Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S2)
specjalność: Biotechnologia w produkcji roślinnej

Sylabus przedmiotu Molecular modelling of enzymes:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów nauk rolniczych, leśnych i weterynaryjnych, studiów inżynierskich
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Molecular modelling of enzymes
Specjalność Biotechnology in animal production and environmental protection
Jednostka prowadząca Katedra Immunologii, Mikrobiologii i Chemii Fizjologicznej
Nauczyciel odpowiedzialny Radosław Drozd <Radoslaw.Drozd@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 5 Grupa obieralna 2

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA3 15 1,50,41zaliczenie
wykładyW3 15 1,50,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1The elementary knowledge of genetics, molecular genetics, cell biology and evolution.
W-2The intermadiate levele of knowledge of organic and inorganic chemistry, biochemistry, biophysics, English at intermediate level

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Developing skills of selection of appropriate bioinformatics tools to solve and analyze the structure of proteins
C-2Mastering the ability to combine and correct interpretation of information relating to various levels of organization of protein structures

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1The introduction to proteins molecular structure part II2
T-A-2The introduction to proteins molecular structure part II2
T-A-3The in silico methods of proteins structure II and III level determination2
T-A-4The in silico methods of oligomeric enzymes structure determination2
T-A-5The methods for the effective ligands design for the enzymes activity modulation part I2
T-A-6The methods for the effective ligands design for the enzymes activity modulation part II2
T-A-7The Molecular Dynamic simulation methods as tools for testing in-silico changed structure of enzymes. part I2
T-A-8The Molecular Dynamic simulation methods as tools for testing in-silico changed structure of enzymes. part II1
15
wykłady
T-W-1Methods for the data mining for protein structure on their I level. Prediction of catalytic and structural properties enzymes. part I2
T-W-2Methods for the data mining for protein structure on their I level. Prediction of catalytic and structural properties enzymes. part II2
T-W-3Methods for prediction localisation of enzymes catalytic sites2
T-W-4Methods for characterisaation catalytic sites properities.2
T-W-5Modeling of the catalytic properities of enzymes - pH optima2
T-W-6Molecular docking as tool for design a accurate enzymes inhibitors. Part I2
T-W-7Molecular docking as tool for design a accurate enzymes inhibitors. Part II2
T-W-8Methods of enzyme analysis results visualisation by using molecular modeling software1
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Uczestnictwo w ćwiczeniach.15
A-A-2Samodzielne studiowanie materiałów ćwiczeniowych7
A-A-3Przygotowanie do zaliczenia treści ćwiczeniowych.7
A-A-4Samodzielne studiowanie zadanej literatury5
A-A-5Konsultacje4
A-A-6Zaliczenie treści ćwiczeniowych.5
A-A-7Omówienie zaliczenia treści ćwiczeniowych3
46
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w wykładach.15
A-W-2Samodzielne studiowanie materiałów wykładowych i zalecanej literatury.10
A-W-3Konsultacje5
A-W-4Przygotowanie do zaliczenia treści wykładowych.8
A-W-5Zaliczenie treści wykładowych.5
A-W-6Omówienie zaliczenia treści wykładowych2
45

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny
M-2Prelekcja
M-3Opis

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: pisemna praca zaliczająca
S-2Ocena formująca: ocena prezentacja /referatu z danego zakresu materiału

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-A-O5.2_W01
zna teorię konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej i systematyki klasycznej
BT_2A_W06R2A_W01, R2A_W04M-1S-1
BT_2A_BTZ-A-O5.2_W02
ma wiedzę z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
BT_2A_W06R2A_W01, R2A_W04M-2S-2
BT_2A_BTZ-A-O5.2_W03
Posiada wiedzę o organizacji i zaleznościach strukturalnych białek. Zna metody i narzędzia bioinformatyczne do analizy struktur białkowych. Posiada wiedzę o możliwościach i następstwach manipulacji w strukturach białek.
C-1, C-2T-A-1, T-A-3, T-A-4, T-A-5

