Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Zootechnika (N1)

Sylabus przedmiotu Komputerowa analiza danych markerowych:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Zootechnika
Forma studiów studia niestacjonarne Poziom pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta inżynier
Obszary studiów nauk rolniczych, leśnych i weterynaryjnych, studiów inżynierskich
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Komputerowa analiza danych markerowych
Specjalność Hodowla koni i jeździectwo
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt
Nauczyciel odpowiedzialny Katarzyna Wojdak-Maksymiec <Katarzyna.Wojdak-Maksymiec@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 13 Grupa obieralna 2

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA7 7 1,00,41zaliczenie
wykładyW7 7 1,00,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Podstawy genetyki molekularnej
W-2Podstawy genetyki populacji

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Przedstawienie podstawowych metod genetyki populacji wykorzystywanych w poszukiwaniu markerów genetycznych
C-2Przedstawienie najważniejszych kierunków wykorzystania danych markerowych w różnych dziedzinach działalności człowieka
C-3Zaprentowanie możliwości i zagrożeń wynikających ze stosowania danych markerowych w praktyce

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Komputerowa analiza struktury genetycznej populacji - badanie frekwencji analizowanych genów, ustalanie skali nosicielstwa, ocena zgodności rozkładów. Szacowanie wskaźników konsolidacji genetycznej populacji i dystansu genetycznego pomiędzy populacjami.2
T-A-2Analiza rodowodu z wykorzystaniem dostępnych programów komputerowych. Kontrola pochodzenia zwierząt z wykorzystaniem markerów (szacowanie prawdopodobieństwa), obliczanie parametrów zróżnicowania genetycznego na podstawie informacji o loci markerowych: HET (heterogenity), PIC (polymorphic information content), PE (power of exclusion), PP (probability of paternity), TPI (typical paternity index).1
T-A-3Wykorzystanie statystycznych metod poszukiwania lokalizacji markerów QTL. Komputerowa analiza sprzężeń. Identyfikacja nosicieli zmutowanych alleli.1
T-A-4Szacowanie efektów addytywnych poligenicznych (tło genetyczne) i stałych środowiskowych. Szacowanie addytywnych i dominacyjnych efektów genów markerowych. Szacowania interakcji genów markerowych z innymi genami zaangażowanymi w warunkowanie cechy oraz czynnikami środowiska wewnętrznego i zewnętrznego.1
T-A-5Wykorzystanie dostępnego oprogramowania w szacowaniu wartości hodowlanej z uwzględnieniem loci markerowych. Wartość genomowa.2
7
wykłady
T-W-1Kierunki wykorzystania markerów w genetyce populacyjnej i hodowli zwierząt. Strategie poszukiwania loci markerowych o dużym efekcie działania QTL (Quantitative Traits Loci). Skanowanie genomu. Statystyczna analiza sprzężeń, nierównowaga genetyczna. Wykorzystywane programy komputerowe.2
T-W-2Geny funkcjonalne. Badania asocjacyjne - modele analizy wariancji i modele regresyjne oraz mieszane. Znaczenie epistazy i interakcji genotyp x środowisko w modelach służących poszukiwaniu markerów genetycznych. Czynniki zakłócające.2
T-W-3Metody wykorzystania markerów genetycznych w szacowaniu wartości hodowlanej i w selekcji. Dostępne oprogramowanie. Markerowa ocena zmian spowodowanych selekcją naturalną i sztuczną. Perspektywy wykorzystania informacji uzyskanych dzięki nowoczesnym technikom molekularnej analizy genomu (np. mikromacierzy DNA, sekwencjonowania) w hodowli zwierząt. Selekcja genomowa.2
T-W-4Pokrewieństwo markerowe. Metody wykorzystania markerów genetycznych w różnych systemach doboru do kojarzeń.1
7

