Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Bioinformatyka (S1)

Sylabus przedmiotu Narzędzia bioinformatyczne i bazy danych w proteomice:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Bioinformatyka
Forma studiów studia stacjonarne Poziom pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta inżynier
Obszary studiów nauk przyrodniczych, nauk technicznych, studiów inżynierskich
Profil ogólnoakademicki
Moduł —
Przedmiot Narzędzia bioinformatyczne i bazy danych w proteomice
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Fizjologii, Cytobiologii i Proteomiki
Nauczyciel odpowiedzialny Małgorzata Ożgo <Malgorzata.Ozgo@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Alicja Dratwa-Chałupnik <Alicja.Dratwa-Chalupnik@zut.edu.pl>, Agnieszka Herosimczyk <Agnieszka.Herosimczyk@zut.edu.pl>, Adam Lepczyński <Adam.Lepczynski@zut.edu.pl>, Katarzyna Michałek <Katarzyna.Michalek@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny — Grupa obieralna —

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
laboratoriaL3 10 1,00,41zaliczenie
wykładyW3 10 1,00,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Podstawowa wiedza z zakresu biochemii.
W-2Podstawowa wiedza z zakresu biologii komórki.

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
C-2Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc1
T-L-2Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.1
T-L-3Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.3
T-L-4Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.2
T-L-5Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.1
T-L-6Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.1
T-L-7Zaliczenie ćwiczeń w formie pisemnej.1
10
wykłady
T-W-1Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.1
T-W-2Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.1
T-W-3Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.2
T-W-4MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.1
T-W-5Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.2
T-W-6Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.1
T-W-7Analiza ilościowa z wykorzystaniem spektrometrii mas. Znakowanie: różnicowe, metaboliczne, znakowanie z wykorzystaniem widm Ms/MS. Metody ilościowe bez znakowania.1
T-W-8Zaliczenie wykładów w formie pisemnej.1
10

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Udział studenta w ćwiczeniach laboratoryjnych15
A-L-2Samodzielne studiowanie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.10
A-L-3Przygotowanie do pisemnego zaliczenia ćwiczeń laboratoryjnych.5
30
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w wykładach.15
A-W-2Samodzielne studiowanie tematyki wykładów.10
A-W-3Przygotowanie do pisemnego zaliczenia tematyki wykładów.6
31

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne.
M-2Prezentacja multimedialna z wykorzystaniem komputera i projektora multimedialnego.
M-3Praca w grupach.
M-4Dyskusja dydaktyczna.
M-5Objaśnienia dotyczące prawidłowego wykonania ćwiczeń laboratoryjnych.
M-6Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych.
M-7Ocena raportu z przeprowadzonych zajęc

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
S-2Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-3Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
S-4Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-5Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie tematyki wykładów.

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BI_1A_BI-S-D11_W01
Ma wierdzę na temat baz danych wykorzystywanych do identyfikacji białkowych produktów genów podczas analizy MS		BI_1A_W12P1A_W04, P1A_W07, T1A_W02, T1A_W03, T1A_W05, T1A_W06, T1A_W07InzA_W01, InzA_W02, InzA_W05C-3, C-1, C-2T-W-4, T-L-5, T-W-5, T-W-2, T-L-4, T-L-1, T-L-3, T-W-6, T-W-3, T-L-2, T-W-1, T-L-6, T-W-7M-2, M-5, M-1, M-3, M-6, M-4S-5, S-2, S-4, S-1, S-3
BI_1A_BI-S-D11_W02
Posiada wiedzę na temat znaczenia narzedzi bioinformatycznych w kompleksowej analizie proteomów oraz identyfikacji jego składowych		BI_1A_W08P1A_W02, P1A_W06, P1A_W07, T1A_W02, T1A_W04, T1A_W07—C-3, C-2, C-1T-W-2, T-W-3, T-L-6, T-L-2, T-L-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-7, T-W-1, T-L-1M-3, M-6, M-2, M-5, M-1, M-4S-2, S-4, S-5, S-1, S-3

