Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa - Mikrobiologia stosowana (S2)

Sylabus przedmiotu Bioinformatyka:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Mikrobiologia stosowana
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów nauki rolnicze, leśne i weterynaryjne, studia inżynierskie
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Bioinformatyka
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Zakład Inżynierii Procesowej i Maszynoznawstwa
Nauczyciel odpowiedzialny Jerzy Balejko <Jerzy.Balejko@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Jerzy Balejko <Jerzy.Balejko@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 6 Grupa obieralna 1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
wykładyW2 15 1,00,50zaliczenie
laboratoriaL2 15 1,00,50zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Podstawowa wiedza z zakresu technologii informacyjnych

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Zapoznanie się z narzedziami i metodami komputerowymi w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
C-2Nabycie umiejętności tworzenia modeli matematycznych pozwalających w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
C-3Zaznajomienie z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu2
T-L-2Wprowadzenie do baz danych2
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych2
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych4
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych3
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych2
15
wykłady
T-W-1Podstawy Internetu2
T-W-2Protokoły Internetowe2
T-W-3Usługi Internetowe2
T-W-4Bazy danych sekwencji1
T-W-5Bazy danych struktur molekularnych1
T-W-6Mapowanie genów1
T-W-7Bazy danych map1
T-W-8Pobieranie informacji z biologicznych baz danych1
T-W-9Dopasowywanie sekwencji1
T-W-10Analiza porównawcza genomów2
T-W-11Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek1
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Uczestnictwo w ćwiczeniach laboratoryjnych15
A-L-2konsultacje z prowadzacym5
A-L-3Opanowanie podstaw języka PERL10
30
wykłady
A-W-1uczestnictwo w wykładach15
A-W-2Samodzielna praca15
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
S-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie zadań samodzielnie wykonywanych w trakcie ćwiczeń laboratoryjnych
S-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczające wykłady

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_PO4-1_W01
Posiada wiedzę o narzedziach i metodach komputerowych stosowanych w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
MS_2A_W01C-1T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-W-10, T-W-11, T-W-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-1M-1, M-2S-2, S-3, S-1

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_PO4-1_U01
Potrafi tworzyć modele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
MS_2A_U03, MS_2A_U05C-2T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-W-10, T-W-11, T-W-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-1M-1, M-2S-2, S-1
MS_2A_PO4-1_U02
Jest zaznajomiony z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji
MS_2A_U03, MS_2A_U05C-3T-W-4, T-W-5, T-W-7, T-L-2, T-L-4, T-L-5, T-L-6M-1, M-2S-2, S-3, S-1

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_PO4-1_K01
Jest zorientowany na ciągłe rozszerzanie zdobytej wiedzy
MS_2A_K01C-1, C-2, C-3T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-8, T-W-9, T-W-10, T-W-11, T-W-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-1M-1, M-2S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
MS_2A_PO4-1_W01
Posiada wiedzę o narzedziach i metodach komputerowych stosowanych w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
2,0
3,0Student posiada zadowalającą wiedzę o narzedziach i metodach komputerowych stosowanych w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne, ale z licznymi brakami
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
MS_2A_PO4-1_U01
Potrafi tworzyć modele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
2,0
3,0Student w zadowalającym stopniu potrafi tworzyćmodele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych, ale z licznymi brakami
3,5
4,0
4,5
5,0
MS_2A_PO4-1_U02
Jest zaznajomiony z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji
2,0
3,0Student w zadowalającym stopniu jest zaznajomiony z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji, ale z licznymi brakami
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
MS_2A_PO4-1_K01
Jest zorientowany na ciągłe rozszerzanie zdobytej wiedzy
2,0
3,0Student w zadowalającym stopniu chce rozszerzać zdobytą wiedzę
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Baxevanisa A D, Ouellette'a, Bioinformatyka, PWN, Warszawa, 2005
  2. P.G. Higgs, T.K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna., PWN, 2008

