Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Technologii i Inżynierii Chemicznej - Inżynieria chemiczna i procesowa (S2)
specjalność: Inżynieria bioprocesowa

Sylabus przedmiotu Elementy bioinformatyki:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Inżynieria chemiczna i procesowa
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów nauk technicznych, studiów inżynierskich
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Elementy bioinformatyki
Specjalność Informatyka procesowa
Jednostka prowadząca Instytut Inżynierii Chemicznej i Procesów Ochrony Środowiska
Nauczyciel odpowiedzialny Magdalena Cudak <Magdalena.Cudak@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny Grupa obieralna

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA2 15 1,00,41zaliczenie
wykładyW2 15 1,00,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Znajomość podstaw informatyki

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Zapoznanie studentów z bazami sekwencji nykleotydowych i białkowych znajdujących się w biologicznych bazach danych

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Model danych NCBI1
T-A-2Podział baz danych (Genbank, EMBL, DDBJ)2
T-A-3Analiza baz danych struktur biomolekularnych - PDB, MMDB2
T-A-4Intrpretacja pliku GenBank2
T-A-5Bazy sekwencji poza NCBI1
T-A-6Dopasowanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych - programy FASTA i BLAST2
T-A-7Pobieranie informacji - sytem Entrez1
T-A-8Program EXPASY1
T-A-9Podstawowe zasady modeli filogenetycznych - interpretacja drzewa1
T-A-10Kolokwium2
15
wykłady
T-W-1Bioinformatyka - podział i podstawowe definicje1
T-W-2Pobieranie informacji z biologicznych baz danych2
T-W-3Projektowanie, zarządzanie i integracja baz danych1
T-W-4Projektowanie powiązań między bazami danych1
T-W-5Wyszukiwanie, analizowanie i symulacja danych biologicznych1
T-W-6Bazy danych struktur biomolekularnych1
T-W-7Narzędzia do porównywania i nakładania na siebie sekwencji i stuktur2
T-W-8Perl jako narzędzie ułatwiające analizę biologiczną2
T-W-9Analiza filogenetyczna1
T-W-10Wizualizacja informacji strukturalnych1
T-W-11Tworzenie sieci metabolicznych1
T-W-12Kolokwium1
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1uczestnictwo w zajęciach15
A-A-2przygotowanie do kolokwium8
A-A-3czytanie wskazanej literatury7
30
wykłady
A-W-1uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2przygotowanie do kolokwium7
A-W-3czytanie wskazanej literatury8
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1wykład informacyjny
M-2ćwiczenia przedmiotowe z użyciem komputera

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena podsumowująca: wykład: kolokwium, forma pisemna, czas 45 minut
S-2Ocena podsumowująca: ćwiczenia: dwa kolokwia, forma pisemna, czas 45 minut każde

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
ICHP_2A_C01-10_W09
Student potrafi podać i omówić dostępne w internecie aplikacje bioinformatyczne Student potrafi wskazać odpowiednie narzędzie informatyczne do rozwiązania konkretnego zadania
ICHP_2A_W09T2A_W07InzA2_W02C-1T-W-1, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-10, T-W-11, T-W-9, T-W-2, T-W-7, T-W-8M-1S-1

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
ICHP_2A_C01-10_U01
Student potrafi wyszukiwać w bazach danych biologicznych niezbędną literaturę Student potrafi wyszukiwać i analizować sekwencje nukleotydowe i białkowe
ICHP_2A_U01T2A_U01C-1T-W-5, T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-5, T-A-6, T-A-7, T-A-8, T-A-9, T-A-4M-2S-2

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
ICHP_2A_C01-10_K01
Student rozumie potrzebę dokształcania się
ICHP_2A_K01T2A_K01C-1T-W-1, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-10, T-W-11, T-W-9, T-W-2, T-W-7, T-W-8, T-A-1, T-A-2, T-A-3, T-A-5, T-A-6, T-A-7, T-A-8, T-A-9, T-A-4M-1, M-2S-1, S-2

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
ICHP_2A_C01-10_W09
Student potrafi podać i omówić dostępne w internecie aplikacje bioinformatyczne Student potrafi wskazać odpowiednie narzędzie informatyczne do rozwiązania konkretnego zadania
2,0Student nie opanował podstawowej wiedzy z zakresu przedmiotu.
3,0Student opanował podstawową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział baz danych i podstawowe definicje dotyczące bioinformatyki
3,5Student opanował podstawową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział baz danych i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych
4,0Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki, zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych
4,5Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych, zna zasady tworzenia sieci metabolicznych
5,0Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych, zna zasady tworzenia sieci metabolicznych, zna zasady tworzenia modeli filogenetycznych

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
ICHP_2A_C01-10_U01
Student potrafi wyszukiwać w bazach danych biologicznych niezbędną literaturę Student potrafi wyszukiwać i analizować sekwencje nukleotydowe i białkowe
2,0Student nie opanował podstawowej wiedzy z zakresu przedmiotu.
3,0Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę.
3,5Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku.
4,0Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe
4,5Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe; potrafi za pomoca odpowiednich programów znaleźć sekwencje podobne.
5,0Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe; potrafi za pomoca odpowiednich programów znaleźć sekwencje podobne; potrafi interpretować drzewa filogenetyczne