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BI_1A_BI-S-D11_U01
Potrafi przeprowadzic identyfikację białka z uzyciem spektrometrii mass w oparciu o programy bioinformatyczne i bazy danych		BI_1A_U12P1A_U05, P1A_U07, T1A_U02, T1A_U07, T1A_U08, T1A_U13InzA_U08C-1, C-3, C-2T-L-6, T-L-1, T-L-4, T-W-7, T-L-5, T-W-5, T-W-6, T-W-1, T-W-3, T-W-2, T-L-2, T-L-3, T-W-4M-3, M-6, M-5, M-4S-4, S-2, S-1, S-3
BI_1A_BI-S-D11_U02
Potrafi interpretować wyniki badania zmian ekspresji białek oraz selekcjonowac te których zmiany są istotne i wynikaja z wpływu czynnika eksperymentalnego		BI_1A_U03P1A_U01, P1A_U04, P1A_U11, T1A_U05, T1A_U14InzA_U01, InzA_U07C-1, C-2, C-3T-W-4, T-W-1, T-W-2, T-L-4, T-W-3, T-W-5, T-W-7, T-L-6, T-L-2, T-W-6, T-L-1, T-L-3, T-L-5M-1, M-2, M-3, M-4, M-5, M-6S-4, S-1, S-2, S-3

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BI_1A_BI-S-D11_K01
Student wykazuje zorientowanie w możliwości wykorzystania badań analizy proteomu w celu selekcji i identyfikacji białek odgrywających znaczącą rolę w procesach fizjo- i patofizjologicznych		BI_1A_K02P1A_K01, P1A_K04—C-3, C-2, C-1T-W-4, T-W-1, T-L-3, T-W-6, T-W-2, T-L-2, T-L-6, T-L-5, T-W-3, T-W-8, T-L-1, T-L-4, T-W-5M-1, M-2, M-4S-4, S-5, S-2, S-1, S-3
BI_1A_BI-S-D11_K02
Potrafi aktywnie i sprawnie pracować w grupie i jest otwarty na supozycje innych członków zespołu.		BI_1A_K04P1A_K02, P1A_K03, P1A_K06, P1A_K08, T1A_K02, T1A_K03, T1A_K04, T1A_K06InzA_K01, InzA_K02C-2, C-1, C-3T-L-3, T-L-1, T-L-6, T-L-4, T-L-2, T-L-5M-3, M-4, M-6S-1, S-2, S-4, S-3

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BI_1A_BI-S-D11_W01
Ma wierdzę na temat baz danych wykorzystywanych do identyfikacji białkowych produktów genów podczas analizy MS		2,0
3,0- w zakresie wiedzy opanował podstawowy materiał programowy - w zakresie opanowania wiedzy przyswoił zasadnicze treści programowe - w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje średnie zainteresowanie - w zakresie wyrażania wiedzy popełnia wiele błędów
3,5
4,0
4,5
5,0
BI_1A_BI-S-D11_W02
Posiada wiedzę na temat znaczenia narzedzi bioinformatycznych w kompleksowej analizie proteomów oraz identyfikacji jego składowych		2,0
3,0- w zakresie wiedzy opanował podstawowy materiał programowy - w zakresie opanowania wiedzy przyswoił zasadnicze treści programowe - w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje średnie zainteresowanie - w zakresie wyrażania wiedzy popełnia wiele błędów
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BI_1A_BI-S-D11_U01
Potrafi przeprowadzic identyfikację białka z uzyciem spektrometrii mass w oparciu o programy bioinformatyczne i bazy danych		2,0
3,0Student: radzi sobie, z dużą pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
3,5
4,0
4,5
5,0
BI_1A_BI-S-D11_U02
Potrafi interpretować wyniki badania zmian ekspresji białek oraz selekcjonowac te których zmiany są istotne i wynikaja z wpływu czynnika eksperymentalnego		2,0Student: nie potrafi poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów przygotowanie zleconej pracy, nie operuje wiedzą kontekstową.
3,0Student: radzi sobie, z dużą pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
3,5Student: potrafi poradzić sobie, z nieznaczną pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy.
4,0Student: samodzielnie radzi sobie z podstawowymi trudnościami związanymi z procesem wykonania zleconej pracy
4,5Student: samodzielnie rozwiązuje postawione problemy i radzi sobie z trudnościami związanymi z procesem wykonania zleconej pracy
5,0Student: samodzielnie rozwiązuje postawione problemy i radzi sobie w pełni z trudnościami związanymi z procesem wykonania zleconej pracy; swobodnie porusza się w danej tematyce i prawidłowo wykorzystuje materiały źródłowe