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1uczestnictwo w zajęciach7
A-A-2samodzielna praca w domu15
A-A-3Indywidualne konsultacje z prowadzącym5
A-A-4zaliczenie i omówienie wyników3
30
wykłady
A-W-1uczestnictwo w zajęciach7
A-W-2samodzielne powtórzenie materiału15
A-W-3konsultacje indywidualne4
A-W-4zaliczenie i omówienie wyników4
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny
M-2ćwiczenia z użyciem komputera
M-3konsultacje indywidualne

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne
S-2Ocena formująca: zaliczenie praktyczne
S-3Ocena formująca: ocena aktywności na zajęciach

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
ZO_1A_ZOK-S-O111_W01
Zna podstawowe metody statystyczne stosowane w celu poszukiwania i praktycznego wykorzystanie markerów genetycznych
ZO_1A_W01, ZO_1A_W06R1A_W01, R1A_W04InzA_W02, InzA_W05C-1, C-3T-A-4, T-A-1, T-A-5, T-A-3, T-A-2, T-W-2, T-W-4, T-W-3, T-W-1M-2, M-1S-1, S-3

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
ZO_1A_ZOK-S-O111_U01
Potrafi przeprowadzić analizę populacyjną w celu poszukiwania markerów genetycznych
ZO_1A_U05R1A_U03InzA_U01C-1T-A-1, T-A-3, T-W-2, T-W-1M-2S-3, S-2
ZO_1A_ZOK-S-O111_U02
Potrafi oszacować parametry genetyczne w populacji w oparciu o dane markerowe
ZO_1A_U05R1A_U03InzA_U01C-1, C-3T-A-1, T-A-5, T-A-2, T-W-4M-3, M-2, M-1S-1, S-3, S-2

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
ZO_1A_ZOK-S-O111_K01
Ma świadomość możliwości wykorzystania w praktyce danych markerowych
ZO_1A_K03, ZO_1A_K06R1A_K03, R1A_K04, R1A_K05, R1A_K06, R1A_K07C-3, C-2T-A-5, T-A-3, T-W-3, T-W-1M-3, M-1S-1, S-3

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
ZO_1A_ZOK-S-O111_W01
Zna podstawowe metody statystyczne stosowane w celu poszukiwania i praktycznego wykorzystanie markerów genetycznych
2,0Student nie potrafi zdefiniować podstawowych pojęć, nie zna podstawowych pozycji literatury przedmiotu, wykazuje obojętność w stosunku do przekazywanej wiedzy, popełnia liczne błędy merytoryczne w zakresie wyrażania wiedzy
3,0Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
3,5Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
4,0Student opanował prawie cały materiał programowy, rozumie poprawnie całość zakresu materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe prawie dokładnie, wykazuje duże zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia sporadyczne błędy w zakresie wyrażania wiedzy
4,5Student opanował cały materiał programowy, rozumie wszystkie treści programowe, wykazuje duże zainteresowanie w stosunku do wiedzy, nie popełnia błędów w zakresie wyrażania wiedzy
5,0Student w zakresie wiedzy wykracza poza materiał programowy, rozumie wszystkie treści programowe, wykazuje duże zainteresowanie i ciekawość w stosunku do wiedzy, nie popełnia błędów w zakresie wyrażania wiedzy

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
ZO_1A_ZOK-S-O111_U01
Potrafi przeprowadzić analizę populacyjną w celu poszukiwania markerów genetycznych
2,0Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów tworzenia pracy, nie operuje wiedzą kontekstową
3,0Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów tworzenia pracy, nie operuje wiedzą kontekstową
3,5Student potrafi zidentyfikować i poradzić sobie, z nieznaczną pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
4,0Student potrafi zidentyfikować i samodzielnie radzi sobie z podstawowymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
4,5Student potrafi samodzielnie zidentyfikować i radzi sobie z podstawowymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania własnego przedsięwzięcia
5,0Student samodzielnie identyfikuje i rozwiązuje trudności związane z procesem przygotowania własnego przedsięwzięcia
ZO_1A_ZOK-S-O111_U02
Potrafi oszacować parametry genetyczne w populacji w oparciu o dane markerowe
2,0Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów tworzenia pracy, nie operuje wiedzą kontekstową
3,0Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów tworzenia pracy, nie operuje wiedzą kontekstową
3,5Student potrafi zidentyfikować i poradzić sobie, z nieznaczną pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
4,0Student potrafi zidentyfikować i samodzielnie radzi sobie z podstawowymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
4,5Student potrafi samodzielnie zidentyfikować i radzi sobie z podstawowymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania własnego przedsięwzięcia
5,0Student samodzielnie identyfikuje i rozwiązuje trudności związane z procesem przygotowania własnego przedsięwzięcia

