Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biologia (N2)
Sylabus przedmiotu Bioinformatyka:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Biologia | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia niestacjonarne | Poziom | drugiego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | magister | ||
| Obszary studiów | nauk przyrodniczych | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Bioinformatyka | ||
| Specjalność | Biologia molekularna i podstawy analityki | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Daniel Zaborski <Daniel.Zaborski@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | |||
| ECTS (planowane) | 4,0 | ECTS (formy) | 4,0 |
| Forma zaliczenia | egzamin | Język | polski |
| Blok obieralny | — | Grupa obieralna | — |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Wiedza z zakresu matematyki, biofizyki, biochemii |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Zapoznanie z wybranymi biologicznymi bazami danych, zasadami dopasowywania sekwencji, zagadnieniami genomiki strukturalnej i funkcjonalnej, filogenetyki oraz bioinformatyki strukturalnej |
| C-2 | Ukształtowanie umiejętności wyszukiwania informacji w biologicznych bazach danych oraz posługiwania się dostępnymi programami do analiz bioinformatycznych |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Filogenetyka. Metody budowy i oceny drzew filogenetycznych | 2 |
| T-A-2 | Analiza danych mikromacierzowych | 2 |
| T-A-3 | Wybrane zagadnienia bioinformatyki strukturalnej | 1 |
| 5 | ||
| laboratoria | ||
| T-L-1 | Przegląd wybranych biologicznych baz danych oraz programów bioinformatycznych | 2 |
| T-L-2 | Pobieranie danych z biologicznych baz danych | 2 |
| T-L-3 | Analiza sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych | 2 |
| T-L-4 | Analiza danych mikromacierzowych | 2 |
| T-L-5 | Tworzenie drzew filogenetycznych | 2 |
| 10 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Wybrane biologiczne bazy danych. Formaty danych | 2 |
| T-W-2 | Dopasowywanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych sekwencji | 2 |
| T-W-3 | Analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów | 1 |
| 5 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | Udział studenta w ćwiczeniach audytoryjnych | 5 |
| A-A-2 | Samodzielne studiowanie tematyki ćwiczeń audytoryjnych | 16 |
| A-A-3 | Przygotowanie do zaliczenia | 8 |
| A-A-4 | Zaliczenie | 1 |
| 30 | ||
| laboratoria | ||
| A-L-1 | uczestnictwo w zajęciach | 10 |
| A-L-2 | Przygotowanie do ćwiczeń | 20 |
| A-L-3 | Przygotowanie do zaliczenia | 29 |
| A-L-4 | Zaliczenie | 1 |
| 60 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Udział studenta w wykładach | 5 |
| A-W-2 | Samodzielne studiowanie tematyki wykładów | 15 |
| A-W-3 | Przygotowanie do zaliczenia | 8 |
| A-W-4 | Pisemne zaliczenie wykładów | 2 |
| 30 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne |
| M-2 | Prezentacje multimedialne przy użyciu komputera i projektora |
| M-3 | Ćwiczenia laboratoryjne z wykorzystaniem komputera |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne wykładów |
| S-2 | Ocena podsumowująca: Zaliczenie pisemne audytoriów |
| S-3 | Ocena podsumowująca: Zaliczenie praktyczne ćwiczeń laboratoryjnych |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-C3_W01 Student opisuje wybrane biologiczne bazy danych oraz formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowywania sekwencji, charakteryzuje rodzaje map genomowych oraz metody sekwencjonowania, składania, opisywania i porównywania genomów, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy | BL_2A_W05, BL_2A_W15, BL_2A_W12 | P2A_W01, P2A_W03, P2A_W04, P2A_W05, P2A_W06, P2A_W07 | C-1 | T-W-3, T-W-1, T-W-2 | M-2, M-1 | S-1 |
| BL_2A_BLM-S-C3_W02 Student charakteryzuje podstawowe typy mikromacierzy, ich zastosowania oraz etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, charakteryzuje metody tworzenia oraz oceny drzew filogenetycznych, opisuje zasady przewidywania struktury drugorzędowej białek, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach | BL_2A_W05, BL_2A_W12 | P2A_W01, P2A_W03, P2A_W05, P2A_W06, P2A_W07 | C-1 | T-A-2, T-A-1, T-A-3 | M-2, M-1 | S-2 |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-C3_U01 Student potrafi wyszukać potrzebną informację w odpowiedniej biologicznej bazie danych, sprawnie posługuje się programami do analizy sekwencji biologicznych, potrafi wyszukać sekwencje podobne w bazach danych oraz utworzyć i zinterpretować drzewo filogenetyczne | BL_2A_U07 | P2A_U03, P2A_U05 | C-2 | T-L-1, T-L-5, T-L-3, T-L-2 | M-3 | S-3 |
