Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
specjalność: Biotechnologia w produkcji roślinnej z przedmiotami wyrównującymi efekty inżynierskie

Sylabus przedmiotu Bioinformatyka:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów nauk rolniczych, leśnych i weterynaryjnych, studiów inżynierskich
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Bioinformatyka
Specjalność Biotechnologia w produkcji roślinnej z przedmiotami wyrównującymi efekty inżynierskie
Jednostka prowadząca Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających
Nauczyciel odpowiedzialny Daniel Zaborski <Daniel.Zaborski@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 4,0 ECTS (formy) 4,0
Forma zaliczenia egzamin Język polski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
laboratoriaL2 30 2,70,41zaliczenie
wykładyW2 15 1,30,59egzamin

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu matematyki, biofizyki, biochemii

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Zapoznanie z zaawansowanymi metodami przeszukiwania biologicznych baz danych, zasadami dopasowywania sekwencji, zagadnieniami genomiki strukturalnej i funkcjonalnej, filogenetyki oraz bioinformatyki strukturalnej
C-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Zaawansowane metody wyszukiwania informacji w literaturowych biologicznych bazach danych6
T-L-2Przegląd systemów pobierania informacji z biologicznych baz danych3
T-L-3Projektowanie starterów do PCR. Analiza miejsc restrykcyjnych. Programy Primer3, NebCutter2
T-L-4Podstawy programowania w języku Python2
T-L-5Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i białek. BLAST2
T-L-6Wykorzystanie Biopythona w analizie sekwencji biologicznych2
T-L-7Wprowadzenie do programu R2
T-L-8Analiza danych mikromacierzowych w programie R oraz innych programach komputerowych4
T-L-9Przyrównywanie wielu sekwencji. Tworzenie drzew filogenetycznych. Program Mega4
T-L-10Przyrównywanie strukturalne białek2
T-L-11Wizualizacja makromolekuł1
30
wykłady
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu. Przegląd formatów rekordów biologicznych baz danych4
T-W-2Przyrównywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji2
T-W-3Analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów2
T-W-4Filogenetyka i drzewa filogenetyczne3
T-W-5Analiza ekspresji genów. Analiza danych mikromacierzowych2
T-W-6Wybrane zagadnienia bioinformatyki strukturalnej2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1uczestnictwo w zajęciach30
A-L-2Przygotowanie do ćwiczeń20
A-L-3Przygotowanie do zaliczenia26
A-L-4Zaliczenie praktyczne4
80
wykłady
A-W-1Udział studenta w wykładach15
A-W-2Samodzielne studiowanie tematyki wykładów11
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia10
A-W-4Pisemne zaliczenie wykładów2
38

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
M-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne wykładów
S-2Ocena formująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 1-7
S-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 8-15

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_null_W01
Student definuje pojęcie bioinformatyki, opisuje wybrane formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowywania sekwencji, charakteryzuje rodzaje map genomowych oraz metody sekwencjonowania, składania, opisywania i porównywania genomów, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy
BT_2A_W17R2A_W01, R2A_W09C-1T-W-1, T-W-2, T-W-3M-1, M-2S-1
BT_2A_null_W02
Student charakteryzuje podstawowe typy mikromacierzy, ich zastosowania oraz etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, charakteryzuje metody tworzenia oraz oceny drzew filogenetycznych, opisuje zasady przewidywania struktury drugorzędowej białek, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach
BT_2A_W17R2A_W01, R2A_W09C-1T-W-4, T-W-5, T-W-6M-1, M-2S-1

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_null_U01
Student stosuje zaawansowane metody przeszukiwania biologicznych baz danych, sprawnie posługuje się podstawowymi programami do analizy sekwencji biologicznych, stosuje podstawowe polecenia języka Python
BT_2A_U02R2A_U01, R2A_U03, R2A_U04InzA2_U01, InzA2_U02C-2T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4M-3S-2
BT_2A_null_U02
Student potrafi dokonywać analizy składniowej rekordów baz danych, tworzyć proste programy do analizy sekwencji kwasów nukleinowych i białek, wyszukać sekwencje podobne w bazach danych oraz dokonać dopasowania wielu sekwencji, utworzyć drzewo filogenetyczne na podstawie odpowiednio dobranych sekwencji i je zinterpretować
BT_2A_U02R2A_U01, R2A_U03, R2A_U04InzA2_U01, InzA2_U02C-2T-L-5, T-L-6, T-L-9M-3S-2, S-3
BT_2A_null_U03
Student stosuje podstawowe polecenia języka programowania R, wykorzystuje pakiet Bioconductor do przeprowadzenia wstępnej obróbki danych z mikromacierzy oraz do oceny jakości wyników eksperymentu mikromacierzowego, identyfikuje geny o zróżnicowanej ekspresji, tworzy heatmapy i je interpretuje, posługuje się programami do wizualizacji oraz przyrównywania struktur białek
BT_2A_U02R2A_U01, R2A_U03, R2A_U04InzA2_U01, InzA2_U02C-2T-L-7, T-L-8, T-L-10, T-L-11M-3S-3