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-A-O5.2_U01
umie skonstruować drzewo filogenetyczne wybranego gatunku
BT_2A_U05R2A_U01, R2A_U03, R2A_U04, R2A_U05, R2A_U06, R2A_U07InzA2_U01, InzA2_U05, InzA2_U08M-3S-1
BT_2A_BTZ-A-O5.2_U02
analizuje rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
BT_2A_U05R2A_U01, R2A_U03, R2A_U04, R2A_U05, R2A_U06, R2A_U07InzA2_U01, InzA2_U05, InzA2_U08M-1S-2
BT_2A_BTZ-A-O5.2_U03
wykorzystuje wiedzę o budowie molekularnej białek do rozwiązywania struktury białek o nieznanej budowie, charakteryzuje interakcje między elementami budowy molekularnej białek oraz między białkami metodami in silico
C-1, C-2

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_2A_BTZ-A-O5.2_K01
dostrzega i analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki
BT_2A_K01R2A_K01, R2A_K07InzA2_K02M-2S-2
BT_2A_BTZ-A-O5.2_K02
rozumie następstwa modyfikacji struktur białkowych na funkcjonowanie organizmów żywych
C-1, C-2T-A-1, T-A-3, T-A-4, T-A-5

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-A-O5.2_W01
zna teorię konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej i systematyki klasycznej
2,0Student ma podstawową z licznymi uchybieniami wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz nie ma wiedzy na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej.
3,0Student ma podstawową z drobnymi uchybieniami wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma podstawową z licznymi brakami wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej.
3,5Student ma podstawową wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma podstawową z licznymi brakami wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej.
4,0Student ma dobrą wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma ogólną wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej.
4,5Student ma doskonałą wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma dobrą wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej.
5,0Student ma ugruntowaną i najnowszą wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma doskonałą wiedzę na temat odnieisienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej.
BT_2A_BTZ-A-O5.2_W02
ma wiedzę z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
2,0Student nie posiada wiedzy z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
3,0Student posiada wiedzę podstawową z licznymi uchybieniami z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
3,5Student posiada wiedzę podstawową z drobnymi uchybieniami z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
4,0Student ma ugruntowaną wiedzę podstawową z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
4,5Student ma ugruntowaną wiedzę podstawową oraz wiedzę najnowszą z drobnymi uchybieniami z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
5,0Student ma ugruntowana wiedzę podstawową i najnowszą z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
BT_2A_BTZ-A-O5.2_W03
Posiada wiedzę o organizacji i zaleznościach strukturalnych białek. Zna metody i narzędzia bioinformatyczne do analizy struktur białkowych. Posiada wiedzę o możliwościach i następstwach manipulacji w strukturach białek.
2,0
3,0zna podstawy budowy molekularnej białek i narzedzia do ich analizy
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-A-O5.2_U01
umie skonstruować drzewo filogenetyczne wybranego gatunku
2,0Student nie umie skonstruować drzewa filogenetycznego dla wybranego gatunku.
3,0Student konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku.
3,5Student poprawnie konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku.
4,0Student dobrze z niewielkimi błędami konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku.
4,5Student dobrze i świadomie konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku.
5,0Student doskonale i świadomie konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku.
BT_2A_BTZ-A-O5.2_U02
analizuje rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
2,0Student nie umie przeanalizować roli filogenetyki molekularnej w róznych dziedzianch życia.
3,0Student analizuje rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia.
3,5Student prawidłowo analizuje i słabo omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia.
4,0Student dobrze analizuje i poprawnie omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia.
4,5Student biegle analizuje i dobrze omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia.
5,0Student doskonale analizuje i biegle omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia.
BT_2A_BTZ-A-O5.2_U03
wykorzystuje wiedzę o budowie molekularnej białek do rozwiązywania struktury białek o nieznanej budowie, charakteryzuje interakcje między elementami budowy molekularnej białek oraz między białkami metodami in silico
2,0nie wykonanie sprawozdania z projektu w terminie
3,0oddanie sprawozdania z projektu
3,5poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu
4,0poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad
4,5poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad. Przedstawione wnioski i opis badanych zjawisk wskazuje na całkowite opnowanie materiału i ugruntowane umiejętności
5,0poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad. Przedstawione wnioski i opis badanych zjawisk wskazuje na całkowite opnowanie materiału i ugruntowane umiejętności, w projekcie oprócz wymaganych elemntów obecne są dodatkowe tresci wskazujace na kreatywność wykonująch nie ograniczających sie do informacji otrzymanych na zajęciach

