Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biologia (S2)
specjalność: Biologia molekularna i podstawy analityki

Sylabus przedmiotu Mechanizmy ewolucji genomów:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister
Obszary studiów nauk przyrodniczych
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Mechanizmy ewolucji genomów
Specjalność Biologia zwierząt
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt
Nauczyciel odpowiedzialny Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 7 Grupa obieralna 4

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA2 15 0,80,41zaliczenie
wykładyW2 25 1,20,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu genetyki ogólnej i genomiki

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Zapoznanie studentów z metodami analiz genomów
C-2Przybliżenie procesów ewolucyjnych zachodzących na poziomie genomu

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Organizmy modelowe używane w genomice porównawczej, przykłady zastosowania.2
T-A-2Teoria makroewolucji i ewolucja genomu.2
T-A-3Techniki pozwalające na określenie wielkości genomu u roslin i zwierząt.2
T-A-4Korzystanie z baz danych obejmujących genomikę porównawczą.3
T-A-5Projekty sekwencjonowania genomów zwierząt domowych i gospodarskich.2
T-A-6Etyczne i praktyczne aspekty poznania sekwencji genomów różnych organizmów i człowieka. Genomika personalna.2
T-A-7Choroby genomowe.2
15
wykłady
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu, definicje, obszar badawczy. Paradoks wartości C.2
T-W-2Pochodzenie genów i genomów. Teorie powstania kodu genetycznego.2
T-W-3Organizacja genomów prokariotycznych i organellowych. Porównanie.2
T-W-4Budowa genomów eukariotycznych. Porównanie. Kolinearność i syntenia.2
T-W-5Powstawanie nowych genów.2
T-W-6Ewolucja płciowości. Teorie wyjaśniające korzyści rozmnażania płciowego.2
T-W-7Ewolucja na poziomie chromosomalnym2
T-W-8Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i całych genomów.4
T-W-9Mapowanie genomów technikami genetycznymi i fizycznymi. Mapy zintegrowane.3
T-W-10DNA "samoubne" i "śmieciowe" w genomach eukariotycznych, pochodzenie i funkcje.2
T-W-11Ewolucja "pasozytów genomowych". Elemety ruchome. Chromosomy B2
25

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Uczestnictwo w audytoriach15
A-A-2Studiowanie zalecanej literatury4
A-A-3Przygotowanie prezentacji4
A-A-4Konsultacje1
24
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w wykładach25
A-W-2Studiowanie zalecanej literatury5
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia5
A-W-4Konsultacje1
A-W-5Zaliczenie1
37

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny
M-2Pokaz
M-3Prezentacje studentów
M-4Dyskusja dydaktyczna

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocana aktywności
S-2Ocena formująca: Ocena prezentacji
S-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczeniowe

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_2A_BLZ-S-O4.3_W01
Wskazywanie różnic w budowie i wielkości genomów prokariotycznych, eukariotycznych i organellowych oraz objaśnianie zmian zachodzących w genomach podczas ewolucji
BL_2A_W12, BL_2A_W01P2A_W01, P2A_W04, P2A_W05, P2A_W07C-2T-W-3, T-W-9, T-W-7, T-W-4, T-W-1, T-A-3M-1S-3

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_2A_BLZ-S-O4.3_U01
Umiejętność postrzegania ewolucji jako zmian w genomie oraz znajomość baz genomowych
BL_2A_U11P2A_U01, P2A_U02, P2A_U03, P2A_U04, P2A_U06C-1T-A-5, T-A-4M-2S-1

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_2A_BLZ-S-O4.3_K01
Świadomość różnorodności biologicznej na poziomie genomów oraz dolnośc do kompleksowej oceny danych
BL_2A_K01P2A_K04, P2A_K07C-1T-W-9, T-W-1, T-W-8, T-A-5, T-A-2M-1, M-4S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BL_2A_BLZ-S-O4.3_W01
Wskazywanie różnic w budowie i wielkości genomów prokariotycznych, eukariotycznych i organellowych oraz objaśnianie zmian zachodzących w genomach podczas ewolucji
2,0Nie zna pojęcia genomu i jego budowy
3,0Zna pojęcie genomu i potrafi go zdefiniować w róznych aspektach
3,5Wie jakie jest zróżnicowanie wielkości genomów
4,0Wie jak zbudowane są genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych
4,5Potrafi opisać genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych, wskazać ich podobieństwa i różnice.
5,0Potrafi opisać genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych, wskazać ich podobieństwa i różnice. Ma wiedze na temat zaawansowania projektów sekwencjonowania genomów różnych grup taksonomicznych.