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_null_K01
Student wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne w interpretowaniu zjawisk i procesów biologicznych, dając tym samym wyraz swojego przekonania o ich poznawalności
BT_2A_K02R2A_K04, R2A_K05InzA2_K01C-2T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-7, T-L-8, T-L-9, T-L-10, T-L-11M-1, M-2, M-3S-2, S-3
BT_2A_null_K02
Student jest świadom bogactwa informacji biologicznej dostępnej w internetowych bazach danych oraz wzrostu znaczenia narzędzi bioinformatycznych w przyszłości
BT_2A_K01R2A_K01, R2A_K07InzA2_K02C-2T-L-1, T-L-2, T-W-1, T-W-2M-1, M-2, M-3S-2
BT_2A_null_K03
Student jest zdolny do efektywnej pracy indywidualnej w oparciu o dostarczone materiały dydaktyczne i źródła informacji dostępne w Internecie
BT_2A_K05R2A_K03, R2A_K04InzA2_K02C-2T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5, T-L-6, T-L-7, T-L-8, T-L-9, T-L-10, T-L-11M-3S-2, S-3

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_null_W01
Student definuje pojęcie bioinformatyki, opisuje wybrane formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowywania sekwencji, charakteryzuje rodzaje map genomowych oraz metody sekwencjonowania, składania, opisywania i porównywania genomów, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy
2,0
3,0Student definiuje pojęcie bioinformatyki, dopasowania sekwencji, wymienia podstawowe programy do przeszukiwania baz danych sekwencji, opisuje rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, krótko charakteryzuje zadania genomiki porównawczej
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_null_W02
Student charakteryzuje podstawowe typy mikromacierzy, ich zastosowania oraz etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, charakteryzuje metody tworzenia oraz oceny drzew filogenetycznych, opisuje zasady przewidywania struktury drugorzędowej białek, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach
2,0
3,0Student wymienia podstawowe rodzaje mikromacierzy, etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, krótko charakteryzuje strukturę drzewa filogenetycznego, najważniejsze metody budowy i oceny jakości drzew filogenetycznych, wymienia i krótko opisuje algorytmy przewidywania struktury drugorzędowej białek
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_null_U01
Student stosuje zaawansowane metody przeszukiwania biologicznych baz danych, sprawnie posługuje się podstawowymi programami do analizy sekwencji biologicznych, stosuje podstawowe polecenia języka Python
2,0
3,0Student korzysta z zaawansowanych narzędzi przy przeszukiwaniu biologicznych baz danych oraz z podstawowych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych, stosuje podstawowe polecenia Pythona
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_null_U02
Student potrafi dokonywać analizy składniowej rekordów baz danych, tworzyć proste programy do analizy sekwencji kwasów nukleinowych i białek, wyszukać sekwencje podobne w bazach danych oraz dokonać dopasowania wielu sekwencji, utworzyć drzewo filogenetyczne na podstawie odpowiednio dobranych sekwencji i je zinterpretować
2,0
3,0Student stosuje podstawowe polecenia Biopythona przy tworzeniu prostych skryptów do analizy sekwencji kwasów nukleinowych i białek, korzysta z podstawowych opcji programów BLAST i Clustal przy przeszukiwaniu baz danych i dopasowywaniu wielu sekwencji, potrafi utworzyć drzewo filogenetyczne i je zinterpretować
3,5
4,0
4,5
5,0
BT_2A_null_U03
Student stosuje podstawowe polecenia języka programowania R, wykorzystuje pakiet Bioconductor do przeprowadzenia wstępnej obróbki danych z mikromacierzy oraz do oceny jakości wyników eksperymentu mikromacierzowego, identyfikuje geny o zróżnicowanej ekspresji, tworzy heatmapy i je interpretuje, posługuje się programami do wizualizacji oraz przyrównywania struktur białek
2,0
3,0Student stosuje podstawowe polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty w języku R, przeprowadzić wstępną obróbkę danych z mikromacierzy, identyfikować geny o zróżnicowanej ekspresji stosując odpowiednie metody statystyczne, tworzyć heatmapy i je interpretować
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Xiong J., Podstawy bioinformatyki, WUW, Warszawa, 2009
  2. Higgs P. G., Attwood T. K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2008
  3. Baxervanis A. D., Ouellette B. F. F. (red.), Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek, PWN, Warszawa, 2005