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
BI_1A_BI-S-D11_K01
Student wykazuje zorientowanie w możliwości wykorzystania badań analizy proteomu w celu selekcji i identyfikacji białek odgrywających znaczącą rolę w procesach fizjo- i patofizjologicznych		2,0
3,0W zakresie prac zespołowych student: - planuje i wykonuje pracę w sposób nieudolny na każdym z jej etapów (przygotowawczy, inkubacyjny, olśnienia, wykonawczy, weryfikacji, prezentacji rozwiązań)
3,5
4,0
4,5
5,0
BI_1A_BI-S-D11_K02
Potrafi aktywnie i sprawnie pracować w grupie i jest otwarty na supozycje innych członków zespołu.		2,0
3,0W zakresie prac zespołowych student: - planuje i wykonuje pracę w sposób nieudolny na każdym z jej etapów (przygotowawczy, inkubacyjny, olśnienia, wykonawczy, weryfikacji, prezentacji rozwiązań)
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Kraj A., Drabik A., Silberring J., Metabolomika i Proteomika, Uniwersytet Warszawski, Warszawa, 2010, wydanie I
  2. Kraj A., Silberring J., Proteomika, Wydawnictwo EJB, Kraków, 2004, Wydanie I
  3. Skrzypczak W.F., Proteomika. Wybrane zagadnienia., Wydawnictwo Zapol, Szczecin, 2011
  4. Suder P., Silberring J., Spektrometria mas., Wydawnictwo UJ, Kraków, 2006, Wydanie I
  5. Doonan T.A., Białka i peptydy., PWN, Warszawa, 2008
  6. Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2009

Literatura dodatkowa

  1. Charon K.M., Świtoński M., Genetyka i genomika zwierząt, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc1
T-L-2Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.1
T-L-3Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.3
T-L-4Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.2
T-L-5Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.1
T-L-6Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.1
T-L-7Zaliczenie ćwiczeń w formie pisemnej.1
10

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.1
T-W-2Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.1
T-W-3Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.2
T-W-4MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.1
T-W-5Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.2
T-W-6Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.1
T-W-7Analiza ilościowa z wykorzystaniem spektrometrii mas. Znakowanie: różnicowe, metaboliczne, znakowanie z wykorzystaniem widm Ms/MS. Metody ilościowe bez znakowania.1
T-W-8Zaliczenie wykładów w formie pisemnej.1
10