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
ZO_1A_ZOK-S-O111_K01
Ma świadomość możliwości wykorzystania w praktyce danych markerowych
2,0student unika podejmowania działań, nie wykazuje inicjatywy, wykazuje postawę nieprzychylną wobec wszelkich poczynań prowadzącego
3,0student nie unika podejmowania działań, ale też nie podejmuje ich z własnej woli. Wykazuje postawę neutralną (obojętną) wobec poleceń prowadzącego
3,5student nie unika podejmowania działań, ale też nie podejmuje ich z własnej woli. Adaptuje się jednak do sytuacji dydaktycznych zaaranżowanych przez nauczyciela. Wykazuje postawę umiarkowanie przychylną wobec poczynań prowadzącego
4,0student dostosowuje się do sytuacji dydaktycznej, w jakiej się znalazł. Podejmuje działania z własnej woli, ale nie angażuje się spontanicznie
4,5student nie tylko dostosowuje się do sytuacji dydaktycznej, w jakiej się znalazł, ale i organizuje ją wykazując przy tym przychylną postawę wobec poczynań prowadzącego
5,0student samorzutnie rozpoczyna działania, kierując się przy tym pozytywną postawą wobec poczynań prowadzącego

Literatura podstawowa

  1. Bolesław Żuk, Heliodor Wierzbicki, Magdalena Zatoń-Dobrowolska, Genetyka populacji i metody hodowlane, Powszechne Wydawnictwo Rolnicze i Leśne, 2011
  2. Primrose S., Zasady Analizy Genomu, Wyd. Naukowo-Techniczne., Warszawa, 1999
  3. Brown T.A., Genomy, PWN, Warszawa, 2001
  4. Kurył J., Żukowski M., Markery genetyczne u zwierząt gospodarskich. W: Zwierzchowski L., Jaszczak K., Modliński J. (red.). Biotechnologia zwierząt., Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 1997

Literatura dodatkowa

  1. Falconer D.S., Mackay T.F.C., Introduction to quantitative genetics, ogman, 1996
  2. John C. Avise, Markery molekularne, historia naturalna i ewolucja, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2008

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Komputerowa analiza struktury genetycznej populacji - badanie frekwencji analizowanych genów, ustalanie skali nosicielstwa, ocena zgodności rozkładów. Szacowanie wskaźników konsolidacji genetycznej populacji i dystansu genetycznego pomiędzy populacjami.2
T-A-2Analiza rodowodu z wykorzystaniem dostępnych programów komputerowych. Kontrola pochodzenia zwierząt z wykorzystaniem markerów (szacowanie prawdopodobieństwa), obliczanie parametrów zróżnicowania genetycznego na podstawie informacji o loci markerowych: HET (heterogenity), PIC (polymorphic information content), PE (power of exclusion), PP (probability of paternity), TPI (typical paternity index).1
T-A-3Wykorzystanie statystycznych metod poszukiwania lokalizacji markerów QTL. Komputerowa analiza sprzężeń. Identyfikacja nosicieli zmutowanych alleli.1
T-A-4Szacowanie efektów addytywnych poligenicznych (tło genetyczne) i stałych środowiskowych. Szacowanie addytywnych i dominacyjnych efektów genów markerowych. Szacowania interakcji genów markerowych z innymi genami zaangażowanymi w warunkowanie cechy oraz czynnikami środowiska wewnętrznego i zewnętrznego.1
T-A-5Wykorzystanie dostępnego oprogramowania w szacowaniu wartości hodowlanej z uwzględnieniem loci markerowych. Wartość genomowa.2
7