Literatura dodatkowa

  1. Hall B. G., Łatwe drzewa filogenetyczne. Poradnik użytkownika, WUW, Warszawa, 2008
  2. Westhead D. R., Parish J. H., Twyman R. M., Bioinformatics. Instant Notes, Taylor & Francis, London & New York, 2002

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Zaawansowane metody wyszukiwania informacji w literaturowych biologicznych bazach danych6
T-L-2Przegląd systemów pobierania informacji z biologicznych baz danych3
T-L-3Projektowanie starterów do PCR. Analiza miejsc restrykcyjnych. Programy Primer3, NebCutter2
T-L-4Podstawy programowania w języku Python2
T-L-5Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i białek. BLAST2
T-L-6Wykorzystanie Biopythona w analizie sekwencji biologicznych2
T-L-7Wprowadzenie do programu R2
T-L-8Analiza danych mikromacierzowych w programie R oraz innych programach komputerowych4
T-L-9Przyrównywanie wielu sekwencji. Tworzenie drzew filogenetycznych. Program Mega4
T-L-10Przyrównywanie strukturalne białek2
T-L-11Wizualizacja makromolekuł1
30

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu. Przegląd formatów rekordów biologicznych baz danych4
T-W-2Przyrównywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji2
T-W-3Analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów2
T-W-4Filogenetyka i drzewa filogenetyczne3
T-W-5Analiza ekspresji genów. Analiza danych mikromacierzowych2
T-W-6Wybrane zagadnienia bioinformatyki strukturalnej2
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1uczestnictwo w zajęciach30
A-L-2Przygotowanie do ćwiczeń20
A-L-3Przygotowanie do zaliczenia26
A-L-4Zaliczenie praktyczne4
80
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Udział studenta w wykładach15
A-W-2Samodzielne studiowanie tematyki wykładów11
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia10
A-W-4Pisemne zaliczenie wykładów2
38
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_null_W01Student definuje pojęcie bioinformatyki, opisuje wybrane formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowywania sekwencji, charakteryzuje rodzaje map genomowych oraz metody sekwencjonowania, składania, opisywania i porównywania genomów, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W17zna zaawansowane techniki bioinformatyczne i potrafi je wykorzystywać w zakresie biotechnologii
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_W01ma rozszerzoną wiedzę z zakresu biologii, chemii, matematyki, fizyki i nauk pokrewnych dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W09zna ogólne zasady tworzenia i rozwoju form indywidualnej przedsiębiorczości, wykorzystującej wiedzę z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie z zaawansowanymi metodami przeszukiwania biologicznych baz danych, zasadami dopasowywania sekwencji, zagadnieniami genomiki strukturalnej i funkcjonalnej, filogenetyki oraz bioinformatyki strukturalnej
Treści programoweT-W-1Wprowadzenie do przedmiotu. Przegląd formatów rekordów biologicznych baz danych
T-W-2Przyrównywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji
T-W-3Analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne wykładów
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student definiuje pojęcie bioinformatyki, dopasowania sekwencji, wymienia podstawowe programy do przeszukiwania baz danych sekwencji, opisuje rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania genomów, etapy składania sekwencji genomowych oraz adnotacji genomów, krótko charakteryzuje zadania genomiki porównawczej
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_null_W02Student charakteryzuje podstawowe typy mikromacierzy, ich zastosowania oraz etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, charakteryzuje metody tworzenia oraz oceny drzew filogenetycznych, opisuje zasady przewidywania struktury drugorzędowej białek, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W17zna zaawansowane techniki bioinformatyczne i potrafi je wykorzystywać w zakresie biotechnologii
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_W01ma rozszerzoną wiedzę z zakresu biologii, chemii, matematyki, fizyki i nauk pokrewnych dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W09zna ogólne zasady tworzenia i rozwoju form indywidualnej przedsiębiorczości, wykorzystującej wiedzę z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie z zaawansowanymi metodami przeszukiwania biologicznych baz danych, zasadami dopasowywania sekwencji, zagadnieniami genomiki strukturalnej i funkcjonalnej, filogenetyki oraz bioinformatyki strukturalnej
Treści programoweT-W-4Filogenetyka i drzewa filogenetyczne
T-W-5Analiza ekspresji genów. Analiza danych mikromacierzowych
T-W-6Wybrane zagadnienia bioinformatyki strukturalnej
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne wykładów
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student wymienia podstawowe rodzaje mikromacierzy, etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, krótko charakteryzuje strukturę drzewa filogenetycznego, najważniejsze metody budowy i oceny jakości drzew filogenetycznych, wymienia i krótko opisuje algorytmy przewidywania struktury drugorzędowej białek