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Udział studenta w ćwiczeniach laboratoryjnych15
A-L-2Samodzielne studiowanie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.10
A-L-3Przygotowanie do pisemnego zaliczenia ćwiczeń laboratoryjnych.5
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w wykładach.15
A-W-2Samodzielne studiowanie tematyki wykładów.10
A-W-3Przygotowanie do pisemnego zaliczenia tematyki wykładów.6
31
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BI-S-D11_W01Ma wierdzę na temat baz danych wykorzystywanych do identyfikacji białkowych produktów genów podczas analizy MS
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_W12ma wiedzę w zakresie budowy i zasad funkcjonowania systemów baz danych
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_W04ma wiedzę w zakresie najważniejszych problemów z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów oraz zna ich powiązania z innymi dyscyplinami przyrodniczymi
P1A_W07ma wiedzę w zakresie podstawowych technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
T1A_W02ma podstawową wiedzę w zakresie kierunków studiów powiązanych ze studiowanym kierunkiem studiów
T1A_W03ma uporządkowaną, podbudowaną teoretycznie wiedzę ogólną obejmującą kluczowe zagadnienia z zakresu studiowanego kierunku studiów
T1A_W05ma podstawową wiedzę o trendach rozwojowych z zakresu dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
T1A_W06ma podstawową wiedzę o cyklu życia urządzeń, obiektów i systemów technicznych
T1A_W07zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu prostych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_W01ma podstawową wiedzę o cyklu życia urządzeń, obiektów i systemów technicznych
InzA_W02zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu prostych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
InzA_W05zna typowe technologie inżynierskie w zakresie studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów
C-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
C-2Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-W-4MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.
T-L-5Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.
T-W-5Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.
T-W-2Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.
T-L-4Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.
T-L-1Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc
T-L-3Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
T-W-6Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.
T-W-3Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.
T-L-2Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
T-W-1Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.
T-L-6Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.
T-W-7Analiza ilościowa z wykorzystaniem spektrometrii mas. Znakowanie: różnicowe, metaboliczne, znakowanie z wykorzystaniem widm Ms/MS. Metody ilościowe bez znakowania.
Metody nauczaniaM-2Prezentacja multimedialna z wykorzystaniem komputera i projektora multimedialnego.
M-5Objaśnienia dotyczące prawidłowego wykonania ćwiczeń laboratoryjnych.
M-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne.
M-3Praca w grupach.
M-6Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych.
M-4Dyskusja dydaktyczna.
Sposób ocenyS-5Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie tematyki wykładów.
S-2Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-4Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
S-3Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0- w zakresie wiedzy opanował podstawowy materiał programowy - w zakresie opanowania wiedzy przyswoił zasadnicze treści programowe - w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje średnie zainteresowanie - w zakresie wyrażania wiedzy popełnia wiele błędów
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BI-S-D11_W02Posiada wiedzę na temat znaczenia narzedzi bioinformatycznych w kompleksowej analizie proteomów oraz identyfikacji jego składowych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_W08posiada wiedzę o metodach i narzędziach diagnostycznych wykorzystywanych w analizach i doświadczeniach biologicznych, a także o sposobach interpretacji uzyskanych wyników
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_W02w interpretacji zjawisk i procesów przyrodniczych opiera się na podstawach empirycznych, rozumiejąc w pełni znaczenie metod matematycznych i statystycznych
P1A_W06ma wiedzę w zakresie statystyki i informatyki na poziomie pozwalającym na opisywanie i interpretowanie zjawisk przyrodniczych
P1A_W07ma wiedzę w zakresie podstawowych technik i narzędzi badawczych stosowanych w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
T1A_W02ma podstawową wiedzę w zakresie kierunków studiów powiązanych ze studiowanym kierunkiem studiów
T1A_W04ma szczegółową wiedzę związaną z wybranymi zagadnieniami z zakresu studiowanego kierunku studiów