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Kierunki wykorzystania markerów w genetyce populacyjnej i hodowli zwierząt. Strategie poszukiwania loci markerowych o dużym efekcie działania QTL (Quantitative Traits Loci). Skanowanie genomu. Statystyczna analiza sprzężeń, nierównowaga genetyczna. Wykorzystywane programy komputerowe.2
T-W-2Geny funkcjonalne. Badania asocjacyjne - modele analizy wariancji i modele regresyjne oraz mieszane. Znaczenie epistazy i interakcji genotyp x środowisko w modelach służących poszukiwaniu markerów genetycznych. Czynniki zakłócające.2
T-W-3Metody wykorzystania markerów genetycznych w szacowaniu wartości hodowlanej i w selekcji. Dostępne oprogramowanie. Markerowa ocena zmian spowodowanych selekcją naturalną i sztuczną. Perspektywy wykorzystania informacji uzyskanych dzięki nowoczesnym technikom molekularnej analizy genomu (np. mikromacierzy DNA, sekwencjonowania) w hodowli zwierząt. Selekcja genomowa.2
T-W-4Pokrewieństwo markerowe. Metody wykorzystania markerów genetycznych w różnych systemach doboru do kojarzeń.1
7

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1uczestnictwo w zajęciach7
A-A-2samodzielna praca w domu15
A-A-3Indywidualne konsultacje z prowadzącym5
A-A-4zaliczenie i omówienie wyników3
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1uczestnictwo w zajęciach7
A-W-2samodzielne powtórzenie materiału15
A-W-3konsultacje indywidualne4
A-W-4zaliczenie i omówienie wyników4
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaZO_1A_ZOK-S-O111_W01Zna podstawowe metody statystyczne stosowane w celu poszukiwania i praktycznego wykorzystanie markerów genetycznych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówZO_1A_W01wykazuje ogólną wiedzę z zakresu biologii, chemii, matematyki i fizyki oraz nauk pokrewnych dostosowaną do kierunku zootechnika
ZO_1A_W06ma wiedzę o organizacji i wykonywaniu technicznych zadań inżynierskich dostosowanych do kierunku zootechnika
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR1A_W01ma podstawową wiedzę z zakresu biologii, chemii, matematyki, fizyki i nauk pokrewnych dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R1A_W04ma wiedzą ogólną o funkcjonowaniu organizmów żywych na różnych poziomach złożoności, przyrody nieożywionej oraz o technicznych zadaniach inżynierskich dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_W02zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu prostych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
InzA_W05zna typowe technologie inżynierskie w zakresie studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie podstawowych metod genetyki populacji wykorzystywanych w poszukiwaniu markerów genetycznych
C-3Zaprentowanie możliwości i zagrożeń wynikających ze stosowania danych markerowych w praktyce
Treści programoweT-A-4Szacowanie efektów addytywnych poligenicznych (tło genetyczne) i stałych środowiskowych. Szacowanie addytywnych i dominacyjnych efektów genów markerowych. Szacowania interakcji genów markerowych z innymi genami zaangażowanymi w warunkowanie cechy oraz czynnikami środowiska wewnętrznego i zewnętrznego.
T-A-1Komputerowa analiza struktury genetycznej populacji - badanie frekwencji analizowanych genów, ustalanie skali nosicielstwa, ocena zgodności rozkładów. Szacowanie wskaźników konsolidacji genetycznej populacji i dystansu genetycznego pomiędzy populacjami.
T-A-5Wykorzystanie dostępnego oprogramowania w szacowaniu wartości hodowlanej z uwzględnieniem loci markerowych. Wartość genomowa.
T-A-3Wykorzystanie statystycznych metod poszukiwania lokalizacji markerów QTL. Komputerowa analiza sprzężeń. Identyfikacja nosicieli zmutowanych alleli.
T-A-2Analiza rodowodu z wykorzystaniem dostępnych programów komputerowych. Kontrola pochodzenia zwierząt z wykorzystaniem markerów (szacowanie prawdopodobieństwa), obliczanie parametrów zróżnicowania genetycznego na podstawie informacji o loci markerowych: HET (heterogenity), PIC (polymorphic information content), PE (power of exclusion), PP (probability of paternity), TPI (typical paternity index).