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_null_U01Student stosuje zaawansowane metody przeszukiwania biologicznych baz danych, sprawnie posługuje się podstawowymi programami do analizy sekwencji biologicznych, stosuje podstawowe polecenia języka Python
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U02Umie zaplanować i analizować badania biotechnologiczne z wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_U01posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i twórczego wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U03rozumie i stosuje odpowiednie technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji z zakresu produkcji rolniczej i leśnej
R2A_U04samodzielnie planuje, przeprowadza, analizuje i ocenia poprawność wykonanego zadania z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_U01potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
InzA2_U02potrafi wykorzystać do formułowania i rozwiązywania zadań inżynierskich metody analityczne, symulacyjne oraz eksperymentalne
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-1Zaawansowane metody wyszukiwania informacji w literaturowych biologicznych bazach danych
T-L-2Przegląd systemów pobierania informacji z biologicznych baz danych
T-L-3Projektowanie starterów do PCR. Analiza miejsc restrykcyjnych. Programy Primer3, NebCutter
T-L-4Podstawy programowania w języku Python
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 1-7
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student korzysta z zaawansowanych narzędzi przy przeszukiwaniu biologicznych baz danych oraz z podstawowych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych, stosuje podstawowe polecenia Pythona
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_null_U02Student potrafi dokonywać analizy składniowej rekordów baz danych, tworzyć proste programy do analizy sekwencji kwasów nukleinowych i białek, wyszukać sekwencje podobne w bazach danych oraz dokonać dopasowania wielu sekwencji, utworzyć drzewo filogenetyczne na podstawie odpowiednio dobranych sekwencji i je zinterpretować
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U02Umie zaplanować i analizować badania biotechnologiczne z wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_U01posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i twórczego wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U03rozumie i stosuje odpowiednie technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji z zakresu produkcji rolniczej i leśnej
R2A_U04samodzielnie planuje, przeprowadza, analizuje i ocenia poprawność wykonanego zadania z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_U01potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
InzA2_U02potrafi wykorzystać do formułowania i rozwiązywania zadań inżynierskich metody analityczne, symulacyjne oraz eksperymentalne
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-5Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i białek. BLAST
T-L-6Wykorzystanie Biopythona w analizie sekwencji biologicznych
T-L-9Przyrównywanie wielu sekwencji. Tworzenie drzew filogenetycznych. Program Mega
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 1-7
S-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 8-15
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student stosuje podstawowe polecenia Biopythona przy tworzeniu prostych skryptów do analizy sekwencji kwasów nukleinowych i białek, korzysta z podstawowych opcji programów BLAST i Clustal przy przeszukiwaniu baz danych i dopasowywaniu wielu sekwencji, potrafi utworzyć drzewo filogenetyczne i je zinterpretować
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_null_U03Student stosuje podstawowe polecenia języka programowania R, wykorzystuje pakiet Bioconductor do przeprowadzenia wstępnej obróbki danych z mikromacierzy oraz do oceny jakości wyników eksperymentu mikromacierzowego, identyfikuje geny o zróżnicowanej ekspresji, tworzy heatmapy i je interpretuje, posługuje się programami do wizualizacji oraz przyrównywania struktur białek
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U02Umie zaplanować i analizować badania biotechnologiczne z wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_U01posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i twórczego wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U03rozumie i stosuje odpowiednie technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji z zakresu produkcji rolniczej i leśnej
R2A_U04samodzielnie planuje, przeprowadza, analizuje i ocenia poprawność wykonanego zadania z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_U01potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
InzA2_U02potrafi wykorzystać do formułowania i rozwiązywania zadań inżynierskich metody analityczne, symulacyjne oraz eksperymentalne
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-7Wprowadzenie do programu R
T-L-8Analiza danych mikromacierzowych w programie R oraz innych programach komputerowych
T-L-10Przyrównywanie strukturalne białek
T-L-11Wizualizacja makromolekuł
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 8-15
