Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biologia (S2)
specjalność: Biologia molekularna i podstawy analityki

Sylabus przedmiotu Modelowanie molekularne białek i leków:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister
Obszary studiów nauk przyrodniczych
Profil ogólnoakademicki
Moduł —
Przedmiot Modelowanie molekularne białek i leków
Specjalność Biologia molekularna i podstawy analityki
Jednostka prowadząca Katedra Immunologii, Mikrobiologii i Chemii Fizjologicznej
Nauczyciel odpowiedzialny Radosław Drozd <Radoslaw.Drozd@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 8 Grupa obieralna 3

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA3 15 1,50,41zaliczenie
wykładyW3 15 1,50,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Podstawy, chemii nieorganicznej i organicznej, biochemii, biofizyki, język angielski w stopniu średnio zaawansowanym

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Student poznaje metody rowiązywania struktur białkowych jako podstawę do badania interakcji między nimi a ligandami mogącymi mieć działanie terapeutyczne. Zdobywa zdolnośc doboru narzędzi do badania in silco samych białek i ich powiązań z innymi białkami w szlakach metabolicznych oraz czynników nie białkowych wpływających na ich aktywnosć i rodzaj interakcji między nimi.

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Chemiczne i strukturalne własciwości aminokwasów2
T-A-2Czynniki wpływające na własciwości obszarów regulatorowych i katalitycznych biomolekuł4
T-A-3Serwisy internetowe do predykcji kolejnych poziomów organizacji białek - metaserwery4
T-A-4Ewaluacja procesu modelowania molekularnego2
T-A-5Optymalizacja oddziaływań białko - ligand3
15
wykłady
T-W-1Organizcja struktury białek2
T-W-2Metody rozwiązywania struktury białek4
T-W-3Funkcjonalne modelowanie struktur białkowych2
T-W-4Metody modelowania cząstek aktywnych biologicznie2
T-W-5Metody badania oddziaływań białko-ligand4
T-W-6Testowanie in vitro i in vivo nowych farmacełtyków1
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1uczestnictwo w zajęciach15
A-A-2przygotowanie się do zajęć audytoryjnych10
A-A-3przygotowanie się do kolokwium15
A-A-4czytanie wskazanej literatury5
45
wykłady
A-W-1uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2czytanie wskazanej literatury20
A-W-3Udział w konsultacjach5
A-W-4Przygotowanie się do zaliczenia5
45

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1wykład informacyjny
M-2wykład problemowy
M-3film

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: kolokwium

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_2A_BLM-S-O5.4_W01
student zdobywa wiedzę o istocie odziaływań molekularnych, metodach ich badania, przewidywania następstw wzajemnych interakcji oraz możliwosći ich modelowania.		BL_2A_W03, BL_2A_W16P2A_W02, P2A_W03, P2A_W05, P2A_W06, P2A_W07C-1T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-A-1, T-A-2, T-A-5, T-A-3, T-A-4M-2, M-1, M-3S-1

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_2A_BLM-S-O5.4_U01
umie dobierać narzdzia i metody do badania insilico oddziaływań molekularnych oraz struktury biomolekół		BL_2A_U07P2A_U03, P2A_U05C-1T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6M-2, M-1, M-3S-1

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BL_2A_BLM-S-O5.4_K01
rozumie złożoność systemów molekularnych i potrafi wykorzystywać posiadaną wiedzę do rozwiązywania złożonych problemów o podłożu biologicznym		BL_2A_K01P2A_K04, P2A_K07C-1T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-A-1, T-A-2, T-A-5, T-A-3, T-A-4M-2, M-1, M-3S-1

Literatura podstawowa

  1. Baryszewskia M., Leyko W, Biofizyka dla biologów, PWN, Warszawa, 1997
  2. Higgs P.G., Attwood T.K, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2008
  3. Höltje H-D., Sippl W., Rognan D., Folkers G, Molecular modeling, basic brinciples and applications, Wiley-VCH, Weinheim, 2008
  4. Oliver Kayser, Podstawy biotechnologii farmaceutycznej, Wydawnicto Uniwersyteu Jagielońskiego, Kraków, 2006