T-W-2Geny funkcjonalne. Badania asocjacyjne - modele analizy wariancji i modele regresyjne oraz mieszane. Znaczenie epistazy i interakcji genotyp x środowisko w modelach służących poszukiwaniu markerów genetycznych. Czynniki zakłócające.
T-W-4Pokrewieństwo markerowe. Metody wykorzystania markerów genetycznych w różnych systemach doboru do kojarzeń.
T-W-3Metody wykorzystania markerów genetycznych w szacowaniu wartości hodowlanej i w selekcji. Dostępne oprogramowanie. Markerowa ocena zmian spowodowanych selekcją naturalną i sztuczną. Perspektywy wykorzystania informacji uzyskanych dzięki nowoczesnym technikom molekularnej analizy genomu (np. mikromacierzy DNA, sekwencjonowania) w hodowli zwierząt. Selekcja genomowa.
T-W-1Kierunki wykorzystania markerów w genetyce populacyjnej i hodowli zwierząt. Strategie poszukiwania loci markerowych o dużym efekcie działania QTL (Quantitative Traits Loci). Skanowanie genomu. Statystyczna analiza sprzężeń, nierównowaga genetyczna. Wykorzystywane programy komputerowe.
Metody nauczaniaM-2ćwiczenia z użyciem komputera
M-1Wykład informacyjny
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne
S-3Ocena formująca: ocena aktywności na zajęciach
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie potrafi zdefiniować podstawowych pojęć, nie zna podstawowych pozycji literatury przedmiotu, wykazuje obojętność w stosunku do przekazywanej wiedzy, popełnia liczne błędy merytoryczne w zakresie wyrażania wiedzy
3,0Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
3,5Student opanował podstawowy materiał programowy, rozumie podstawowy zakres materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe, wykazuje średnie zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia wiele błędów w zakresie wyrażania wiedzy
4,0Student opanował prawie cały materiał programowy, rozumie poprawnie całość zakresu materiału, przyswoił zasadnicze treści programowe prawie dokładnie, wykazuje duże zainteresowanie w stosunku do wiedzy, popełnia sporadyczne błędy w zakresie wyrażania wiedzy
4,5Student opanował cały materiał programowy, rozumie wszystkie treści programowe, wykazuje duże zainteresowanie w stosunku do wiedzy, nie popełnia błędów w zakresie wyrażania wiedzy
5,0Student w zakresie wiedzy wykracza poza materiał programowy, rozumie wszystkie treści programowe, wykazuje duże zainteresowanie i ciekawość w stosunku do wiedzy, nie popełnia błędów w zakresie wyrażania wiedzy
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaZO_1A_ZOK-S-O111_U01Potrafi przeprowadzić analizę populacyjną w celu poszukiwania markerów genetycznych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówZO_1A_U05Stosuje podstawowe technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji. Umie obsługiwać odpowiednie programy komputerowe i wykorzystywać je w technologii produkcji, zarządzaniu oraz chowie i doskonaleniu zwierząt. Umie opracowywać założenia organizacyjno-technologiczne produkcji zwierzęcej i zorganizować grupy producentów w celu poprawy efektywności produkcji.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR1A_U03stosuje podstawowe technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji z zakresu produkcji rolniczej i leśnej
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_U01potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie podstawowych metod genetyki populacji wykorzystywanych w poszukiwaniu markerów genetycznych
Treści programoweT-A-1Komputerowa analiza struktury genetycznej populacji - badanie frekwencji analizowanych genów, ustalanie skali nosicielstwa, ocena zgodności rozkładów. Szacowanie wskaźników konsolidacji genetycznej populacji i dystansu genetycznego pomiędzy populacjami.
T-A-3Wykorzystanie statystycznych metod poszukiwania lokalizacji markerów QTL. Komputerowa analiza sprzężeń. Identyfikacja nosicieli zmutowanych alleli.
