesnej genomiki roślin
Treści programoweT-A-3Analiza architektury genomowej cech użytkowych roślin uprawnych
T-A-1Porównanie map genetycznych genomów zbóż
T-A-5Przykłady wykorzystania mikromacierzy DNA w analizie genomów roślin
T-A-6Zasady konstruowania mikromacierzy na bazie cDNA
T-A-2Porównanie sekwencji genomów odrębnych geograficznie linii ogórka
T-A-4Zasady konstruowania mikromacierzy DNA
T-A-7Przykłady wykorzystania mikromacierzy na bazie sekwencji cDNA w analizie ekspresji genów
T-W-9Linie introgresywne jako narzędzie badania genomów roślin
T-W-10Zmiany ekspresji genów w fazach rozwojowych roślin
T-W-11Ekspresja genów związana z odpornością na porastanie żyta
T-W-12Zmiany genomowe ekspresji genów pod wpływem transformacji roślin
T-W-13Zmiany ekspresji genów związane z tolerancją roślin na niedobory pokarmowe
T-W-14Zmiany ekspresji genów pod wpływem herbicydów
T-W-15Genomika szlaków metabolicznych
T-W-1Struktura i wielkość genomów Arabidopsis, ryżu, ogórka jako roślin modelowych
T-W-2Kolinearność genomów traw i jej konsekwencje dla metodologii badań
T-W-3Rozmieszczenie genów w genomach traw na podstawie skonstruowanych map genetycznych
T-W-5Architektura genomowa cech mierzalnych na podstawie analizy QTL
T-W-6Architektura genomowa cech mierzalnych na podstawie analizy metodą BSG
T-W-4Wielość kopii genu w genomie i obecność rodzin wielogenowych
T-W-7Plastyczność genomów roślinnych w warunkach krzyżowań oddalonych i w kulturach in vitro
T-W-8Globalne zmiany ekspresji genów w odpowiedzi na stres suszy, zasolenia i chłodu
Metody nauczaniaM-1wykład informacyjny
M-2prezentacje multimedialne z użyciem komputera i rzutnika
M-3metoda aktywizacyjna: student opracowuje i przedstawiw na forum grupy referat na bazie przestudiowania oryginalnych angielskojęzycznych publikacjach naukowych ilustrujących zagadnienia poruszane na ćwiczeniach
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Test pisemny z zakresu wiedzy omawianej na ćwiczeniach
S-1Ocena podsumowująca: Test pisemny złożony z 15 pytań szczegółowych z zakresu wiedzy podanej na wykładach
S-2Ocena podsumowująca: ocena referatu prezentowanego przez studenta na ćwiczeniach
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0student wykazuje brak wiedzy na temat metod genomiki roślin i przykładów jej analizy
3,0student wykazuje podstawową wiedzę na temat metod genomiki roślin i zna jakiekolwiek przykłady ich zastosowań
3,5student wykazuje podstawową wiedzę na temat metod genomiki roślin i podaje kilka przykładów wykorzystania tych metod w badaniach genomicznych roślin
4,0student ma wiedzę na temat większości metod genomiki roslin omawianych na zajęciach i większości omawianych zastosowań
4,5student ma wiedzę na temat wszystkich metod genomiki roślin omawianych na zajęciach i większości omawianych zastosowań
5,0student ma dogłębna wiedzę na temat metod genomiki roślin i wszystkich omawianych zastosowań
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTR-S-C5_U01posiada umiejętność analizowania i prezentowania metod i wyników współczesnych publikacji oryginalnych z zakresu genomiki roślin
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U06dokonuje wszechstronnej analizy molekularnych podstaw ewolucji, a także czynników oddziałujących na funkcjonowanie genomu oraz transkryptomu; analizuje czynniki wpływające na zmienność organizmu
Cel przedmiotuC-1wyjaśnienie metodologii i osiągnięć współczesnej genomiki roślin
Treści programoweT-A-3Analiza architektury genomowej cech użytkowych roślin uprawnych
T-A-1Porównanie map genetycznych genomów zbóż
T-A-5Przykłady wykorzystania mikromacierzy DNA w analizie genomów roślin
T-A-6Zasady konstruowania mikromacierzy na bazie cDNA
T-A-2Porównanie sekwencji genomów odrębnych geograficznie linii ogórka
T-A-4Zasady konstruowania mikromacierzy DNA
T-A-7Przykłady wykorzystania mikromacierzy na bazie sekwencji cDNA w analizie ekspresji genów