Literatura dodatkowa

  1. Oliver Kayser, Rainer H. Muller, Biotechnologia farmaceutyczna, PZWL, Warszawa, 2003
  2. Kononowicz K. (red), Wybrane zagadnienia z metod poszukiwania i otrzymywania środków leczniczych, Wydawnictwo Uniwersytetu Jagielońskiego, Kraków, 2006

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Chemiczne i strukturalne własciwości aminokwasów2
T-A-2Czynniki wpływające na własciwości obszarów regulatorowych i katalitycznych biomolekuł4
T-A-3Serwisy internetowe do predykcji kolejnych poziomów organizacji białek - metaserwery4
T-A-4Ewaluacja procesu modelowania molekularnego2
T-A-5Optymalizacja oddziaływań białko - ligand3
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Organizcja struktury białek2
T-W-2Metody rozwiązywania struktury białek4
T-W-3Funkcjonalne modelowanie struktur białkowych2
T-W-4Metody modelowania cząstek aktywnych biologicznie2
T-W-5Metody badania oddziaływań białko-ligand4
T-W-6Testowanie in vitro i in vivo nowych farmacełtyków1
15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1uczestnictwo w zajęciach15
A-A-2przygotowanie się do zajęć audytoryjnych10
A-A-3przygotowanie się do kolokwium15
A-A-4czytanie wskazanej literatury5
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2czytanie wskazanej literatury20
A-W-3Udział w konsultacjach5
A-W-4Przygotowanie się do zaliczenia5
45
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLM-S-O5.4_W01student zdobywa wiedzę o istocie odziaływań molekularnych, metodach ich badania, przewidywania następstw wzajemnych interakcji oraz możliwosći ich modelowania.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_W03wykazuje się zaawansowaną znajomością metod, technik, technologii, narzędzi i materiałów pozwalających na badanie i wykorzystanie potencjału przyrody
BL_2A_W16ma ogólną, a w niektórych obszarach pogłębioną wiedzę na temat chemii biologicznej i fizjologicznej organizmów żywych
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_W02konsekwentnie stosuje i upowszechnia zasadę ścisłego, opartego na danych empirycznych, interpretowania zjawisk i procesów przyrodniczych w pracy badawczej i działaniach praktycznych
P2A_W03ma pogłębioną wiedzę z zakresu tych nauk ścisłych, z którymi związany jest studiowany kierunek studiów (w szczególności biofizyka, biochemia, biomatematyka, geochemia, biogeochemia, geofizyka)
P2A_W05ma wiedzę w zakresie aktualnie dyskutowanych w literaturze kierunkowej problemów z wybranej dziedziny nauki i dyscypliny naukowej
P2A_W06ma wiedzę w zakresie statystyki na poziomie prognozowania (modelowania) przebiegu zjawisk i procesów przyrodniczych oraz ma znajomość specjalistycznych narzędzi informatycznych
P2A_W07ma wiedzę w zakresie zasad planowania badań z wykorzystaniem technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Student poznaje metody rowiązywania struktur białkowych jako podstawę do badania interakcji między nimi a ligandami mogącymi mieć działanie terapeutyczne. Zdobywa zdolnośc doboru narzędzi do badania in silco samych białek i ich powiązań z innymi białkami w szlakach metabolicznych oraz czynników nie białkowych wpływających na ich aktywnosć i rodzaj interakcji między nimi.
Treści programoweT-W-1Organizcja struktury białek
T-W-2Metody rozwiązywania struktury białek
T-W-3Funkcjonalne modelowanie struktur białkowych
T-W-4Metody modelowania cząstek aktywnych biologicznie
T-W-5Metody badania oddziaływań białko-ligand
T-W-6Testowanie in vitro i in vivo nowych farmacełtyków
T-A-1Chemiczne i strukturalne własciwości aminokwasów
T-A-2Czynniki wpływające na własciwości obszarów regulatorowych i katalitycznych biomolekuł
T-A-5Optymalizacja oddziaływań białko - ligand