T-W-2Geny funkcjonalne. Badania asocjacyjne - modele analizy wariancji i modele regresyjne oraz mieszane. Znaczenie epistazy i interakcji genotyp x środowisko w modelach służących poszukiwaniu markerów genetycznych. Czynniki zakłócające.
T-W-1Kierunki wykorzystania markerów w genetyce populacyjnej i hodowli zwierząt. Strategie poszukiwania loci markerowych o dużym efekcie działania QTL (Quantitative Traits Loci). Skanowanie genomu. Statystyczna analiza sprzężeń, nierównowaga genetyczna. Wykorzystywane programy komputerowe.
Metody nauczaniaM-2ćwiczenia z użyciem komputera
Sposób ocenyS-3Ocena formująca: ocena aktywności na zajęciach
S-2Ocena formująca: zaliczenie praktyczne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów tworzenia pracy, nie operuje wiedzą kontekstową
3,0Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów tworzenia pracy, nie operuje wiedzą kontekstową
3,5Student potrafi zidentyfikować i poradzić sobie, z nieznaczną pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
4,0Student potrafi zidentyfikować i samodzielnie radzi sobie z podstawowymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
4,5Student potrafi samodzielnie zidentyfikować i radzi sobie z podstawowymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania własnego przedsięwzięcia
5,0Student samodzielnie identyfikuje i rozwiązuje trudności związane z procesem przygotowania własnego przedsięwzięcia
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaZO_1A_ZOK-S-O111_U02Potrafi oszacować parametry genetyczne w populacji w oparciu o dane markerowe
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówZO_1A_U05Stosuje podstawowe technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji. Umie obsługiwać odpowiednie programy komputerowe i wykorzystywać je w technologii produkcji, zarządzaniu oraz chowie i doskonaleniu zwierząt. Umie opracowywać założenia organizacyjno-technologiczne produkcji zwierzęcej i zorganizować grupy producentów w celu poprawy efektywności produkcji.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR1A_U03stosuje podstawowe technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji z zakresu produkcji rolniczej i leśnej
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_U01potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie podstawowych metod genetyki populacji wykorzystywanych w poszukiwaniu markerów genetycznych
C-3Zaprentowanie możliwości i zagrożeń wynikających ze stosowania danych markerowych w praktyce
Treści programoweT-A-1Komputerowa analiza struktury genetycznej populacji - badanie frekwencji analizowanych genów, ustalanie skali nosicielstwa, ocena zgodności rozkładów. Szacowanie wskaźników konsolidacji genetycznej populacji i dystansu genetycznego pomiędzy populacjami.
T-A-5Wykorzystanie dostępnego oprogramowania w szacowaniu wartości hodowlanej z uwzględnieniem loci markerowych. Wartość genomowa.
T-A-2Analiza rodowodu z wykorzystaniem dostępnych programów komputerowych. Kontrola pochodzenia zwierząt z wykorzystaniem markerów (szacowanie prawdopodobieństwa), obliczanie parametrów zróżnicowania genetycznego na podstawie informacji o loci markerowych: HET (heterogenity), PIC (polymorphic information content), PE (power of exclusion), PP (probability of paternity), TPI (typical paternity index).
T-W-4Pokrewieństwo markerowe. Metody wykorzystania markerów genetycznych w różnych systemach doboru do kojarzeń.
Metody nauczaniaM-3konsultacje indywidualne
M-2ćwiczenia z użyciem komputera
M-1Wykład informacyjny
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne
S-3Ocena formująca: ocena aktywności na zajęciach
S-2Ocena formująca: zaliczenie praktyczne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów tworzenia pracy, nie operuje wiedzą kontekstową
3,0Student nie potrafi zidentyfikować i poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów tworzenia pracy, nie operuje wiedzą kontekstową
3,5Student potrafi zidentyfikować i poradzić sobie, z nieznaczną pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
