Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Bioinformatyka (S1)
Sylabus przedmiotu Analiza sekwencji nukleotydowych in silico:
Informacje podstawowe
| Kierunek studiów | Bioinformatyka | ||
|---|---|---|---|
| Forma studiów | studia stacjonarne | Poziom | pierwszego stopnia |
| Tytuł zawodowy absolwenta | inżynier | ||
| Obszary studiów | nauk przyrodniczych, nauk technicznych, studiów inżynierskich | ||
| Profil | ogólnoakademicki | ||
| Moduł | — | ||
| Przedmiot | Analiza sekwencji nukleotydowych in silico | ||
| Specjalność | przedmiot wspólny | ||
| Jednostka prowadząca | Katedra Nauk o Zwierzętach Przeżuwających | ||
| Nauczyciel odpowiedzialny | Andrzej Dybus <Andrzej.Dybus@zut.edu.pl> | ||
| Inni nauczyciele | |||
| ECTS (planowane) | 3,0 | ECTS (formy) | 3,0 |
| Forma zaliczenia | zaliczenie | Język | polski |
| Blok obieralny | 12 | Grupa obieralna | 1 |
Formy dydaktyczne
Wymagania wstępne
| KOD | Wymaganie wstępne |
|---|---|
| W-1 | Podstawowa wiedza z zakresu genetyki i biologii molekularnej. |
Cele przedmiotu
| KOD | Cel modułu/przedmiotu |
|---|---|
| C-1 | Zapoznanie studentów z praktycznym wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych do przeprowadzenia analizy sekwencji nukleotydowych. |
| C-2 | Cechy charakterystyczne wybranych sekwencji nukleotydowych i zasady ich predykcji in silico. |
Treści programowe z podziałem na formy zajęć
| KOD | Treść programowa | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| T-A-1 | Szczegółowe omówienie zasobów oraz struktury baz danych gromadzonych w NCBI. Przeszukiwanie poszczególnych biologicznych baz danych z zasobów NCBI. | 2 |
| T-A-2 | Projektowanie starterów oraz sond molekularnych do reakcji PCR/rtPCR, tworzenie map restrykcyjnych sekwencji nukleotydowych. | 2 |
| T-A-3 | Zaprojektowanie testów PCR-RFLP, ACRS-PCR w oparciu o dane uzyskane z bazy SNP-NCBI. | 2 |
| T-A-4 | Przegląd funkcji oraz wprowadzenie do wykorzystywania oprogramowania BioEdit. | 2 |
| T-A-5 | Podstawy przyrównywania sekwencji nukleotydowych w praktyce. Porównanie wybranych programów (BLAST, SCAN2, Genomes Match). | 2 |
| T-A-6 | Analiza sekwencji regulatorowych genów z wykorzystaniem wybranych programów komputerowych (PromH(G), POLYAH, FPROM, CpGFinder, findMiRNA, TargetMiRna) | 4 |
| T-A-7 | Programy do wizualizacji genomów ( Human GenomeSequence Explorer, Bacterial GenomeSequence Explorer). | 1 |
| 15 | ||
| wykłady | ||
| T-W-1 | Organizacja genomów. Typy sekwencji nukleotydowych. | 2 |
| T-W-2 | Bazy sekwencji nukleotydowych. Anatomia pliku GenBank. | 2 |
| T-W-3 | Powielanie sekwencji DNA in vitro. Baza enzymów restrykcyjnych - REBASE. Narzędzia bioinformatyczne wykorzystywane w analizie restrykcyjnej in silico (NEBcutter, WebCutter). | 2 |
| T-W-4 | Sekwencjonowanie DNA – podstawy metodyczne. Interpretacja wyników sekwencjonowania. Programy BioEdit i Chromas. | 2 |
| T-W-5 | Porównywanie sekwencji nukleotydowych. Homologia, podobieństwo i analogia. Narzędzia BLAST, SCAN, DBSCAN, Genomes Match. | 2 |
| T-W-6 | Promotory genów. Regulacja ekspresji, motywy wiążące czynniki transkrypcyjne. Analiza bioinformatyczna sekwencji regulatorowych genów (5'UTR, 3'UTR). | 2 |
| T-W-7 | Poszukiwanie genów w sekwencjach DNA organizmów pro- i eukariotycznych. Programy wykorzystywane w predykcji (FGENESH, GenScan, HMMGene, fgenesB, BPROM). | 2 |
| T-W-8 | Projekty sekwencjonowania genomów. | 1 |
| 15 | ||
Obciążenie pracą studenta - formy aktywności