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
ICHP_2A_C01-10_K01
Student rozumie potrzebę dokształcania się
2,0Student nie rozumie potrzeby poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
3,0Student rozumie w stopniu podstawowym potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
3,5Student rozumie w stopniu więcej niż podstawowym potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
4,0Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
4,5Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych oraz wykazuje aktywność w zakresie praktycznych ćwiczeń dotyczących ich poszukiwania w Internecie
5,0Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych oraz wykazuje dużą aktywność w zakresie praktycznych ćwiczeń dotyczących ich poszukiwania w Internecie

Literatura podstawowa

  1. A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette, Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek, PWN, Warszawa, 2004
  2. P.G. Higgs, T.K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2008

Literatura dodatkowa

  1. S. Ignacimuthu, Basic Bioinformatics, Alfa Science International Ltd., Harrow, U.K., 2005

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Model danych NCBI1
T-A-2Podział baz danych (Genbank, EMBL, DDBJ)2
T-A-3Analiza baz danych struktur biomolekularnych - PDB, MMDB2
T-A-4Intrpretacja pliku GenBank2
T-A-5Bazy sekwencji poza NCBI1
T-A-6Dopasowanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych - programy FASTA i BLAST2
T-A-7Pobieranie informacji - sytem Entrez1
T-A-8Program EXPASY1
T-A-9Podstawowe zasady modeli filogenetycznych - interpretacja drzewa1
T-A-10Kolokwium2
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Bioinformatyka - podział i podstawowe definicje1
T-W-2Pobieranie informacji z biologicznych baz danych2
T-W-3Projektowanie, zarządzanie i integracja baz danych1
T-W-4Projektowanie powiązań między bazami danych1
T-W-5Wyszukiwanie, analizowanie i symulacja danych biologicznych1
T-W-6Bazy danych struktur biomolekularnych1
T-W-7Narzędzia do porównywania i nakładania na siebie sekwencji i stuktur2
T-W-8Perl jako narzędzie ułatwiające analizę biologiczną2
T-W-9Analiza filogenetyczna1
T-W-10Wizualizacja informacji strukturalnych1
T-W-11Tworzenie sieci metabolicznych1
T-W-12Kolokwium1
15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1uczestnictwo w zajęciach15
A-A-2przygotowanie do kolokwium8
A-A-3czytanie wskazanej literatury7
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2przygotowanie do kolokwium7
A-W-3czytanie wskazanej literatury8
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaICHP_2A_C01-10_W09Student potrafi podać i omówić dostępne w internecie aplikacje bioinformatyczne Student potrafi wskazać odpowiednie narzędzie informatyczne do rozwiązania konkretnego zadania
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówICHP_2A_W09ma pogłębioną wiedzę na temat metod, technik, narzędzi i materiałów stosowanych przy rozwiązywaniu złożonych zadań inżynierskich z zakresu studiowanej specjalności
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaT2A_W07zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu złożonych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_W02zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu prostych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie studentów z bazami sekwencji nykleotydowych i białkowych znajdujących się w biologicznych bazach danych
Treści programoweT-W-1Bioinformatyka - podział i podstawowe definicje
T-W-3Projektowanie, zarządzanie i integracja baz danych
T-W-4Projektowanie powiązań między bazami danych
T-W-5Wyszukiwanie, analizowanie i symulacja danych biologicznych
T-W-6Bazy danych struktur biomolekularnych
T-W-10Wizualizacja informacji strukturalnych
T-W-11Tworzenie sieci metabolicznych
T-W-9Analiza filogenetyczna
T-W-2Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-7Narzędzia do porównywania i nakładania na siebie sekwencji i stuktur
T-W-8Perl jako narzędzie ułatwiające analizę biologiczną
Metody nauczaniaM-1wykład informacyjny
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: wykład: kolokwium, forma pisemna, czas 45 minut
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie opanował podstawowej wiedzy z zakresu przedmiotu.
3,0Student opanował podstawową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział baz danych i podstawowe definicje dotyczące bioinformatyki
3,5Student opanował podstawową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział baz danych i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych
4,0Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki, zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych
4,5Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych, zna zasady tworzenia sieci metabolicznych
5,0Student opanował szczegółową wiedzę z zakresu przedmiotu: zna podział i definicje dotyczące bioinformatyki; zna programy do wyszukiwania i dopasowywania sekwencji nukleotydowych i białkowych; zna narzędzia do porównywania i nakładania sekwencji i struktur oraz projektowania, zarządzania i integracji baz danych, zna zasady tworzenia sieci metabolicznych, zna zasady tworzenia modeli filogenetycznych