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BL_2A_BLZ-S-O4.3_U01
Umiejętność postrzegania ewolucji jako zmian w genomie oraz znajomość baz genomowych
2,0Nie wie, że są bazy danych sekwencji
3,0Wie, że są bazy danych z sekwencjami
3,5Potrafi wymienić bazy danych
4,0Potrafi wymienić bazy danych i powiedziec do czego służą
4,5Potrafi poruszać się po bazach danych
5,0Potrafi korzystać z narzędzi bazy danych i interpretować uzyskane przez ich uzycie wyniki

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BL_2A_BLZ-S-O4.3_K01
Świadomość różnorodności biologicznej na poziomie genomów oraz dolnośc do kompleksowej oceny danych
2,0Brak zdolności do kompleksowej oceny zjawisk
3,0Wykazuje minimalną zdolność do kompleksowej oceny zjawisk
3,5Wykazuje dość dobrą zdolność do kompleksowej oceny zjawisk
4,0Wykazuje dobrą zdolność do kompleksowej oceny zjawisk
4,5Wykazuje bardzo dobrą zdolność do kompleksowej oceny zjawisk
5,0Wykazuje nadzwyczajną zdolność do kompleksowej oceny zjawisk

Literatura podstawowa

  1. Brown T. A., Genomy (nowe wydanie), PWN, Warszawa, 2009
  2. Higgs P.G., Attwood T.K., Bioinformatyka i Ewolucja Molekularna, PWN, Warszawa, 2008

Literatura dodatkowa

  1. Krzanowska H., Zarys mechanizmów Ewolucji, PWN, Warszawa, 2002
  2. Gregory T.R., The Evolution of the Genome, Elsevier, Londyn, 2005

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Organizmy modelowe używane w genomice porównawczej, przykłady zastosowania.2
T-A-2Teoria makroewolucji i ewolucja genomu.2
T-A-3Techniki pozwalające na określenie wielkości genomu u roslin i zwierząt.2
T-A-4Korzystanie z baz danych obejmujących genomikę porównawczą.3
T-A-5Projekty sekwencjonowania genomów zwierząt domowych i gospodarskich.2
T-A-6Etyczne i praktyczne aspekty poznania sekwencji genomów różnych organizmów i człowieka. Genomika personalna.2
T-A-7Choroby genomowe.2
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu, definicje, obszar badawczy. Paradoks wartości C.2
T-W-2Pochodzenie genów i genomów. Teorie powstania kodu genetycznego.2
T-W-3Organizacja genomów prokariotycznych i organellowych. Porównanie.2
T-W-4Budowa genomów eukariotycznych. Porównanie. Kolinearność i syntenia.2
T-W-5Powstawanie nowych genów.2
T-W-6Ewolucja płciowości. Teorie wyjaśniające korzyści rozmnażania płciowego.2
T-W-7Ewolucja na poziomie chromosomalnym2
T-W-8Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i całych genomów.4
T-W-9Mapowanie genomów technikami genetycznymi i fizycznymi. Mapy zintegrowane.3
T-W-10DNA "samoubne" i "śmieciowe" w genomach eukariotycznych, pochodzenie i funkcje.2
T-W-11Ewolucja "pasozytów genomowych". Elemety ruchome. Chromosomy B2
25