Metody nauczaniaM-2prezentacje multimedialne z użyciem komputera i rzutnika
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: ocena referatu prezentowanego przez studenta na ćwiczeniach
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Nie umie zaprezentować metod i wyników badań z oryginalnych publikacji naukowych z dziedziny genomiki
3,0umie prezentować wybrane metody i wyniki z publikacji naukowych z dziedziny genomiki roślin
3,5umie prezentować większość metod i wyników badań z publikacji z dziedziny genomiki roślin
4,0potrafi prezentować i dyskutować metody i wyniki badań z publikacji z dziedziny genomiki roślin
4,5potrafi samodzielnie interpretować wyniki i metody badań z publikacji z dziedziny genomiki roślin
5,0potrafi przedstawić i krytycznie odnieść się do wyników i metod prezentowanych w publikacjach naukowych z dziedziny genomiki roślin
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_2A_BTR-S-C5_K01ma świadomość możliwości analitycznych współczesnych metod genomiki
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_K02wykazuje zrozumienie procesów biotechnologicznych wykorzystywanych w różnych obszarach działalności człowieka; interpretuje i opisuje te procesy wykorzystując podejście naukowe
Cel przedmiotuC-1wyjaśnienie metodologii i osiągnięć współczesnej genomiki roślin
Treści programoweT-A-3Analiza architektury genomowej cech użytkowych roślin uprawnych
T-A-1Porównanie map genetycznych genomów zbóż
T-A-5Przykłady wykorzystania mikromacierzy DNA w analizie genomów roślin
T-A-6Zasady konstruowania mikromacierzy na bazie cDNA
T-A-2Porównanie sekwencji genomów odrębnych geograficznie linii ogórka
T-A-4Zasady konstruowania mikromacierzy DNA
T-A-7Przykłady wykorzystania mikromacierzy na bazie sekwencji cDNA w analizie ekspresji genów
T-W-9Linie introgresywne jako narzędzie badania genomów roślin
T-W-10Zmiany ekspresji genów w fazach rozwojowych roślin
T-W-11Ekspresja genów związana z odpornością na porastanie żyta
T-W-12Zmiany genomowe ekspresji genów pod wpływem transformacji roślin
T-W-13Zmiany ekspresji genów związane z tolerancją roślin na niedobory pokarmowe
T-W-14Zmiany ekspresji genów pod wpływem herbicydów
T-W-15Genomika szlaków metabolicznych
T-W-1Struktura i wielkość genomów Arabidopsis, ryżu, ogórka jako roślin modelowych
T-W-2Kolinearność genomów traw i jej konsekwencje dla metodologii badań
T-W-3Rozmieszczenie genów w genomach traw na podstawie skonstruowanych map genetycznych
T-W-5Architektura genomowa cech mierzalnych na podstawie analizy QTL
T-W-6Architektura genomowa cech mierzalnych na podstawie analizy metodą BSG
T-W-4Wielość kopii genu w genomie i obecność rodzin wielogenowych
T-W-7Plastyczność genomów roślinnych w warunkach krzyżowań oddalonych i w kulturach in vitro
T-W-8Globalne zmiany ekspresji genów w odpowiedzi na stres suszy, zasolenia i chłodu
Metody nauczaniaM-2prezentacje multimedialne z użyciem komputera i rzutnika
M-3metoda aktywizacyjna: student opracowuje i przedstawiw na forum grupy referat na bazie przestudiowania oryginalnych angielskojęzycznych publikacjach naukowych ilustrujących zagadnienia poruszane na ćwiczeniach
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Test pisemny z zakresu wiedzy omawianej na ćwiczeniach
S-2Ocena podsumowująca: ocena referatu prezentowanego przez studenta na ćwiczeniach
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0nie ma świadomości możliwości analitycznych współczesnych metod genomiki roślin
3,0wykazuje świadomość mozliwości analitycznych wybranych metod genomiki roslin
3,5wykazuje świadomośc mozliwości analitycznych wielu metod genomiki roślin
4,0wykazuje świadomość możliwości analitycznych większości metod genomiki roślin
4,5wykazuje świadomość możliwości analitycznych wszystkich omawianych metod genomiki roślin
5,0ma świadomość możliwości analitycznych wszystkich omawianych metod genomiki roślin i ich przydatności w rozwiązywaniu konkretnych problemów badawczych