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BT_2A_BTZ-A-O5.2_K01
dostrzega i analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki
2,0Student nie dostrzga i nie analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki.
3,0Student dostrzega i słabo analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki.
3,5Student dość dobrze zauważa i słabo analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki.
4,0Student dobrze zauważa i dobrze analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki.
4,5Student dobrze zauważa i biegle analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki.
5,0Student doskonale zauważa i biegle analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki.
BT_2A_BTZ-A-O5.2_K02
rozumie następstwa modyfikacji struktur białkowych na funkcjonowanie organizmów żywych
2,0
3,0posiada kompetencje do analizy struktur białkowych
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Leyko, Wanda redakcja, Biofizyka dla Biologów, PWN, Warszawa, 1997
  2. Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2012, I
  3. Genowefa Ślósarek, Biofizyka molekularna, PWN, Warszawa, 2011, I
  4. Andrzej Koliński red., Multiscale Approaches to Protein Modeling, Springer, 2010, I

Literatura dodatkowa

  1. Alan Cooper, Chemia biofizyczna, PWN, Warszawa, 2010

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1The introduction to proteins molecular structure part II2
T-A-2The introduction to proteins molecular structure part II2
T-A-3The in silico methods of proteins structure II and III level determination2
T-A-4The in silico methods of oligomeric enzymes structure determination2
T-A-5The methods for the effective ligands design for the enzymes activity modulation part I2
T-A-6The methods for the effective ligands design for the enzymes activity modulation part II2
T-A-7The Molecular Dynamic simulation methods as tools for testing in-silico changed structure of enzymes. part I2
T-A-8The Molecular Dynamic simulation methods as tools for testing in-silico changed structure of enzymes. part II1
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Methods for the data mining for protein structure on their I level. Prediction of catalytic and structural properties enzymes. part I2
T-W-2Methods for the data mining for protein structure on their I level. Prediction of catalytic and structural properties enzymes. part II2
T-W-3Methods for prediction localisation of enzymes catalytic sites2
T-W-4Methods for characterisaation catalytic sites properities.2
T-W-5Modeling of the catalytic properities of enzymes - pH optima2
T-W-6Molecular docking as tool for design a accurate enzymes inhibitors. Part I2
T-W-7Molecular docking as tool for design a accurate enzymes inhibitors. Part II2
T-W-8Methods of enzyme analysis results visualisation by using molecular modeling software1
15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Uczestnictwo w ćwiczeniach.15
A-A-2Samodzielne studiowanie materiałów ćwiczeniowych7
A-A-3Przygotowanie do zaliczenia treści ćwiczeniowych.7
A-A-4Samodzielne studiowanie zadanej literatury5
A-A-5Konsultacje4
A-A-6Zaliczenie treści ćwiczeniowych.5
A-A-7Omówienie zaliczenia treści ćwiczeniowych3
46
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w wykładach.15
A-W-2Samodzielne studiowanie materiałów wykładowych i zalecanej literatury.10
A-W-3Konsultacje5
A-W-4Przygotowanie do zaliczenia treści wykładowych.8
A-W-5Zaliczenie treści wykładowych.5
A-W-6Omówienie zaliczenia treści wykładowych2
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-A-O5.2_W01zna teorię konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej i systematyki klasycznej
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W06ma szczegółową i uporządkowaną wiedzę z zakresu wykorzystania procesów molekularnych, enzymatycznych i fizjologicznych organizmów żywych w biotechnologii
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_W01ma rozszerzoną wiedzę z zakresu biologii, chemii, matematyki, fizyki i nauk pokrewnych dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W04ma pogłębioną wiedzę o funkcjonowaniu organizmów żywych na różnych poziomach złożoności, przyrody nieożywionej oraz o technicznych zadaniach inżynierskich dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: pisemna praca zaliczająca
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student ma podstawową z licznymi uchybieniami wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz nie ma wiedzy na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej.