T1A_W07zna podstawowe metody, techniki, narzędzia i materiały stosowane przy rozwiązywaniu prostych zadań inżynierskich z zakresu studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów
C-2Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
C-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
Treści programoweT-W-2Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.
T-W-3Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.
T-L-6Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.
T-L-2Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
T-L-3Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
T-W-4MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.
T-W-5Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.
T-W-6Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.
T-W-7Analiza ilościowa z wykorzystaniem spektrometrii mas. Znakowanie: różnicowe, metaboliczne, znakowanie z wykorzystaniem widm Ms/MS. Metody ilościowe bez znakowania.
T-W-1Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.
T-L-1Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc
Metody nauczaniaM-3Praca w grupach.
M-6Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych.
M-2Prezentacja multimedialna z wykorzystaniem komputera i projektora multimedialnego.
M-5Objaśnienia dotyczące prawidłowego wykonania ćwiczeń laboratoryjnych.
M-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne.
M-4Dyskusja dydaktyczna.
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-4Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-5Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie tematyki wykładów.
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
S-3Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0- w zakresie wiedzy opanował podstawowy materiał programowy - w zakresie opanowania wiedzy przyswoił zasadnicze treści programowe - w zakresie stosunku do wiedzy wykazuje średnie zainteresowanie - w zakresie wyrażania wiedzy popełnia wiele błędów
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BI-S-D11_U01Potrafi przeprowadzic identyfikację białka z uzyciem spektrometrii mass w oparciu o programy bioinformatyczne i bazy danych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_U12wykorzystuje narzędzia bioinformatyczne umożliwiające przeszukiwanie biologicznych baz danych, projektuje i tworzy proste bazy danych zawierające informacje o podłożu biologicznym
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_U05stosuje podstawowe metody statystyczne oraz algorytmy i techniki informatyczne do opisu zjawisk i analizy danych
P1A_U07wykazuje umiejętność poprawnego wnioskowania na podstawie danych pochodzących z różnych źródeł
T1A_U02potrafi porozumiewać się przy użyciu różnych technik w środowisku zawodowym oraz w innych środowiskach
T1A_U07potrafi posługiwać się technikami informacyjno-komunikacyjnymi właściwymi do realizacji zadań typowych dla działalności inżynierskiej
T1A_U08potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
T1A_U13potrafi dokonać krytycznej analizy sposobu funkcjonowania i ocenić - zwłaszcza w powiązaniu ze studiowanym kierunkiem studiów - istniejące rozwiązania techniczne, w szczególności urządzenia, obiekty, systemy, procesy, usługi
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_U08potrafi - zgodnie z zadaną specyfikacją - zaprojektować proste urządzenie, obiekt, system lub proces, typowe dla studiowanego kierunku studiów, używając właściwych metod, technik i narzędzi
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów
C-2Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
Treści programoweT-L-6Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.
T-L-1Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc
T-L-4Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.
T-W-7Analiza ilościowa z wykorzystaniem spektrometrii mas. Znakowanie: różnicowe, metaboliczne, znakowanie z wykorzystaniem widm Ms/MS. Metody ilościowe bez znakowania.
T-L-5Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.
T-W-5Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.
T-W-6Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.
T-W-1Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.
T-W-3Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.
T-W-2Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.
T-L-2Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
T-L-3Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
T-W-4MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.
Metody nauczaniaM-3Praca w grupach.
M-6Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych.
M-5Objaśnienia dotyczące prawidłowego wykonania ćwiczeń laboratoryjnych.
M-4Dyskusja dydaktyczna.
Sposób ocenyS-4Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-2Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
S-3Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student: radzi sobie, z dużą pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BI-S-D11_U02Potrafi interpretować wyniki badania zmian ekspresji białek oraz selekcjonowac te których zmiany są istotne i wynikaja z wpływu czynnika eksperymentalnego