| KOD | Forma aktywności | Godziny |
|---|---|---|
| ćwiczenia audytoryjne | ||
| A-A-1 | uczestnictwo w zajęciach | 15 |
| A-A-2 | Samodzielne studiowanie wiedzy prezentowanej na zajęciach. | 10 |
| A-A-3 | Przygotowanie projektu. | 15 |
| A-A-4 | Konsultacje z prowadzącym zajęcia. | 5 |
| 45 | ||
| wykłady | ||
| A-W-1 | Konsultacje z prowadzącym wykłady | 10 |
| A-W-2 | Przygotowanie się do zaliczenia treści wykładowych. | 10 |
| A-W-3 | Samodzielna praca studenta w celu poszerzenia wiedzy prezentowanej na wykładach. | 10 |
| A-W-4 | uczestnictwo w zajęciach | 15 |
| 45 | ||
Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne
| KOD | Metoda nauczania / narzędzie dydaktyczne |
|---|---|
| M-1 | wykład informacyjny |
| M-2 | Objaśnienie lub wyjaśnienie |
| M-3 | Metoda projektów |
Sposoby oceny
| KOD | Sposób oceny |
|---|---|
| S-1 | Ocena formująca: zaliczenie pisemne |
| S-2 | Ocena formująca: Przygotowanie projektu |
Zamierzone efekty kształcenia - wiedza
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BI_1A_BI-S-O9.3_W01 Ma wiedzę na temat zmienności funkcjonalnej sekwencji nukleotydowych obecnych w genomach oraz zna zasady i narzędzia bioinformatyczne umożliwiające ich analizę in silico | BI_1A_W01 | P1A_W03, P1A_W06, T1A_W01, T1A_W03, T1A_W07 | InzA_W02 | C-1, C-2 | T-W-1, T-W-2, T-W-8, T-W-6, T-W-5, T-W-3, T-W-4, T-W-7 | M-1, M-3, M-2 | S-2, S-1 |
Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności
| Zamierzone efekty kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiów | Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształcenia | Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżyniera | Cel przedmiotu | Treści programowe | Metody nauczania | Sposób oceny |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BI_1A_BI-S-O9.3_U01 Potrafi wskazać wybrane narzędzia bioinformatyczne i przeprowadzić analizę wybranych typów sekwencji nukleotydowych in silico | BI_1A_U17 | P1A_U01, P1A_U03, P1A_U07, T1A_U02, T1A_U05, T1A_U09 | InzA_U03, InzA_U06 | C-2, C-1 | T-A-1, T-A-3, T-A-7, T-A-6, T-A-5, T-A-4, T-A-2 | M-2, M-3 | S-2 |
Kryterium oceny - wiedza
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BI_1A_BI-S-O9.3_W01 Ma wiedzę na temat zmienności funkcjonalnej sekwencji nukleotydowych obecnych w genomach oraz zna zasady i narzędzia bioinformatyczne umożliwiające ich analizę in silico | 2,0 | |
| 3,0 | Ma wiedzę na temat zmienności funkcjonalnej sekwencji obecnych w genomach i potrafi opisać zasady analizy sekwencji nukleotydowych in silico | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Kryterium oceny - umiejętności
| Efekt kształcenia | Ocena | Kryterium oceny |
|---|---|---|
| BI_1A_BI-S-O9.3_U01 Potrafi wskazać wybrane narzędzia bioinformatyczne i przeprowadzić analizę wybranych typów sekwencji nukleotydowych in silico | 2,0 | |
| 3,0 | Potrafi wskazać wybrane narzędzia bioinformatyczne i przeprowadzić analizę wybranych typów sekwencji nukleotydowych in silico | |
| 3,5 | ||
| 4,0 | ||
| 4,5 | ||
| 5,0 |
Literatura podstawowa
- Terry A. Brown, Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2012, Oprawa miękka, s. 736
- Piotr Węgleński, Genetyka molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2012, Oprawa miękka, s. XVIII+542
Literatura dodatkowa
- http://www.softberry.com, 2014
- Jadwiga Baj, Zdzisław Markiewicz, Biologia molekularna bakterii, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2012, 2012 (copyright 2006)