T-A-3Serwisy internetowe do predykcji kolejnych poziomów organizacji białek - metaserwery
T-A-4Ewaluacja procesu modelowania molekularnego
Metody nauczaniaM-2wykład problemowy
M-1wykład informacyjny
M-3film
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: kolokwium
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLM-S-O5.4_U01umie dobierać narzdzia i metody do badania insilico oddziaływań molekularnych oraz struktury biomolekół
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_U07ma pogłębioną wiedzę bioinformatyczną i posiada umiejętność jej stosowania w pracy biologa, posługuje się metodami statystyki matematycznej w analizie danych doświadczalnych i obserwacji biologicznych;
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_U03wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych
P2A_U05stosuje metody statystyczne oraz techniki i narzędzia informatyczne do opisu zjawisk i analizy danych o charakterze specjalistycznym
Cel przedmiotuC-1Student poznaje metody rowiązywania struktur białkowych jako podstawę do badania interakcji między nimi a ligandami mogącymi mieć działanie terapeutyczne. Zdobywa zdolnośc doboru narzędzi do badania in silco samych białek i ich powiązań z innymi białkami w szlakach metabolicznych oraz czynników nie białkowych wpływających na ich aktywnosć i rodzaj interakcji między nimi.
Treści programoweT-W-1Organizcja struktury białek
T-W-2Metody rozwiązywania struktury białek
T-W-3Funkcjonalne modelowanie struktur białkowych
T-W-4Metody modelowania cząstek aktywnych biologicznie
T-W-5Metody badania oddziaływań białko-ligand
T-W-6Testowanie in vitro i in vivo nowych farmacełtyków
Metody nauczaniaM-2wykład problemowy
M-1wykład informacyjny
M-3film
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: kolokwium
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBL_2A_BLM-S-O5.4_K01rozumie złożoność systemów molekularnych i potrafi wykorzystywać posiadaną wiedzę do rozwiązywania złożonych problemów o podłożu biologicznym
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBL_2A_K01wykazuje zrozumienie i przekonanie o poznawalności procesów i zjawisk biologicznych zachodzących w świecie żywych organizmów; w interpretowaniu procesów i zjawisk biologicznych wykorzystuje podejście naukowe
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP2A_K04prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu
P2A_K07systematycznie aktualizuje wiedzę przyrodniczą i zna jej praktyczne zastosowania
Cel przedmiotuC-1Student poznaje metody rowiązywania struktur białkowych jako podstawę do badania interakcji między nimi a ligandami mogącymi mieć działanie terapeutyczne. Zdobywa zdolnośc doboru narzędzi do badania in silco samych białek i ich powiązań z innymi białkami w szlakach metabolicznych oraz czynników nie białkowych wpływających na ich aktywnosć i rodzaj interakcji między nimi.
Treści programoweT-W-1Organizcja struktury białek
T-W-2Metody rozwiązywania struktury białek
T-W-3Funkcjonalne modelowanie struktur białkowych
T-W-4Metody modelowania cząstek aktywnych biologicznie
T-W-5Metody badania oddziaływań białko-ligand
T-W-6Testowanie in vitro i in vivo nowych farmacełtyków
T-A-1Chemiczne i strukturalne własciwości aminokwasów
T-A-2Czynniki wpływające na własciwości obszarów regulatorowych i katalitycznych biomolekuł
T-A-5Optymalizacja oddziaływań białko - ligand
T-A-3Serwisy internetowe do predykcji kolejnych poziomów organizacji białek - metaserwery
T-A-4Ewaluacja procesu modelowania molekularnego
Metody nauczaniaM-2wykład problemowy
M-1wykład informacyjny
M-3film
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: kolokwium