Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
Sylabus przedmiotu Genomics and transcriptomics:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biotechnologia | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister inżynier | ||
| Obszary studiów | nauki rolnicze, leśne i weterynaryjne, studia inżynierskie | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Genomics and transcriptomics | ||
| Specjalność | Biotechnology in animal production and environmental protection | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Genetyki | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | Magdalena Jędrzejczak-Silicka <mjedrzejczak@zut.edu.pl>, Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>, Iwona Szatkowska <Iwona.Szatkowska@zut.edu.pl> | ||
| ECTS (planowane) | 4,0 | ECTS (formy) | 4,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | angielski |
| Blok obieralny | — | Grupa obieralna | — |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Knowledge in the area of molecular genetics and genetic engineering |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Presentation of issues associated with genome analysis |
| C-2 | Introduction to genomes projects and methods of their accomplishment |
| C-3 | Familiarizing with the databases as a way of genomes analysis results |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Functional genomics - aims and methods | 1 |
| T-A-2 | Methods for DNA fragments and whole genomes sequencing | 2 |
| T-A-3 | Retrotransposon-based markers | 2 |
| T-A-4 | Genome-wide association and linkage studies | 2 |
| T-A-5 | Projects of genomes analysis | 2 |
| T-A-6 | Physical and genetic mapping | 2 |
| T-A-7 | Post-transcriptional modifications of RNA | 4 |
| 15 | ||
| laboratoria | ||
| T-L-1 | Plasmid DNA isolation | 2 |
| T-L-2 | Design of restriction map. Restriction analysis. | 4 |
| T-L-3 | Mitochondrial DNA isolation and analysis (D-LOOP) | 4 |
| T-L-4 | Isolation of total RNA, methods for purification, analysis of isolates | 2 |
| T-L-5 | Methods for RNA transcripts analysis | 3 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Genomics development, basic terms, research areas, main genomic projects | 2 |
| T-W-2 | Study of genomes structure in different organisms. Methods for genes recognition. | 2 |
| T-W-3 | Study of functional DNA elements in genomes | 2 |
| T-W-4 | Molecular basis of genomes evolution | 2 |
| T-W-5 | RNA classess - features, functions | 2 |
| T-W-6 | Comparative analysis of transcripts derived from different animal tissues | 2 |
| T-W-7 | Transcription factors and their role in tissue-specific expression | 3 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | Attend the classes | 15 |
| A-A-2 | Consultation with the teacher | 6 |
| A-A-3 | Individual preparing for examination | 20 |
| A-A-4 | Written examination | 4 |
| 45 | ||
| laboratoria | ||
| A-L-1 | Attend the laboratory classes | 15 |
| A-L-2 | Study of given literature | 6 |
| A-L-3 | Consultation with the teacher | 2 |
| A-L-4 | Individual preparing for examination | 6 |
| A-L-5 | Written examination | 1 |
| 30 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Attend the lectures | 15 |
| A-W-2 | Individual preparing for examination | 15 |
| A-W-3 | Consultation with the teacher | 6 |
| A-W-4 | Written examination | 4 |
| A-W-5 | Literature study | 5 |
| 45 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Lecture |
| M-2 | Multimedia presentation by use PC and projector |
| M-3 | Work in laboratory groups |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena formująca: Assessment of student activity and preparation for classes |
| S-2 | Ocena podsumowująca: Grade covering the lecture content |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-C5_W01 In the field of knowledge student explains issues of genomic sequences analysis; can define methods for human and animal genomes projects accomplishment | BTap_2A_W07 | — | — | C-3, C-1, C-2 | T-L-4, T-L-5, T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-1, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-1, T-W-2, T-W-4, T-W-3 | M-3, M-2, M-1 | S-1, S-2 |
| BT_2A_BTZ-A-C5_W02 Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy. | BTap_2A_W07 | — | — | C-3, C-1, C-2 | T-L-4, T-L-5, T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-1, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-1, T-W-2, T-W-4, T-W-3 | M-3, M-2, M-1 | S-1, S-2 |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-C5_U01 Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution | BTap_2A_U06 | — | — | C-1, C-2 | T-W-2, T-W-4, T-W-3 | M-3, M-2, M-1 | S-1 |
| BT_2A_BTZ-A-C5_U02 Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach. | BTap_2A_U06 | — | — | C-3, C-1, C-2 | T-L-4, T-L-5, T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-A-2, T-A-3, T-A-4, T-A-5, T-A-1, T-W-5, T-W-6, T-W-7 | M-3, M-2 | S-1 |
Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-C5_K01 Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context. | BTap_2A_K05 | — | — | C-3, C-1, C-2 | T-A-1, T-W-1, T-W-2, T-W-4, T-W-3 | M-3 | S-1 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-C5_W01 In the field of knowledge student explains issues of genomic sequences analysis; can define methods for human and animal genomes projects accomplishment | 2,0 | Student does not have sufficient knowledge of the genomic sequences |
| 3,0 | Student explains the issues related to the analysis of genomic sequences. He can define methods for analysis the genomes of humans and animals. | |
| 3,5 | Student has sufficient knowledge about genomes projects of different species | |
| 4,0 | Student is able to define and explain issues related to the genomes projects | |
| 4,5 | Student has a wide and well-ordered knowledge concerning genomes of different species | |
| 5,0 | Student next to well-established knowledge can argue the selection of specific methods used in genomic projects | |
| BT_2A_BTZ-A-C5_W02 Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy. | 2,0 | Student nie posiada wystarczającej wiedzy z zakresu analizy ekspresji genów |
| 3,0 | Posiada wiedzę z zakresu z transkryptomiki pod kątem analizy ekspresji genów i badaniem ich struktury oraz funkcji. Zapoznał z mechanizmami warunkującymi ewolucję genomu, jego rearanżację i odpowiedź na stresy. | |
| 3,5 | Student posiada wystarczajacą wiedzę na temat mechanizmów warunkujących rearanżację genomu | |
| 4,0 | Student samodzielnie potrafi analizować poszczególne funkcje genomu | |
| 4,5 | Student ma szeroką i usystematyzowana wiedzą z zakresu z zakresu transkryptomiki pod kątem badan genomowych | |
| 5,0 | Student posiada bogatą wiedzę oraz potrafi wyciągać wnioski z przedstawianej analizy oraz rearanżacji genomu |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-C5_U01 Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution | 2,0 | |
| 3,0 | Student gained skills for holistic view into the genome, taking into consideartion its structure and function as well as aspects of evolution | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 | ||
| BT_2A_BTZ-A-C5_U02 Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach. | 2,0 | |
| 3,0 | Nabył umiejętności zaplanowania odpowiednich strategii badawczych dla poznania struktury genomu, jego funkcji i ewolucji. Poznał mechanizmy oraz czynniki zmniejszających stabilność genomu. Ponadto nabył miejętność zapoznania się z bazami danych zawierającymi zdeponowane dane o sekwencjach i genomach. | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BT_2A_BTZ-A-C5_K01 Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context. | 2,0 | |
| 3,0 | Student can create an active attitude, has the ability to analyze comprehensive look at the facts and see issues in a broad context. | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- Brown T.A., Genomes 3rd edition, Garland Science, 2006
- Starkey M., Elaswarapu R., Genomics: Essential Methods, John Wiley & Sons, Ltd, 2010