3,0Student ma podstawową z drobnymi uchybieniami wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma podstawową z licznymi brakami wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej.
3,5Student ma podstawową wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma podstawową z licznymi brakami wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej.
4,0Student ma dobrą wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma ogólną wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej.
4,5Student ma doskonałą wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma dobrą wiedzę na temat odniesienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej.
5,0Student ma ugruntowaną i najnowszą wiedzę z zakresu teorii konstrukcji drzew filogenetycznych oraz ma doskonałą wiedzę na temat odnieisienia filogenetyki molekularnej do systematyki klasycznej.
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-A-O5.2_W02ma wiedzę z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_W06ma szczegółową i uporządkowaną wiedzę z zakresu wykorzystania procesów molekularnych, enzymatycznych i fizjologicznych organizmów żywych w biotechnologii
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_W01ma rozszerzoną wiedzę z zakresu biologii, chemii, matematyki, fizyki i nauk pokrewnych dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W04ma pogłębioną wiedzę o funkcjonowaniu organizmów żywych na różnych poziomach złożoności, przyrody nieożywionej oraz o technicznych zadaniach inżynierskich dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
Metody nauczaniaM-2Prelekcja
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: ocena prezentacja /referatu z danego zakresu materiału
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie posiada wiedzy z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
3,0Student posiada wiedzę podstawową z licznymi uchybieniami z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
3,5Student posiada wiedzę podstawową z drobnymi uchybieniami z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
4,0Student ma ugruntowaną wiedzę podstawową z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
4,5Student ma ugruntowaną wiedzę podstawową oraz wiedzę najnowszą z drobnymi uchybieniami z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
5,0Student ma ugruntowana wiedzę podstawową i najnowszą z zakresu roli i zastosowania filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-A-O5.2_W03Posiada wiedzę o organizacji i zaleznościach strukturalnych białek. Zna metody i narzędzia bioinformatyczne do analizy struktur białkowych. Posiada wiedzę o możliwościach i następstwach manipulacji w strukturach białek.
Cel przedmiotuC-1Developing skills of selection of appropriate bioinformatics tools to solve and analyze the structure of proteins
C-2Mastering the ability to combine and correct interpretation of information relating to various levels of organization of protein structures
Treści programoweT-A-1The introduction to proteins molecular structure part II
T-A-3The in silico methods of proteins structure II and III level determination
T-A-4The in silico methods of oligomeric enzymes structure determination
T-A-5The methods for the effective ligands design for the enzymes activity modulation part I
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0zna podstawy budowy molekularnej białek i narzedzia do ich analizy
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-A-O5.2_U01umie skonstruować drzewo filogenetyczne wybranego gatunku
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U05Potrafi zaprojektować oraz zrealizować proces eksperymentalny; zna i stosuje metody oraz systemy diagnostyki laboratoryjnej i molekularnej; posiada umiejętność prowadzenia prac badawczych z użyciem materiału biologicznego; potrafi przeprowadzać badania z użyciem mikroskopów; stosuje w analizie i diagnostyce narzędzia bioinformatyczne. Zna systemy i procesy wykorzystywane w ocenie stanu środowiska.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_U01posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i twórczego wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U03rozumie i stosuje odpowiednie technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji z zakresu produkcji rolniczej i leśnej