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_U03wiedzę o złożoności systemów biologicznych wykorzystuje w badaniach i analizie procesów zachodzących na każdym poziomie organizacji żywej materii, umiejętnie dobiera metody badawcze do rodzaju badanego materiału biologicznego
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_U01stosuje podstawowe techniki i narzędzia badawcze w zakresie dziedzin nauki i dyscyplin naukowych, właściwych dla studiowanego kierunku studiów
P1A_U04wykonuje zlecone proste zadania badawcze lub ekspertyzy pod kierunkiem opiekuna naukowego
P1A_U11uczy się samodzielnie w sposób ukierunkowany
T1A_U05ma umiejętność samokształcenia się
T1A_U14potrafi dokonać identyfikacji i sformułować specyfikację prostych zadań inżynierskich o charakterze praktycznym, charakterystycznych dla studiowanego kierunku studiów
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_U01potrafi planować i przeprowadzać eksperymenty, w tym pomiary i symulacje komputerowe, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski
InzA_U07potrafi ocenić przydatność rutynowych metod i narzędzi służących do rozwiązania prostego zadania inżynierskiego o charakterze praktycznym, charakterystycznego dla studiowanego kierunku studiów oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia
Cel przedmiotuC-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
C-2Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów
Treści programoweT-W-4MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.
T-W-1Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.
T-W-2Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.
T-L-4Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.
T-W-3Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.
T-W-5Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.
T-W-7Analiza ilościowa z wykorzystaniem spektrometrii mas. Znakowanie: różnicowe, metaboliczne, znakowanie z wykorzystaniem widm Ms/MS. Metody ilościowe bez znakowania.
T-L-6Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.
T-L-2Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
T-W-6Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.
T-L-1Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc
T-L-3Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
T-L-5Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne.
M-2Prezentacja multimedialna z wykorzystaniem komputera i projektora multimedialnego.
M-3Praca w grupach.
M-4Dyskusja dydaktyczna.
M-5Objaśnienia dotyczące prawidłowego wykonania ćwiczeń laboratoryjnych.
M-6Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych.
Sposób ocenyS-4Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
S-2Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-3Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Student: nie potrafi poradzić sobie samodzielnie z trudnościami mogącymi pojawić się na każdym z etapów przygotowanie zleconej pracy, nie operuje wiedzą kontekstową.
3,0Student: radzi sobie, z dużą pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy
3,5Student: potrafi poradzić sobie, z nieznaczną pomocą nauczyciela, z wybranymi trudnościami związanymi z procesem przygotowania zleconej pracy.
4,0Student: samodzielnie radzi sobie z podstawowymi trudnościami związanymi z procesem wykonania zleconej pracy
4,5Student: samodzielnie rozwiązuje postawione problemy i radzi sobie z trudnościami związanymi z procesem wykonania zleconej pracy
5,0Student: samodzielnie rozwiązuje postawione problemy i radzi sobie w pełni z trudnościami związanymi z procesem wykonania zleconej pracy; swobodnie porusza się w danej tematyce i prawidłowo wykorzystuje materiały źródłowe
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BI-S-D11_K01Student wykazuje zorientowanie w możliwości wykorzystania badań analizy proteomu w celu selekcji i identyfikacji białek odgrywających znaczącą rolę w procesach fizjo- i patofizjologicznych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_K02wykazuje zrozumienie podstawowych zjawisk i procesów biologicznych, a przy ich interpretacji opiera się na podstawach empirycznych dostrzegając rolę metod matematycznych i statystycznych
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_K01rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie
P1A_K04prawidłowo identyfikuje i rozstrzyga dylematy związane z wykonywaniem zawodu
Cel przedmiotuC-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów
C-2Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
C-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
Treści programoweT-W-4MALDI a sekwencjonowanie białek. Zasada jonizacji MALDI, izotopy, rozkład izotopowy oraz rozdzielczość widm masowych uzyskanych z użyciem programu FlexControl.
T-W-1Urządzenia i programy do archiwizacji elektroforeogramów. Zapis cyfrowy jako podstawa analizy zmian ekspresji białek.
T-L-3Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