4,0Student potrafi zidentyfikować i samodzielnie radzi sobie z podstawowymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
4,5Student potrafi samodzielnie zidentyfikować i radzi sobie z podstawowymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania własnego przedsięwzięcia
5,0Student samodzielnie identyfikuje i rozwiązuje trudności związane z procesem przygotowania własnego przedsięwzięcia
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaZO_1A_ZOK-S-O111_K01Ma świadomość możliwości wykorzystania w praktyce danych markerowych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówZO_1A_K03prezentuje postawę proekologiczną i postawę odpowiedzialności za otaczający świat ożywiony na różnych poziomach jego organizacji, wynikającą ze świadomości ryzyka związanego ze stosowaniem różnorodnych środków produkcji
ZO_1A_K06potrafi pozyskiwać informacje z literatury, baz danych oraz innych źródeł w zakresie studiowanego kierunku
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR1A_K03potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
R1A_K04prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu
R1A_K05ma świadomość znaczenia społecznej, zawodowej i etycznej odpowiedzialności za produkcję żywności wysokiej jakości, dobrostan zwierząt oraz kształtowanie i stan środowiska naturalnego
R1A_K06ma świadomość ryzyka i potrafi ocenić skutki wykonywanej działalności w zakresie szeroko rozumianego rolnictwa i środowiska
R1A_K07ma świadomość potrzeby dokształcania i samodoskonalenia w zakresie wykonywanego zawodu
Cel przedmiotuC-3Zaprentowanie możliwości i zagrożeń wynikających ze stosowania danych markerowych w praktyce
C-2Przedstawienie najważniejszych kierunków wykorzystania danych markerowych w różnych dziedzinach działalności człowieka
Treści programoweT-A-5Wykorzystanie dostępnego oprogramowania w szacowaniu wartości hodowlanej z uwzględnieniem loci markerowych. Wartość genomowa.
T-A-3Wykorzystanie statystycznych metod poszukiwania lokalizacji markerów QTL. Komputerowa analiza sprzężeń. Identyfikacja nosicieli zmutowanych alleli.
T-W-3Metody wykorzystania markerów genetycznych w szacowaniu wartości hodowlanej i w selekcji. Dostępne oprogramowanie. Markerowa ocena zmian spowodowanych selekcją naturalną i sztuczną. Perspektywy wykorzystania informacji uzyskanych dzięki nowoczesnym technikom molekularnej analizy genomu (np. mikromacierzy DNA, sekwencjonowania) w hodowli zwierząt. Selekcja genomowa.
T-W-1Kierunki wykorzystania markerów w genetyce populacyjnej i hodowli zwierząt. Strategie poszukiwania loci markerowych o dużym efekcie działania QTL (Quantitative Traits Loci). Skanowanie genomu. Statystyczna analiza sprzężeń, nierównowaga genetyczna. Wykorzystywane programy komputerowe.
Metody nauczaniaM-3konsultacje indywidualne
M-1Wykład informacyjny
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne
S-3Ocena formująca: ocena aktywności na zajęciach
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0student unika podejmowania działań, nie wykazuje inicjatywy, wykazuje postawę nieprzychylną wobec wszelkich poczynań prowadzącego
3,0student nie unika podejmowania działań, ale też nie podejmuje ich z własnej woli. Wykazuje postawę neutralną (obojętną) wobec poleceń prowadzącego
3,5student nie unika podejmowania działań, ale też nie podejmuje ich z własnej woli. Adaptuje się jednak do sytuacji dydaktycznych zaaranżowanych przez nauczyciela. Wykazuje postawę umiarkowanie przychylną wobec poczynań prowadzącego
4,0student dostosowuje się do sytuacji dydaktycznej, w jakiej się znalazł. Podejmuje działania z własnej woli, ale nie angażuje się spontanicznie
4,5student nie tylko dostosowuje się do sytuacji dydaktycznej, w jakiej się znalazł, ale i organizuje ją wykazując przy tym przychylną postawę wobec poczynań prowadzącego
5,0student samorzutnie rozpoczyna działania, kierując się przy tym pozytywną postawą wobec poczynań prowadzącego