R2A_U04samodzielnie planuje, przeprowadza, analizuje i ocenia poprawność wykonanego zadania z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U05samodzielnie i wszechstronnie analizuje problemy wpływające na produkcję i jakość żywności, zdrowie zwierząt i ludzi, stan środowiska naturalnego i zasobów naturalnych oraz wykazuje znajomość zastosowania specjalistycznych technik i ich optymalizacji dostosowanych do studiowanego kierunku studiów i profilu kształcenia
R2A_U06posiada umiejętność doboru i modyfikacji typowych działań (w tym technik i technologii) dostosowanych do zasobów przyrody w celu poprawy jakości życia człowieka, zgodnych ze studiowanym kierunkiem studiów
R2A_U07ocenia wady i zalety podjętych działań, w tym ich oryginalność w rozwiązywaniu zaistniałych problemów zawodowych - dla nabrania doświadczenia i doskonalenia kompetencji inżynierskich
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_U01potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
InzA2_U05potrafi dokonać krytycznej analizy sposobu funkcjonowania i ocenić - zwłaszcza w powiązaniu ze studiowanym kierunkiem studiów - istniejące rozwiązania techniczne, w szczególności urządzenia, obiekty, systemy, procesy, usługi
InzA2_U08potrafi - zgodnie z zadaną specyfikacją - zaprojektować proste urządzenie, obiekt, system lub proces, typowe dla studiowanego kierunku studiów, używając właściwych metod, technik i narzędzi
Metody nauczaniaM-3Opis
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: pisemna praca zaliczająca
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie umie skonstruować drzewa filogenetycznego dla wybranego gatunku.
3,0Student konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku.
3,5Student poprawnie konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku.
4,0Student dobrze z niewielkimi błędami konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku.
4,5Student dobrze i świadomie konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku.
5,0Student doskonale i świadomie konstruuje drzewo filogenetyczne dla wybranego gatunku.
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-A-O5.2_U02analizuje rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach nauki
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_U05Potrafi zaprojektować oraz zrealizować proces eksperymentalny; zna i stosuje metody oraz systemy diagnostyki laboratoryjnej i molekularnej; posiada umiejętność prowadzenia prac badawczych z użyciem materiału biologicznego; potrafi przeprowadzać badania z użyciem mikroskopów; stosuje w analizie i diagnostyce narzędzia bioinformatyczne. Zna systemy i procesy wykorzystywane w ocenie stanu środowiska.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_U01posiada umiejętność wyszukiwania, zrozumienia, analizy i twórczego wykorzystywania potrzebnych informacji pochodzących z różnych źródeł i w różnych formach właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U03rozumie i stosuje odpowiednie technologie informatyczne w zakresie pozyskiwania i przetwarzania informacji z zakresu produkcji rolniczej i leśnej
R2A_U04samodzielnie planuje, przeprowadza, analizuje i ocenia poprawność wykonanego zadania z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
R2A_U05samodzielnie i wszechstronnie analizuje problemy wpływające na produkcję i jakość żywności, zdrowie zwierząt i ludzi, stan środowiska naturalnego i zasobów naturalnych oraz wykazuje znajomość zastosowania specjalistycznych technik i ich optymalizacji dostosowanych do studiowanego kierunku studiów i profilu kształcenia
R2A_U06posiada umiejętność doboru i modyfikacji typowych działań (w tym technik i technologii) dostosowanych do zasobów przyrody w celu poprawy jakości życia człowieka, zgodnych ze studiowanym kierunkiem studiów
R2A_U07ocenia wady i zalety podjętych działań, w tym ich oryginalność w rozwiązywaniu zaistniałych problemów zawodowych - dla nabrania doświadczenia i doskonalenia kompetencji inżynierskich
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_U01potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
InzA2_U05potrafi dokonać krytycznej analizy sposobu funkcjonowania i ocenić - zwłaszcza w powiązaniu ze studiowanym kierunkiem studiów - istniejące rozwiązania techniczne, w szczególności urządzenia, obiekty, systemy, procesy, usługi
InzA2_U08potrafi - zgodnie z zadaną specyfikacją - zaprojektować proste urządzenie, obiekt, system lub proces, typowe dla studiowanego kierunku studiów, używając właściwych metod, technik i narzędzi