Literatura dodatkowa

  1. Żródła internetowe podane przez prowadzącego, 2013

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu2
T-L-2Wprowadzenie do baz danych2
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych2
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych4
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych3
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych2
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Podstawy Internetu2
T-W-2Protokoły Internetowe2
T-W-3Usługi Internetowe2
T-W-4Bazy danych sekwencji1
T-W-5Bazy danych struktur molekularnych1
T-W-6Mapowanie genów1
T-W-7Bazy danych map1
T-W-8Pobieranie informacji z biologicznych baz danych1
T-W-9Dopasowywanie sekwencji1
T-W-10Analiza porównawcza genomów2
T-W-11Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek1
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Uczestnictwo w ćwiczeniach laboratoryjnych15
A-L-2konsultacje z prowadzacym5
A-L-3Opanowanie podstaw języka PERL10
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1uczestnictwo w wykładach15
A-W-2Samodzielna praca15
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaMS_2A_PO4-1_W01Posiada wiedzę o narzedziach i metodach komputerowych stosowanych w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_W01Ma poszerzoną wiedzę w zakresie metod statystycznych, technik informatycznych i bioinformatyki wykorzystywanych w naukach rolniczych i pokrewnych
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie się z narzedziami i metodami komputerowymi w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
Treści programoweT-W-2Protokoły Internetowe
T-W-3Usługi Internetowe
T-W-4Bazy danych sekwencji
T-W-5Bazy danych struktur molekularnych
T-W-6Mapowanie genów
T-W-7Bazy danych map
T-W-8Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-9Dopasowywanie sekwencji
T-W-10Analiza porównawcza genomów
T-W-11Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek
T-W-1Podstawy Internetu
T-L-2Wprowadzenie do baz danych
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie zadań samodzielnie wykonywanych w trakcie ćwiczeń laboratoryjnych
S-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczające wykłady
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student posiada zadowalającą wiedzę o narzedziach i metodach komputerowych stosowanych w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne, ale z licznymi brakami
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaMS_2A_PO4-1_U01Potrafi tworzyć modele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_U03Potrafi dobrać właściwe procedury i metody analityczne. Potrafi wykorzystać w praktyce podstawowe i specjalistyczne techniki i narzędzia badawcze właściwe dla mikrobiologii stosowanej i nauk pokrewnych.
MS_2A_U05Posiada umiejętność wprowadzenia systemów zarządzania i normalizacji. Potrafi wykorzystać praktycznie wiedzę z zkresu prawa chroniącego własność intelektualną i prawa pracy. Umie przeprowadzić analizy statystyczne wykorzystane w naukach rolniczych.
Cel przedmiotuC-2Nabycie umiejętności tworzenia modeli matematycznych pozwalających w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
Treści programoweT-W-2Protokoły Internetowe
T-W-3Usługi Internetowe
T-W-4Bazy danych sekwencji
T-W-5Bazy danych struktur molekularnych
T-W-6Mapowanie genów
T-W-7Bazy danych map
T-W-8Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-9Dopasowywanie sekwencji
T-W-10Analiza porównawcza genomów
T-W-11Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek
T-W-1Podstawy Internetu
T-L-2Wprowadzenie do baz danych
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie zadań samodzielnie wykonywanych w trakcie ćwiczeń laboratoryjnych
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student w zadowalającym stopniu potrafi tworzyćmodele matematyczne pozwalające w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych, ale z licznymi brakami
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaMS_2A_PO4-1_U02Jest zaznajomiony z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_U03Potrafi dobrać właściwe procedury i metody analityczne. Potrafi wykorzystać w praktyce podstawowe i specjalistyczne techniki i narzędzia badawcze właściwe dla mikrobiologii stosowanej i nauk pokrewnych.
MS_2A_U05Posiada umiejętność wprowadzenia systemów zarządzania i normalizacji. Potrafi wykorzystać praktycznie wiedzę z zkresu prawa chroniącego własność intelektualną i prawa pracy. Umie przeprowadzić analizy statystyczne wykorzystane w naukach rolniczych.
Cel przedmiotuC-3Zaznajomienie z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji
Treści programoweT-W-4Bazy danych sekwencji
T-W-5Bazy danych struktur molekularnych
T-W-7Bazy danych map
T-L-2Wprowadzenie do baz danych
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: Zaliczenie zadań samodzielnie wykonywanych w trakcie ćwiczeń laboratoryjnych
S-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczające wykłady
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student w zadowalającym stopniu jest zaznajomiony z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji, ale z licznymi brakami
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaMS_2A_PO4-1_K01Jest zorientowany na ciągłe rozszerzanie zdobytej wiedzy
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_K01Rozumie potrzebę ciągłego dokształcania się i konieczności podnoszenia kompetencji zawodowych. Wyznacza kierunki własnego rozwoju i kształcenia (trzeciego stopnia, studia podyplomowe, kursy)
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie się z narzedziami i metodami komputerowymi w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne
C-2Nabycie umiejętności tworzenia modeli matematycznych pozwalających w precyzyjny sposób przewidzieć zachowania złożonych systemów biologicznych
C-3Zaznajomienie z bazami danych, sposobem ich funkcjonowania i wyszukiwania informacji
Treści programoweT-W-2Protokoły Internetowe
T-W-3Usługi Internetowe
T-W-4Bazy danych sekwencji
T-W-5Bazy danych struktur molekularnych
T-W-6Mapowanie genów
T-W-7Bazy danych map
T-W-8Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-9Dopasowywanie sekwencji
T-W-10Analiza porównawcza genomów
T-W-11Metody przewidywania wykorzystujące sekwencje białek
T-W-1Podstawy Internetu
T-L-2Wprowadzenie do baz danych
T-L-3Pozyskiwanie informacji i łączność ze zdalną baza danych
T-L-4Wprowadzanie sekwencji DNA do baz danych
T-L-5Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-L-6Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych
T-L-1Internet - podłączenie i konfiguracja sprzętu
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny z prezentacją multimedialną
M-2Laboratoria komputerowe
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności na ćwiczeniach laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student w zadowalającym stopniu chce rozszerzać zdobytą wiedzę
3,5
4,0
4,5
5,0