T-W-6Mascot jako program umożliwiający identyfikację peptydów i białek na podstawie danych otrzymanych technikami spektrometrii mas. Bazy danych sekwencji białkowych (SwissProt, NCBI) zawierające sekwencje białkowe, a także literaturową bazę danych MEDLINE.
T-W-2Programy bioinformatyczne do analizy elektroforeogramów 1-D oraz membran po immunodetekcji Western-blot. Opis analizy zmian ekspresji na przykładzie programu QuantityOne.
T-L-2Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
T-L-6Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.
T-L-5Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.
T-W-3Programy do analizy elektroforeogramów 2-D oraz 2-D DIGE. Opis analizy zmian ekspresji białek na przykładzie aplikacji PDQuest.
T-W-8Zaliczenie wykładów w formie pisemnej.
T-L-1Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc
T-L-4Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.
T-W-5Interpretacja i porównanie widm masowych uzyskanych w trybie liniowym i z odbiciem pracy analizatora czasu przelotu w spektrometrze masowym typu MALDI TOF.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny prezentujący zagadnienia teoretyczne.
M-2Prezentacja multimedialna z wykorzystaniem komputera i projektora multimedialnego.
M-4Dyskusja dydaktyczna.
Sposób ocenyS-4Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-5Ocena podsumowująca: Pisemne zaliczenie tematyki wykładów.
S-2Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
S-3Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0W zakresie prac zespołowych student: - planuje i wykonuje pracę w sposób nieudolny na każdym z jej etapów (przygotowawczy, inkubacyjny, olśnienia, wykonawczy, weryfikacji, prezentacji rozwiązań)
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaBI_1A_BI-S-D11_K02Potrafi aktywnie i sprawnie pracować w grupie i jest otwarty na supozycje innych członków zespołu.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBI_1A_K04jest zdolny do efektywnej pracy samodzielnej i zespołowej, wykazuje odpowiedzialność za pracę własną, wspólnie realizowane zadania oraz powierzany sprzęt
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaP1A_K02potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
P1A_K03potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
P1A_K06jest odpowiedzialny za bezpieczeństwo pracy własnej i innych; umie postępować w stanach zagrożenia
P1A_K08potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
T1A_K02ma świadomość ważności i zrozumienie pozatechnicznych aspektów i skutków działalności inżynierskiej, w tym jej wpływu na środowisko, i związanej z tym odpowiedzialności za podejmowane decyzje
T1A_K03potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
T1A_K04potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
T1A_K06potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA_K01ma świadomość ważności i rozumie pozatechniczne aspekty i skutki działalności inżynierskiej, w tym jej wpływu na środowisko, i związanej z tym odpowiedzialności za podejmowane decyzje
InzA_K02potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy
Cel przedmiotuC-2Przedstawienie projektów poznania proteomów i metod ich realizacji
C-1Przedstawienie zagadnień związanych analizą proteomu
C-3Zapoznanie z bazami danych jako formy prezentacji wyników analizy proteomów
Treści programoweT-L-3Analiza elektroforeogramów z użyciem aplikacji PDQuest. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
T-L-1Archwizacja, żeli i membran z użyciem kalibrowanego densytometru optycznego i aparatu do archiwizacji VersaDoc
T-L-6Technika identyfikacji białek wykorzystująca widma fragmentacyjne MS/MS, masy fragmentów peptydowych ustalonych na podstawie różnic w wartościach M/Z między sąsiadującymi pikami. Rejestracja widm masowych MS/MS.
T-L-4Rejestracja widm masowych pojedynczych białek z wykorzystaniem spektrometru masowego typu MALDI-TOF i oprogramowania (FlexControl). Interpretacja otrzymanych widm masowych.
T-L-2Analiza elektroforeogramów i membran po immunodetekcji Western-Blot z użyciem aplikacji QuantityOne. Obróbka obrazów. Detekcja spotów. Analiza różnicowa. Tworzenie raportów.
T-L-5Rejestracja z wykorzystaniem spektrometru masowego MALDI TOF całościowych widm profili białkowych (ang. proteomic pattern) w trybie liniowym przy zastosowaniu różnych mocy promienia lasera.
Metody nauczaniaM-3Praca w grupach.
M-4Dyskusja dydaktyczna.
M-6Wykonywanie w grupach zaplanowanych ćwiczeń laboratoryjnych.
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności studentów na zajęciach laboratoryjnych.
S-2Ocena formująca: Pisemne zaliczenie tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-4Ocena podsumowująca: Sumaryczna ocena aktywności studenta oraz pisemnego zaliczenia tematyki ćwiczeń laboratoryjnych.
S-3Ocena formująca: sporządzenie raportu z przeprowadzonych wiczeń laboratoryjnych
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0W zakresie prac zespołowych student: - planuje i wykonuje pracę w sposób nieudolny na każdym z jej etapów (przygotowawczy, inkubacyjny, olśnienia, wykonawczy, weryfikacji, prezentacji rozwiązań)
3,5
4,0
4,5
5,0