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: ocena prezentacja /referatu z danego zakresu materiału
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie umie przeanalizować roli filogenetyki molekularnej w róznych dziedzianch życia.
3,0Student analizuje rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia.
3,5Student prawidłowo analizuje i słabo omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia.
4,0Student dobrze analizuje i poprawnie omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia.
4,5Student biegle analizuje i dobrze omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia.
5,0Student doskonale analizuje i biegle omawia rolę filogenetyki molekularnej w różnych dziedzinach życia.
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-A-O5.2_U03wykorzystuje wiedzę o budowie molekularnej białek do rozwiązywania struktury białek o nieznanej budowie, charakteryzuje interakcje między elementami budowy molekularnej białek oraz między białkami metodami in silico
Cel przedmiotuC-1Developing skills of selection of appropriate bioinformatics tools to solve and analyze the structure of proteins
C-2Mastering the ability to combine and correct interpretation of information relating to various levels of organization of protein structures
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0nie wykonanie sprawozdania z projektu w terminie
3,0oddanie sprawozdania z projektu
3,5poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu
4,0poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad
4,5poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad. Przedstawione wnioski i opis badanych zjawisk wskazuje na całkowite opnowanie materiału i ugruntowane umiejętności
5,0poprawne wykonanie i opisanie sprawozdania z projektu. Projekt wykonany według wcześniej podanych zasad. Przedstawione wnioski i opis badanych zjawisk wskazuje na całkowite opnowanie materiału i ugruntowane umiejętności, w projekcie oprócz wymaganych elemntów obecne są dodatkowe tresci wskazujace na kreatywność wykonująch nie ograniczających sie do informacji otrzymanych na zajęciach
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-A-O5.2_K01dostrzega i analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_2A_K01wykazuje potrzebę ciągłego podnoszenia wiedzy ogólnej i kierunkowej, ma świadomość celowości podnoszenia zdobytej wiedzy zarówno w działaniach zawodowych, jak i rozwoju osobistym
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_K01rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, potrafi inspirować i organizować proces uczenia się innych osób
R2A_K07ma świadomość potrzeby ukierunkowanego dokształcania i samodoskonalenia w zakresie wykonywanego zawodu
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_K02potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Metody nauczaniaM-2Prelekcja
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: ocena prezentacja /referatu z danego zakresu materiału
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie dostrzga i nie analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki.
3,0Student dostrzega i słabo analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki.
3,5Student dość dobrze zauważa i słabo analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki.
4,0Student dobrze zauważa i dobrze analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki.
4,5Student dobrze zauważa i biegle analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki.
5,0Student doskonale zauważa i biegle analizuje powiązania filogenetyki molekularnej z innymi dziedzinami nauki.
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBT_2A_BTZ-A-O5.2_K02rozumie następstwa modyfikacji struktur białkowych na funkcjonowanie organizmów żywych
Cel przedmiotuC-1Developing skills of selection of appropriate bioinformatics tools to solve and analyze the structure of proteins
C-2Mastering the ability to combine and correct interpretation of information relating to various levels of organization of protein structures
Treści programoweT-A-1The introduction to proteins molecular structure part II
T-A-3The in silico methods of proteins structure II and III level determination
T-A-4The in silico methods of oligomeric enzymes structure determination
T-A-5The methods for the effective ligands design for the enzymes activity modulation part I
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0posiada kompetencje do analizy struktur białkowych
3,5
4,0
4,5
5,0