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Uczestnictwo w audytoriach15
A-A-2Studiowanie zalecanej literatury4
A-A-3Przygotowanie prezentacji4
A-A-4Konsultacje1
24
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w wykładach25
A-W-2Studiowanie zalecanej literatury5
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia5
A-W-4Konsultacje1
A-W-5Zaliczenie1
37
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLZ-S-O4.3_W01Wskazywanie różnic w budowie i wielkości genomów prokariotycznych, eukariotycznych i organellowych oraz objaśnianie zmian zachodzących w genomach podczas ewolucji
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_W12ma zaawansowaną wiedzę na w zakresie funkcjonowania, ewolucji i analizy, w tym bioinformatycznej, genów i genomów, dziedziczenia genowego i pozagenowego oraz odpowiedzi genomu na czynniki występujące w środowisku
BL_2A_W01ma pogłębioną wiedzę o biologii, systematyce, funkcjonowaniu i rozmieszczeniu oraz ewolucji organizmów żywych oraz zna ich predyspozycje ekologiczne
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_W01rozumie złożone zjawiska i procesy przyrodnicze
P2A_W04ma pogłębioną wiedzę z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów umożliwiającą dostrzeganie związków i zależności w przyrodzie
P2A_W05ma wiedzę w zakresie aktualnie dyskutowanych w literaturze kierunkowej problemów z wybranej dziedziny nauki i dyscypliny naukowej
P2A_W07ma wiedzę w zakresie zasad planowania badań z wykorzystaniem technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-2Przybliżenie procesów ewolucyjnych zachodzących na poziomie genomu
Treści programoweT-W-3Organizacja genomów prokariotycznych i organellowych. Porównanie.
T-W-9Mapowanie genomów technikami genetycznymi i fizycznymi. Mapy zintegrowane.
T-W-7Ewolucja na poziomie chromosomalnym
T-W-4Budowa genomów eukariotycznych. Porównanie. Kolinearność i syntenia.
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu, definicje, obszar badawczy. Paradoks wartości C.
T-A-3Techniki pozwalające na określenie wielkości genomu u roslin i zwierząt.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczeniowe
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Nie zna pojęcia genomu i jego budowy
3,0Zna pojęcie genomu i potrafi go zdefiniować w róznych aspektach
3,5Wie jakie jest zróżnicowanie wielkości genomów
4,0Wie jak zbudowane są genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych
4,5Potrafi opisać genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych, wskazać ich podobieństwa i różnice.
5,0Potrafi opisać genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych, wskazać ich podobieństwa i różnice. Ma wiedze na temat zaawansowania projektów sekwencjonowania genomów różnych grup taksonomicznych.
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLZ-S-O4.3_U01Umiejętność postrzegania ewolucji jako zmian w genomie oraz znajomość baz genomowych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_U11wykorzystuje wiedzę z zakresu budowy i funkcji biologicznych białek, kwasów nukleinowych, węglowodanów, lipidów oraz hormonów i witamin; rozumie główne szlaki metaboliczne oraz mechanizmów regulacji metabolizmu, rozumie mechanizmy działania hormonów i ich rolę w organizmie;
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_U01stosuje zaawansowane techniki i narzędzia badawcze w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
P2A_U02biegle wykorzystuje literaturę naukową z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów, w języku polskim; czyta ze zrozumieniem skomplikowane teksty naukowe w języku angielskim
P2A_U03wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych
P2A_U04planuje i wykonuje zadania badawcze lub ekspertyzy pod kierunkiem opiekuna naukowego
P2A_U06zbiera i interpretuje dane empiryczne oraz na tej podstawie formułuje odpowiednie wnioski
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie studentów z metodami analiz genomów
Treści programoweT-A-5Projekty sekwencjonowania genomów zwierząt domowych i gospodarskich.
T-A-4Korzystanie z baz danych obejmujących genomikę porównawczą.
Metody nauczaniaM-2Pokaz
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocana aktywności
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Nie wie, że są bazy danych sekwencji
3,0Wie, że są bazy danych z sekwencjami
3,5Potrafi wymienić bazy danych
4,0Potrafi wymienić bazy danych i powiedziec do czego służą
4,5Potrafi poruszać się po bazach danych
5,0Potrafi korzystać z narzędzi bazy danych i interpretować uzyskane przez ich uzycie wyniki
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLZ-S-O4.3_K01Świadomość różnorodności biologicznej na poziomie genomów oraz dolnośc do kompleksowej oceny danych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_K01wykazuje zrozumienie i przekonanie o poznawalności procesów i zjawisk biologicznych zachodzących w świecie żywych organizmów; w interpretowaniu procesów i zjawisk biologicznych wykorzystuje podejście naukowe
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_K04prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu
P2A_K07systematycznie aktualizuje wiedzę przyrodniczą i zna jej praktyczne zastosowania
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie studentów z metodami analiz genomów
Treści programoweT-W-9Mapowanie genomów technikami genetycznymi i fizycznymi. Mapy zintegrowane.
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu, definicje, obszar badawczy. Paradoks wartości C.
T-W-8Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i całych genomów.
T-A-5Projekty sekwencjonowania genomów zwierząt domowych i gospodarskich.
T-A-2Teoria makroewolucji i ewolucja genomu.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny
M-4Dyskusja dydaktyczna
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocana aktywności
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Brak zdolności do kompleksowej oceny zjawisk
3,0Wykazuje minimalną zdolność do kompleksowej oceny zjawisk
3,5Wykazuje dość dobrą zdolność do kompleksowej oceny zjawisk
4,0Wykazuje dobrą zdolność do kompleksowej oceny zjawisk
4,5Wykazuje bardzo dobrą zdolność do kompleksowej oceny zjawisk
5,0Wykazuje nadzwyczajną zdolność do kompleksowej oceny zjawisk