| BL_2A_BLM-S-C3_U02 Student stosuje podstawowe polecenia języka R, przeprowadza analizę danych z mikromacierzy DNA, tworzy heatmapy i je interpretuje | BL_2A_U07 | P2A_U03, P2A_U05 | C-2 | T-L-4 | M-3 | S-3 |
Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-C3_K01 Student wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne w interpretowaniu zjawisk i procesów biologicznych, dając tym samym wyraz swojego przekonania o ich poznawalności | BL_2A_K01 | P2A_K04, P2A_K07 | C-2 | T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5 | M-2, M-3, M-1 | S-3 |
| BL_2A_BLM-S-C3_K02 Student jest świadom bogactwa informacji biologicznej dostępnej w internetowych bazach danych oraz wzrostu znaczenia narzędzi bioinformatycznych w przyszłości | BL_2A_K03 | P2A_K01, P2A_K05, P2A_K07 | C-2 | T-L-1, T-L-2, T-W-1, T-W-2 | M-2, M-3, M-1 | S-1, S-3 |
| BL_2A_BLM-S-C3_K03 Student jest zdolny do efektywnej pracy indywidualnej w oparciu o dostarczone materiały dydaktyczne i źródła informacji dostępne w Internecie | BL_2A_K05 | P2A_K01, P2A_K02, P2A_K03, P2A_K08 | C-2 | T-L-1, T-L-2, T-L-3, T-L-4, T-L-5 | M-3 | S-3 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-C3_W01 Student opisuje wybrane biologiczne bazy danych oraz formaty zapisu danych, wyjaśnia zasady dopasowywania sekwencji, charakteryzuje rodzaje map genomowych oraz metody sekwencjonowania, składania, opisywania i porównywania genomów, wymienia najważniejsze programy komputerowe wspomagające ww. procesy | 2,0 | |
| 3,0 | Student wymienia wybrane biologiczne bazy danych, definiuje pojęcie dopasowania sekwencji, wymienia podstawowe programy do przeszukiwania baz danych sekwencji, opisuje rodzaje map genomowych, metody sekwencjonowania, składania oraz adnotacji genomów | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 | ||
| BL_2A_BLM-S-C3_W02 Student charakteryzuje podstawowe typy mikromacierzy, ich zastosowania oraz etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, charakteryzuje metody tworzenia oraz oceny drzew filogenetycznych, opisuje zasady przewidywania struktury drugorzędowej białek, wymienia podstawowe programy stosowane w ww. analizach | 2,0 | |
| 3,0 | Student wymienia podstawowe rodzaje mikromacierzy, etapy analizy danych z mikromacierzy DNA, definiuje pojęcie filogenetyki molekularnej, krótko charakteryzuje najważniejsze metody budowy i oceny drzew filogenetycznych, wymienia algorytmy przewidywania struktury drugorzędowej białek | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BL_2A_BLM-S-C3_U01 Student potrafi wyszukać potrzebną informację w odpowiedniej biologicznej bazie danych, sprawnie posługuje się programami do analizy sekwencji biologicznych, potrafi wyszukać sekwencje podobne w bazach danych oraz utworzyć i zinterpretować drzewo filogenetyczne | 2,0 | |
| 3,0 | Student korzysta z podstawowych narzędzi dostępnych przy przeszukiwaniu wybranych biologicznych baz danych, korzysta z podstawowych opcji programów do analizy sekwencji biologicznych, potrafi utworzyć drzewo filogenetyczne i je zinterpretować | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 | ||
| BL_2A_BLM-S-C3_U02 Student stosuje podstawowe polecenia języka R, przeprowadza analizę danych z mikromacierzy DNA, tworzy heatmapy i je interpretuje | 2,0 | |
| 3,0 | Student stosuje podstawowe polecenia języka R, potrafi przeprowadzić wstępną obróbkę danych z mikromacierzy, identyfikować geny o zróżnicowanej ekspresji, tworzyć heatmapy i je interpretować | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- Xiong J., Podstawy bioinformatyki, WUW, Warszawa, 2009
- Higgs P. G., Attwood T. K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2008
- Baxervanis A. D., Ouellette B. F. F. (red.), Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek, PWN, Warszawa, 2005
Literatura dodatkowa
- Hall B. G., Łatwe drzewa filogenetyczne. Poradnik użytkownika, WUW, Warszawa, 2008
- Westhead D. R., Parish J. H., Twyman R. M., Bioinformatics. Instant Notes, Taylor & Francis, London & New York, 2002