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaICHP_2A_C01-10_U01Student potrafi wyszukiwać w bazach danych biologicznych niezbędną literaturę Student potrafi wyszukiwać i analizować sekwencje nukleotydowe i białkowe
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówICHP_2A_U01posiada umiejętność pozyskiwania i krytycznej oceny informacji z literatury, baz danych oraz innych źródeł, również w języku obcym, oraz formułowania na tej podstawie wyczerpujących opinii i raportów
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaT2A_U01potrafi pozyskiwać informacje z literatury, baz danych oraz innych właściwie dobranych źródeł, także w języku angielskim lub innym języku obcym uznawanym za język komunikacji międzynarodowej w zakresie studiowanego kierunku studiów; potrafi integrować uzyskane informacje, dokonywać ich interpretacji i krytycznej oceny, a także wyciągać wnioski oraz formułować i wyczerpująco uzasadniać opinie
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie studentów z bazami sekwencji nykleotydowych i białkowych znajdujących się w biologicznych bazach danych
Treści programoweT-W-5Wyszukiwanie, analizowanie i symulacja danych biologicznych
T-A-1Model danych NCBI
T-A-2Podział baz danych (Genbank, EMBL, DDBJ)
T-A-3Analiza baz danych struktur biomolekularnych - PDB, MMDB
T-A-5Bazy sekwencji poza NCBI
T-A-6Dopasowanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych - programy FASTA i BLAST
T-A-7Pobieranie informacji - sytem Entrez
T-A-8Program EXPASY
T-A-9Podstawowe zasady modeli filogenetycznych - interpretacja drzewa
T-A-4Intrpretacja pliku GenBank
Metody nauczaniaM-2ćwiczenia przedmiotowe z użyciem komputera
Sposób ocenyS-2Ocena podsumowująca: ćwiczenia: dwa kolokwia, forma pisemna, czas 45 minut każde
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie opanował podstawowej wiedzy z zakresu przedmiotu.
3,0Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę.
3,5Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku.
4,0Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe
4,5Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe; potrafi za pomoca odpowiednich programów znaleźć sekwencje podobne.
5,0Student potrafi wyszukiwać w bazach danych niezbędną literaturę; potrafi interpretować pliki GenBanku; potrafi wyszukiwać zadane sekwencje nukleotydowe i białkowe; potrafi za pomoca odpowiednich programów znaleźć sekwencje podobne; potrafi interpretować drzewa filogenetyczne
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaICHP_2A_C01-10_K01Student rozumie potrzebę dokształcania się
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówICHP_2A_K01posiada świadomość potrzeby ciągłego kształcenia i doskonalenia zawodowego, potrafi inspirować i organizować proces uczenia się innych osób
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaT2A_K01rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie; potrafi inspirować i organizować proces uczenia się innych osób
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie studentów z bazami sekwencji nykleotydowych i białkowych znajdujących się w biologicznych bazach danych
Treści programoweT-W-1Bioinformatyka - podział i podstawowe definicje
T-W-3Projektowanie, zarządzanie i integracja baz danych
T-W-4Projektowanie powiązań między bazami danych
T-W-5Wyszukiwanie, analizowanie i symulacja danych biologicznych
T-W-6Bazy danych struktur biomolekularnych
T-W-10Wizualizacja informacji strukturalnych
T-W-11Tworzenie sieci metabolicznych
T-W-9Analiza filogenetyczna
T-W-2Pobieranie informacji z biologicznych baz danych
T-W-7Narzędzia do porównywania i nakładania na siebie sekwencji i stuktur
T-W-8Perl jako narzędzie ułatwiające analizę biologiczną
T-A-1Model danych NCBI
T-A-2Podział baz danych (Genbank, EMBL, DDBJ)
T-A-3Analiza baz danych struktur biomolekularnych - PDB, MMDB
T-A-5Bazy sekwencji poza NCBI
T-A-6Dopasowanie sekwencji i przeszukiwanie baz danych - programy FASTA i BLAST
T-A-7Pobieranie informacji - sytem Entrez
T-A-8Program EXPASY
T-A-9Podstawowe zasady modeli filogenetycznych - interpretacja drzewa
T-A-4Intrpretacja pliku GenBank
Metody nauczaniaM-1wykład informacyjny
M-2ćwiczenia przedmiotowe z użyciem komputera
Sposób ocenyS-1Ocena podsumowująca: wykład: kolokwium, forma pisemna, czas 45 minut
S-2Ocena podsumowująca: ćwiczenia: dwa kolokwia, forma pisemna, czas 45 minut każde
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student nie rozumie potrzeby poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
3,0Student rozumie w stopniu podstawowym potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
3,5Student rozumie w stopniu więcej niż podstawowym potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
4,0Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych
4,5Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych oraz wykazuje aktywność w zakresie praktycznych ćwiczeń dotyczących ich poszukiwania w Internecie
5,0Student rozumie w szerokim stopniu potrzebę poznawania informacji zawartych w bazach danych sekwencji nukleotydowych i białkowych oraz wykazuje dużą aktywność w zakresie praktycznych ćwiczeń dotyczących ich poszukiwania w Internecie