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student stosuje podstawowe polecenia języka R, potrafi importować/eksportować dane, tworzyć skrypty w języku R, przeprowadzić wstępną obróbkę danych z mikromacierzy, identyfikować geny o zróżnicowanej ekspresji stosując odpowiednie metody statystyczne, tworzyć heatmapy i je interpretować
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_null_K01Student wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne w interpretowaniu zjawisk i procesów biologicznych, dając tym samym wyraz swojego przekonania o ich poznawalności
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_K02wykazuje zrozumienie procesów biotechnologicznych wykorzystywanych w różnych obszarach działalności człowieka; interpretuje i opisuje te procesy wykorzystując podejście naukowe
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_K04prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu
R2A_K05ma świadomość znaczenia społecznej, zawodowej i etycznej odpowiedzialności za produkcję wysokiej jakości żywności, dobrostan zwierząt oraz kształtowanie i stan środowiska naturalnego
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_K01ma świadomość ważności i rozumie pozatechniczne aspekty i skutki działalności inżynierskiej, w tym jej wpływu na środowisko, i związanej z tym odpowiedzialności za podejmowane decyzje
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-1Zaawansowane metody wyszukiwania informacji w literaturowych biologicznych bazach danych
T-L-2Przegląd systemów pobierania informacji z biologicznych baz danych
T-L-3Projektowanie starterów do PCR. Analiza miejsc restrykcyjnych. Programy Primer3, NebCutter
T-L-4Podstawy programowania w języku Python
T-L-5Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i białek. BLAST
T-L-6Wykorzystanie Biopythona w analizie sekwencji biologicznych
T-L-7Wprowadzenie do programu R
T-L-8Analiza danych mikromacierzowych w programie R oraz innych programach komputerowych
T-L-9Przyrównywanie wielu sekwencji. Tworzenie drzew filogenetycznych. Program Mega
T-L-10Przyrównywanie strukturalne białek
T-L-11Wizualizacja makromolekuł
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
M-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 1-7
S-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 8-15
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_null_K02Student jest świadom bogactwa informacji biologicznej dostępnej w internetowych bazach danych oraz wzrostu znaczenia narzędzi bioinformatycznych w przyszłości
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_K01wykazuje potrzebę ciągłego podnoszenia wiedzy ogólnej i kierunkowej, ma świadomość celowości podnoszenia zdobytej wiedzy zarówno w działaniach zawodowych, jak i rozwoju osobistym
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_K01rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, potrafi inspirować i organizować proces uczenia się innych osób
R2A_K07ma świadomość potrzeby ukierunkowanego dokształcania i samodoskonalenia w zakresie wykonywanego zawodu
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_K02potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-1Zaawansowane metody wyszukiwania informacji w literaturowych biologicznych bazach danych
T-L-2Przegląd systemów pobierania informacji z biologicznych baz danych
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu. Przegląd formatów rekordów biologicznych baz danych
T-W-2Przyrównywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne
M-2Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora
M-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 1-7
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_null_K03Student jest zdolny do efektywnej pracy indywidualnej w oparciu o dostarczone materiały dydaktyczne i źródła informacji dostępne w Internecie
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_K05wykazuje zdyscyplinowanie w pracy indywidualnej; chętnie uczestniczy w pracy grupowej; potrafi kreatywnie planować i realizować działania własne i zespołowe
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_K03potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
R2A_K04prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_K02potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotuC-2Ukształtowanie umiejętności posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych
Treści programoweT-L-1Zaawansowane metody wyszukiwania informacji w literaturowych biologicznych bazach danych
T-L-2Przegląd systemów pobierania informacji z biologicznych baz danych
T-L-3Projektowanie starterów do PCR. Analiza miejsc restrykcyjnych. Programy Primer3, NebCutter
T-L-4Podstawy programowania w języku Python
T-L-5Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i białek. BLAST
T-L-6Wykorzystanie Biopythona w analizie sekwencji biologicznych
T-L-7Wprowadzenie do programu R
T-L-8Analiza danych mikromacierzowych w programie R oraz innych programach komputerowych
T-L-9Przyrównywanie wielu sekwencji. Tworzenie drzew filogenetycznych. Program Mega
T-L-10Przyrównywanie strukturalne białek
T-L-11Wizualizacja makromolekuł
Metody nauczaniaM-3Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 1-7
S-3Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych 8-15